Page 1

���������� ���������� ��������

������������������������������������������������������������������������������

A new European dimension to zebrafish research

Genieten van 70° noorderbreedte

Life Science Symposium De groene bril van de Leidse Biologen Club


Redactioneel

Inhoud

Winnaars

Nieuws

3

“Sports serve society by providing vivid examples of excellence.” – George F. Will

Proteins killing tumour cells

4

De week van: Chantal Stoffelsma

8

De Amerikaanse journalist en publicist George F. Will heeft gelijk. Sport geeft de samenleving levendige en prominente voorbeelden van uitmuntendheid. Aan bekende sporters zien we dat succes het resultaat is van hard werken en doelbewustheid. Ook weet iedereen dat het leven van een topsporter geen rechte lijn naar overwinningen is. Hetzelfde geldt voor natuurwetenschappers. Discipline, samenwerking, een helder doel voor ogen en het vermogen om niet op te geven bij tegenslagen zijn de ingredienten voor wetenschappelijke topprestaties. De uitblinkers van 2007 van onze faculteit hebben we tijdens de nieuwjaarsreceptie geëerd. Ook die topprestaties zijn levendige voorbeelden van excellentie. Vervang “Sports” door “Science” en de stelling van Will wordt niet minder waar. Jörn Venderbos

Colofon , jaargang 3, nummer 3, april 2008 Oplage:

6.200

Redactieadres: Origin Magazine Einsteinweg 55 2333 CC Leiden info@originmagazine.nl www.originmagazine.nl Redactie:

2

Hoofdredactie: Gert Jan van Helden Eindredactie: Jörn Venderbos, Johan Detollenaere

Origin - Universiteit Leiden

A new European dimension to zebrafish research

12

Chemokine receptoren in Zebravissen

15

Genieten van 70° noorderbreedte

17

Bio-imaging: imagine every detail

24

Toekomstperspectief scheikundigen CDL

26

De groene bril van de Leidse Biologen Club

28

Agenda

31

4

12

26

30

Aan Origin werkten mee: Aan Origin werkten mee: Mathieu Noteborn, Ad IJzerman, Andreas Bender, Annemarie Meijer, Pieter van Boheemen, Chi Ting Fung, Erica Benard, Chantal Stoffelsma, Thijs Groenewegen, Sander Pronk en Alette Ouwerling. Drukkerij:

Drukkerij Groen, Leiden

Opmaak:

teambart

Origin en al haar inhoud © Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen, Universiteit Leiden. Alle rechten voorbehouden.


Nieuws Oratie Prof.dr. Jan van Driel ‘Goede oren voor leerlingen, daar gaat het om’ Op maandag 7 januari werden de Juryprijs, publieksprijs en de onderwijsprijs uitgereikt tijdens te ‘Je bent pas een goede docent als je genoeg praktijkervaring hebt opgedaan’, vindt Jan van Driel. Daarom pleit de hoogleraar Didactiek van de natuurwetenschappen ervoor de lerarenopleiding voort te zetten in de beroepspraktijk. Vrijdag 7 maart hield hij zijn oratie. In zijn oratie pleitte Van Driel voor het voortzetten van de lerarenopleiding in de beroepspraktijk. ‘Uit ervaring weten we dat in de eerste helft van de lerarenopleiding de aandacht van de leraren in spe nog sterk gericht is op het klassenmanagement. Onderzoek wijst uit dat zelfs in het tweede deel van de opleiding het leren van basale vakdidactische noties en vaardigheden slechts gedeeltelijk succesvol verloopt. Voor de ontwikkeling tot volwaardig vakdocent moeten we zoeken naar een organisatie van de lerarenopleiding waarin het leerproces tijdens de eerste periode van de beroepsuitoefening wordt voortgezet.’

Archeologen welkom bij de Bètafaculteit Eind januari presenteerde de Task Force Graduate Studies haar rapport over de academische en organisatorische vormgeving en inbedding van de Leidse Graduate Schools. Met de strategische doelstelling van de Universiteit Leiden haar profiel als internationale Research en Graduate unversiteit aan te scherpen als richtsnoer, heeft de Task Force een helder plan geformuleerd om van de Graduate Schools levendige en excellerende onderzoeksscholen te maken. Het Colleg van Bestuur heeft op grond van het rapport van de Task Force Graduate Studies in een bestuurlijke reactie laten weten het eens te zijn met het voorstel tot herschikking van de faculteiten binnen onze universiteit. De kleine faculteiten moeten onderdeel worden van de grotere faculteiten, waarbij het College een nieuwe faculteit der Geesteswetenschappen beoogt. Deze nieuwe faculteit moet het resultaat zijn van een fusie tussen Letteren, Wijsbegeerte, Godsdienstwetenschappen en Kunsten. Het College heeft aangegeven geen bezwaar te hebben tegen een fusie van W&N en Archeologie, waarbij archeologie als een instituut

binnen de faculteit W&N zou moeten functioneren. Zowel W&N als Archeologie zijn enthousiast over de mogelijkheden die een fusie zou kunnen bieden. De raakvlakken zijn duidelijk zichtbaar. De archeologen hebben een goed presterend onderzoeks- en onderwijsbedrijf en hebben de laatste jaren onmiskenbaar aanknopingspunten met het bètadomein gezocht.

Life Science Symposium groot succes Op 6 maart 2008 vond het Life Science Symposium “Imagine every detail” plaats, georganiseerd door studieverening LIFE. Het was studievereniging LIFE gelukt om grote namen naar Leiden te halen, zoals professor Gerber uit Zwitserland en Cees Dekker uit Delft. Ook Nobelprijs winnaar Sir John Walker had toegezegd, maar moest om gezondheidsredenen op het laatste moment afzeggen. Dat deed aan de uitzonderlijke sfeer en kwaliteit van het symposium niets af. Professor Jan Pieter Abrahams nam de lezing van professor Walker over. Abrahams had als leerling van Walker zelf meegewerkt aan het bekroonde onderzoek. Een volle zaal, een serie boeiende lezingen en interessante workshops maakten het symposium tot een geslaagde event.Verder in dit nummer lees je meer over dit bijzondere symposium.

Frank de Boer is benoemd tot hoogleraar Software Correctheid Dr. Frank S. de Boer is per 15 februari bij de Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen benoemd tot hoogleraar Software Correctheid. De Boer blijft daarnaast als senior onderzoeker werkzaam bij het nationale onderzoeksinstituut Centrum voor Wiskunde en Informatica (CWI) in Amsterdam. De Boer (1956) studeerde in 1985 af in de filosofie in Groningen. In zijn studie legde hij al accenten op de wiskundige logica en de informatica. Na zijn afstuderen ging de Boer aan de slag als onderzoeker en promovendus bij het CWI, in het kader van het informatietechnologieprogramma ESPRIT van de Europese Unie. De Boer promoveerde in 1991 in de informatica op het

Nieuws Origin - Universiteit Leiden

3


Proteins killing tumour cells Huidige antikankertherapieën zijn gelimiteerd door hun toxiciteit voor normaal weefsel en therapieresistentie van tumorcellen. De afgelopen jaren zijn een beperkt aantal eiwitten van uiteenlopende herkomst gevonden, die geprogrammeerde celdood (apoptose) induceren in tumorcellen, maar gezonde normale cellen ongemoeid laten. Deze bijzondere eiwitten (b)lijken te reageren met processen in tumorcellen, die niet aanwezig (b)lijken te zijn in normale

voor het eerst hun kennis over deze zeer boeiende eiwitten aan elkaar uitgewisseld. In dit overzicht geef ik een korte impressie van de eerste workshop over deze medisch en wetenschappelijk relevante tumorspecifieke eiwitten. Meer gedetailleerde informatie over de lezingen van de workshop “Proteins Killing Tumour Cells” is te vinden op de website van het Lorentz Center te Leiden.

