Page 1

Biologie Olympiade Junior 2008 Non-traditional views on inuenza virus evolution

Studiereis Biologie

Gorlaeus voor een weekje vervangen door Tokyo


Redactioneel

Inhoud

Van de vos en de egel

Nieuws

3

Volgens Frits Bolkestein zijn er twee manieren om te studeren. Je kan studeren als een vos, of als een egel. De vos ‘rent op alles af wat zijn eetlust prikkelt’, hij pakt veel onderwerpen in zijn studie aan en leert van alles een beetje. Bolkestein zelf was een vos. Hij studeerde wis- en natuurkunde in de Verenigde Staten, logica bij Beth, wijsbegeerte bij Oldewelt, theologie bij Mönnich en Grieks bij Kamerbeek en Meerwaldt. Dit in tegenstelling tot de egel, die één onderwerp diepgaand en rustig bestudeert, totdat hij zijn heer en meester is. In zijn toespraak Studeren als egel of als vos? tijdens de academische jaaropening van de UvA in 2000, adviseerde Bolkestein de studenten te studeren als een egel. Bekwaam je in één discipline, was zijn boodschap. Wees grondig en geduldig. Dat Bolkestein dat niet had gedaan, kwam hem later als politicus goed van pas. Desavoueert dat niet zijn eigen stelling? Nee. Niet elke student hoeft fractievoorzitter te worden. ‘Dat zou zelfs zeer ongewenst zijn.’

Chemical reactions with hydrogen

4

Buitenlandstage Aafke Oldenbeuving

8

Jörn Venderbos

Colofon , jaargang 3, nummer 4, juli 2008 Oplage:

6.200

Redactieadres: Origin Magazine Einsteinweg 55 2333 CC Leiden info@originmagazine.nl www.originmagazine.nl Redactie:

2

Hoofdredactie: Gert Jan van Helden Eindredactie: Jörn Venderbos, Johan Detollenaere

Origin - Universiteit Leiden

Human flu from the cuckoo’s nest

12

Biologie Olympiade Junior

16

Studievereniging LIFE

18

Studiereis Biologie

20

Leiden Classical en Classical Builder

22

CDL naar Boedapest en Wenen

24

Buitenlandse excursie L.P.S.V. Aesculapius

30

Agenda

31

4

12

20

30

Aan Origin werkten mee: Ana Lee, Geert-Jan Kroes, Hans Slabbekoorn, Aafke Oldenbeuving, Chi Ting Fung, Alexander Gultyaev, Annemarie Meijer, Tonny Regensburg, Robin Kemperman, Paula van Kranenburg, Pieter van Boheemen, Luke Bergwerff, Thijs Groenewegen en Hugo Meiland. Drukkerij:

Drukkerij Groen, Leiden

Opmaak:

teambart

Origin en al haar inhoud © Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen, Universiteit Leiden. Alle rechten voorbehouden.


Nieuws Tinbergenlezing De Tinbergenlezing 2008 vond plaats op zaterdag 24 mei en werd dit jaar uitgesproken door professor Neil Shubin. Naar aanleiding van de presentatie van zijn boek ‘De vis in ons’ (‘Your inner fish’) was hij in Nederland. De lezing van professor Shubin werd voorafgegaan door een boeiende schets van het wetenschappelijke leven van Eugene Dubois door professor Bert Theunissen. Shubin is verbonden aan de University of Chicago en aan het Field Museum in Chicago. Hij deed in zijn lezing, zowel als in zijn boek, verslag van de vondst van Tiktaalik, een fossiel dat zowel vis-eigenschappen als amfibische eigenschappen heeft. Het vormt daarmee een soort missing link tussen leven in water en leven op land, al gebruikt Shubin de term ‘missing link’ liever niet.

Prof. Ewine van Dishoeck benoemd tot erelid American Academy of Arts and Sciences

Afgelopen maand heeft de American Academy of Arts & Sciences de lijst bekend gemaakt met nieuwe leden en buitenlandse ereleden. Een van de 22 ‘Foreign Honorary Members’ dit jaar is de Leidse astronome, Prof. Dr. Ewine van Dishoeck, hoogleraar astrochemie en Spinoza prijs winnares. De American Academy of Arts and Sciences is een van de meest prestigieuze gezelschappen op het gebied van de wetenschappen in de USA. “The Academy honors excellence by electing to membership remarkable men and women who have made preeminent contributions to their fields, and to the world” aldus Academy President Emilio Bizzi.

NWO-subsidie voor nieuwe elektronenmicroscoop De lezingen zijn te bekijken op www.tinbergenlezing.nl

Een onderzoeksteam onder leiding van prof.dr. Jan van Ruitenbeek heeft een subsidie ontvangen voor een nieuw te ontwikkelen microscoop, onder de naam ESCHER (Electronic, Structural and CHEmical nanoimaging in Real-time). De subsidie van ruim 2,3 miljoen is één van de negen die is toegekend binnen het programma ‘Investeringen NWO-groot’. De elektronenmicroscoop is ontwikkeld door Ruud Tromp, onderzoeker bij IBM en deeltijd hoogleraar aan de Universiteit Leiden.

Nieuws Origin - Universiteit Leiden

3


Chemical reactions with hydrogen:

a playground for the theoretical chemist Reactions of hydrogen are relevant to several important areas of chemistry. Examples are heterogeneous catalysis, a process used in the manufacturing of the majority of chemicals, and the production and storage of energy carriers. As will be demonstrated below, theorists can now successfully model a range of chemical reactions relevant to such applications, in spite of complications introduced by the quantum nature of the motion of hydrogen.

DOOR GEERT-JAN KROES, THEORETICAL CHEMISTRY, LEIDEN INSTITUTE OF CHEMISTRY, LEIDEN UNIVERSITY. EMAIL: G.J.KROES@CHEM. LEIDENUNIV.NL

In atompercentage, hydrogen is the third most abundant element on earth, and the single most important element in our universe. It is therefore not surprising that reactions involving hydrogen are of tremendous importance to many applications. Examples include reactions of molecules catalysed by surfaces, in a process called heterogeneous catalysis. Such reactions are important because the production of most manmade chemicals involves heterogeneous catalysis at some point or another. One of the achievements for which the Nobel Price in Chemistry 2007 was awarded to G. Ertl was the unravelling of the mechanism of the Haber-Bosch process, by which ammonia is produced, in elementary chemical reactions of nitrogen and hydrogen atoms. Another important molecule-surface reaction is the so-called steamreforming reaction of methane with water, which is the currently commercial process for making hydrogen. This immediately brings us to another potentially important application of hydrogen: hydrogen can also be used as a clean (carbonfree) energy carrier, as envisioned in the concept of the “hydrogen economy”, where hydrogen is used as the singlemost important fuel in the transportation sector. However, to bring about the hydrogen economy, efficient processes are needed to make it and to store it in automobiles in such a way that the fuel

4

Origin - Universiteit Leiden

does not take up too much volume, and the tank is not too heavy. These problems pose major challenges to chemists. A complication with modelling reactions of hydrogen arises from its low atomic mass. As a result, its so-called de Broglie wavelength, which in quantum mechanics can be used as a measure for the uncertainty in the position of the hydrogen atom, is large. This means that in order to treat the dynamics of reactions involving hydrogen, that is, in the description of how the reacting atoms move in order to combine into products, in principle one has to use quantum mechanics. The goal of the theoretical chemistry group in Leiden is to predict the outcome of chemical reactions involving hydrogen, and quantum dynamics (methods to describe nuclear motion quantum mechanically) forms an essential tool in our toolbox. In this article, I will describe three applications of theoretical chemistry to reactions involving hydrogen. In the fi rst application we have formulated an answer to the following question: can the so-called Born-Oppenheimer approximation be used to accurately model the dissociation of hydrogen molecules into atoms bound to the surface (dissociative chemisorption), if the surface is a metal surface? The second question we recently answered is whether illumination of a TiO2 surface with light provides enough “overpotential” to “photo-oxidise” water and make oxygen and protons, a crucial reaction in the process of making hydrogen from water and sunlight in a process called photo-electrolysis. The third question we recently addressed is how one can explain that metals like Ti and Sc are good catalysts for promoting hydrogen uptake in and release from the hydrogen storage material NaAlH4.


To compute reaction probabilities for a chemical reaction using quantum mechanics, theoretical chemists typically adopt a divide-and-conquer approach, which may be labeled as the “Born-Oppenheimer approximation”. They fi rst solve the so-called Schrödinger equation for the motion of the electrons, for a large range of positions of the atomic nuclei which are kept fi xed in these calculations. This provides the so-called potential energy surface (PES), which defi nes the forces between the reacting atoms. This “force field” can then be used to solve the equations of motion of the reacting atoms, thereby obtaining reaction probabilities. However, this approach becomes questionable and has to be tested if the electronic energies of different electronic states differ only little for atomic configurations that are important to the reaction. The latter is the case for reactions involving metal surfaces, because in metal surfaces the electrons with the highest energy only partially fi ll the highest energy band of the metal. As a result, if a molecule approaches a surface so-called electron-hole pair excitations can occur with very small associated energy uptakes, in a friction-like process. How can one test if non-Born-Oppenheimer events like electron-hole pair excitation, a friction phenomenon, have an important effect on a simple reaction like dissociative chemisorption of H2 on a metal surface? One way is to check whether a treatment employing a single PES can give accurate results for both reaction, possibly affected by friction on the way to the barrier, and scattering of the molecule back to the gas phase without reaction, which can also be affected by friction on the way back. The reasoning is as follows: if friction is important, it is extremely unlikely that a “frictionless approach” like the BornOppenheimer approximation would yield an accurate description of both reaction and scattering, because friction affects these processes in fundamentally different ways. We have recently shown that the BornOppenheimer approximation gives quite accurate results for reaction of hydrogen on metal surfaces. Calculations on H2 + Pt(111) performed using this approximation gave accurate results for both reaction (Fig.1) and diffractive scattering (Fig.2), a process in which the velocity of the molecule parallel to the surface changes in a quantised way, with the “diffractive transitions” labeled by two quantum numbers. Our conclusion achieved for the Pt-surface could be

Figure 1. Theoretical reaction probabilities are compared to experimental results (squares) for H2 + Pt(111), for normal and off-normal incidence with parallel translational incidence energy (Epar) as indicated. The results are shown as a function of incident energy.

Figure 2. (Color) Experimentally measured diffraction probabilities (symbols) compared with computed results (curves) for scattering in which the velocity of the molecules parallel to the surface is not changed (black), and for several in-plane and out-of-plane diffractive scattering transitions, for which the quantised changes in the velocities parallel to the surface are labelled by the two diffraction quantum numbers n and m for the probability P(n,m) (color). Probabilities for symmetry equivalent transitions were summed. Results are given −

for two incidence directions, i.e., the so-called [112] and the [101] directions.

