Nuevos métodos diagnósticos en infectología N
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Eduardo López Medina, MD Departamento de Pediatría, División de Infectología, Universidad del Valle Centro de Estudios en Infectología Pediátrica (Cali, Colombia)
En los años 40, la amplia disponibilidad de la penicilina y el posterior descubrimiento de la estreptomicina generaron una dramática reducción en las enfermedades y muertes causadas por infecciones. Sin embargo, las bacterias y otros organismos causantes de enfermedades (virus, hongos y parásitos) tienen una gran habilidad para mutar y adquirir genes de otros organismos a fin de desarrollar resistencia a los antibióticos. Cuando un antibiótico se usa, la presión selectiva que ejerce el medicamento favorece el crecimiento de organismos que son resistentes a la acción de la droga. El extenso uso de los antibióticos ha resultado en mecanismos de resistencia que amenazan en reversar los avances médicos de los últimos 70 años. Los organismos multirresistentes son una amenaza para la sociedad, independiente de la edad, género o estatus socioeconómico de los individuos. Ejemplos de bacterias clínicamente relevantes son aquellas que causan neumonía y meningitis (Streptococcus pneumoniae), infección ósea, de piel, bacteriemia (Staphylococcus aureus), infecciones urinarias (Escherichia coli) e infecciones nosocomiales (Enterococcus, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa y Klebsiella spp.). Las infecciones causadas por
bacterias resistentes pueden ser adquiridas en ambientes hospitalarios (ej. infecciones por Gram negativos en unidades de cuidados intensivos), en la comunidad (ej. neumococo adquirido de un compañero de clase) y a través de los alimentos (salmonela adquirida de la carne o huevos). A pesar de que existen ciertas poblaciones con un mayor riesgo de contraer estas infecciones (pacientes hospitalizados), las bacterias resistentes están apareciendo en nuevos contextos. Por ejemplo, las infecciones causadas por estafilococo resistente actualmente ocurren en sujetos previamente sanos que las adquieren en la comunidad. Se ha demostrado el exceso de morbimortalidad en las infecciones causadas por este tipo de organismos, con estancias hospitalarias prolongadas y la necesidad de cuidados intensivos. Así mismo, se ha descrito una mortalidad de hasta el 70% en relación con infecciones causadas por bacterias Gram negativas multirresistentes. También, se ha demostrado que los costos extras atribuibles a estas infecciones oscilan entre 18.000 y 29.000 dólares por paciente, las estadías hospitalarias se extienden entre 6,4 y 12,7 días, y la mortalidad atribuible a la infección resistente es del 6,5%. CCAP Volumen 13 Número 1
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Nuevos métodos diagnósticos en infectología
Datos como estos muestran que la reducción de la resistencia antibiótica se reflejaría en beneficios significativos en la salud individual y pública y en la economía. Aun cuando no es posible eliminar las infecciones por organismos resistentes, es claro que necesitamos controlar el uso de antibióticos de amplio espectro, mejorar nuestros sistemas de vigilancia, prolongar el uso de los antibióticos disponibles, desarrollar nuevos medicamentos y aprovechar al máximo los métodos diagnósticos para prevenirlas y controlarlas. Una de las intervenciones propuestas para limitar la expansión de este problema es la implementación de programas de uso racional de antibióticos, cuyo objetivo es utilizar el antibiótico correcto, en el momento indicado y por el tiempo adecuado. La implementación de programas para el uso racional de antibióticos de amplio espectro con base en la correcta interpretación de los cultivos y del contexto clínico del paciente ha reportado una reducción en la mortalidad, disminución de los riesgos de diarrea producida por Clostridium difficile y reducción de la estancia hospitalaria y de la resistencia antibiótica. Adicionalmente, existen nuevos métodos diagnósticos que permiten la identificación temprana del organismo causal y la diferenciación entre infecciones causadas por bacterias e infecciones causadas por otros microorganismos. La evidencia clínica, soportando las características operativas de las diferentes pruebas diagnósticas en infectología, es cada vez más abundante; por esto, es importante hacer una revisión sobre los métodos diagnósticos de los que recientemente disponemos o dispondremos en un futuro cercano y analizar su posible repercusión en los estándares de la salud de nuestros pacientes.