gezonde cellen. Deze kennis kan ons fundamentele aspecten leren

Lorentz Center Workshop

voor wat betreft het ontstaan van tumorcellen. Daarnaast zijn de

Het feit dat ons apoptin onderzoek in Leiden een van de eerste studies naar tumorspecifieke apoptoseinducerende eiwitten is geweest, liet eind 2006 prof Mahvash Tavassoli King’s College, Londen, Engeland, voorstellen samen met dr Claude Backendorf, prof Jannie Borst, Nederlands Kanker Instituut, Amsterdam, en mij een Lorentz Center workshop binnen de muren van de Universiteit Leiden te gaan houden (Figuur 2). Nadat wij onze aanvraag voor de workshop gehonoreerd hadden gekregen door het Lorentz Center, zijn wij medio 2007 met enorme steun van de medewerkers van het Lorentz Center en diverse sponsors bezig gegaan met de daadwerkelijke organisatie van onze workshop. Onder andere de poster (zie Figuur 3) van de workshop werd gebruikt om de aandacht van geïnteresseerde onderzoekers te trekken. Van 29 oktober tot en met 2 november 2007 hebben ongeveer 50 onderzoekers uit alle delen van de wereld lezingen gegeven, posters gepresenteerd en/of met elkaar gediscussieerd. Daarnaast hebben een behoorlijk aantal “lokale” onderzoekers de weg naar het Lorentz Center gevonden en zijn 1 of meerdere dagen onze workshop komen bezoeken (Figuur 4). Hieronder volgt een korte bloemlezing van enkele hoogtepunten van de workshop.

potentiële toepassingen voor nieuwe antikankertherapieën natuurlijk mogelijk nog interessanter.

PROF DR MATHIEU NOTEBORN, MOLECULAIRE GENETICA, LIC, UNIVERSITEIT LEIDEN

In Leiden wordt door ons al jaren gewerkt aan een van deze bijzondere eiwitten, namelijk het vogelvirus afgeleide eiwit apoptin. Een aantal onderzoeksgroepen uit de Verenigde Staten, Canada, China, Engeland en Australië hebben navolging gegeven aan ons voorbeeld. Ook zij zijn aan apoptin gaan werken. Weer andere onderzoeksgroepen hebben functioneel vergelijkbare eiwitten gevonden, zoals is weergegeven in Figuur 1, afgeleid van virussen, cellen of zelfs van moedermelk. Onlangs zijn wetenschappers bijeengekomen In het Lorentz Center in Leiden. Zij hebben

Proteins Killing Tumour Cells

Afgeleid van Apoptin

Chicken anemia virus

E4Orf4

Adenovirus

HAMLET

Humane moedermelk

Mda-7

Humane cellen

NS1

Parvovirus-H1

TRAIL

Humane cellen

Figuur 1. Een aantal van herkomst virale, cellulaire of moedermelk eiwitten bezitten een tumor-specifieke celdodende activiteit.

4

Origin - Universiteit Leiden

Combinatie van celtransformatie en apoptose onderzoek Naast de logische interesse voor de tumorspecifieke apoptose-inducerende eiwitten, hebben wij tijdens de workshop ook uitgebreid gesproken over eiwitten en processen die ten grondslag liggen aan het ontstaan van tumorcellen. Immers de eiwitten die specifiek apoptose kunnen induceren in tumorcellen, hebben


Figuur 2. De organisatie van de eerste workshop “Proteins killing Tumour Cells” in het Lorentz Center te Leiden. V.l.n.r.: Dr Claude Backendorf, prof Mahvash Tavassoli, prof Jannie Borst en prof Mathieu Noteborn.

Een bijzonder boeiende lezing werd gegeven door blijkbaar tumorgerelateerde processen nodig voor prof Catharina Svanborg (Lund, Zweden; Figuur 5). hun activatie. In feite is dit een paradox: TumorsHet eiwit Human α-lactalbumin Made Lethal to pecifieke apoptose-inducerende eiwitten activeren Tumor cells (HAMLET) is een eiwit-lipide complex specifiek apoptose in tumorcellen die kunnen overledat geproduceerd wordt uit humane moedermelk. ven doordat hun apoptosemachinerie defect is geraakt. HAMLET bevat een bijzondere, deels open, α-lactalEchter, dit gegeven maakt ons onderzoeksgebeid zo fascinerend. bumin structuur, die kan binden aan het lipide “oleic Presentaties van dr Jason Arroyo (Boston, VS) en prof acid”. Dit complex dringt door zowel cytoplasmatiJames Pipas (Pittsburg, VS) behansche als kernmembranen van een delden transformerende processen een eiwit-lipide complex tumorcel, maar kan veel minder doordringen in membraanin humane cellen, die geïnduceerd dat geproduceerd wordt uit worden door eiwitdomeinen afgeleid structuren van normale cellen. van het DNA tumorvirus SV40. Dr In de tumorcel worden door de humane moedermelk Dongjun Peng (Leiden en Wuhan, opname van HAMLET specifiek China) liet zien dat deze transformerende proceseen aantal genen op transcriptioneel niveau en op eiwitniveau veranderd, wat resulteert in de inductie sen nodig zijn voor de activatie van apoptin eiwit. De van apoptose. Klinische experimenten met HAMLET kennis uit 2 geheel verschillende onderzoeksgebieden op bijvoorbeeld patiënten, die leden aan blaaskanker, binnen de oncologie kwamen hier op een bijzondere bleken zeer succesvol. wijze bijeen.

Mda-7 en HAMLET

Virus-afgeleide eiwitten E4orf4 en NS1

Dr Rajagopal Ramesh (Houston, VS) presenteerde het niewe tumorsuppressor eiwit “melonoma differentiation associated gene-7” (mda-7), ook bekend als “interleukin 24” (IL-24). In tumorcellen is het mda-7 eiwit niet detecteerbaar. Echter, overexpressie van mda-7 met behulp van bijvoorbeeld een adenovirus vector of via nanodeeltjes resulteerde in selectieve celdood in humane tumorcellen en niet in normale cellen. Ook blijkt mda-7 een remmende invloed te hebben op de bloedvatvorming rondom tumoren. De eerste klinische experimenten zijn inmiddels in voorbereiding.

Prof Jean Rommelaere (Heidelberg, Duitsland) werkt al jaren aan het parvovirus-H1 afgeleide eiwit NS1, dat specifiek tumorcellen kan doden. Hij toonde aan dat “retargeting” van caseine kinase II α (CKII α) door NS1 cruciaal is in de oncolytische activiteit van het parvovirus-H1. Deze kennis toont aan dat de oncolytische activiteit van NS1 een gereguleerd tumorcelgerelateerde proces is. Momenteel zijn de onderzoekers in Heidelberg naarstig op zoek naar cellulaire partners die affiniteit hebben voor het NS1/ CKII α complex.