€ because we € could show generalised to metal surfaces that the reasons that the Born-Oppenheimer approximation is obeyed are generic: This approximation accurately describes reaction of H2 on metal surfaces

Origin - Universiteit Leiden

5


because the “reaction path” does not involve a deep molecular chemisorption well in front of the barrier, and because H2 has a low affi nity for electrons. In principle, hydrogen can be made from water and sunlight through a process called photo-electrolysis. In photo-electrolysis, instead of electrolysing water by imposing an electronic voltage over two electrodes as in electrolysis, the potential bias is imposed by illuminating one of the electrodes with light. For instance, an electrode which is made of an oxidic semi-conductor, such as TiO2, can be illuminated with light, which imposes a positive voltage on this electrode. This electrode can then be used to evolve oxygen from water, also producing protons. Hydrogen can then be made at the cathode through the reaction of the protons produced with the electrons released from the cathode. We have recently adapted a method developed for modelling electrolysis by J.K. Nørskov and coworkers at the Technical University of Denmark to the study of photo-electrolysis. Essentially, the method works as follows. First one determines what the surface of TiO2 (more precisely, the (110) surface) looks like at the voltage imposed by illumination, which is known experimentally to be 3.25 eV. Calculations show that at this voltage the Ti-atoms in the surface are covered by oxygen atoms (denoted as O*), which act as reaction sites. The O2 evolution reaction involves four elementary one-electron transfer reactions per O2 molecule produced. First, a H2O molecule reacts with O* leading to an adsorbed OOH molecule and the release of a proton. Next, an O2 molecule is formed and an additional proton released, leaving an uncovered surface Ti-ion. This ion reacts with a H2O molecule leading to an adsorbed OH* group and the release of an additional proton. Finally, the OH* releases an additional proton, and the original situation (an adsorbed O* group) is recovered. In the method of Nørskov and coworkers, the free energy change associated with each one electron transfer step is calculated as a function of the imposed voltage and pH, using density functional theory (DFT). We have performed the calculation for TiO2, and the results are shown in Fig.3. According to the model of Nørskov, the reaction will proceed if every elementary one-electron transfer step is down-hill

6

Origin - Universiteit Leiden

Figure 3. (Color) The free energies of the reaction intermediates for photo-oxidation of water on TiO2(110) are shown for 4 different values of the potential imposed on the TiO2 anode, for pH=0 and 14.

in free energy. As can be seen in Fig.3, at pH=0 this is not the case for an imposed voltage of 0 V, and it is also not yet the case at 1.23 V, at which electrolysis of water becomes possible thermodynamically. However, at a voltage of 2.01 V (which represents an overpotential of 2.01 – 1.23 = 0.78 V) the reaction becomes possible. According to experimentalists, illumination of TiO2 with light provides an intrinsic overpotential of 0.9-1.1 V, and our calculations show that, according to the model, at this overpotential the oxidation of water can proceed. This is in agreement with experimental fi ndings that in photo-oxidation of water on TiO2 the photo-oxidation of water does not need external assistance. Sodium alanate (NaAlH4) is a potential hydrogen storage material from which hydrogen can, in principle, be released after which it can be taken up again with a weight percentage of 5.5 wt%, above the International Energy Agency criterion of 5 wt%. About ten years ago it was discovered that the rate at which hydrogen can be released and taken up again can be enormously enhanced by adding Ti as a catalyst, and later it was found that the metals Sc and Zr are likewise effective for this. However, traditional hydrogenation catalysts (catalysts for adding hydrogen to other molecules) like Pd and Pt were found to function very poorly for promoting hydrogen uptake in and release from NaAlH4. We have performed calculations with DFT aimed at determining why metals like Ti and Sc work well for NaAlH4, while


traditional hydrogenation catalysts like Pd and Pt perform poorly. Our calculations show that the solution to this problem may lie in how the TM (transition metal) atoms interact with the NaAlH4 surface. As Figure 4 shows, in the energetically most favorable absorption site for Ti, the Ti atom is exchanged with a Na ion of the NaAlH4, and this Na-atom is subsequently pushed out of the sodium alanate, onto the surface. This means that the absorption of the Ti leads to the onset of mass transport or separation between the (heavy) Na and Al ions, which is required for the solid state chemical reaction,

Figure 4. (Color) The most stable absorption site in the surface region of the (001) surface of NaAlH4 is shown, for Ti (a) and Pd (b). The TM atom is shown in red, Na atoms in green, and Al atoms in blue, while we have omitted the H-atoms for clarity.

3 NaAlH4 (s) –› Na 3AlH6 (s) + 2 Al(s) + 3 H2 (g) by which H2 is released, to proceed. In contrast, in the energetically preferred absorption sites of Pd (Fig.4) and Pt, the TM atom just occupies an interstitial site in the surface region, without pushing a Na ion out, and without promoting mass separation between Na and Al. This may explain why TM atoms like Ti, Sc, and Zr effectively promote hydrogen release from and uptake in NaAlH4, why traditional hydrogenation catalysts like Pt and Pd perform poorly.

Acknowledgements. The research reported in this article was performed in collaboration with Roar Olsen, Ernst Pijper, Alvaro Valdés, Zheng-wang Qu, Ali Marashdeh, and Jan-Willem Versluis of Leiden University, and with Daniel Farías, Evert-Jan Baerends, Jan Rossmeisl, Jens Nørskov, Ole Martin Løvvik, Pablo Nieto, Daniel Barredo, and Guillaume Laurent.

In this article, I have shown that theoretical chemists can already successfully address several chemical reactions involving hydrogen. However, many challenges remain. The method currently used for computing PESs for molecule-metal surface reactions (DFT) is notoriously inaccurate: mean unsigned errors in reaction barrier heights for gas phase reactions are of the order of 6 kcal/mole, where 1 kcal /mole (chemical accuracy) is desired. Many molecule-surface reactions are in fact thought (or known) not to be well described with the Born-Oppenheimer approximation, and so far only qualitative theoretical descriptions are available for such reactions if intermediate ionic states of the reacting molecule are involved in the reaction, as for dissociative chemisorption of O2. In this paper, we have only shown “static” (no dynamical) calculations on problems related to production and storage of hydrogen. The next goal is to compute reaction rates for the reaction steps involved, and this has not yet been done. In short, there remains a lot of theoretical research to be done, with many challenges to be met.

Origin - Universiteit Leiden

7


Voor mijn MSc thesis vertrok ik naar de tropen, naar het Smithsonian Tropical Research Institute in Panama. Prof. Dr. Jacques van Alpen (dierenecologie) bracht mij in contact met Dr. Allen Herre van het Smithsonian Tropical Research Institute in Panama. Bij hem kon ik een MSc thesis doen, over hoe vijgenbomen hun bestuivers, de vijgenwespen, aantrekken.

Over mijn stage in het buitenland… SCHRIJVER; AAFKE OLDENBEUVING, S0202231

Ik had verschillende redenen waarom ik in het buitenland onderzoek wilde doen. De belangrijkste was simpel; ik was nog nooit in de tropen geweest. Nu, wilde ik na vier jaar biologie studeren zelf wel eens zien hoe het tropisch regenwoud en zijn biodiversiteit er van dichtbij uitzagen. Ook leek me naar het buitenland gaan dé manier om uit te vinden of ik verder wilde in de wetenschap. Nu, acht maanden later nadert mijn verblijf zijn eind. Geen haar op mijn hoofd heeft spijt te zijn vertrokken.

8

Origin - Universiteit Leiden

Het instituut Het Smithsonian Tropical Research Institute (STRI) is misschien wel de meest vooraanstaande instelling voor tropische biologie van de wereld. Het is onderdeel van de bekende Smithsonian Institutions in de Verenigde Staten, een Amerikaanse overheidsinstelling dus. Het is niet geheel toevallig dat STRI in Panama zit, want het instituut stamt uit het begin van de tijd dat de Verenigde Staten de baas waren over het Panamakanaal. STRI is een kruispunt voor tropisch ecologen en evolutiebiologen. In het instituut werken 36 ‘staff scientists’; wetenschappers die permanent in Panama zijn gevestigd, en tientallen zogenaamde ‘fellows’; mensen die een 1- , 2- of 3-jarige post-doc doen. Daarbij zijn er per jaar zo’n 900 wetenschappers en studenten (zoals ik) die het instituut voor kortere of langere tijd bezoeken. Ik heb hier mensen uit de hele wereld ontmoet. Mensen die in STRI werken doen dat aan veel verschillende onderwerpen op verschillende plekken in Panama. Er zijn veldstations in het tropisch regenwoud en aan de kust (mariene biologie). Er zijn onderzoeksschepen aan beide kanten van Panama (in Caribische zee en in de Grote oceaan), er is een moleculair laboratorium en een centrum voor paleobiologie. Ik ervaar de structuur en de wetenschappers hier als erg open. Als je met een probleem zit is bijna altijd wel iemand die jou kan en wil helpen. Er worden zeer


regelmatig seminars gegeven, en achteraf is het altijd mogelijk om eventjes te kletsen met de spreker. Voor mij is hier de perfecte plek om heel veel mensen te ontmoeten en leren over wat er allemaal gebeurt in de wondere wereld van de ecologie en evolutie-biologie.

Dr. Allen Herre Voor mijn MSc thesis werk ik met ‘staff scientist’ Dr. Allen Herre en doe ik onderzoek aan vijgenbomen. Dr. Herre is evolutiebioloog en werkt al bijna dertig jaar in STRI. Hij komt oorspronkelijk uit de Verenigde Staten, net zoals de meeste wetenschappers hier. Zijn lab werkt aan twee belangrijke mutualismen; het mutualisme van de vijgenbomen en hun bestuivers de vijgenwespen, en het mutualisme van endofieten en planten. Hij werkt veel samen met mensen uit het buitenland en die zijn dan ook regelmatig in het laboratorium op bezoek. Verder zijn er drie assistenten die in Panama wonen en voor hem werken. Het meeste veldwerk vind plaats in één van de veldstations van STRI; namelijk op Isla Barro Colorado. Dit is een eiland bedekt met tropisch bos in het Gatunmeer, een onderdeel van het Panamakanaal. Moleculaire analyses worden gedaan in STRI laboratoria in Panama City of zelfs in labs in de VS of Europa.

Vijgen Vijgenbomen (Ficus spp.) en hun gespecialiseerde bestuivers, de vijgenwespen (familie Agaonidae) vormen het schoolboekvoorbeeld van een mutualisme.

Alle Ficus soorten onderscheiden zich door hun bijzondere bloeiwijze; een syconium met vele kleine bloemetjes aan de binnenkant. Wanneer een vijgenboom receptief is opent het syconium zich en kunnen de bestuivers naar binnen door een smalle opening; de ostiole. De vijgenwespen gaan het syconium binnen, bestuiven de minuscule bloemen en leggen hun eitjes in een gedeelte van de bloemen die ze bestuiven. Daarna ontwikkelen de vijgenwespen en de zaden zich. Als na een paar weken de wespen uitkomen, produceert het syconium pollen. De vijgenwespen

Origin - Universiteit Leiden

9


paren onderling en terwijl ze het syconium verlaten verzamelen ze pollen. Alleen de vrouwtjes verlaten de vijgen en gaan gepaard en bedekt met pollen op zoek naar de volgende receptieve vijgenboom. Mannetjes blijven achter in de vijg die rijpt en wordt opgegeten door zaadverspreiders zoals vleermuizen, vogels en apen. Het genus Ficus is een pantropische soort met maarliefst 750 soorten. Iedere soort heeft een andere soort vijgenwesp als bestuiver. Lang werd aangenomen dat één-op-één relatie van bomen en wespen zeer strict was (d.w.z. dat iedere wespensoort gespecialiseerd was op één vijgenboomsoort). De grote diversiteit van vijgenbomen en hun wespen zou door co-evolutie zijn ontstaan. Tot op zekere hoogte is dit ook correct, maar er is meer aan de hand. Recent fylogenetisch onderzoek heeft aangetoond een vijgenboomsoort meerdere bestuivers kun-

nen hebben, en ook dat verschillende boomsoorten bestoven kunnen worden door dezelfde wespensoort. Tevens blijken in de evolutionaire geschiedenis van de vijgenbomen ‘host shifts’ en hybridisatie voor te komen; dit kan gebeuren als een bestuiver een fout maakt. Vijgenbomen en hun bestuivers hebben een vergaande invloed gehad op elkaar’s evolutie, maar van strikte co-evolutie is dus geen sprake. In plaats van een genus met aparte soorten met gespecialiseerde bestuivers, vormen vijgenbomen en –wespen in sommige gevallen als het ware een complex van soorten. Evolutie van nieuwe soorten heeft in het genus Ficus op allerlei manieren plaatsgevonden. Door hun diversiteit, hun mutualisme met de bestuivers en hun bijzondere bloeiwijze is het genus Ficus bijzonder geschikt als modelorganisme in de evolutiebiologie. Allerlei aspecten van evolutie worden en zijn bestudeerd; soortsvorming, co-evolutie, de stabiliteit van mutualismen, evolutie van sex ratios en de evolutie van virulentie van parasieten zijn een paar voorbeelden. Het vraagstuk waar ik aan werk is; hoe trekken vijgenbomen hun wespen aan en waarom blijft een vijgenwesp gastheerspecifiek? Vooral dat laatste is in het licht van het recente moleculaire onderzoek erg interessant.