Detección molecular de patógenos respiratorios En niños, las enfermedades respiratorias agudas causan gran morbilidad, son responsables de un gran número de hospitalizaciones y,
8 Precop SCP
especialmente en países en desarrollo, son una causa importante de muerte. Los episodios de fiebre sin foco aparente son un problema común en niños, y frecuentemente requieren atención médica. Las infecciones localizadas, especialmente las infecciones urinarias, corresponden al 5-10% de estos casos, mientras que las infecciones virales son responsables del resto. Desde la implementación de los programas de inmunización contra el Haemophilus influenzae tipo B y el Streptococcus pneumoniae, las infecciones bacterianas sistémicas se han convertido en causas raras de fiebre sin foco. No obstante, la inhabilidad para distinguir pacientes con bacteriemia oculta o infecciones respiratorias bacterianas de aquellos con infecciones virales presiona al personal médico a prescribir antibióticos innecesarios en un alto porcentaje de estos pacientes. El uso de métodos diagnósticos que establezcan la causa de las infecciones respiratorias agudas o de los episodios de fiebre sin foco aparente facilita el uso dirigido de antibióticos, reduce su uso y, potencialmente, limita la expansión de resistencia antibiótica. Adicionalmente, la identificación rápida de infecciones virales permite controlar la transmisión nosocomial de estos patógenos. La reacción en cadena de la polimerasa (RCP) es una tecnología bioquímica en biología molecular utilizada para amplificar una o múltiples copias de una pieza de ácido desoxirribonucleico (ADN), generando miles o millones de copias de una secuencia particular. Fue desarrollada en 1983 y actualmente es una técnica indispensable en laboratorios médicos y de investigación. El método consiste en ciclar la temperatura a la que se expone una secuencia de ADN para separar las cadenas de ácidos nucleicos y permitir la replicación enzimática de la secuencia de interés, empleando fragmentos cortos de ADN complementarios de la región de interés (primers) y una ADN polimerasa. A medida que la reacción progresa, el ADN
Eduardo López Medina
generado se utiliza como fuente de un nuevo ciclo de replicación y se produce una reacción en cadena en la cual la secuencia original de ADN se amplifica exponencialmente. Una de sus principales aplicaciones médicas consiste en la detección e identificación de microorganismos. En los últimos años, este método se ha convertido en una herramienta ampliamente utilizada para la detección de patógenos respiratorios, en parte por su alta sensibilidad, rápido tiempo de respuesta y habilidad para identificar patógenos difíciles o lentos para cultivar. La pandemia de influenza A 2009 H1N1 demostró que estos nuevos métodos moleculares pueden desarrollarse rápidamente para uso clínico y, recientemente, se han creado tecnologías que permiten la detección rápida de múltiples patógenos en un solo test. La aplicación de estos tests rápidos ha demostrado una reducción del tiempo y costos de hospitalización. Un estudio reciente, realizado en un hospital pediátrico (Seattle Children’s Hospital), comparó el panel viral respiratorio FilmArray (Idaho Technologies, Salt Lake City, UT) con un método de detección de organismos utilizando inmunofluorescencia directa (capaz de detectar ocho virus: adenovirus, RSV, metapneumovirus, influenza A, influenza B y parainfluenza 1, 2, 3). El FilmArray permitió la detección de virus que previamente no era posible, reduciendo el tiempo requerido para reportar su presencia y mejorando la calidad del servicio médico. Un metaanálisis, que evaluó el impacto de los tests rápidos para identificación viral en la realización de cultivos, uso de antibióticos y tiempo de observación de salas de emergencia, demostró que estos estudios disminuyen la tasa de obtención de rayos X de tórax y pueden ser útiles para reducir el uso de antibióticos y exámenes de sangre y orina. En la actualidad, existen varias tecnologías multiplex para la detección de patógenos respiratorios (tabla 1, en anexos). Algunos son de baja complejidad que no demandan mucho tiempo de trabajo, mientras que otros permiten el estudio de múltiples pacientes en una sola corrida. Aunque
estos métodos se utilizan diariamente en la gran mayoría de hospitales en países industrializados con claros beneficios, aún es necesario desarrollar estudios clínicos que permitan elucidar detalladamente sus características de trabajo en la práctica diaria y determinar su aplicación clínica ideal. Nuestra meta es identificar la mejor forma de usarlos en forma rutinaria, de modo que se intensifique la evaluación diagnóstica de patógenos respiratorios, se mejore el uso de medicamentos antibióticos y se afecten positivamente las decisiones en el cuidado de los pacientes, con el consecuente mejoramiento en la calidad de la atención médica, logrando así un cuidado médico costo-efectivo.
