Sumários de Pesquisa
Os coeficientes Kappa são relatados e interpretados da seguinte forma: valores > 0,8 sugerem excelente concordância; 0,6 a 0,79 sugere acordo substancial; de 0,4 a 0,59 é acordo justo e < 0,4 indica pobre ou nenhum acordo.
PCR
Resultados Cultura direta vs. PCR Duas das sete granjas de terminação, Plantel D e Plantel G, foram negativas para todas as amostras submetidas aos meios de cultura tradicionais e aos ensaios de PCR para B. hyodysenteriae. Nenhuma das amostras submetidas foi positiva para B. hampsonii ou B. suanatina na cultura ou no PCR. O estado clínico dos rebanhos utilizados neste estudo está apresentado na Tabela 1. Tabela 1. Resumo do estado clínico por plantel
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tipos de amostras para serem negativos, tanto na cultura quanto no PCR, enquanto as amostras fecais na forma de pool são mais propensas a serem positivas para a cultura.
Plantel
Estado clínico
A
Doença ativa
B
Doença ativa
C
Doença ativa
D
Doença subclínica
E
Doença ativa
F
Doença ativa
G
Negativo
Os valores médios de PCR nox Ct, resumidos na Figura 1, foram menores no pool de amostras fecais (média: 35,60 ± 4,96) quando comparados aos fluidos orais (média: 37,53 ± 3,01) e aos swabs ambientais (média: 36,20 ± 3,97). A diferença entre o pool de fezes e os fluidos orais foi estatisticamente significativa (P = 0,02). Nenhuma significância estatística foi detectada entre os valores médios de Ct de fluidos orais e swabs ambientais (P = 0,13) ou pool de fezes e swabs ambientais (P = 0,66). Da mesma forma, as pontuações de tlyA Ct resumidas na Figura 2. mostram que os fluidos orais tiveram a pontuação média mais alta (média: 37,01 ± 3,35). As fezes em pool novamente foram significativamente menores (média: 35,16 ± 5,35) em comparação com os fluidos orais (P = 0,04). O valor médio de Ct dos swabs ambientais (média: 35,63 ± 4,35) foi quase o mesmo que o do pool de fezes (P = 0,81). Especificidade diagnóstica e sensibilidade
Uma tabela composta de todos os tipos de amostras, com cultura direta e resultados de PCR, está resumida na Tabela 2. A probabilidade de se obter um resultado positivo em ambos os testes é significativamente mais provável do que um resultado positivo na cultura e negativo no PCR (P < 0,01). A análise do grau de concordância mostrou concordância substancial entre a cultura direta e o PCR, em todos os tipos de amostras (coeficiente Kappa = 0,76), e os resultados dos pools de fezes mostraram excelente concordância (coeficiente Kappa = 0,83). Os resultados das amostras coletadas no ambiente apresentaram um coeficiente menor, mas com excelente concordância entre cultura e PCR (coeficiente Kappa = 0,80). Os fluidos orais, porém, apresentaram apenas concordância justa entre cultura e PCR (coeficiente Kapa = 0,50). A frequência de detecção por cultura seletiva ou PCR por tipo de amostra foi significativamente diferente (P < 0,01 e P = 0,04, respectivamente). Os fluidos orais são mais suscetíveis do que outros
Uma baia foi considerada positiva quando qualquer tipo de amostra dessa baia foi positiva por qualquer doseamento, a fim de determinar a especificidade do diagnóstico e a sensibilidade do pool de fezes, fluido oral e cultura ambiental, mais a prova do PCR para determinar o status da baia, conforme relatado na Tabela 3. Os testes utilizados neste estudo são ensaios de rotina no VDL/ISU e foram considerados 100% específicos na detecção de positivos. Quando comparada à cultura fecal, a prova do PCR fecal foi a mais sensível (92,11% e 76,32%, respectivamente). O PCR fecal teve o segundo maior valor preditivo de um resultado de teste negativo dos três tipos de amostras compostas testadas (78,05%) quando comparado com a cultura fecal (91,43%). A cultura do fluido oral foi o teste diagnóstico menos sensível nessa comparação (23,68%). A cultura ambiental e o PCR foram similarmente sensíveis (52,63% e 63,16%, respectivamente). O valor preditivo de um resultado de teste negativo foi menor para fluidos orais e swabs ambientais do que para cultura fecal e PCR.
Tabela 2. Resumo dos resultados comparando cultura vs. PCR nos tipos de amostras. Tipos de Amostra
Suínos&Cia | nº 60/2018
Fezes (pool)
Ambiente
Fluidos orais
Total
Cultura de B. hyodysenteriae
Pos.
Neg.
Pos.
Neg.
Pos.
Neg.
Pos.
Neg.
B. hyodysenteriae
29
0
19
5
7
8
55
13
PCR
6
35
1
45
2
53
9
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