Mijn onderzoek Vijgenbomen trekken hun bestuivers aan met speciale geurstoffen die ze produceren wanneer de vrouwelijke bloemen receptief zijn. Het aantrekken van bestuivers is maatwerk in vijgenbomen; de vijgenwesp vindt altijd de juiste boomsoort en vindt deze altijd binnen één dag, want langer leven ze niet. Het feit dat vijgenwespen niet veel groter zijn dan een millimeter en dat ze soms meer dan 12 kilometer ver vijgenbomen bestuiven maakt dit proces nog indrukwekkender. Al met al hebben vijgenbomen effectieve bestuivers die de vijgenbomen genetisch divers houden. Het doel van mijn onderzoek is beter te begrijpen hoe vijgenwespen ‘weten’ dat een vijgenboom receptief is en hoe ze hun ‘eigen’ boomsoort kunnen onderscheiden van andere. Met andere woorden; welke chemische stoffen verantwoordelijk zijn voor het aantrekken van de bestuivers. Ik hoop dit te kunnen ontdekken door geurprofielen van de vijgenboom op

10

Origin - Universiteit Leiden


verschillende momenten van de voortplantingscyclus met elkaar te vergelijken en chemische stoffen te kunnen selecteren die alleen voorkomen vlak voor of tijdens de bestuiving. Dit doe ik voor verschillende soorten, zodat ik uiteindelijk kan zeggen welke stoffen voor verschillende soorten belangrijk zijn. Tenminste, dat hoop ik. Het is de bedoeling om deze stoffen in bioassays te gaan testen op levende wespen. Maar deze experimenten vallen buiten mijn MSc thesis. De techniek die ik gebruik om de geurstoffen te verzamelen is de zogenaamde ‘headspace adsorption method’. Het betekent dat ik alle lucht die om een tak hangt door een fi lter pomp. Dit fi lter bevat een polymeer dat kleine moleculen kan binden. In het kort; ik doe een plastic zak om een tak (met of zonder vijgen), pomp aan de ene kant lucht naar binnen, en door het fi lter de lucht weer naar buiten (zie foto). Het fi lter kan ik wassen met dichloromethaan (een oplosmiddel). Het residu bevat de stoffen uit de fi lter en daarmee kan ik het geurstofprofiel van de boom op dat moment bepalen. Met gaschromatografie en massaspectrometrie (GC-MS), een techniek om te bepalen hoeveel van welke chemische stof er aanwezig is in een vloeistof, analyseer mijn monsters in het lab.

Mijn toekomst Ik kan gerust zeggen dat deze stage mijn ideeën over mijn toekomst erg hebben veranderd. Door de geweldige tijd die ik hier heb, ben ik er inmiddels wel achter dat wetenschap toch wel iets voor mij is. Natuurlijk weet ik niet of ik ook echt professor kan worden, maar voorlopig wil ik dit nog wel even doen. Als ik terugkom in Nederland wil ik afstuderen en dan op zoek naar een PhD positie; het liefst ééntje met veldwerk in de tropen. Verder kan ik iedereen zeggen die erover denkt zijn thesis in het buitenland te doen: gaan! Met alle respect voor de universiteit en de biologieprofessoren: ik zou nooit zoveel hebben geleerd en vooral niet zoveel wetenschappers hebben ontmoet als ik in Leiden was gebleven. En dat is waarvan ik meest geniet hier.

Panama Ik ervaar Panama als geweldig land om te wonen en te werken. Ik heb voor het veldwerk 6 maanden op Barro Colorado Island gewoond (op het veldstation) en daardoor het tropische bos goed leren kennen. Het is één van de mooiste dingen die ik ooit heb gezien. Het is jammer dat er relatief veel grond is ontbost, maar er zijn in dit land nog veel mooie plekken te bezoeken. Ook verder is leven is hier goed. De Panamezen erg zijn aardig; het is makkelijk om vrienden te maken. Verder is het strand altijd dichtbij, ook niet onprettig. Echt maf om op zondagmorgen te bedenken: “Goh, laten we naar het strand gaan.” En dan ’s middags tussen het koraal te staan. Ook is het wel gek dat het in december nog steeds 30 graden C is. Verder heb ik zelfs nog wat Spaans kunnen leren en een klein beetje salsa. Helaas liggen in dat laatste niet mijn grootste talenten.

Origin - Universiteit Leiden

11


Human flu from the cuckoo’s nest:

Non-traditional views on The molecular mechanisms behind the pathogenic properties of different strains of influenza virus are usually sought in the amino acid sequences of their proteins. However, the protein amino acid sequences are not the only messages to be found in RNA molecules of the virus genome.

DR. ALEXANDER P. GULTYAEV, THEORETISCHE BIOLOGIE, IBL, UNIVERSITEIT LEIDEN

12

Almost all of us have experienced influenza disease (flu), and every year millions of people are infected by new influenza virus strains. There is a huge variation in the pathogenicity of the different strains, ranging from relatively mild symptoms caused by continuously circulating strains to the very high mortality during pandemics by for instance the infamous “Spanish flu” of 1918. Especially agressive strains are those that acquired some or all of their genes from viruses infecting other hosts, because in such cases the human immune response is not adequate. Although there is no clear picture of the origin of the Spanish flu, it is thought that it was caused by avian virus strains. The two other great pandemics of the 20th century, the “Asian flu” of 1957 and the “Hong Kong flu” of 1968, were due to the so-called reassortment of viral genes between human and avian strains during a mixed infection. Recently, we have witnessed examples of direct virus transmission from animals to humans, in particular, the cases of the highly pathogenic bird flu which is now widespread in poultry of South-East Asia. This poses a continuous threat of a new devastating pandemic.

Origin - Universiteit Leiden

What makes some viruses so virulent while other strains only prevent us from working for a week? A lot of research has been done on comparing genome sequences of various strains, and tens of thousands of influenza sequences are stored in the databases nowadays. The so-called antigenic determinants, the amino acid sequences of virus proteins that attack human cells, are among the main factors that contribute to the virulence of a certain strain. However, comparisons of various strains show that the picture may be much more complicated, and traditional ways to search for certain “virulent” amino acid sequences are not enough. For instance, the success (fitness) of a given virus may also be determined by the structures folded by its genomic RNA molecules or its encoded mRNAs that may influence their functioning: replication, transcription, protein expression, packaging into virus particles. The possible role of RNA structure is now explored by two Leiden groups, working closely together on a project that has been recently received support from the European Commission in the framework of the FP7 program, “Supporting highly innovative


influenza virus evolution

Dr. René Olsthoorn with a toy model of virion structure.

inter-disciplinary research on influenza”. The group of Alexander (Sacha) Gultyaev (IBL) is working on theoretical analysis of virus RNA structures, while the group of René Olsthoorn from LIC is focused on experimental probing of structures and assaying their function.

get more reliable sequence comparisons to support theoretical predictions. The old data were revived and substantiated by new information, and this was presented at one of the work discussions chaired by the well-known Leiden expert on RNA pseudoknots, Prof. Kees Pleij. René Olsthoorn was intrigued by the unusual pseudoknot topology and started investigating this further using in vitro structure probing and NMR Further studies turned out to experiments on model oligonucleotides. The results confirmed be even more intriguing the pseudoknot formation by influenza RNA sequences.

Similar to some models of influenza evolution, the history of the project (named RNAFLU) is “punctuated”, with some surprising turns. One of participants (Sacha Gultyaev) used to work many years ago on the analysis of possible structures folded by influenza RNA while he was employed by the Institute of Influenza in St.Petersburg, Russia. Interesting structures were predicted, but due to their non-classic (pseudoknot) topologies and the absence of experimental or comparative support a publication was not pursued and this work was interrupted. The predictions lay in the drawer for about 10 years until new opportunities arose because of the enormous growth of the number of known virus RNA sequences and the possibility to

Further studies turned out to be even more intriguing. In addition to the pseudoknot, the experiments suggested the existence of an alternative hairpin structure, apparently in a dynamic equilibrium with the pseudoknot. The balance between the mutually exclusive pseudoknot or hairpin conformations turned out to be very sensitive to sequence changes observed in various influenza strains. For example, a unique point mutation, strongly favoring the hairpin structure, has been identified in the line-

Origin - Universiteit Leiden

13


addressed by Prof. Stefan Schwartz from Uppsala, Sweden, with the suggestion to study functional aspects of influenza virus RNA motifs. This resulted in an EU-funded project, also with participation of the group of dr. Amelia Nieto (Madrid, Spain). While the Leiden groups will mostly concentrate on structural aspects of influenza virus RNAs, the Spanish group will study specific structural motifs important for translation and the Swedish team will focus on the regulation of the viral mRNA processing. Together, these four groups form the consortium called “RNAFLU”. In addition, the consortium has two prominent influenza experts as advisors: Prof. Ron Fouchier (Rotterdam) and Prof. Juan Ortin (Madrid).

Conformational shift in influenza RNA.

age of very dangerous avian flu strains of subtype H5N1. While never observed in any strain before the year 2001, this mutation is widespread in the currently circulating dominant H5N1 genotype. As it is never observed in other influenza virus subtypes, it means that a unique conformational shift occurred in RNA structures of avian flu viruses in 2001/2002 . And such a shift seems to be very important, because the mutation does not change important amino acids of the two proteins encoded in this region of virus genome, and yet it is remarkably stable, being present in all H5N1 strains isolated in recent years from birds and poultry outside of China and South East Asia (main reservoir and source of new strains) and in all recent H5N1 strains isolated from humans. This means that drastic conformational changes in virus RNA, caused by single mutations, can mark important shifts, so-called “epochs” in the virus evolution. These results were published by the Leiden researchers, together with Hans Heus, an NMR-expert from Nijmegen, in 2007 (Gultyaev AP, Heus H & Olsthoorn RCL (2007) Bioinformatics 23:272-276). Although published in a non-virological journal, the article did not go unnoticed by the virological community. Other research groups (Rotterdam, Luxembourg, Nigeria, Burkina Faso) confi rmed the striking continued persistence of the hairpin-stabilizing mutation in the more recent viruses isolated in various geographic regions: Europe, Russia and Africa. In the meantime, the Leiden researchers were

14

Origin - Universiteit Leiden

The RNAFLU project will further study functional influenza RNA structures. At the Leiden Institute of Chemistry, dr. Maarten de Smit has expressed interest in the project and will be in part supported by EU fi nancing to investigate virus RNA structures in vitro. Another researcher will soon be employed to carry out massive bioinformatic and theoretical studies at the Leiden Institute of Biology. The fi rst results are promising. In addition to the previously discovered structures, some other important folds are revealed that also exhibit an intriguing pattern of “punctuated” evolution of structures and the presence of host-specific nucleotide interactions. Our fi rst data already show that the knowledge of structural motifs in influenza virus RNA (mostly unknown yet) is very important for analysis of virus evolution, appearance of novel strains, host adaptation, influenza prevention and control. Thus, the RNAFLU project promises exciting new studies and results.