Detección molecular de infecciones del torrente sanguíneo (ITS) Las ITS (bacteriemia o fungemia) se asocian con resultados clínicos adversos y un incremento del costo en salud. En cerca del 40% de los casos de sepsis severa y shock séptico, se detecta un organismo en el torrente sanguíneo, y las tasas de sobrevida declinan rápidamente cuando la terapia antibiótica adecuada no se inicia en forma temprana. Como consecuencia, los médicos tratantes a menudo utilizamos terapia antimicrobiana de amplio espectro que fomenta la selección y extensión de patógenos resistentes, infecciones micóticas, consumo de costosos medicamentos de última generación (ej. tigeciclina, daptomicina) y el uso de medicamentos asociados con efectos adversos (ej. polimixina). La detección rápida de bacteremias o fungemias, con la detección de la susceptibilidad antibiótica o de marcadores de resistencia, puede alterar las prácticas médicas actuales en el control de infecciones, guiando las decisiones clínicas y reduciendo la sobreprescripción de antibióticos y sus efectos adversos. Existen múltiples técnicas moleculares para la detección de infecciones del torrente sanguíneo. Estas se realizan con la amplificación de ácidos nucleicos a partir de hemocultivos positivos o directamente de muestras de sangre (tablas 2 y 3, en anexos). CCAP Volumen 13 Número 1
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Nuevos métodos diagnósticos en infectología
Detección de infecciones del torrente sanguíneo basada en cultivos Los hemocultivos aún se consideran el estándar de oro para el diagnóstico de las bacteremias o fungemias, ya que detectan el organismo y determinan su especie y su susceptibilidad antibiótica. Sin embargo, existen inconvenientes que han sido insuperables con esta técnica. Dependiendo de la etiología, los hemocultivos requieren incubaciones de hasta 96 horas y tienen una baja sensibilidad para microorganismos de crecimiento lento, intracelulares, fastidiosos y en pacientes pretratados con antibióticos. Se estima que el valor predictivo positivo de los cultivos es superior al 95%, pero en infecciones del torrente sanguíneo este valor puede caer al 30 o 40%. A pesar de que el tiempo de detección de organismos se ha reducido significativamente con el desarrollo de medios líquidos novedosos, suplementos de crecimiento, agentes que absorben y neutralizan inhibidores del crecimiento, y la introducción de instrumentos que permiten el monitoreo constante, el promedio de positivización es de 15 horas (rango 2,6-127 horas) y el tiempo total para identificación final es de más de 72 horas para bacterias y de más de 60 horas para hongos. El tiempo para la positivización de los cultivos depende de la severidad de la enfermedad, la carga bacteriana o micótica, el sistema usado para obtener y procesar el cultivo, el tiempo entre la obtención y el procesamiento de la muestra, y la presencia de inhibidores (ej. antibióticos). Así, los hemocultivos están lejos de ser un estándar de oro ideal, dado que los resultados son lentos, incompletos y pueden no reflejar toda la evidencia microbiológica.