Origin - Universiteit Leiden

5


De lezing van dr Josée Lavoie (Quebec, Canada) liet zien dat het adenovirus afgeleide eiwit E4orf4 tumorspecifieke apoptose induceert door een interactie aan te gaan met oncogene Src kinasen resulterend in actine veranderingen, dat tot uiting komt in een verlaging van de integriteit van het Golgi-complex. Hierdoor zal de tumorcel in apoptose gaan. Deze resultaten tonen aan dat met behulp van E4orf4 studies een verschil in het bewaken van de integriteit van het Golgi-complex tussen tumor en normale proces kon worden aangetoond. Dit verschil kan mogelijk gebruikt worden voor de ontwikkeling van een nieuwe antikankertherapie.

Apoptin onderzoek in Leiden en elders Het is natuurlijk bijzonder verheugend te zien dat mijn oorspreonkelijke ontdekkingen met apoptin door andere onderzoekers navolging en zelfs uitbreiding naar andere vergelijkbare eiwitten hebben gekregen. Hieronder volgt nog een meer specifiek exposé over de vorderingen van het apoptin onderzoek in Leiden en elders, zoals dat tijdens de workshop werd belicht.

TumorCells_08def.indd 1

17-8-2007 15:48:47

Figuur 3. Poster van onze workshop die geheel in de Lorentz Center huisstijl werd samengesteld door SuperNova Studios, Den Haag aan de hand van een fluorescentiemicroscoop opname van Ir Rhyenne Zimmerman

6

Origin - Universiteit Leiden

Figuur 4. Veelal jonge wetenschappers bezochten de workshop.

In samenwerking met onderzoekers uit Wuhan, China, hebben wij onlangs een 2-tal nieuwe therapeutische strategieën ontwikkeld. De ene strategie is gebaseerd op het koppelen van het apoptin gen aan een eiwit dat specifiek door lever(tumor)cellen kan worden opgenomen. Dierproeven lieten heel duidelijk zien dat apoptin tot expressie kwam in lever en in levertumorcellen, maar dat alleen de levertumorcellen in apoptose gingen en niet de normale levercellen. De andere strategie is gebaseerd op het maken van een apoptin eiwitproduct dat in staat is in normale en tumorcellen binnen te dringen en specifiek tumorcellen te doden. Ook al is de weg naar de kliniek nog lang, deze gegevens laten duidelijk de therapeutische potentie van het apoptin eiwit zien. Naast de therapeutische interesse is het onderzoek met apoptin natuurlijk van belang voor wat betreft het aantonen van verschillen in processen van tumor versus normale cellen. Deze verschillen kunnen zogenaamde drugtargets opleveren (Figuur 6). Onderzoek in Leiden heeft aangetoond dat in tumorcellen een specifieke kinase-activiteit aanwezig is die van belang is voor de activatie van belang. Dit apoptin-gerelateerde kinase is een mogelijke drugtarget. In samenwerking met de groep van prof Mahvash Tavassoli in Londen zijn we nu druk bezig dit tumorspecifieke kinase biochemisch te identificeren. Studies uitgevoerd door Dr. Jose Teodoro (Montreal, Canada) samen met prof Michael Green (Worcester, VS) heeft aangetoond dat apoptin in tumorcellen het “anaphase promoting complex” kan inactiveren resulterend in inductie van apoptose. Met behulp van


de tegenwoordig zeer populaire “RNA-interference” techniek bleken zij in staat een specifieke component van het “anaphase promoting complex” in tumorcellen minder aanwezig te laten zijn. Hierdoor gingen de tumorcellen dood. Een tweede potentiële drugtarget gebaseerd op onderzoek aan apoptin is dus gevonden. Momenteel weken wij aan andere apoptin-interacterende eiwitten. Ir. Rhyenne Zimmerman (Leiden) presenteerde gegevens over een apoptin partner die tumorsuppressor activiteit bevat. Mogelijk verklaart haar onderzoek de inactiviteit van apoptin in normale gezonde cellen. In tumorcellen is de tumorsuppressor p53 heel vaak niet meer functioneel, maar wel verwante eiwitten zoals p73. Dr Poramaporn Klamrit (Londen, Engeland) toonde in p53-deficiente tumorcellen aan dat apoptin in staat is het niveau van functioneel p73-isoform en zijn “downstream” proapoptotisch substraat PUMA te verhogen. Hierdoor zullen tumorcellen in apoptose kunnen gaan. Een groot aantal conventionele antikankertherapieën heeft actief p53 nodig en apoptin blijkt dus een alternatieve route te kunnen gebruiken in tumorcellen. Al deze gegevens laten zien hoe bijzonder actief het onderzoek aan apoptin wereldwijd is geworden.

Toekomst In conclusie, een nieuw wetenschappelijk netwerk zag in Leiden in het najaar van 2007 het daglicht. Onze Lorentz Center workshop toonde duidelijk aan dat wereldwijd de enorme relevantie wordt onder-

Figuur 6. Een overzicht van de fundamentele onderzoeksresultaten en toepasbare mogelijkheden van het apoptin onderzoek.

kend van eiwitten met een tumorspecifieke apoptose activiteit. De kennis opgedaan met deze eiwitten als zodanig of in combinatie met meer conventioneel kankeronderzoek levert een wezenlijke bijdrage voor het begrijpen van het ontstaan van tumorcellen en het ontwikkelen van nieuwe verbeterde antikankertherapieën. Wat heeft de workshop naast het nieuwe netwerk opgeleverd? Momenteel wordt door een aantal op de workshop aanwezige jonge wetenschappers de laatste hand gelegd aan een verslag dat in een internationaal tijdschrift zal worden gepubliceerd. Een selectie van sprekers, die een lezing hebben gehouden op de workshop, schrijven op dit moment ieder een hoofdstuk voor het boek “Proteins Killing Tumour Cells”, dat naar verwachting nog dit jaar of begin volgend jaar in de serie “Apoptosis & Disease” door Research SignPost zal worden uitgegeven. De komende jaren zullen in het teken staan van het verder ontrafelen van onbekende tumorprocessen met behulp van een panel fascinerende tumorceldodende eiwitten dat hopelijk zal leiden tot wereldwijde klinische toepassingen.

Figuur 5. Prof Catharina Svanborg (rechts) in gesprek met prof Farzin Farzaneh uit Engeland en Christel Rothe Brinkman (links) uit Denemarken.

Origin - Universiteit Leiden

7


De week van..

Chantal Stoffelsma Ik ben Chantal Stoffelsma, 20 jaar en derdejaars Scheikunde student. Ik ben op dit moment bezig met de laatste studieonderdelen van mijn bachelor, zodat ik in september aan een masteropleiding kan beginnen.

Maandag 10 maart ‘s Ochtends moet ik bijtijds op, want om negen uur hoor ik aanwezig te zijn op mijn stage. Dit is de laatste week van mijn bachelorstage, die officieel zo’n 3 maanden duurt. Ik ben in oktober begonnen, maar aangezien ik een aantal weken vrij heb genomen voor o.a. tentamens ben ik nu pas klaar. Ik loop stage bij een scheikundige vakgroep, Soft Condensed Matter (SCM). Onze vakgroep is erg divers: er wordt onderzoek gedaan in de fysische chemie, naar drug delivery moleculen en naar polymeren. Met dat laatste onderwerp houd ik mij bezig. Op de gemiddelde stagedag sta ik voornamelijk op het lab en ben ik bezig met maken van moleculen voor de polymerisatie. Omdat het einde van de stage nadert, is het echte labwerk een