RNAFLU participants at the consortium meeting in Uppsala. From left to right: Stefan Schwartz (Uppsala), Emilio Yanguez (Madrid), RenĂŠ Olsthoorn (Leiden), Amelia Nieto (Madrid), Samir Abdurahman, Anna Tranell, Fia LindstrĂśm (Uppsala), Juan Ortin (Madrid), Maarten de Smit, Sacha Gultyaev (Leiden).

Dr. Alexander P. Gultyaev (left) and dr. Maarten de Smit.

Origin - Universiteit Leiden

15


Biologie Olympiade Junior 2008 Dit jaar was de Universiteit Leiden voor de tweede keer de gastheer van de eindronde van de Biologie Olympiade Junior. Deze Junior Olympiade is bedoeld voor vwo leerlingen van klas 1, 2 en 3. Het aantal scholen dat mee doet wordt ieder jaar groter. Dit jaar waren het er 110 met een recordaantal van 6680 leerlingen. Voor de eindronde in Leiden zijn 20 leerlingen geselecteerd die het beste hebben gepresteerd bij de voorrondetoets op de scholen. De eind-

zich op school omdat de leerstof te eenvoudig en te weinig uitdagend is. Tijdens de eindronde worden ze uitgedaagd met kennis op een hoger niveau die ze in korte tijd moeten verwerken. Bovendien vinden ze het stimulerend om zich te kunnen meten met “soortgenoten”. Junior-olympisten krijgen vaak zo de smaak te pakken van de olympiadesfeer dat ze later ook weten door te dringen tot de eindronde van de Bovenbouw Olympiade.

ronde wil deze slimme leerlingen een extra uitdaging bieden. In drie dagen krijgen de olympisten leerstof uit de bovenbouw aangeboden en in practica maken ze kennis met technieken die biologiestudenten in hun eerste jaar leren. DOOR ANNEMARIE MEIJER / TONNY REGENSBURG / ROBIN KAMPERMAN / PAULA VAN KRANENBURG

“Het was moéilijk, je moest écht nadenken” zeiden de olympisten na afloop en dat was nu precies de bedoeling. De sfeer van de olympiades kenmerkt zich door nieuwsgierigheid naar nieuwe informatie, het “opslurpen” van kennis en de uitdaging van de omgang met mensen met hetzelfde denkniveau. Olympisten blijken veelal begaafde, zo niet hoogbegaafde, leerlingen te zijn. Sommigen vervelen

16

Origin - Universiteit Leiden

Tijdens de practicumtoets kregen de olympisten een maatschappelijk relevante casus voorgeschoteld. Ze moesten met behulp van de PCR-techniek de kenmerken bepalen van verschillende rijstplanten en vervolgens uitwerken hoe je deze planten onderling zou moeten kruisen om planten te krijgen die beter bestand zijn tegen droogte en schimmelinfecties. De laatste maanden is veelvuldig in het nieuws geweest dat de prijs van rijst en andere graangewassen op de wereldmarkt naar recordhoogte is gestegen ten gevolge van tegenvallende oogsten. Het is een groot probleem dat er door de klimaatverandering en toenemende verstedelijking in ontwikkelingslanden steeds minder gebied beschikbaar blijft voor de rijstteelt. Daarom is de ontwikkeling van droogteen ziekteresistente rijstplanten van groot belang. Onderzoeker Pieter Ouwerkerk van het Instituut Biologie Leiden coördineert verschillende internationale projecten waarin Europese onderzoeksgroepen samenwerken met onderzoekers uit China, NoordAfrika en Indonesië aan strategieën voor de ontwik-


keling van droogteresistente rijst. Het practicum liet de olympisten kennismaken met de moleculaire technieken die bij dit onderzoek komen kijken. In een oefenpracticum hadden ze geleerd hoe je DNA kunt vermeerderen met behulp van een PCR-reactie en hoe je DNA-bandjes kunt scheiden met behulp van gelelectroforese. Hierbij werden ze geholpen door biologiestudenten die bezig zijn met hun bachelor of Master of Science stages en die uitstekend hun best hebben gedaan om de olympisten in korte tijd bij te brengen hoe je moet pipetteren, verdunnen en gels kunt gieten en runnen. Bij de practicumtoets moesten de olympisten alle technieken zelfstandig uitvoeren en de casus oplossen. Het spreekt voor zich dat hierbij niet alleen slimheid maar ook handigheid kwam kijken. De meeste olympisten hadden uitstekende resultaten. Hierbij heeft het zeker geholpen dat de firma Bioké uit Leiden het practicum wilde sponsoren met het uiterst betrouwbare PCR-enzym Phusion, maar natuurlijk waren de goede resultaten in de eerste plaats de verdienste van de olympisten zelf. Zij hebben hiermee overtuigend aangetoond hoe goed ze hun nog maar net geleerde vaardigheden in de praktijk konden brengen. En ze hebben er met volle teugen van genoten. In de woorden van een van de olympisten: “Het practicum was héél vet!”

schappelijke televisieprogrammas. Op de derde plaats eindigde Tycho van Die van het Stedeljk Gymnasium in Leiden, de tweede plaats was voor Chris Jungerius van het Gymnasium Celeanum in Zwolle, en de gouden medaille ging naar Bram Hoonhout, leerling van het Damstede te Amsterdam.

Na afloop van het practicum en nog een theoretische toets kregen de kandidaten een rondleiding in het Clusiuslaboratorium waar ze de plantenkassen, weefselkweekkamers, laboratoriumruimten, zebravisaquaria en de microscopie-unit konden zien. We hopen dat we hiermee hun interesse in biologie hebben aangewakkerd en misschien sommige van hen later terug zien in de collegebanken. ’s Avonds stond er een barbecue op het programma georganiseerd door de Leidse Biologen Club (LBC). Hier konden de olympisten bijkomen van alle nieuwe ervaringen en zich ontspannen met megatwister, een LBC-spel dat altijd succes heeft. Op de dag van de prijsuitreiking ging de groep olympisten eerst op excursie naar het Natuurhistorisch Museum Naturalis en de Hortus botanicus. Daarna werden de uitslagen van de Olympiade bekend gemaakt en de prijzen uitgedeeld door Prof. Bas Haring, die de olympisten kennen van populair weten-

Origin - Universiteit Leiden

17


Afgezegd? We komen wel langs! Veel leden van studievereniging LIFE hadden zich in maart verheugd op een lezing van Nobelprijswinnaar John Walker. Toen hij op het laatste moment moest afzeggen is direct het idee opgepakt om hem in Cambridge te bezoeken.

Elk jaar verbreedt een groep LS&T studenten haar horizon door een studiereis in Europa te ondernemen. Na Madrid en Barcelona in 2006, Parijs, Lyon en Grenoble in 2007, zijn nu Cambridge en Dublin aan de beurt. Gedurende het jaar heeft de Buitenlandreiscommissie (Bulaco) haar best gedaan om een interessante en afwisselende reis samen te stellen. Er zal aan verschillende bedrijven, instellingen, musea en universiteiten een bezoek worden gebracht. Vanaf Eindhoven vliegen we naar Cambridge, waar we ’s middags in de voetsporen van Watson en Crick zullen treden. Met een bezoek aan het Cavendish museum wordt ontdekking van de structuur van het DNA uit de doeken gedaan. Eén van de verdere hoogtepunten van de reis zal een bezoek zijn aan het MRC Dunn Human Nutrition Unit. Hier is prof. Walker werkzaam en zal alsnog de lezing gegeven worden die op het Life Science Symposium moest ontbreken.

18

Origin - Universiteit Leiden

Natuurlijk is er ook aan vermaak gedacht. Op 16 juni wordt in Ierland Bloomsday gevierd. Deze feestdag is afgeleid van het wereldberoemde boek Ulysses geschreven door James Joyce. De deelnemers van de reis hebben een uitgebreide presentatie gehad van Eelco Vijzelaar over het boek en dag, om alvast in de stemming te komen. En als echte Life Science & Technology student mag een bezoekje aan een van de populairste toegepaste vakgebieden niet ontbreken: de Guinness brouwerij. Tijdens de meivakantie gingen de studenten ook al op pad. Toen ging een groep van 30 leden naar de noordelijke stad Groningen. Daar werden de bedrijven BioClear en SynCom bezocht. Op allemaal dezelfde gehuurde fietsen trok de stoet door de stad. Allemaal jonge mensen in pak op de fiets, dat trekt zoals gewoonlijk de aandacht. Het collegejaar zal traditiegetrouw met een barbecue na afloop van het laatste reguliere tentamen in de Delftse Hout worden afgesloten. Op het introkamp na zit het werk van het 11e bestuur er dan weer op. Gelukkig staat er weer een nieuw team van 5 enthousiaste LIFE’ers te springen om volgend jaar weer minstens zo’n succes te maken.


Stage in het Kluyverlaboratorium;

Een mooie plek om je bachelor af te sluiten Ik ben Luke, 3e jaars LST student. Ik doe momenteel mijn bachelorstage in het Kluyverlaboratorium van de Technische Universiteit in Delft. Ik doe mijn stage in de groep Bioprocess Technology. Sef Heijnen staat aan het hoofd van deze groep en de groep zelf richt zich op het verhogen van de opbrengst van bioprocessen door aan het metabole netwerk te sleutelen. De groep heeft veel kennis over het meten van metabolietconcentraties en over het maken van modellen.

Het doel van mijn stage is het ontwerpen van drie enzym assays voor enzymen uit de schimmel Penicillium chrysogenum die penicilline vormen. Met name de eerste week was er heel veel te lezen aan artikelen en boeken. Mijn begeleider, Lodewijk de Jonge, heeft zelf LST gestudeerd. Hij heeft me veel informatie gegeven. Het onderzoek naar penicilline productie is al meer dan 50 jaar oud en er zijn heel veel artikelen over gepubliceerd. Zelfs nu, zo halverwege mijn stage, loont het vaak nog steeds om naar artikelen te zoeken.

van de enzymen, maar voor de andere twee moet ik nog aan de assays gaan werken.

Nadat ik genoeg informatie had verzameld, heb ik een eerste experimentele opstelling gebouwd en dit in het lab uitgeprobeerd. Een van de belangrijkste dingen die je leert op je stage is wat je vooral niet moet doen! Zo moet je bijvoorbeeld altijd het maximum aantal toeren aflezen (of weten) voordat je de centrifuge instelt.