Detección de ácidos nucleicos (DAN) El objetivo final de esta metodología es ofrecer una detección rápida y sensible del organismo causal, sin las prolongadas esperas de los métodos bacteriológicos tradicionales. Todos los tests comerciales para la DAN se
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basan en procedimientos similares: lisis del patógeno, extracción y purificación de ácidos nucleicos, amplificación a través de RCP y métodos de identificación, como hibridación por Elisa, detección en tiempo real basada en fluorescencia, detección con microensayos o secuenciamiento y reconocimiento por bases de datos. En general, hay dos maneras de detectar infecciones del torrente sanguíneo por medio de DAN: identificación a partir de hemocultivos positivos o identificación directamente en muestras de sangre. DAN basada en hemocultivos positivos
Existen varios métodos para la DAN basada en hemocultivos positivos. Los ensayos que examinan la presencia de patógenos específicos permiten una identificación fenotípica rápida al detectar genes que codifican para marcadores de resistencia, como el gen mecA en estafilococos o los genes van en enterococos. Recientemente, se evaluaron las repercusiones clínicas y económicas de un método que permite la identificación rápida del estafilococo áureo meticilino-resistente a partir de hemocultivos positivos. En comparación con el método estándar, se determinó que, en pacientes en quienes se aplicó este nuevo método y tenían una infección por estafilococo áureo meticilino-sensible, el uso de vancomicina era de 1,7 días menos, la estancia hospitalaria era 6,2 días más corta y los costos de hospitalización eran 21.387 dólares menos. La DAN permite también la búsqueda simultánea de múltiples patógenos, utilizando una amplificación inicial con RCP de una secuencia común, seguida de múltiples estrategias de identificación, como secuenciamiento, análisis del tamaño de fragmentos o hibridación. Uno de los mayores progresos en búsqueda simultánea de múltiples patógenos se obtiene con la identificación basada en proteínas vía técnicas de espectrometría de masas (Maldi-TOF). Este ensayo se desarrolla a partir de colonias obtenidas de frascos de hemocultivos positivos o, incluso, directamente desde alícuotas de las
Eduardo López Medina
botellas de hemocultivos positivos. Además de obtener resultados en forma rápida, este método tiene alta sensibilidad, reduce la carga de trabajo y tiene gran potencial para beneficiar el ejercicio de la medicina y los programas de uso racional de antibióticos. Hasta el momento, no se encuentran publicaciones sobre estudios que demuestren su impacto positivo en la práctica clínica. DAN para identificación directa de patógenos en sangre
Durante los últimos 20 años, se han desarrollado múltiples ensayos por RCP que permiten la detección de patógenos en sangre o LCR sin necesidad de cultivos. Al igual que la DAN basada en hemocultivos positivos, estos métodos pueden realizarse para la detección de organismos específicos o para la búsqueda simultánea de múltiples patógenos. De estos últimos, el SeptiFast es el más estudiado y validado, reportando rangos de sensibilidad entre el 60 y 95%, y de especificidad entre el 74 y 99%, dependiendo del patógeno evaluado y del escenario clínico. Una de las limitaciones de este método es la alta demanda de tiempo, la necesidad de pericia para su realización y el alto costo (150 a 200 euros por test). Adicionalmente, esta metodología no arroja información útil respecto a la susceptibilidad antibiótica. Los estudios que han evaluado esta tecnología en su aplicación clínica concluyen que es útil para complementar los métodos tradicionales basados en cultivos, especialmente en pacientes previamente tratados con antibióticos. Limitaciones de la DAN
Múltiples estudios han evaluado las características microbiológicas de los métodos de detección molecular en infecciones del torrente sanguíneo, sin embargo, no se ha evaluado su aplicación en los diferentes escenarios de la práctica clínica, ni se han efectuado análisis de costo-efectividad. Para la evaluación de