8

Origin - Universiteit Leiden

beetje voorbij en ben ik vooral bezig met metingen en karakterisaties. Zo kan ik zien of mijn polymeren zuiver genoeg zijn en welke eigenschappen ze hebben, met behulp van wat metingen en berekeningen kan ik bijvoorbeeld uitrekenen of ze uit de juiste hoeveelheid monomeren (eenheden) bestaan. Mijn stagedag eindigt meestal rond een uurtje of half zes. Vandaag moet ik wat eerder weg, want om kwart over vijf moet ik op Plexus zijn voor een vergadering met mijn bestuur. Ik ben dit jaar penningmeester van Stichting RooFS, dit is een stichting waarbij Leidse studenten hun kamer in de onderhuur kunnen doen aan een buitenlandse student, als ze bijvoorbeeld zelf een tijdje naar het buitenland gaan. We hebben een heel gezellig bestuur bestaande uit vier vrouwen. Tijdens de vergadering hebben we het onder andere over wat veranderingen die we willen doorvoeren op onze site, ook breng ik nog wat fi nanciële puntjes. Verder hebben we een uitnodiging voor een constitutieborrel die de week erop gegeven wordt; gezellig, vooral als blijkt dat we met drie van de vier erheen gaan. Na de vergadering ga ik snel door naar een cordialgenootje. Ik ben derdejaars bij Augustinus en met mijn cordial (jaarclub) eet ik elke maandag. Daarnaast gaan we samen op vakantie, naar feesten en nog meer leuke dingen. We zijn met vijftien vrouwen, dit zorgt dus altijd voor een gezellige, enigszins luidruchtige drukte. Na het eten gaan we eerst nog een drankje doen in de Roebels. Vervolgens gaan we door naar de borrel op Augustinus. Het is erg gezellig, maar ik maak het niet te laat, want de volgende dag is het weer gewoon vroeg op en naar stage.


Dinsdag 11 maart ’s Ochtends ben ik bezig op stage, maar na de lunch is het tijd voor college, met deze keer een gastspreker prof. Marc Koper. Het vak dat ik volg, gaat over katalyse en het gastcollege in het specifiek gaat over katalyse in de elektrochemie. Een belangrijk deel van het college wordt gewijd aan de brandstofcel die we nodig hebben als we waterstof als brandstof willen gebruiken. Door alle steeds maar opnieuw oplaaiende discussies over fossiele brandstoffen, blijft de brandstofcel een actueel onderwerp. Daarnaast krijgen we ook nog wat te horen over andere katalytische processen. Het college loopt wat uit, dus ik ga erna weer snel terug naar het lab om nog wat metingen te kunnen doen.

doorwerken op m’n stage. Woensdag is ook de dag dat ik altijd van vijf tot acht ’s avonds voor RooFS in Plexus werk. Ik ben vandaag voornamelijk bezig met de kamers van Leidse studenten aan een geschikte buitenlandse student te matchen. Er komen ook regelmatig studenten langs aan de balie met hun vragen, bijvoorbeeld over een specifieke kamer of, in het geval van buitenlandse studenten, als zij hun inschrijfgeld willen betalen (en daar word ik als penningmeester natuurlijk erg blij van). Het is erg interessant om wat langer met buitenlandse studenten te spreken over hoe ze Leiden ervaren. Soms hoor je dan schrijnende verhalen, zo had ik een paar maanden geleden een studente uit Frankrijk aan de balie. Omdat ze nog geen kamer had kunnen vinden, sliep ze al een paar weken noodgedwongen in haar auto. Echt vreselijk, maar gelukkig kunnen wij van RooFS dan wat voor haar betekenen.

‘Ik blijf nog even gezellig hangen op het lab voor ik naar huis ga’

Woensdag 12 maart Vandaag is een productieve dag, ik kan met als enige onderbreking een lunch in de CDL kamer, ongestoord

Origin - Universiteit Leiden

9


wel van het onderzoek dat bij onze vakgroep gedaan, maar juist dat maakt het interessant om naar te luisteren. Ook de presentatie trekt de aandacht: een roze/ paarse achtergrond met witte letters. Fabiola vertelde me dat opvallend kleurgebruik volgens haar laat zien dat je leuk vindt wat je doet en het houdt de aandacht van het publiek vast, in tegenstelling tot een simpele zwart/witte presentatie ’s Middags is het weer tijd voor college, hetzelfde vak als dinsdag, alleen vandaag hebben we presentaties van studenten. Iedereen die dit vak volgt, moet op een bepaald moment een presentatie geven, die bepaald de helft van je uiteindelijke cijfer. Ik heb de mijne gelukkig al een paar weken geleden gegeven, dus kan ik nu rustig luisteren en wat aantekeningen te maken. ’s Avonds is het tijd voor een feestje: het CDL (Chemisch Dispuut Leiden) organiseert een feest in de Classics en als ik zie dat bijna de helft van m’n cordial wil gaan, gaat het bij mij kriebelen. Ik was namelijk eigenlijk niet van plan te gaan, vrijdag wordt namelijk een nogal drukke dag. Maar ik besluit uiteindelijk toch te gaan. Vooraf doen we met een paar nog even een drankje in de Olo Roso. Vervolgens gaan we door naar de Classics. Het is echt weer eens een gezellig feest en we vermaken ons goed. Het gevolg is wel dat ik heel wat later in bed lig dan gepland. Maar ach, dat moet ook wel eens kunnen.

Vrijdag 14 maart

Donderdag 13 maart Vandaag is om elf uur de werkbespreking van mijn vakgroep. Dit houdt over het algemeen in dat iemand van de vakgroep (student, aio of medewerker) een presentatie houdt over zijn of haar onderzoek. Vandaag hebben we een praatje van onze nieuwe aio, de Italiaanse Fabiola. Het gaat over het onderzoek waarop zij in Italië is gepromoveerd. Dit verschilt

10

Origin - Universiteit Leiden

Als de wekker gaat, ben ik bij lange na nog niet uitgerust. Maar na een verkwikkende douche kan ik er weer tegen aan. ’s Ochtends eerst nog wat dingetjes doen op de vakgroep en dan is het om half één tijd voor de vergadering met mijn buitenlandreiscommissie. Ik ben voorzitter van de commissie die de CDL studiereis organiseert: we gaan naar Boedapest en Wenen van 26 april tot en met 6 mei. Hier gaan we chemische bedrijven en de chemische departementen van twee universiteiten bezoeken, natuurlijk is er ook een groot aandeel cultuur in het programma opgenomen. Al met al is de voorbereiding van de reis veel georganiseer, maar gelukkig heb ik een leuke en actieve commissie waardoor alles op rolletjes loopt. Tijdens de vergadering bespreken we onder andere de laatste puntjes m.b.t de deelnemersbijeenkomst die deze middag zal plaatsvinden.


Maar voor het zover is, gaan we eerst met z’n vijven door naar de lunchlezing van het CDL. Er worden presentaties gegeven door Hewitt, een bedrijf dat adviezen uitbrengt op het gebied van pensioenen en human resources. Leuk, maar verder niet echt mijn ding. Na de lezing maken we snel een paar foto’s van de commissie, deze zullen in het reisboekje komen die elke deelnemer krijgt. Als de bijeenkomst begonnen is, stel ik eerst mijn commissie voor en daarna geef ik alvast wat tipjes van de sluier over de activiteiten tijdens de reis. Iedereen was gevraagd wat lekkers mee te nemen dat typisch Hongaars of Oostenrijk is. Er was massaal aan onze oproep gehoor gegeven, met als gevolg een bijzonder grote hoeveelheid eten, met name taarten. Ik had zelf gisteravond voor het feest begon nog een Wiener Sachertorte (soort chocoladetaart) gemaakt, deze viel goed in de smaak. Na nog wat socializen en een leuke quiz is het einde van

de bijeenkomst al weer aangebroken. We ruimen de spullen op en ik ga terug naar m’n stage. Daar heb ik een gesprekje met mijn begeleider en wat blijkt: als ik nog een paar metingen doe, ben ik klaar met mijn stage! Nou ja dat is niet helemaal waar, er moet namelijk nog een verslag en een presentatie komen, dus daar ga ik mij de komende tijd op concentreren. Ik blijf nog even gezellig hangen op het lab voor ik naar huis ga. En dan is het tijd om lekker uit te rusten van de drukke week.