Het leuke aan mijn stage is dat er naast het labwerk in de groep ook veel informatie wordt uitgewisseld. Iedere week heeft de groep een werkbespreking waarin twee mensen de voortgang over hun onderzoek bespreken of een artikel bediscussiëren. Verder zijn er vanuit het Kluyverlaboratorium ook lezingen van mensen die afgestudeerd zijn en over hun onderzoek komen vertellen en wordt er iedere twee weken een spreker van buiten de TU uitgenodigd.

De assay bestaat uit drie verschillende delen; de eiwit-zuivering, de assay en de analyse. De opzuivering is het eerste probleem waarmee ik me bezig heb gehouden. Bij de opzuivering die ik uiteindelijk heb gekozen, wordt onder andere gebruik gemaakt van vloeibare stikstof (het is iedere keer weer fascinerend om te zien hoe je iets in een kokende vloeistof stopt en het er vervolgens weer diepgevroren er weer uit haalt), centrifuges en een cell disruptor (een machine die een grote overdruk op de cellen zet, zodat ze kapot gaan). Voor de assay zelf moet ik nog veel werk verrichten. Ik heb al een opstelling gebouwd voor één

Mijn meeste tijd tot nu toe is in de analyse gaan zitten, de stoffen in oplossingen worden geïdentificeerd met een HPLC. De methode die voor de identificatie en kwantificatie van penicilline gebruikt wordt, was echter niet toereikend voor de substraten en producten van mijn assays en dus heb ik een methode nagebouwd uit de literatuur die nu zeer goede resultaten oplevert.

Er is dus heel veel te doen in het Kluyverlaboratorium, maar het mooiste hier vind ik dat je iedereen van naam of gezicht kent. Helaas staan er geen mensen op deze foto’s om dit te laten zien, maar het zorgt voor een gezellige sfeer en een rijke bron aan informatie. Ik vind dat ik het heel erg goed getroffen heb met mijn stage en het is een zeer leerzame manier om mijn bachelor zo af te sluiten. Luke Bergwerff

Origin - Universiteit Leiden

19


Studiereis Biologie:

Quo Vadis Zweden Voor de jaarlijkse studiereis van Biologie is dit voorjaar het prachtige Zweden bezocht. Dit was de eerste studiereis waarin de Leidse biologen zich waagden in dit schitterende Scandinavische land. Voorgaande edities van de studiereis vonden plaats in Duitsland, Kroatië, Spanje en Oostenrijk. Na deze succesvolle reizen, was het dit jaar ook weer een uitdaging een net zo succesvolle reis te organiseren. Gelukkig werd de keus voor Zweden met groot enthousiasme onder alle biologen ontvangen, niet eerder heeft de reis zo snel vol gezeten als dit jaar. Het eerste succes van de reis was een feit...

Toen de reis op vrijdag 25 mei officieel van start ging, vlogen de dagen voorbij. De eerste dag bestond voornamelijk uit reizen. Zweden ligt niet om de hoek, sterker nog: je hebt vanuit Leiden een uur of zes met de bus en vanuit de haven in Duitsland een overtocht van 7 uur nodig om hier voet aan wal te zetten. Om het gedeelte van Zweden met de allermooiste, ongerepte en verrassende natuur te vinden (Centraal-Zweden), is nog een halve dag extra noordwaarts reizen nodig. In de tussenliggende kilometers werd er door de deelnemers onder andere genoten van het bezoek aan een groepje elanden, omheind en wel. Deze grootste hertensoort (en tevens grootste ambassadeur van Zweden) komt normaal gesproken alleen in centraal tot noordelijk Zweden voor, maar is speciaal voor de Zuid-Zweed (en luie toeristen) ook naar het zuiden gebracht. Later op

20

Origin - Universiteit Leiden

de reis, in centraal Zweden, hebben de oplettende deelnemers een gezellig groepje elanden in het wild gespot. Een ervaring die zeker hoort bij een bezoek aan Zweden, hét land van de eland. Dezelfde dag en verder Zweden in ligt een groot vogelspottersparadijs, namelijk het meer Hornborga. Met tamelijk weinig inspanning kunnen hier verschillende bijzondere vogels worden gespot. Voor de beginnende vogelaar dé kans om ervaring op te doen! Na deze echte biologische dag werd na een barbecue bij het hostel te Orebro zoals elke avond onder het genot van een biertje de reisdag besproken, gepokerd en met de meegebrachte gitaren liedjes gezongen en verzonnen. Aangezien de Zweden een aardig hoge accijns op hun bier heffen, was het een goed plan ons eigen Hollandse bier te importeren. De ochtenden verliepen hierdoor iets moeizamer dan de avonden, maar na een ontbijt met of zonder knäckebröd kon een nieuwe dag beginnen... Hoe noordelijker in Zweden, hoe ongerepter. Bij het bezoek op de derde dag van de reis aan het park


Farnebofjarden bleek dit zeker. Het bezoek is benut om ons de Zweedse flora, mossen en vogels meer eigen te maken. In verschillende specialisatiegroepen hebben we genoten van de korstmossen (indicator voor schone lucht), overvliegende kraanvogels en bloeiende bosanemonen. Een veel te kort bezoek voor wat er allemaal te zien was, dus een geschikte omgeving om nog een andere keer te komen. In dezelfde buurt werden de volgende twee nachten dicht aan een meer doorgebracht, dus de plek bij uitstek voor een gezellig kampvuur. Deze avonden werden de gesprekken interessanter, de pokerskills verbeterd en de verzonnen liedjes geperfectioneerd tot potentiële hits. Naarmate het slaaptekort toenam, werd de bus steeds geschikter als dommelplek. Onderweg naar elke nieuwe bestemming was het onder het genot van een filmpje of muziekje heerlijk even de nodige slaap in te halen. Want waar in voorgaande edities van de reis de collegebanken dienst deden voor dit soort bezigheden, was dit tijdens het bezoek aan de universiteit van Uppsala totaal niet aan de orde. De praatjes van de studenten over het studentenleven en het studeren evenals de presentaties van de sprekers waren stuk voor stuk erg fris en verrassend interessant. Met een rondleiding door de botanische tuinen van de universiteit als afsluiter was deze zonnige dag zeer geslaagd. De volgende dag was het berenpark te Mora het belangrijkste deel van het programma. Zweden heeft bruine beren rondlopen in haar uitgestrekte natuur, dus een bezoek aan dit berenpark paste prima in het programma. Misschien was dit bezoek wel het mooiste en indrukwekkendste bezoek van de reis. Doordat het park precies de goede natuurlijke omstandigheden voor aanwezige dieren heeft gecreëerd, was de sensatie van het zien van een bruine beer, lynx, veelvraat of wolf hier veel groter dan in eerste instantie werd verwacht.

De volgende twee dagen is in Stockholm overnacht, een ervan was het 30 april, koninginnedag. Toevallig ook de dag waarop de Zweedse koning Gustav zijn verjaardag viert. Het blijkt dat men in studentensteden als Uppsala helemaal losgaat op deze dag, maar helaas bleek het niet zo’n feest te zijn in Stockholm. Misschien maar goed ook, de volgende dag was het namelijk weer vroeg uit de veren, want het openluchtmuseum Skansen stond op de agenda. Op dit eiland midden in Stockholm werd de groep vrijgelaten en kon op zoek gaan naar zijn favoriete stuk van het park. Het bestaat uit verschillende delen, namelijk een dierenpark, een aquarium en een ‘historisch Zweden’ gedeelte. Natuurlijk was het park de moeite waard, maar als je in Stockholm bent, moet dat ook ontdekt worden. Gelukkig was het goed weer, dus de stad verkennen was geen verkeerde bezigheid. ’s Avonds werd als afsluiter van de reis nog een gezellige discotheek opgezocht waar eveneens de karaokekwaliteiten geshowd konden worden aan de plaatselijke bevolking van Stockholm. Heerlijk brak gingen we de volgende ochtend vanuit Stockholm weer terug naar Malmo (zuidelijk puntje van Zweden). Met het gekweekte eelt op de billen was dit natuurlijk een reis van niks. Een filmpje, muziekje en boekje verder werd in Malmo een heerlijk avondmaal genuttigd waarna alle bedankjes voor de reis en andere leuke mededelingen konden worden gedaan. Hierna werden de laatste Hollandse biertjes genuttigd, de laatste mooie gesprekken op Zweedse grond gevoerd, de opgedane pokerkwaliteiten ten volste benut en de gemaakte hits voorzien van een ander jasje. De laatste nacht in het mooie Zweden was een feit. Vanuit Malmo is het drie kwartier tot de boot, zeven uur varen en zes uur met de bus naar Leiden. Maar door de zoektocht naar een geopend Duits of Nederlands restaurant is veel tijd verloren. Hierdoor arriveerde de bus pas om 1.30 uur in Leiden vol met vermoeide, doch voldane biologen. De deelnemers hebben een goed beeld van Zweden kunnen krijgen, en natuurlijk de keus gemaakt dit mooie land vaker te bezoeken. Voor de bioloog is er in ieder geval genoeg te beleven om je er een tijdje te vermaken.

Origin - Universiteit Leiden

21


CDL naar Boedapest en Wenen Het Chemisch Dispuut Leiden heeft elke twee jaar een grote buitenlandreis. Afgelopen periode reisde het CDL af naar Boedapest en Wenen voor een 11-daagse indrukwekkende en zonnige studiereis. Deze vond plaats van 26 april tot en met 6 mei 2008.

Het begon allemaal met de vorming van de commissie ongeveer een jaar geleden. Een buitenlandreis voor chemiestudenten vergt namelijk veel voorbereiding! Vier enthousiaste studenten scheikunde en MST én onze assessor onderwijs gingen zich een geruime periode inzetten om een 11-daagse reis neer te zetten naar een mooie bestemming, zij noemden zichzelf de ‘Reiscosy’. Het programma van een dergelijke studiereis bevat natuurlijk studiegerelateerde onderdelen, maar ook is het de bedoeling om onze leden wat van de buitenlandse culturele aspecten te laten zien. De commissie heeft contact gezocht met (chemische) bedrijven, de plaatselijke universiteit, musea en andere bezienswaardigheden zodat wij met een twintigtal CDL leden in alle enthousiasme de steden Boedapest en Wenen konden bezoeken.

Dag 1 aankomst Boedapest Na een lange inchecksessie op Schiphol en een voorspoedig verlopen vliegreis kwamen we aan in Boedapest. De stad die bijna 20% van alle Hongaarse inwoners (1,7 mln) herbergt kent twee delen, namelijk Boeda en Pest. Boeda is het stadsdeel dat tegen een berg aangebouwd is. Beide stadsdelen worden gescheiden door de Donau. Op deze eerste dag trok

menigeen eropuit om de stad te verkennen. Al snel werd duidelijk dat Boedapest een stad is van kroegjes en restaurantjes. Door de toch wel vermoeiende reis, ploften we na enkele drankjes tevreden op onze hostelstapelbedjes.