tecnologías basadas en DAN en el contexto clínico del diagnóstico de infección del torrente sanguíneo, es necesario considerar aspectos como la información sobre susceptibilidad antibiótica, la detección de marcadores de resistencia, el tiempo de respuesta, la complejidad técnica, el tiempo, esfuerzo y experiencia requerida para la realización y los costos. Además, es fundamental poder diferenciar entre microorganismos vivos y organismos no viables, considerando el problema de la ADNemia (ADN de microorganismos vivos versus ADN de organismos muertos). Al comparar la DAN con el hemocultivo estándar para el diagnóstico de infección del torrente sanguíneo, es importante considerar el escenario en el que un test por DAN sea positivo en presencia de un hemocultivo negativo. Esto puede presentar un reto en la interpretación, pues puede reflejar tres posibles escenarios: 1) dada la alta sensibilidad de la DAN, es posible detectar ciertos organismos de lento crecimiento o fastidiosos que no se aíslan con el hemocultivo; 2) puede representar ácidos nucleicos circulantes resultantes de patógenos no proliferativos pero con repercusión clínica, especialmente en pacientes pretratados con antibióticos; 3) puede reflejar contaminación (en el caso de algunos estafilococos coagulasa negativo). En conclusión, la rápida detección e identificación de patógenos en sangre es una idea prometedora, dado que nos facilitará el uso temprano de terapias apropiadas y de espectro reducido. Los sujetos que más se beneficiarán de esta tecnología diagnóstica serán aquellos a riesgo de infecciones por bacterias de crecimiento lento, fastidiosas, intracelulares, no cultivables u hongos; por ejemplo, pacientes neutropénicos, trasplantados, críticamente enfermos o pretratados con antibióticos. Existe evidencia que soporta el valor añadido de la DAN como método complementario al método estándar para facilitar la detección temprana de microorganismos en la sangre y de genes de resistencia antibiótica. Esto generará CCAP Volumen 13 Número 1
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Nuevos métodos diagnósticos en infectología
un gran impacto en los resultados clínicos y de salud pública, al disminuir el tiempo necesario para iniciar terapias antimicrobianas óptimas y de espectro reducido, con la subsecuente reducción en los tiempos de hospitalización, costos, mortalidad y resistencia antibiótica. La era de la biología molecular para el diagnóstico de las enfermedades infecciosas ha comenzado. Es fundamental entender estos
métodos, pues estamos en un período de transición y pronto nuestras decisiones diarias serán tomadas con base en resultados arrojados por esta tecnología. Debemos comprender sus limitaciones y conocer los beneficios asociados a su adecuada aplicación. Hace falta conducir estudios en nuestro medio que nos permitan describir la mejor manera de explotar los beneficios de esta tecnología en nuestra práctica diaria de la pediatría.
Lecturas recomendadas 1. Bauer KA, West JE, Balada-Llasat JM, Pancholi P, Stevenson KB, Goff DA. An antimicrobial stewardship program’s impact with rapid polymerase chain reaction methicillinresistant Staphylococcus aureus/S. aureus blood culture test in patients with S. aureus bacteremia. Clin Infect Dis 2010;51(9):1074-80. 2. Centers for Disease Control and Prevention. Antibiotic and antimicrobial resistance [internet]. [citado 2013 ago 10]. Disponible en: http://www.cdc.gov/drugresistance/index.html 3. Christenson JC, Korgenski K. Laboratory diagnosis of infection due to bacteria, fungi, parasites, and rickettsiae. En: Long S, Pickering L, Prober C. Principles and practice of pediatric infectious diseases. 4a ed. Filadelfia: Saunders; 2012. p. 1373-84. 4. Doan Q, Enarson P, Kissoon N, Klassen TP, Johnson DW. Rapid viral diagnosis for acute febrile respiratory illness in
12 Precop SCP
children in the Emergency Department. Cochrane Database Syst Rev 2012;5:CD006452. 5. Murray PR, Witebsky FG. The clinician and the laboratory. En: Mandell G, Bennett J, Dolin R. Mandell, Douglas, and Bennett’s principles and practice of infectious diseases. 7a ed. Filadelfia: Churchill Livingstone; 2009. p. 233-65. 6. Pasqualini L, Mencacci A, Leli C, Montagna P, Cardaccia A, Cenci E, et al. Diagnostic performance of a multiple real-time PCR assay in patients with suspected sepsis hospitalized in an internal medicine ward. J Clin Microbiol 2012; 50(4):1285-8. 7. Xu M, Qin X, Astion M, Rutledge JC, Simpson J, Jerome KR, et al. Implementation of filmarray respiratory viral panel in a core laboratory improves testing turnaround time and patient care. Am J Clin Pathol 2013;139(1):118-23.