Origin - Universiteit Leiden

11


A new European dimension to zebrafish research Zebrafish embryo expressing green fluorescent protein in neutrophils in the tail region

No other vertebrate model organism’s popularity has grown as quickly as that of the zebrafish. The reputation of this small tropical fish was firmly established during the nineties when two big genetic screening projects in the US and Europe led to the discovery of hundreds of mutants that gave novel insights into the functions of essential developmental genes.

These and other genetic studies confirmed that the zebrafish is a good predictive model for human development. The second reason for the rapid expanse of zebrafish colonies in research labs is the optical transparency of the zebrafish embryos. This property makes them ideally suited for microscopical imaging of life processes. European funding has greatly stimulated the introduction of the zebrafish model into Leiden. The signaling dynamics underlying innate immunity and cancer in the zebrafish embryo model has now become our major research topic.

ZF-MODELS Zebrafish research in Europe was boosted in 2004 when the European Union awarded 12 million Euros to the ZF-MODELS research consortium to study zebrafish models for human development and disease. ZF-MODELS has contributed enormously to the creation of common resources for the zebrafish community, such as libraries of knock-out mutants and collections of transgenic fish. Our main roles in the ZF-MODELS project were to study the zebrafish innate immune system and provide expertise in

12

Origin - Universiteit Leiden

microarray and proteomics technology to the European partner labs. The first step was to validate the usefulness of zebrafish embryo system for vertebrate immunity research. We first focused our attention on the family of Toll-like receptors (TLRs), which are known as the major class of innate immune receptors in other vertebrates. We could show that the TLR family is highly conserved between human and zebrafish (Meijer et al., 2004) and that zebrafish embryos already use TLR signaling to respond to a bacterial infection when they are just one day old (Van der Sar et al, 2006). Furthermore, microarray analysis of the response to infections with bacterial pathogens confirmed that the early innate immune response of embryonic zebrafish is well conserved with responses in adult mammalian animal models. Therefore, we can now go a step further and take advantage of the power of zebrafish genetics to try and discover novel gene functions involved in the innate immune response. Furthermore, we can exploit the transparency of zebrafish embryos for in vivo imaging of host-pathogen interactions. A new transgenic zebrafish line that expresses the green fluorescent protein (GFP) in a subset of the innate immune cells (neutrophils) will be extremely useful for this work


(Meijer et al., 2007). We identified this line in a collection of GFP lines that the group of Thomas Becker at the University of Bergen (Norway) created for the ZF-MODELS consortium.

ZF-TOOLS and ZF-CANCER The success of ZF-MODELS has paved the way for two new European projects, ZF-TOOLS and ZFCANCER, both coordinated by our group. ZFTOOLS (coordinated by Annemarie Meijer) started in January 2007 and is focussed on the development of high-throughput tools for biomedical screens in zebrafish, particularly in the field of immunity and cancer. In ZF-TOOLS, we are using various genomics approaches, including novel megasequencing technology, to discover new disease-related marker genes and we will establish convenient assays to analyze these markers in a high-throughput manner. The project works towards a case study of an anti-tumor drug screening system. This system will combine fluorescence monitoring of growth and migration of implanted tumor cells with high-throughput analysis of marker gene expression. The ZF-CANCER project (coordinated by Ewa Snaar-Jagalska) will start in April 2008. In this project transgenic zebrafish cancer models will be used as well as implantation systems with fluorescent zebrafish or human tumor cells (xeno-implantation). Non-invasive imaging of cancer cells in the transparent host embryos will be coupled with RNA interference technology with the aim to identify novel gene targets that drive tumor progression in a range of cancers. Automation of fluorescent readouts, and other cancer gene specific readouts, will accelerate the screening process of chemical libraries for the discovery of new compounds involved in different aspects of cancer progression and inhibition. ZF-CANCER is also the start of a new collaboration with the group of Professor Bob van de Water to develop quantitative, multi-colour fluorescent systems for simultaneous monitoring of all hallmarks of tumor progression: migration, proliferation, angiogenesis induction and metastasis. The beautiful new microscopy and zebrafish aquarium facilities in the Cell Observatory and at the Sylvius location will greatly stimulate this work.

SmartMix Recently, the Netherlands has followed the example set by the European Commission by awarding a

Mammalian tumor cells (labeled red) implanted into a zebrafish embryo with green fluorescent blood vessels

major grant to the zebrafish SmartMix consortium, which is coordinated by Professor Michael Richardson. In the SmartMix project, our group will explore the use of zebrafish for discovery of anti-inflammatory drugs. Furthermore, ZF-screens, a spin-off company founded by Herman Spaink and Guido van den Thillart, aims to commercialize the results of the SmartMix and European projects. The SmartMix project was further highlighted in the previous issue of Origin.

EMBO workshop at the Lorentz Center To bring together the leading scientist currently using the zebrafish model for immunity and cancer research, we organized the workshop “Model Systems for Infectious Disease and Cancer in Zebrafish”, which was supported by EMBO and the Lorentz Center. For three days (16–18 July 2007) a group of 72 scientists discussed their most recent findings and the exciting new possibilities of the zebrafish model. Despite the fact that the immune system plays a major role both in infectious disease and in cancer, researchers working in these two different disease fields don’t often meet in such an intimate setting as that offered by the Lorentz Center. Therefore, it was an excellent opportunity to have these people united

Origin - Universiteit Leiden

13


and discuss how similarities or differences between defense mechanisms against microbes and cancer cells may give new insights into specific determinants of innate immune responses with potential medical applications. The growing number of scientists who now use zebrafish in their research in this area promises many new exciting discoveries in the near future.

Molecular Cell Biology, Institute of Biology

The new zebrafish aquaria in the Cell Observatory. From left to right: Ewa Snaar-Jagalska,

Annemarie Meijer Ewa Snaar-Jagalska Herman Spaink e-mail: a.h.meijer@biology.leidenuniv.nl

Annemarie Meijer and Herman Spaink.

Group picture of the EMBO workshop participants taken in front of the Lorentz Center

14

Origin - Universiteit Leiden


Studenten over hun onderzoek

Chemokine receptoren in Zebravissen Ik ben Erica Benard, 4e jaars Biologiestudente. Ik volg de track ‘Molecular and Cellular Biology’ en ben in januari 2008 begonnen met mijn eerste Masteronderzoekstage op de afdeling Molecular Cell Biology van het IBL onder begeleiding van Annemarie Meijer.