Dag 2 sightseeing Boedapest & bezoek badhuis Onze eerste volledige dag in Boedapest begon om 09.00 uur met het arriveren van onze gidsen, Viktória Fábos en László Orha, twee AiO’s van de Eötvös Loránd Universiteit van Boedapest. Zij lieten ons hun versie van de stad zien door middel van een stadswandeling. De stadswandeling bracht ons langs verschillende oude en beruchte gebouwen van Boedapest. Rond 14.00 uur werd het tijd om eens even heerlijk te relaxen in de beroemde Széchenyi Fürd�, een traditioneel Hongaars badhuis. Het badhuis heeft meerdere baden waaronder een zwavelbad, een groot zwembad en stoombaden. Alle baden worden verwarmd met water dat uit een thermale bron komt onder het badhuis. Nadat iedereen verfrist en aangekleed weer buiten stond, vertrokken we via het Heldenplein terug naar een luxe restaurant voor een 3-gangen diner. Later op de avond kwamen velen reisgenoten elkaar weer tegen in de cocktailbar om de hoek van het hostel, waar het deze avond goed toeven was.

Dag 3 bedrijfsbezoek Akzo Nobel Na een mooie en rustige dag achter de rug te hebben, moesten de deelnemers er op maandag alweer

22

Origin - Universiteit Leiden


vroeg uit om naar de site van Akzo Nobel te gaan in de industriestad Tiszaújváros. Deze van oudsher economisch belangrijke stad lag echter op ongeveer 200 kilometer van het hostel in Boedapest vandaan. Om deze afstand te overbruggen had Akzo voor een bus gezorgd die ons mee zou voeren naar de site. Eenmaal daar aangekomen werden we vriendelijk onthaald door de plaatselijke R&D manager. Direct kregen we een presentatie met informatie over deze Akzo Nobel vestiging. Zo was de site reeds in de zestiger jaren gebouwd door het toenmalige communistische bewind. In deze tijd was het ‘booming business’ omdat het merendeel van alle verf dat werd gebruikt in het Oostblok afkomstig was uit Hongarije. Momenteel wordt voor deze landen de meeste verf geproduceerd in Rusland. Rusland kan de verf goedkoper maken omdat het niet te doen heeft met de strenge Europese milieuwetten. Desondanks was de blik op de toekomst positief. Er worden steeds meer kwalitatief hoogwaardige producten gemaakt voor West-Europa en dit doet de productie stijgen. Tevens werden er grote hoeveelheden harsen gemaakt. Deze harsen werden voor het grootste deel binnen Akzo Nobel zelf verkocht. Hierna kregen we nog twee korte presentaties over de chemie en technologie binnen Akzo Nobel. Na een heerlijke broodjeslunch werd het tijd om eens een kijkje te gaan nemen op het terrein. We verlieten het Gebouw voor sociale betrekkingen en liepen naar het nabij gelegen fabrieksgebouw. Daar beklommen we het dak om te kijken naar de condensbuizen. Hoewel menigeen verbaasd was over de rook die het dak uitkwam, zag alles er goed onderhouden uit. Vervolgens gingen we de reactoren bezichtigen die zich in een lager gelegen verdieping bevonden. De bouw van de reactoren kwam overeen met de verwachtingen, al had een deel van de groep ze wel iets groter verwacht. Met een drankje namen we afscheid van de vriendelijke rondleiders en was het weer tijd om ons richting Boedapest te begeven.

Dag 4 bedrijfsbezoek Zwack Palinka stokerij Vandaag stond het bezoek aan een traditionele stokerij van Palinka op de planning. Onze bestemming was het dorpje Kecskemét, gelegen op ongeveer 80 kilometer ten oosten van Boedapest. De stokerij van Zwack is een Hongaars familiebedrijf dat bekend is door zijn Unicum en Palinka’s, een soort Hongaarse vruchten jenever. Op het bedrijfsterrein aangekomen, kregen we een film te zien over de rijke geschiedenis

van Zwack. Het Palinka proces begint met de inkoop en het verwerken van de vruchten welke gebeurt in de lente. De vruchten worden ontdaan van hun pitten en vervolgens opgeslagen (onder het vriespunt) in silo’s. Als ze lang genoeg gerijpt hebben, kunnen deze vruchten door naar de destillatiekolommen. Hier wordt de drank gemaakt onder streng toezicht van de werknemers zodat kwaliteit gewaarborgd kan worden. Hierna gaat de Palinka door naar de bottelarij, waar zelfs met de hand etiketten op de flessen worden geplakt om alles nog een exclusief tintje te geven. Na de interessante rondleiding was het tijd voor de productconfrontatie. We kregen de kans om pruimen en abrikozen Palinka te ruiken en te proeven. Niet iedereen van ons vond de Palinka even lekker en had toch liever een Hollandse jenever. Na een bezoekje aan de museumwinkel kon iedereen op eigen gelegenheid terug naar Boedapest.

Dag 5 bezoek ELTE Universiteit Op woensdag 30 april bracht ons gezelschap een bezoek aan het chemische departement van de Eötvös Loránd University (ELTE) te Boedapest. De dag begon met een praatje van Prof. István Horváth over de geschiedenis van ELTE en een introductie over de faculteit. Deze aardige en humoristische spreker wist de aandacht goed vast te houden. Zijn verhaal begon bij de oprichting van de universiteit: in 1635 was door een aartsbisschop een katholieke universiteit voor theologie en filosofie opgericht. Dit gebeurde in een landelijk stadje ongeveer 80 km van Boedapest, in het huidige Slowakije. Anderhalve eeuw later werd deze universiteit verhuisd naar Boeda (aan de westelijke kant van de Donau). Prof. Horváth over het stadsdeel Boeda: ‘There are only two kinds of people in Budapest: people who live in Buda and people who would

Origin - Universiteit Leiden

23


like to live in Buda.’ In de loop der eeuwen groeide de universiteit en kwamen er steeds meer studies bij. Pas sinds 1950 kent de universiteit ook een natuurwetenschappelijke faculteit. Het was ook in dat jaar dat de universiteit haar huidige naam kreeg: Eötvös Loránd University, vernoemd naar een van de natuurkundige professoren. De natuurwetenschappelijke faculteit ligt in het zuiden van Boeda, aan de Donau. Het is momenteel de modernste campus van heel Hongarije. In het scheikundig departement wordt, met name door prof. Horváth, veel gewerkt aan de zogenaamde ‘Green Chemistry’. Het doel hierbij werd aangegeven als het zoeken naar alternatieven voor vervuilende chemicaliën en de oprakende fossiele brandstoffen, met daarbij wel als eis winstgevendheid. Hierna werd er een lezing gehouden door drs. Tiddo Mooibroek. Deze AiO van de vakgroep Coördinatie en Bio-Anorganische Chemie van onze eigen universiteit was de dag ervoor ingevlogen en zou ons een aantal dagen vergezellen. Onderwerp van de lezing was de synthese van aromatische isocyanaten, hierbij werd de traditionele weg vergeleken met een katalytisch alternatief uit zijn onderzoek. De laatste lezing werd gehouden door Viktória Fábos. Binnen de groene chemie werkt zij aan een alternatieve brandstof. Deze moet aan veel verschillende eisen voldoen: zo moet het natuurlijk energierijk zijn, makkelijk te transporteren zijn, koolstof bevatten en een lage giftigheid hebben. Het molecuul dat hier ultiem geschikt voor lijkt te zijn is �-valerolactone (GVL). Met een smeltpunt van -31ºC, een kookpunt van 207ºC, geen giftige eigenschappen en wel stabiel in water en lucht, lijkt GVL aan veel van de eisen te voldoen. De synthese wordt uitgevoerd met de grondstoffen methaanzuur en 4-oxopentaanzuur en de Shvo’s katalysator. Volgens Fábos en prof. Horváth zijn er nog geen nadelen gevonden van deze mogelijke

24

Origin - Universiteit Leiden

brandstof. Om ons te demonstreren dat deze stof ook echt als brandstof gebruikt kan worden, werd een olielamp gevuld en aangestoken. De middag werd gevuld met een aantal rondleidingen. We begonnen in het Green Chemistry Lab, welke ook daadwerkelijk groen geschilderd is. Helaas waren er slechts 2 zuurkasten aanwezig voor 16 studenten! In dit lab mochten wij zelf een experiment uitvoeren: de metathese reactie waar Grubbs in 2005 de Nobelprijs voor gekregen had. Verder omvatte de rondleiding een bezoek aan de organische en analytische vakgroep en er werd een kijkje genomen op de NMR-afdeling en bij het GC/LC-MS lab. Al met al was dit een volle en leerzame dag geweest en menigeen was enigszins vermoeid toen wij omstreeks 16.00 uur de universiteit verlieten. ’s Avonds werd er ter ere van Koninginnedag een bezoek gebracht aan hét Nederlands café in Boedapest: Amstel River Café. Hier bleek later op de avond een besloten Oranjefeest plaats te vinden van studenten uit Nijmegen. Her en der werden wat drankjes gedronken en in sommige gevallen ook nog voetbal gekeken. Anderen gingen nog tot in de vroege uurtjes door in de plaatselijke discotheek en feestten uitbundig op deze Koninginnedag.

Dag 6 treinreis naar Wenen & sightseeing Wenen De treinreis van Boedapest naar Wenen duurde drie uur. Aangekomen op het treinstation ‘Wien Westbahnhof ’ werd de tocht ingezet naar onze slaapplek genaamd ‘Happy Hostel’. Hierna kon de rondleiding door de binnenstad van Wenen beginnen, welke gegeven werd door scheikunde studenten van de Weense Universiteit. We liepen langs prachtige Weense gebouwen en pleinen. Duidelijk was het verschil met Boedapest te zien. De rondleiding begon op de prachtige Ringstrasse dat om de binnenstad heen loopt. Vervolgens wandelend langs het Rathauspark, kwamen we uit op een plein waarop aan de ene kant het stadhuis was te bezichtigen en aan de andere kant het Burgtheater. Hierna volgde het fraaie Parlementsgebouw, het natuur- en kunstmuseum en het Hof burg keizerlijk paleis. Tegenwoordig bevat het complex de nationale bibliotheek, de nationale schatkamer, het museum voor etnografie en ook nog de ‘Spanische hofreitschule’. Bij de poort van Hof burg op Michaeler Platz werd het reisgezelschap verrast door een opgraving van


een Romeins huis. Dit huis werd gevonden tijdens de bouw van een ondergrondse parkeerplaats en stamt uit de tijd van het bijna 2000 jaar geleden opgerichte stadje Vindobona. De laatste bezienswaardigheid op de rondleiding door Wenen was St. Stephen’s kathedraal. De kathedraal is gebouwd in 1147 en met zijn 137 meter is het ook lange tijd het hoogste bouwwerk geweest in Europa.

