SPECIAL MEDISCH Data-analyse uitdaging bij transcriptoomonderzoek
Spatial transcriptomics: RNA met ruimtelijk inzicht Spatial transcriptomics maakt het mogelijk om te meten welke genen worden afgelezen op elke locatie in een weefsel. Een fascinerende technologie in een verrassend groot aantal varianten. Els van den Brink
Terwijl alle cellen in ons menselijk lichaam hetzelfde DNA bevatten, zijn ze toch heel verschillend. Een bloedcel, een hersencel en een huidcel zijn nauwelijks met elkaar te vergelijken, ondanks dat ze allemaal hetzelfde genoom in zich hebben. Dat heeft te maken met de mate waarin de verschillende genen worden afgelezen en vertaald naar RNA – ook wel het transcriptoom genoemd. In een bloedcel is het transcriptoom heel anders dan in een huidcel of hersencel. Vandaar dat steeds meer onderzoekers niet alleen het genoom van cellen analyseren, maar ook het transcriptoom. De laatste jaren was dit ook steeds beter mogelijk voor individuele cellen. Dit staat bekend als single cell transcriptomics.
Alles over het transcriptoom Het gezegde ‘Hoe meer je weet, hoe meer je weet dat je niks weet’ is een uitspraak die op dit gebied ook zeker van toepas-
‘Spatial transcriptomics is als een vruchtentaart’ sing is. Het is mogelijk allerlei cellen te karakteriseren, maar als niet precies bekend is wat hun locatie en hun omgeving is, dan kunnen onderzoekers er nog steeds niet zo veel mee. Bij immunotherapie tegen kanker, willen die niet alleen weten
26
| November 2022
