Afdeling Medische Microbiologie zet binnen een week de PCR op, gevalideerd en draaiende

Afdeling Medische Microbiologie “Binnen een week de PCR opgezet, gevalideerd en draaiende!”

Medische Microbiologie werkt als specialisme veel achter de schermen. De afdeling verwerkt en analyseert alles wat met infectieziekten te maken heeft en is tevens verantwoordelijk voor infectiepreventie in het ziekenhuis. Van groot belang dus, maar de afdeling is er als vanzelfsprekend en valt niet zo op. Dat wil zeggen… tot de uitbraak van COVID-19.

“Dat zette alles inderdaad op zijn kop ” , erkennen Carla van Tienen (arts-microbioloog) en Pieter Smit (medisch moleculair microbioloog) glimlachend. “Met name de eerste periode was ongelooflijk hectisch. ” Reeds bij de eerste signalen zagen ze de ernst van de situatie in. Pieter brak zelfs direct zijn vakantie in IJsland af. “Binnen een week hadden we de PCR opgezet, gevalideerd en draaiende, een prestatie van formaat. Zo kon het Maasstad Ziekenhuis de testen direct aan het begin van de uitbraak uitvoeren. Onze afdeling had toevallig net een nieuwe robot op proef die geschikt was om deze PCR-testen uit te voeren met een snelle doorlooptijd van 80 minuten, toen de snelste in Nederland. Het nationaal beleid was nog dat alleen bij het RIVM en het Erasmus werd getest, maar dat was niet lang houdbaar. Wij kregen vanuit het hele land aanvragen en moesten enorm opschalen. Dat vergde optimale inzet van alle medewerkers: we draaiden dagen van 8 uur ’ s morgens tot 11 uur ’ s avonds, zeven dagen per week. ”

Inzet op voldoende capaciteit

Carla vult Pieter aan: “We hebben met man en macht gewerkt om het laboratorium zo in te richten en uit te breiden dat er voldoende capaciteit was voor de PCR-testen voor zowel de eigen patiënten en medewerkers als voor de vraag uit het land. Het was een spannende periode: op dat moment wist niemand hoe het zou gaan. Er werden investeringen gedaan vanuit veel onzekerheden. ” Beiden prijzen de loyale medewerking daarin van de raad van bestuur en het stafbestuur. “Het ging om grote uitgaven, waarmee in geen enkele begroting rekening was gehouden. Het was uitzondering op uitzondering op uitzondering ” , vat Pieter treffend samen. “Ondanks alle onzekerheden heeft de raad van bestuur onze aanvragen steeds snel gehonoreerd. ”

Niet óf, maar wanneer

Vanuit de virologie, bacteriologie en microbiologie kwamen al jaren waarschuwingen voor een uitbraak: niet óf, maar wannéér. Carla: “In theorie lag een wereldwijde epidemie in de lijn der verwachtingen, maar in de praktijk ging de omvang en het dramatische effect ons voorstellingsvermogen ver te boven. ” Hoe ingrijpend ook, de COVID-pandemie is voor de microbiologen ook razend interessant. “Met de stroom aan informatie kun je bijna real-time volgen hoe het virus zich ontwikkelt. En nooit eerder zijn er in zo ’ n hoog tempo vaccins ontwikkeld. ”

Afdeling Microbiologie

Microbiologie houdt zich bezig met de medisch microbiologische laboratoriumdiagnostiek bij diverse aandoeningen. Het laboratorium gebruikt hiervoor een scala aan technieken, waaronder het kweken van micro-organismen (bacteriën, schimmels, mycobacteriën, virussen), antistofbepalingen, microscopische technieken, parasietenonderzoek en onderzoek met behulp van PCR-techniek. Ze voorziet het ziekenhuis van diagnostiek en therapieadviezen over infectieziekten. Een andere belangrijke taak is de infectiepreventie in het ziekenhuis, ter voorkoming en bestrijding van (ziekenhuis)infecties en verspreiding van resistente bacteriën. Ook heeft de afdeling een taak in de openbare gezondheidszorg in samenwerking met de GGD.

Moleculaire diagnostiek unit

De PCR-techniek (het detecteren van DNA of RNA via amplificatie), of beter gezegd de moleculaire diagnostiek (bijvoorbeeld ook sequencing) is enorm in ontwikkeling en wordt ook in het Maasstad Ziekenhuis breder ingezet dan alleen voor microbiologie. Voor dat doel is een Moleculaire Diagnostiek unit (MDu) opgezet die eveneens testen op het gebied van hematologie en farmacogenetica uitvoert.

Pieter Smit en Carla van Tienen

Wetenschapsvoucher

De afdeling Microbiologie doet momenteel onderzoek naar de overdracht van nieuwe mutaties in het ziekenhuis. Pieter: “We brengen het genoom van het coronavirus in kaart en vergelijken dat met elkaar, zodat je aan de hand van de verschillen tussen de stammen kunt vaststellen of er al of niet sprake is van verspreiding in het ziekenhuis en of er sprake is van één of meerdere introducties. Daartoe hebben we het SARS-CoV-2 virus gevonden bij 200 medewerkers uit het ziekenhuis in kaart kunnen brengen via sequencen. De informatie is van belang om een veilige werkomgeving te kunnen behouden. Voor dit onderzoek hebben we een wetenschapsvoucher gewonnen. ”

Op adem komen

Hoewel het testlandschap nog steeds aan verandering onderhevig is, is de situatie nu redelijk stabiel. De computersoftware is aangepast, veilige verbindingen tot stand gebracht, de contacten met de GGD-teststraat verlopen soepel, en er is geen materiaaltekort meer, zoals eerder met bijvoorbeeld pipetpuntjes. Carla en Pieter zijn het met elkaar eens: “Het was een bijzondere periode, maar het is fijn dat inmiddels niet alles meer draait om corona en er weer ruimte is voor de andere werkzaamheden. ”

Lopende onderzoeken

De afdeling Microbiologie van het Maasstad Ziekenhuis werkt momenteel aan de volgende onderzoeken: • Acanthamoeba keratitis: een zeldzame, maar zeer ernstige infectie van het hoornvlies. Samen met het Oogziekenhuis en drie uMC’ s wordt gekeken naar de beste wijze van diagnosticeren. • Mycoplasma genitalium: hoe is de infectieverloop van deze soa van wel/niet behandelen in combinatie met antibioticagebruik? • Onderzoeken naar (aspecten van) COVID-19. • Onderzoek naar de verspreiding van bacteriële antibiotica resistentie middels plasmiden. • Onderzoek naar de effectiviteit van diverse infectiepreventiemaatregelen.