Dag 7 bezoek Universiteit van Wenen Op vrijdag 2 mei bezochten we de Universiteit van Wenen. Het bezoek begon met een rondleiding door het gebouw. Binnen twintig minuten hadden we een kijkje genomen bij alle vakgroepen en een aantal voorbeelden gehoord over het onderzoek dat zij doen. Vervolgens werden we naar een collegezaal gebracht waar de decaan, Dr. Franz L. Dickert, ons hartelijk ontving. Nadat het gezelschap de tijd had gekregen om iets te drinken en de taart te nuttigen begon de welkomstpresentatie van de decaan. Allereerst werden we terug de tijd in genomen. Daarover leerden wij dat dit de oudste Duits sprekende universiteit van de wereld was en dat deze ook een aantal zeer belangrijke mensen heeft voortgebracht zoals de Nobel prijs winnaar Erwin Schrödinger en de uitvinder van het schrijven van chemische formules, Johann Loschmidt. Verder werd ons verteld dat de Faculteit voor Scheikunde bestaat uit acht departementen en wat deze departementen voor onderzoek doen. Hieruit bleek dat kanker onderzoek zeer hoog op de agenda stond. Zo waren ze bij anorganische chemie bezig met angioneogenese waarbij er verbindingen worden ontwikkeld die inhibitie in een kankercel plaats laten vinden zodat deze cel niet meer kan groeien of vermenigvuldigen. De decaan sloot uiteindelijk zijn welkomstpresentatie af met zijn visie op de chemie. De chemie is zoals evolutie en deze evolutie zal meer en meer verlopen van micromoleculen naar macromoleculen, ofwel de toekomst ligt in de macromoleculen. De tijd was nu gekomen voor de presentatie van drs. Tiddo Mooibroek, de AiO die nog steeds mee was op deze reis. De presentatie ging ditmaal over de supramoleculaire interacties met betrekking tot aromatische zesringen. In zijn onderzoek was drs. Mooibroek erachter gekomen dat deze supramoleculaire interacties wel degelijk bestaan. S-triazine1was een aromaat waarbij de interacties goed te meten waren en met behulp van deze stof was ontdekt dat de interacties

qua energie iets zwakker zijn dan waterstof bindingen. Het onderzoek naar deze interacties, wist drs. Mooibroek ons te vertellen, zou vooral relevant kunnen zijn voor transport in biologische systemen en de reversibiliteit van deze systemen. Na deze onderhoudende presentatie was het bezoek aan de Universiteit van Wenen, alweer tot een eind gekomen. Een grote groep deelnemers besloten hun middag te besteden op de Donauinsel, een prachtige plek om te zonnen en een rustig middagje te houden. Na een avondmaal in de stad was het dan tijd om naar Wiener Prater te gaan waar een amusementspark was gelegen. In dit park staat het welbekende reuzenrad waarmee heel Wenen is te overzien. De meerderheid van het gezelschap was zeer enthousiast om gebruik te maken van het reuzenrad en zodoende te genieten van Wenen bij nacht. De avond in het amusementspark werd afgesloten met een rit in een aparte achtbaan waarna een select groepje het nachtleven van Wenen, die ze eerder vanuit het reuzenrad hadden gezien, zijn gaan opzoeken.

Dag 8 bezoek Technisch Museum van Wenen Op zaterdag bezochten we met alle deelnemers het Technisch Museum van Wenen. Het museum had 4 verdiepingen vol met technische apparaten verdeeld in categorieën. Op de eerste verdieping stonden kleine natuurkundige proefjes waar men zich kon verwonderen over de verschijnselen in de natuurkunde. De meeste proefjes waren voor onze scheikundigen wel al bekend natuurlijk. De tweede, derde en vierde verdiepingen hadden tentoonstellingen van verschillende uitvindingen in chronologische volgorde. Zo kon je bijvoorbeeld zien hoe de boekdrukkunst zich in de tijd heeft ontwikkeld. Voor een kleine extra bijdrage gingen wij met ons gezelschap naar een show in de ‘High Voltage Room’. Hier werd met behulp van een enorme Van de Graaff generator lading opgewekt, zodat spectaculaire vonken te zien waren. Daarnaast liet één van onze deelnemers vrijwillig stroom door haar heen voeren waardoor de haren omhoog gingen staan. Het was in ieder geval een leuk en gezellige bèta middag.

Dag 9 Schloss Schönbrunn Op zondag 4 mei werd een bezoek gebracht aan Schloss Schönbrunn, een van de belangrijkste culturele erfgoederen van Oostenrijk en misschien wel beter bekend als het zomerpaleis van keizerin Sissi.

Origin - Universiteit Leiden

25


Unesco World Heritage lijst geplaatst. Als je vanuit het paleis de tuin in stapt, is het eerste dat je opvalt het belvedère op de heuvel, de Gloriette. Maria Theresa heeft de Gloriette laten bouwen ter ere van de machtigheid van de Habsburgers. Bezoekers kunnen naar het uitzichtplatform bovenop de Gloriette voor een mooi panorama van Schloss Schönbrunn en het achterliggende Wenen.

Dag 10 bedrijfsbezoek Boehringer Ingelheim & Intercell Al in de 17e eeuw werd op de huidige plek van Schloss Schönbrunn een jachtslot gebouwd door de Habsburgers, een belangrijk Europees vorstengeslacht. Uit deze tijd stamt ook de naam ‘Schönbrunn’, wat ‘mooie bron’ betekent. Het hof consumeerde water uit een nabije bron en volgens de legende riep keizer Maximiliaan II toen hij deze voor het eerst zag: ‘Wat een mooie bron!’. Het jachtslot van de Habsburgers werd in 1683 tijdens het Turks beleg van Wenen verwoest en nooit herbouwd. Na de overwinning op de Osmanen kreeg een Oostenrijkse barokarchitect van keizer Leopold I de opdracht een nieuw jachtslot te ontwerpen. Hierbij werd Versailles als voorbeeld genomen. Het nieuwe slot bleef echter niet lang intact: toen Maria Theresa ongeveer 50 jaar later gekroond werd tot keizerin, liet zij Schönbrunn tot haar officiële zomerresidentie in rococostijl ombouwen. Hiermee heeft zij haar sporen achtergelaten; want hoewel we inmiddels zo’n 275 jaar later leven, is nog steeds een groot deel van het paleis ingericht in de zogenaamde ‘Theresiaanse’ stijl. In Schloss Schönbrunn zijn in totaal veertig kamers, compleet met authentieke inrichting, open ter bezichtiging. In een kamer met een lambrisering van walnotenhout met bladgouden versiering hield keizer Frans Jozef I audiëntie. Frans Jozef trouwde in 1854 met zijn nicht Elisabeth, zij is later bekend geworden als keizerin Sissi. Hoewel zij gedurende haar leven steeds minder in Wenen aanwezig was, wordt de bezoeker van Schloss Schönbrunn regelmatig aan haar herinnerd door de vele portretten. Zoals genoemd heeft vooral Maria Theresia haar stempel weten te drukken op het paleis. Ze had een grote voorliefde voor, de destijds modieuze, kunst uit China en Japan. De tuinen van Schönbrunn zijn sinds 1779 open voor het publiek en zijn sindsdien ook een belangrijke recreatieplek voor de Weense bevolking. Samen met het paleis zijn ze in 1996 op de

26

Origin - Universiteit Leiden

Op de laatste volledige dag in Wenen bezochten we twee bedrijven. ’s Ochtends vertrokken we vroeg om het farmaceutisch bedrijf Boehringer Ingelheim te bezoeken. Hier kregen we een introductie van een Nederlandse manager die naar Wenen geëmigreerd is. Hij vertelde ons over het onderzoek van Boehringer Ingelheim en de geschiedenis van het bedrijf. Tijdens een rondleiding kregen we een kijkje in het onderzoek naar nieuwe moleculen voor het ontwerpen van nieuwe medicijnen. Een visuele 3D demonstratie was spectaculair om de ‘gewone’ chemische moleculen nu eens anders te bekijken, wat heel nuttig bleek bij het begrijpen van interacties van kleine moleculen met bepaalde enzymen. ‘s Middags bezochten we Intercell alwaar we eerst een inleidend praatje kregen. Hieruit bleek dat het nog een relatief klein bedrijf was en dat ze zich vooral bezighouden met het maken van vaccins ter preventie en behandeling van infectieziekten. Na het praatje kregen we een rondleiding door een deel van het laboratorium.

Dag 11 terugreis naar Nederland De meeste deelnemers gingen op deze laatste dag nog even snel winkelen in het centrum of lekker relaxen bij een van de vele cafés. Om 13.30 uur vertrokken we naar het vliegveld, dat bij aankomst erg rustig bleek waardoor we binnen 5 minuten ingecheckt waren. Hierdoor waren we echter nog een aantal uur te vroeg voor vertrek. Deze tijd werd met spelletjes en koffie doorgebracht in de lounge hoek van de StarBucks naast de gate. Om 17.25 uur vertrok het vliegtuig terug naar Nederland. Om 21.00 uur was iedereen weer aangekomen in Leiden en was de reis ten einde. De commissie en de deelnemers zagen terug op een succesvolle reis en de deelnemers hadden een verzadigd maar tevreden gevoel overgehouden aan een informatieve en gezellige reis. We kunnen niet wachten tot de volgende buitenlandreis!


Leiden Classical en Classical Builder:

Moleculaire modellen op het beeldscherm Leidse scheikundestudenten hoeven (reactie-)dynamica niet langer droog uit een boekje te leren. Ze krijgen nu hulp van Classical, een open-sourceprogramma dat realistische moleculaire modellen niet alleen kan simuleren maar ook op het computerscherm kan tonen. De applicatie is ontwikkeld door de Theoretische Chemie groep van het Leids Chemisch Instituut. In het afgelopen jaar zijn inmiddels al een aantal projecten geweest waarin studenten met het programma konden werken.

Zo’n dertigduizend computers over de hele wereld zijn nu al aangemeld op http://boinc.gorlaeus.net. De site biedt ook de nodige informatie, voorbeelden en programmatuur. Alles is klaar voor gebruik, voor iedereen die een bijdrage wil leveren of zelf modellen wil opzetten en doorrekenen.

Simulatie bouwen

Model van een zoutzuurmolecuul in een wateromgeving. Dit is een

Onlangs is in samen werking met de Hoge School Leiden de Classical Builder gebouwd. Deze Java3D applicatie stelt de gebruiker in staat om een simulatie op te bouwen of een van de voorbeelden in te laden en die aan te passen met behulp van een grafische omgeving die speciaal is ontworpen voor dit soort werk.

eerstejaars project geweest.

Real-time In Classical voeren studenten gegevens in over atomen en hun onderlinge interacties. Op basis daarvan rekent het programma de verschillende moleculaire systemen door en kan het de dynamica daarvan tegelijkertijd visualiseren. Studenten kunnen nu verschillende modellen bestuderen, aanpassen en doorrekenen gebruik makende van de gangbare wetten van Newton.

Dertigduizend computers Vaak blijken er veel mogelijkheden binnen een model te kiezen en een enkele computer heeft voor het veelvuldig doorrekenen dan al vaak uren nodig. Daarom kan er ook gebruik gemaakt worden van een ‘grid’, een netwerk van computers die elk een stukje van de benodigde rekencapaciteit leveren.

Origin - Universiteit Leiden

27


Gorlaeus voor een weekje vervangen Het is mij een eer en genoegen u een verslag te mogen brengen over de jaarlijkse Buitenlandse excursie der L.P.S.V. „Aesculapius”. Na een jaar aan voorbereidingen te hebben getoffen aan wat bekend staat als de BUEX onder de Aesculapen, was het op 19 April 2008 dan eindelijk zover. Aesculapius vloog met een select groepje van

L.P.S.V. ‘Aesculapius’

30 personen met Finnair naar Tokio, Japan.