Tiempo requerido para el resultado, horas
RCP: reacción en cadena de la polimerasa
No
5-6
Sistema completamente integrado en un solo paso
Cuantificación de la carga infecciosa
No
Complejidad
Moderado
Alta
Número de patógenos detectados
Riesgo de contaminación
> 15
Patógenos detectados
Moderado-alto
Virus y bacterias
Técnica
Rendimiento (procesamiento de múltiples muestras)
RCP Multiplex con hibridación por microensayos
RCP Multiplex con detección por microensayos
No
Moderado
Moderado-alto
6,5-10
No
Alta
> 15
Virus
Infiniti (AutoGenomics)
RespFlex (Qiagen)
Característica
No
Bajo
Moderado
1,5-2
Sí
Baja
2-6
Virus
RCP en tiempo real
Jaguar (BD DiagnosticsGeneOhm)
No
Bajo
Bajo
1
Sí
Baja
> 15
Sí
Bajo
Moderado-alto
5-6
No
Alta
> 15
Virus
RCP con electroforesis capilar
RCP anidada. La segunda RCP se hace con pares específicos de primers para identificación Virus y bacterias
STAR (PrimeraDx)
FilmArray (BioFire)
Tecnología (desarrollador)
Anexo 1. Tabla 1. Resumen de las nuevas tecnologías para el diagnóstico de patógenos respiratorios
No
Bajo
Moderado-alto
6-8
No
Alta
> 15
Virus y bacterias
Espectrometría de masas con ionización por electrospray
PLEX-ID (Abbott Molecular)
No
Moderado
Moderado-alto
8
No
Moderada
> 15
Virus
RCP con identificación por microensayos
PneumoVir (Zeltia Genomica)
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13
14 Precop SCP Ninguno
S. pneumoniae, Entero., S. grupo AyB
Ninguno
Staph. aureus, SCoN, Entero. faecalis, Entero. faecium, S. pneumoniae, E. coli, Pseudomonas aeruginosa, C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata, C. krusei, C. tropicalis 1,5-3 $/++
> 98%/> 98%
Genes de resistencia antimicrobiana
Patógenos detectados
Tiempo de respuesta, horas
Costo del equipo/ reactivos
Sensibilidad/ especificidada > 98%/> 98%
$$/++
La sensibilidad y especificidad varían dependiendo del patógeno de interés.
72%/> 99%
$$$/+++
2,5
Staph. aureus, Staph. epidermidis, Staph. lugdunensis, S. anginosus, S. agalactiae, S. pyogenes, Entero. faecalis, Entero. faecium, Listeria spp., Micrococcus spp.