DOOR ERICA BENARD

Mijn onderzoek gaat over het aangeboren afweersysteem van de zebravis (Danio rerio). Gedurende de eerste paar ontwikkelingsweken van een zebravisembryo is dit aangeboren systeem de enige manier van afweer. Ik zal mijn onderzoek verrichten tijdens de eerste vier dagen van ontwikkeling en zal gericht kijken naar chemokines en hun receptoren. Een groot voordeel is dat de embryos in deze ontwikkelingsfase volledig transparant zijn, zodat ze zeer geschikt zijn voor microscopische imaging. In geval van infectie of weefselschade, worden chemokines uitgescheiden door verschillende cellen. Leukocyten die chemokinereceptoren bevatten, zijn in staat om te migreren naar de plaats van infectie of schade door de gradiënt van chemokines te volgen (chemotaxis). In een embryo van 1 dag oud, komen al twee typen leukocyten voor die betrokken zijn bij de immuunrespons: macrofagen en neutrofielen. Deze twee typen differentiëren uit een precursorcel die in het embryo te herkennen is door expressie van de transcriptiefactor PU.1. Uit eerder onderzoek van de afdeling is gebleken dat een specifieke chemokinereceptor hoog tot expressie komt in de embryonale leukocyten en hun precursorcellen (PU.1-cellen). Ik wil nu allereerst de volgende vraag beantwoorden: ‘In welk type leukocyt komt deze chemokine receptor tot expressie?’. Er is al beschreven dat zebravissen 63 mogelijke chemokines bevatten en 24 mogelijke receptoren. Er

DNA fragmenten scheiden d.m.v gel electroforesis

is dan ook erg weinig bekend over welke specifieke chemokines zich binden aan welke specifieke receptoren in zebravissen. Hier gaat mijn tweede onderzoeksvraag over: ‘Wat is de functie van mogelijke chemokines die zich binden aan mijn receptor?’. De belangrijkste techniek die toegepast wordt om het type leukocyt te bepalen is ‘Fluorescente in situ hybridisatie’. Door middel van deze techniek kunnen celtypen zichtbaar gemaakt worden die mijn chemokinereceptor tot expressie brengen. Met behulp van een zelfontworpen probe kan de locatie waar mijn chemokinereceptor tot expressie komt in een embryo zichtbaar gemaakt worden met een fluorescente kleur. Het mooie van deze techniek is dat in hetzelfde embryo een tweede probe gebruikt kan worden voor een andere specifieke genexpressie. Deze wordt vervolgens gelocaliseerd met een andere fluorescente kleur. Zo zijn er al probes die specifiek zijn voor neutrofielen, macrofagen en precursorcellen. Met behulp van verschillende combinaties van probes kan

Origin - Universiteit Leiden

15


zichtbaar gemaakt worden of het celtype waar mijn chemokinereceptor tot expressie komt, overlapt met de andere leukocyt typen. Zo heb ik bepaald in welk type leukocyt mijn chemokine receptor tot expressie komt. De expressie van mijn chemokinereceptor expressie overlapt met een probe die specifiek is voor macrofagen (co-localisatie) terwijl er geen co-localisatie plaatsvindt met een probe die specifiek is voor neutrofielen (zie af beelding rechts). Mijn chemokinereceptor komt dus tot expressie in de embryonale macrofagen. In hoeverre de expressie ook overlapt met de precursorcellen ga ik nog onderzoeken. Leukocyte kleuringen in zebravis embryo: rood = chemokine receptor

Om de tweede onderzoeksvraag te beantwoorden heb ik vier zebravis chemokines uitgekozen die vergelijkbaar zijn met menselijke chemokines waarvan al bekend is dat ze binden met de menselijke variant van mijn chemokinereceptor. Wetenswaardig is dat men in de groep al aangetoond heeft dat deze chemokines sterk verhoogd tot expressie komen in zebravisembryos na een Salmonella infectie. Om de functie van de chemokines te bepalen, ben ik nu constructen aan het maken waarmee ik de mRNAs van de chemokines kan produceren. De mRNAs van de chemokines zullen in één cel van embryos geinjecteerd worden als deze zich in het 16-32 celstadium bevinden. Wanneer deze embryos verder ontwikkelen, zal de mRNA zich alleen bevinden in dat gedeelte van de embryo dat ontwikkeld is uit die specifiek geinjec-

Embryos selecteren met behulp van de microscoop

16

Origin - Universiteit Leiden

expressie en groen = neutrofiel

teerde cel. Dit zal te controleren zijn door tegelijk met het chemokine mRNA ook een mRNA coderend voor een rood fluorescent eiwit te injecteren.

Eerst zal gebruik gemaakt worden van een transgene lijn van zebravissen. Deze speciale zebravissen hebben groen fluorescente PU.1cellen. Zo kan de migratie gevolgd worden van de leukocytprecursor cellen. Er zal met live imaging gekeken worden of deze precursor cellen migreren naar de plaats waar de geinjecteerde chemokines zich bevinden. Vervolgens zal gekeken worden naar migratie van cellen die mijn specifieke chemokinereceptor tot expressie brengen. Dit wordt zichtbaar gemaakt met behulp van de fluorescente in situ hybridisatietechniek. Dit kan een eerste aanwijzing geven welke chemokine specifiek bindt met mijn chemokinereceptor. Samen zijn ze dus in staat om de migratie van macrofagen te regelen (omdat de receptor macrofaagspecifiek is). Tot dusver is het gelukt om de eerste onderzoeksvraag te beantwoorden en kan ik mij nu richten op de tweede onderzoeksvraag. Een AIO van mijn afdeling is nu bezig om de expressie van mijn chemokine receptor uit te schakelen met behulp van de zogenaamde morpholino knock-down techniek. Afhankelijk van de verdere resultaten ga ik mogelijk nog werken aan morpholino knock-down van een van de chemokines.


Genieten van 70° noorderbreedte Het is 2 januari 2007 als ik voor bijna zes maanden naar Noord-

Op ‘t fietsie

Noorwegen vertrek vanaf Schiphol. Rond middernacht land ik op 70

Als echte Hollander had ik op dag twee al een oude mountainbike op de kop getikt bij een vuildump, op deze fiets zou ik veel avonturen beleven. Fietsen op sneeuw en ijs op heuvelachtig terrein is namelijk al een avontuur op zich. Dit avontuur maakte ik groter door goed voorbereid te zijn: geen verlichting, geen helm en geen gereedschap voor het herstellen van kleine ongemakken. Mijn studentenkamer lag zo’n tien kilometer van zowel het centrum als de universiteit en om daar te komen moest ik via een dertig meter hoge brug een fjord oversteken en grotendeels langs het water in de volle wind over de fietspaden zwoegen. De universiteit en het stadscentrum lagen ook nog aan de andere zijde van het eiland wat betekende dat ik ook nog een flinke klim en afdaling diende te maken. Mijn fiets was vrij ok, al kwam mijn stuur soms los en waren niet alle versnellingen even goed te gebruiken. Na drie weken moesten mijn remblokken al vervangen, op dat moment kon ik bijna niet meer stoppen als de weg daalde. Gedurende het semester zou ik slechts vier keer vallen en moest ik maar een enkele keer lopen. Mijn fietsgrenzen bleken: meer dan tien centimeter verse sneeuw, sneeuwduinen tijdens storm en een gepolijste ijsvloer op het fietspad met bijbehorende tegenwind. Gedurende de winter (tot 1 mei viel er sneeuw) fietsen er overigens maar weinig studenten en als ze dat doen is dat met spijkerbanden, maar die vond ik te duur.

graden noorderbreedte en kan ik direct in een nabijgelegen hotel de sleutel voor mijn studentenkamer ophalen. Een uur na aankomst lig ik al op mijn steriel gemeubileerde kamertje in Kvaløysletta een voordorpje van Tromsø.