28

Onze begeleiders voor deze reis, Prof. Dr. M. Danhof, wetenschappelijk directeur van het LACDR en Prof. Dr. D.D. Breimer voormalig rector magnificus van Universiteit Leiden beiden Japan fanaten zouden we eenmaal aangekomen in Tokio in de avond treffen in ons hotel. Op dezelfde avond zijn we uitgenodigd door onze japanse begeleider, de vooraanstaande Prof. Dr. T. Nagai, om met hem op z’n japans te gaan barbeque-en. Die avond leerden we o.a. dat Sapporo een van japan’s beste bieren was, dat Nagai Sensei naast zijn ongelofelijke prestaties op farmaceutisch gebied tevens even ongelofelijke prestaties kon leveren op het gebied van snel een biertje opdrinken, zelfs vergeleken met onze bestuursmannen en dat zegt heel wat en dat op z’n japans barbeque-en een indoor activiteit was. De avond vloog om en voordat we het wisten was het weer tijd om terug naar ons hotel te gaan want een drukke week met een spectaculair programma stond ons te wachten. Immers 3 pharmaceutische bedrijven, 2 instituten, 2 universiteiten, culturele activiteiten en diverse diners stonden op het programma. De aftrap begon met een bezoek aan Sankyo Research Institute, een onderdeel van het bedrijf Daiichi Sankyo. Daiichi Sankyo doet onderzoek en ontwikkeld geneesmiddelen op het gebied van diabetes, cardiovasculaire aandoeningen en kanker. Erg interessant voor ons als Leidsche bio-pharmaceuten gezien er binnen ons eigen faculteit, bij het LACDR afdelingen zijn die zich eveneens in deze onderwerpen verdiepen. Na een interessante ochtend en een heerlijke japanse lunch doken we weer als echte japanners het metrosysteem in om de wijk Ginza, bekend om zijn dure winkels, eens van dichtbij te bekijken.

Origin - Universiteit Leiden

Helaas, bleef het inderdaad bij kijken omdat de gemiddelde student zich geen merken zoals Gucci en Louis Vitton kon veroorloven. Na deze winkeltocht vertrokken we naar het Japans-Nederlands instituut waar er een presentatie is gehouden over de betrekkingen tussen Japan en Nederland en waar we hebben genoten van een receptie. De dag eindigden we met een late maaltijd bij “Mosburger”, een fastfood restaurant, onder het motto je moet toch alles een keer hebben geprobeerd in Japan. De volgende dag ontbeten we met een rijstbal en misosoep. De misosoep werd na een week beter bekend als zeewiersoep onder de BUEX-gangers en leidde bij sommigen tot dieeten of ontbijt inslaan bij de 24 uurs geopende winkel op de hoek. Na het ontbijt vertrokken we in de vroege uurtjes naar Tsukuba, een wetenschappelijke voorstad van Tokyo. Daar bezochten we Eisai pharmaceuticals en Banyu pharmaceuticals. Beide bedrijven waren zo schoon dat het leek alsof de schoonmaker continu aan het werk was en merkten we dat ze een groot deel van de winst van het bedrijf terug lieten vloeien naar de afdeling Research and Development. Woensdag en donderdag was het dan de beurt aan de universiteiten. Bij Tokyo University, nummer 12 op de ranglijst van werelds beste universiteiten, kregen we indrukwekkende onderzoeksverhalen over vorderingen omtrend crossing the blood brain barrier en alzheimer te horen en tevens een ongecensureerde rondleiding door de labruimtes van de universiteit. Bij Keio University, een prive universiteit, werden we totaal anders ontvangen. De opzet was dat we in groepjes werden opgedeeld waarna de japanse studenten met de groepjes Tokyo gingen verkennen. De intergratie was op deze dag optimaal en iedereen kwam terug met enthousiaste verhalen. Ook hebben prof. Danhof, prof. Breimer en prof. Nagai lezingen gehouden naast de lezing van prof. Sakamoto. In deze twee dagen bezochten we tevens Akihabara (electric town), daar waar alle nieuwste gadgets worden verkocht, verschillende japanse tempels en shrines. In de avonduren waren we aanwezig bij een Leiden club party, welke gehouden werd in een 5 sterren ho-


door Tokyo tel. Ook aanwezig waren o.a. voormalig ambasadeur van Japan en vertegenwoordigers van beide universiteiten. De avond begon met speeches van allerlei prominente aanwezigen en een japanse proost die ingezet werd door prof. Nagai. Nee, het proosten op z’n japans vergeten we nooit meer nadat we herhaaldelijk “Ganpei” hebben geroepen. Op verzoek van prof. Nagai en andere aanwezigen hebben we ook ons mooie verenigingslied laten klinken. Later op de avond leerden een paar BUEX gangers dat japanners van volle glazen houden dus als men geen dorst mee heeft moet je je glas niet steeds leeg drinken, vooral niet als het om sake gaat. Op donderdagavond stond een diner met Elsevier science publishers op het programma. We hebben genoten van een ‘japans met een westers tintje’-buffet en tevens vloeiden de alcoholische versnaperingen rijkelijk. Tijdens het diner werd gesproken over waar Elsevier science publishers zich mee bezig hield en wat er allemaal afspeelde in de kantoren van Elsevier in Japan. Na twee dagen waarin voornamelijk de universiteiten in de schijnwerpers stonden gingen we naar ons laatste bedrijvenbezoek, Taisho Omiya, een bedrijf vergelijkbaar met Unilever. Ze produceren van vitaminedrankjes tot aan tandpasta. Taisho liet ons zien dat Japan inderdaad voorliep wat betreft automatisering. Een afdeling had slecht 15 mensen als personeel en hun taak was toezicht houden dat alle processen, uitgevoerd door robotten en machines, goed verliep. Echter, merkten we al gauw dat Japan vele kanten had want voordat we het wisten stonden we in de middag in Omiya bonsaiboompjes te bekijken. Na de bonsaiboompjes brachten we nog een bezoek aan de Nederlandse ambasade in Tokyo en ’s avonds was het alweer tijd voor het traditionele einddiner gehouden in de Metropolitan hotel. Hier namen we tevens afscheid van onze begeleiders nadat we ze hadden bedankt voor hun vele inzet want zonder hen zou ondergetekende, h.t. assessor II aescualpii en menig andere veel meer moeite hebben moeten doen voor de afgelopen reis. De reis zou zelfs onmogelijk zijn geweest zonder hulp van prof. Danhof, prof. Breimer en prof. Nagai. Nu alle “officiele” activiteiten afgelopen waren, was het tijd om het uitgaansleven in Tokyo te verkennen.

Zo gingen we na het einddiner met z’n allen gehuld in ons BUEX-polo’s stappen in Ropongi, waar de meest trendy bars te vinden zijn. In Ropongi vertoefden we tot in de vroege uren zodat we meteen door konden gaan naar de beroemde Tsujiki fishmarket om 5 uur in de ochtend. Het geplande gezamelijke ontbijt op de vismarkt hebben de meesten niet meer gehaald want slaap stond bij de meesten toch hoger in het prioriteitenlijstje dan voedsel na een drukke week en een nacht zonder een oog dicht te hebben gedaan. Zaterdag en zondag ging ieder hun weg om Tokyo en omgeving te verkennen. Een delegatie Aesculapen hebben nog een ontmoeting gehad met studenten van een pharmaceutische studentenvereniging in Tokyo. Verder passeerden een baseball stadion, een rondreis door Tokyo en een ongeplande hike op de Takao mountain de revue. BUEX 2008 naar Tokyo is een leerzame en een onvergetelijke reis geweest. Voor velen van ons was het de eerste keer naar Japan en hopelijk niet de laatste... Rest mij alleen nog te zeggen, Vivat Crescat Floreat, „Aesculapius”. Assessoraat hoog! Ana Lee h.t. assessor I aesculapii

Origin - Universiteit Leiden

29


Wat vindt jij leuk aan Origin? Beste scholier, Zoals bekend is Origin een magazine van de Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen, gericht op de studenten en medewerkers van de opleidingen Bio- Farmaceutische Wetenschappen, Biologie, Molecular Science & Technology en Life Science & Technology. Origin wordt ook onder geïnteresseerde scholieren verspreid zodat zij kennis kunnen maken met de wondere en boeiende wereld die onze faculteit is. Origin is in de afgelopen jaren tot stand gekomen in samenwerking met het Platform Bèta Techniek, een organisatie die van de overheid de opdracht heeft gekregen om te zorgen voor voldoende kwalitatief goed opgeleide bèta’s en technici. Het Platform Bèta Techniek wil graag weten wat jij als scholier van Origin vindt. Op www.originmagazine.nl vind je

30

Origin - Universiteit Leiden

een enquêteformulier met tien vragen en wij zouden het fijn vinden wanneer je dit formulier zou willen invullen. Om het ook de moeite waard te maken verloten we een aantal prijzen onder de scholieren die de enquête invullen. De hoofdprijs is een ballonvaart met de luchtballon van de Universiteit Leiden en de Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen voor twee personen. Daarnaast verloten we ook nog tien museumjaarkaarten. In Leiden alleen al kan je bij acht musea terecht, waaronder de Hortus Botanicus, Naturalis en Museum Boerhave. Het formulier moet wel voor 15 augustus 2008 worden ingevuld. Wij beseffen dat er vaak gevraagd wordt om enquêtes of formulieren in te vullen dus we willen je alvast bedanken voor de moeite. De Originredactie


Agenda Vrijdag 8 augustus tot zondag 10 augustus

Maandag 1 september

Eerstejaarsweekend Studieverenigingen

Eerstejaars Boekproject De eerstejaars van de opleidingen wiskunde, informatica, sterrenkunde, natuurkunde en biologie zijn uitgenodigd om mee te doen aan het Eerstejaars Boekproject. Zij lezen en bespreken het boek Tirza van Arnon Grunberg en zijn welkom in de Hooglandse Kerk om daar vragen te stellen aan de schrijver.

Maandag 11 augustus tot vrijdag 15 augustus EL CID-week 2008 Onder het motto “Livin’ la Vida Leiden” worden de nieuwe eerstejaars wegwijs gemaakt in Leiden.

Maandag 1 september Opening Academisch Jaar Plechtige opening van het academisch jaar 2008/2009 in de Leidse Pieterskerk.

Agenda

Promoties Dinsdag 24 juni, 15.00 uur

Donderdag 26 juni, 13.45 uur

Promotie: Titel:

Promotie: Titel:

Promotor:

E.L. Munteanu Dynamics and regulation at the tip: A high resolution view on the microtubule assembly Prof.dr. M. Dogterom

Promotor:

I. van der Sluijs Divergent mating preferences and nuptial coloration in sibling species of cichlid fish Prof.dr. J.J.M. van Alphen Prof.dr. O. Seehausen (Univ. Bern, Zwitserland)

Woensdag 25 juni, 16.15 uur Promotie: Titel:

Promotor:

O.M. Shir Nichting in derandomized evolution strategies and its applications in quantum control Prof.dr. T.H.W. Bäck

Donderdag 26 juni, 15.00 uur Promotie: Titel: Promotor:

M.O. de Kok Broken Symmetries in Field Theory Prof.dr. P.J. van Baal Prof.dr. J.W. van Holten (VU A’dam)

Promoties Origin - Universiteit Leiden

31


Nieuwe geneesmiddelen ontdekken in Leiden.

Nog steeds zijn er veel ernstige ziektes waar geen medicijn voor bestaat. Ontdekking van nieuwe geneesmiddelen is dan ook van groot belang. De uitdaging is om de snelheid waarmee nieuwe geneesmiddelen worden ontwikkeld terug te brengen en het aantal stoffen wat ook echt op de markt komt te verhogen. Daardoor worden geneesmiddelen goedkoper en beschikbaar voor iedereen. www.science.leidenuniv.nl

Universiteit Leiden. Universiteit om te ontdekken.

20072008 origin#4  
Read more
Read more
Similar to
Popular now
Just for you