mecA, vanA, vanB
RCP multiplex
Nanosphere Verigene BC-GP (Nanosphere)
> 76%/> 96%
$$$/+
< 1-2
Los mismos patógenos detectados en hemocultivos. Existen limitaciones en presencia de bacteriemia polimicrobiana o con organismos relacionados (por ej., S. viridans, S. pneumoniae identificado como S. parasanguinis, Shigella sonnei identificada como E. coli)
Ninguno
Espectrometría de masas
Maldi-TOF (bioMérieux o Bruker Daltonics)
NA/NA
$$$$/++
<3
Los mismos patógenos detectados en hemocultivos. Alta concordancia con el Maldi-TOF
mecA, van
RCP multiplex
PLEX-ID (Abbott)
Tecnología (desarrollador)
> 98%/> 98%
$$$/+++
1
Staph. aureus (detección de SAMR/SAMS)
SCCmec, mecA
RCP multiplex en tiempo real
Gene Xpert MRSA/MSSA (Cepheid)
S: 95%
$$/++
<2
Entero., Listeria monocytogenes, Staph. aureus, S. agalactiae, S. pyogenes, S. pneumoniae, Enterobacter cloacae complex, E. coli, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Proteus, Serratia marcescens, Acinetobacter baumannii, Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa, C. albicans, C. glabrata, C. krusei, C. parapsilosis, C. tropicalis
mecA, vanA/B, KPC
RCP multiplex secuenciales
The FilmArray BCID (BioFire)
$: < 35.000 dólares; $$: < 75.000 dólares; $$$: < 200.000 dólares; $$$$: > 200.000 dólares; +: < 10 dólares; ++: 10-50 dólares; +++: > 50 dólares.
ADN: ácido desoxirribonucleico; RCP: reacción en cadena de polimerasa; PNA-FISH: hibridación in situ de ácidos nucleicos péptidos, del inglés peptide nucleic acid-fluorescence in situ hybridization; Elisa: ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas, del inglés enzyme linked immunosorbent assay; Maldi-TOF: tiempo de vuelo de ionización por láser asistida por matriz, del inglés matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight; Staph.: Staphylococcus; Entero.: Enterococcus; C.: cándida; S.: Streptococcus; E.: Escherichia; SCoN: estafilococo coagulasa negativo; SAMR: estafilococo áureo meticilino-resistente; MSSA: estafilococo áureo meticilino-sensible.
a
Sondas de ADN quemiluminiscente que detectan rRNA
Hibridación basada en fluorescencia
Técnica
2,5
AccuProbe (GenProbe)
PNA-FISH (AdvanDX)
Característica
Anexo 2. Tabla 2. Técnicas moleculares actuales para la detección de infección del torrente sanguíneo partiendo de hemocultivos positivos Nuevos métodos diagnósticos en infectología
6 $$/+++
Ninguno
> 300 patógenos diferentes
8-12 $$$/+++ 82%/86-90%
Genes de resistencia antimicrobiana
Patógenos detectados
Tiempo de respuesta, horas
Costo del equipo/reactivos
Sensibilidad/especificidada
La sensibilidad y especificidad varían dependiendo del patógeno de interés.
60-95%/74-99%a
Staph. aureus, SCoN, S. pneumoniae, S. spp. (S. pyogenes, S. agalactiae, S. mitis), Entero. faecium, Entero. faecalis, E. coli, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Proteus mirabilis, Enterobacter cloacae, Enterobacter aerogenes, Serratia marcescens, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia, C. albicans, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. glabrata, C. krusei, Aspergillus fumigatus
vanA, VanB, mecA
RCP multiplex en tiempo real
MagicPlex (SeeGene)
ND/ND
$$$$/++
8-12
ND/ND
ND
3-4
Ensayo separado dedicado a hongos
73 Gram positivos (30 Staph. spp., 40 S. spp., 3 Entero. spp.), Pseudomonas aeruginosa, Múltiples patógenos y bioagentes, Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas incluyendo Yersinia pestis y maltofilia, Serratia marcescens, Bacteroides Bacillus anthracis. fragilis, Salmonella typhi, Klebsiella oxytoca, Proteus mirabilis, E. coli, Enterobacter cloacae, Enterobacter aerogenes, C. albicans, Ensayo separado dedicado a virus C. tropicalis, C. parapsilosis, C. glabrata, C. o levaduras/hongos krusei, Aspergillus fumigatus.
mecA, vanA, vanB, vanC, blaKPC
RCP multiplex detectada por espectrometría de masas
PLEX-ID (Abbott)
$: < 35.000 dólares; $$: < 75.000 dólares; $$$: < 200.000 dólares; $$$$: > 200.000 dólares; +: < 10 dólares; ++: 10-50 dólares; +++: > 50 dólares.