Het nachtleven Helaas was mijn beddengoed nog niet klaargelegd door de universitaire verhuurder en moest ik het doen met de gordijnen, geitenwollensokken en thermo-ondergoed. Een zware eerste nacht in mijn kamer waar het haast vroor en de kachel niet aan wilde (dit doordat de stekker niet in het contact zat, bleek toen ik wakker werd). Als ik schrijf nacht, bedoel ik hier overigens wat wij Nederlanders nacht noemen. Van 21 november tot 21 januari komt zo noordelijk de zon niet boven de horizon, ik moest dus nog bijna drie weken wachten om de zon op mijn huid te voelen. Tijdens mijn eerste dagen, waarin perfect georganiseerde introductiedagen voor internationale studenten plaats hadden, was het slechts enkele uren schemerig. Hierdoor kon ik ondanks veel gaten in mijn rooster weinig van de omgeving ontdekken. De donkere tijd heeft op veel mensen het effect dat hun lichaam denkt dat het avond is en daarmee tijd om te slapen, je ziet echt veel mensen gapen. Gelukkig behoorde ik tot de tien procent van de mensen die tegenovergesteld reageert op een voortdurende nacht. Ik werd helemaal niet geprikkeld om te slapen, wat ’s avonds laat wel lastig is maar overdag voordelen biedt ten opzichte van anderen.

Beter een goede buurT... De straat waar ik woonde bestond uit acht huizen waarin zes kamers zaten, in mijn huis was ik de eerste weken de enige bewoner. De rest van de straat was ook bijna uitgestorven, het bleek dat de Noren bijna allemaal een lange kerstvakantie bij hun ouders thuis of in een buitenhuisje houden. Helaas hadden ze de bak met organisch afval niet geleegd bij vertrek en moest ik de paddenstoelenkwekerij opruimen. In Tromsø scheiden ze overigens papier, karton, plastic, groenafval, blik en glas zelfs in studentenhuizen! Elk huis had een woonkeuken die perfect was ingericht,

Origin - Universiteit Leiden

17


in het midden van de straat was een benedenverdieping ingericht als straatfusie inclusief sauna. De voorzieningen zijn echt goed en de huur is relatief laag. Helaas is het verboden iets aan de huizen te doen, ook de Noren hebben dus allemaal de saaie standaard inrichting. Eind januari kwamen de eerste bewoners terug naar Tromsø. Een jongen die ik in zes maanden twee keer een zin heb horen spreken waarvan een toen ik hem voor het eerst zag en de ander toen hij dronken was. Vervolgens kwam er een meisje thuis, maar die merkte alleen op dat de keuken nu eens opgeruimd was en draaide zich toen om ten teken dat ons gesprek voorbij was, dat was mijn laatste gesprek met haar. Was het dan allemaal zo slecht? Nee hoor, er kwam nog een Zweeds meisje in huis wonen, die hield net als ik van praten en zo kwam het toch nog goed in huisje ‘wel tevree’. Omdat ik dacht het slecht te hebben getroffen in mijn huis ging ik vaak naar de straatfusie, daar heb ik Julia, een Russische, en Anders, een Amerikaan leren kennen. Slechts drie keer heb ik er een paar Noren gezien. De straatfusie werd zo mijn eigen huis dat ik deelde met Anders, samen hebben we daar veel lol gehad en heerlijk in de sauna gezeten en het schaats- en wielerseizoen kunnen volgen, al viel Anders altijd in slaap tijdens de vijf en tien kilometer. Vanuit mijn kamer en nog beter vanuit de woonkeuken had ik fantastisch uitzicht over het fjord dat ik

18

Origin - Universiteit Leiden

elke dag over moest om de stad te bereiken. Daarachter lagen de besneeuwde bergen en vanaf februari zag ik er de zon schijnen. Op een dag zag ik zomaar een groep van ruim twintig grienden zwemmen. Al tien jaar was er niet zo’n groep langs gekomen, en ze bleven zeker twee weken rondjes zwemmen. Het water was 500 meter van mijn huis maar toch kan ik zeggen dat ik vanuit mijn slaapkamer walvissen heb kunnen zien! Later heb ik in het fjord nog een stel otters gezien en er waren enkele zeearenden die hier rondjes cirkelden. Toen andere internationale studenten hoorden dat er vlakbij mijn huis grienden zwommen vonden ze het opeens niet meer te ver (alle andere studentencomplexen stonden op het eiland van de stad en de universiteit). Achter mijn huis begon direct het bos. Door de helling en de noorderbreedte was dit bos niet erg breed, de boomgrens lag al op 200 meter, en ik woonde op 50 meter boven zeeniveau. De bomen (bijna uitsluitend berken) zijn niet hoger dan een meter of vijf en krijgen pas bladknoppen in de loop van april. Het terrein achter mijn huis was wijds, bergachtig (tot 1050 m), onbewoond en ongerept. Zodra er wat


gaten in de sneeuw vielen begin mei ben ik meteen begonnen met ontdekkingswandelingen. Het is echt een super ervaring om gewoon te lopen waar je wilt, je kan blijven gaan en het uitzicht blijft fascineren. Zowel alleen als met vrienden ben ik er heerlijk van open plek naar open plek geklommen, soms tot je lies wegzakkend in de sneeuw. Naar beneden ging het altijd een andere weg, wat meestal betekende dat het slechter begaanbaar was. Als je sokken eenmaal doorweekt zijn van de gesmolten sneeuw was de beste manier gewoon rennend, als een hordeloper door de sneeuw ploegend.

Het nachtleven II Om snel in te burgeren ben ik netjes naar alle gratis Noorse taallessen gegaan én had ik me aangemeld als vrijwilliger in het studentencafé Driv. Een Noors studentencafé bleek niet helemaal wat ik er van verwachtte. Het hield eigenlijk vooral in dat het personeel uit studenten bestond, de klanten waren ‘gewone’ mensen die van de lagere prijzen kwamen profiteren. Als burger betaal je maar acht euro voor een halve liter bier! Als vrijwilliger kreeg je vijftig procent korting, dat is toch best aardig. Via dit werk leer je wel aardig wat extra Noors. Het ook handig dat ik Nederlands sprak voor de wat onbeholpen Nederlanders die met enige regelmaat ons café aandeden. Driv was tevens de plaats voor het internationale studentenleven (mede door de studentenkorting op bier), al was dat beperkt tot de zaterdagavond van 23.00 tot 3.00. Wat me brengt tot de volgende wat teleurstellende ervaring. De Noren die ik heb ontmoet waren niet bepaald gezellig. Indrinken ben ik als geboren West-Fries wel gewend maar bij ons was dat een sociale aangelegenheid. De paar keer dat ik met Noren heb ingedronken was dit puur efficiënt en goedkoop zuipen, er werd erg weinig gepraat. Ik ging meestal al vroeg naar de kroeg, er waren altijd wel een aantal mensen die ik kende, en vaak ook moest ik tot tienen zelf werken. Om tien uur kwamen meestal de eerste internationale studenten binnen, rond elf uur werd de dansvloer redelijk vol en om twaalf uur kwamen de eerste Noren binnen. Die waren dan vooral erg dronken en de vrouwen (te) schaars gekleed. Rond een uur is bijna iedereen binnen en om precies drie uur gaat het licht alweer aan. Ik heb echt heerlijke avonden gedanst, maar vond het jammer dat het met uitsluitend internationale studenten was. Al die dronken mensen zorgen er wel voor dat je zelf

niet veel drinkt, wat weer gunstig was voor de toch al lege portemonnee.