RCP: reacción en cadena de polimerasa; Staph.: Staphylococcus; Entero.: enterococcus; C.: cándida; S.: Streptococcus; E.: Escherichia; SCoN: estafilococo coagulasa negativo; ND: no disponible.
a
RCP multiplex en tiempo real
Técnica mecA
LightCycler SeptiFast (Roche)
SeptiTest (Molzym)
Tecnología (desarrollador) RCP de amplio rango. Identificación por secuenciamiento
Característica
Anexo 3. Tabla 3. Técnicas moleculares actuales para la detección de infección del torrente sanguíneo partiendo directamente de muestras de sangre
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examen consultado
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1. Indique el paciente con un mayor riesgo de desarrollar una infección por gérmenes Gram negativos multirresistentes:
A. aquel con infección adquirida en la comunidad B. aquel con infección adquirida en el ambiente hospitalario, quien ha estado expuesto a terapia antimicótica prolongada con fluconazol C. aquel con infección adquirida en el ambiente hospitalario, quien ha estado expuesto a un curso corto de antibioticoterapia con ampicilina endovenosa D. aquel con infección adquirida en el ambiente hospitalario, quien ha estado expuesto a terapia antibiótica prolongada con cefepime E. aquel con un esquema de vacunación incompleto, quien ingresa con signos de infección diseminada
2. La principal causa de episodios de fiebre sin foco en niños es:
A. infecciones bacterianas sistémicas B. infecciones bacterianas del tracto urinario C. infecciones virales del tracto respiratorio superior D. inmunodeficiencias primarias E. idiopática
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examen consultado
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3. Señale la opción correcta:
A. la diferenciación clínica entre infecciones bacterianas e infecciones virales es fácil de realizar B. la diferenciación entre infecciones bacterianas y virales es fácil de efectuar con métodos paraclínicos estándares (hemograma con diferencial, proteína C reactiva, velocidad de sedimentación, radiografías) C. la inhabilidad para distinguir infecciones bacterianas de infecciones virales es una de las causas de las infecciones por gérmenes resistentes, al estimular la prescripción innecesaria de antibióticos D. la identificación rápida de infecciones virales permite controlar la transmisión nosocomial de bacterias multirresistentes E. mediante la reacción en cadena de la polimerasa (RCP), se pueden detectar infecciones virales, al amplificar copias de una pieza de ADN mediante su exposición constante a una temperatura de 65 grados
4. La mayoría de las nuevas tecnologías para el diagnóstico de patógenos respiratorios se basan en:
A. inmunofluorescencia indirecta B. detección de anticuerpos fluorescentes directamente en secreciones respiratorias C. cultivo viral D. reacción en cadena de polimerasa E. detección de inmunoglobulinas en sangre
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examen consultado
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5. El estándar de oro actual para la detección de infecciones del torrente sanguíneo es:
A. hemocultivos B. detección de ácidos nucleicos directamente de muestras de sangre C. detección de ácidos nucleicos partiendo de colonias obtenidas de hemocultivos positivos D. detección de antígenos en sangre por métodos moleculares E. Maldi-TOF
6. Los pasos para la detección de ácidos nucleicos en muestras de sangre incluyen los siguientes, excepto:
A. crecimiento de la bacteria en medio sólido B. lisis del patógeno C. extracción y purificación de ácidos nucleicos D. amplificación del ácido nucleico E. métodos de identificación
7. Señale la respuesta correcta respecto al Maldi-TOF:
A. se basa en RCP B. detecta múltiples genes de resistencia C. sirve para detectar virus o bacterias D. se utiliza en colonias que crecen a partir de hemocultivos positivos y tiene un rápido tiempo de respuesta E. tiene una baja especificidad comparado con los hemocultivos
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