Het nachtleven III Onlosmakelijk verbonden aan de lange donkere tijd is de nog langere lichte tijd. Van 22 april tot 22 augustus wordt het in Tromsø niet meer echt donker. De zon gaat helemaal niet onder van 22 mei tot 22 juli, wat heerlijk is. 24 Uur per dag lentezon (zomer bestaat er niet) op je hoofd. Tijdens disco avonden is het wel wat vreemd dat de rokers buiten in de zon staan en dat je om drie uur op de fiets naar huis het zonnetje in je gezicht voelt. Last heb ik er niet van gehad, mijn gordijnen hoefde niet eens dicht en toch sliep ik elf uur per dag! Ik had weer geluk, ik hoorde bij de tien procent die bij afwezigheid van nacht de hele dag kan slapen. Oh ja, ik heb ook nog gestudeerd, drie mastervakken en allemaal gehaald!

Origin - Universiteit Leiden

19


A New Initiative at Leiden University for the Analysis of Life Science Data Using State-of-the-Art Computer Science Methods

The Pharma-IT Platform ‘Life Sciences’ – a term that comprises a wide field of disciplines generating data at an ever-increasing speed. How to make sense of this wealth of data – some call it data deluge - is the aim of a new initiative at Leiden University that comprises researchers from the Leiden / Amsterdam Center for Drug Research (LACDR), the Leiden Institute for Advanced Computer Science (LIACS) as well as the Mathematical Institute (MI).

of (usually) physical detection methods, the underlying phenomenon one attempts to explain is usually of a different nature, as is the subsequent data analysis method. Take any of the examples Andreas just mentioned – genomes, if sequenced, are information that does fundamentally belong to the biology domain. When asked, Andreas elaborates on this a little bit On the other hand, whatever precise algorithm might further. “The amount of data generated in the life scibe used in each particular case, the information acences is increasing by the second: genomes are being sequenced, molecules are getting quired will be analyzed employing synthesized in chemical laboraalgorithms from yet another scienCompounds tories, structures of proteins are tific discipline – by using computer being elucidated by analytical science algorithms. The same holds having different effects techniques such as X-ray diffractrue for, say, the structure elucidain the human body tion and NMR spectroscopy, and tion of proteins: Again, the problem the state of cells is being profiled one is analyzing is of fundamentally such as by mass spectrometry. While the type of biological nature, while detection (for instance by data generated by each particular experiment can X-ray diffraction) employs physical phenomena, folvary widely, the commonality is that data analysis is lowed by a data analysis step that is more the domain a crucial component of every experiment. And not of mathematicians and computer scientists than of only that, the real challenge is to transform this data biologists. Now – who can be the genius being able into information, and information into knowledge, to understand biology, while also simultaneously such that eventually the outcome can be applied in being able to understand the physics of an analytical areas such as drug discovery and to understand living instrument, and design and implement the advanced systems at a better level.” data analysis algorithms?” Andreas Bender (LACDR) and Michael Emmerich (LIACS) are the two newly appointed tenure-track assistant professors that are heading what is now called the Pharma-IT Platform.

What one needs to analyze data – and why it fails (more often than one would like to) “There is a problem, though,” adds Michael. “While generating scientific data by the gigabyte is the result

20

Origin - Universiteit Leiden

Where the Pharma-IT Platform fits in Ad IJzerman, LACDR professor of medicinal chemistry and one of the initiators of the Pharma-IT Platform, comments: “While being the dream of


every supervisor, a person with all these qualities united is scarce, if at all possible and desirable. Thus, when Joost Kok of LIACS and I fi rst thought about the initiative, we attempted to address this shortcoming in a different way, by pooling expertise from all domains involved in the analysis of life science data. The Pharma-IT Platform combines expertise from the chemical, biological and pharmacological domains through the contribution of the Leiden / Amsterdam Center for Drug Research. The Mathematical Institute brings in novel ways of describing natural phenomena, while scientists at the Leiden Institute for Advanced Computer Science are our heroes of computer algorithms and databases.” So, Andreas, Michael and Ad see the Pharma-IT Platform ideally suited to apply state-of-the-art computer science algorithms to all sorts of life science data, due to its unique combination of expertise.

Figure 1. Subgraph mining, as illustrated in this figure, aims to discover molecular substructures that are more frequent in chemicals with a certain property (e.g. binding to a receptor, or being able to cause a certain effect) than in other, ‘background’ compounds. In this example, going

Which research is currently being done at the Pharma-IT Platform?

from top to bottom, substructures become larger, and at the same time more specific for the set

Despite the Platform being very young, quite a few students have already joined the initiative. They’re working on a number of subjects, which we’ll discuss to some extent now. The fi rst deals with subgraph mining of chemical compounds. Puzzled? Well, here is what it is. Compounds having different effects in the human body, such as medicines, have properties that are closely related to their chemical structure. While not every minute detail of compound activity can be explained in every case, there are still molecular properties that can be used to generate a general rule as to the behavior of this compound – for example with respect to which molecular targets it binds to, an enzyme maybe or a receptor. Knowledge about this ‘ligand-target’ binding on the scale of 100,000s of compounds is available to us, with the number of targets in the hundreds. At the LACDR Eelke van der Horst is now analyzing with the aid of graph mining algorithms developed at the LIACS, which classes of structures contain certain characteristic features, or subgraphs (see also Figure 1) – with the aim to understand which structural features make molecules selective for a given drug target. Of course the fi nal

easy to explain, its implementations are computationally demanding due to the large number

of GPCR (receptor) ligands shown on the left-hand side of the figure. While the concept is rather of substructures that can be constructed from a set of molecular structures (‘combinatorial explosion’).

goal is to design molecules with the desired activity profi le against receptors and/or enzymes.

Activity prediction of drugs Before pharmaceutical companies test new potential drugs experimentally, they would ideally have an idea which compounds are most likely to succeed in the tests. Likewise, if a physician prescribes a certain drug to a patient with a certain disease, he/she would like to have the highest possible confidence that application of the drug will be successful. There is good hope now that we can apply property prediction models and make predictions as to which drugs should be screened, or prescribed, respectively. Gerard van Westen at the LACDR is currently exploring novel techniques such as so-called proteochemometrics models which include information about both the compound (or drug) and the receptor the compound would potentially interact with (Figure 2).

Origin - Universiteit Leiden

21


By applying information from both sources, we can for example predict which drugs would be efficacious against certain mutants of a pathogen – which in case of retroviruses such as HIV is of tremendous importance due to high mutation rates.

Figure 2. The prediction of properties such as bioactivity of ‘new’, untested molecular structures is a key interest of cheminformatics research. While conventional predictive models only take information of the ligand structure into account, proteochemometrics approaches such as those developed in our group also include information from the target protein

Exploration of chemical space: de novo compound generation One of the problems a pharmaceutical company is confronted with is which compounds would actually make good drugs against a particular target. While companies today possess huge archives with chemical compounds that are tested routinely against a target of interest, of the order of around 1-2 million compounds, this is still a small number compared to the estimated size of ‘chemical space’ (molecules which are synthesizable as well as of reasonable size as drugs) of around 10 63. All the matter in the universe would not be enough to synthesize this amount of compounds. Therefore, in cases where good but not ideal compounds are obtained as starting points in drug discovery, it is necessary (and by no means trivial) to develop good follow-up compounds to guide further development. In an ongoing collaboration between LACDR and LIACS Johannes Kruisselbrink is developing a program for the evolutionary optimization of chemical structures towards a set of criteria, such as (presumed) bioactivity, solubility, and stability of the structure. This approach is shown in Figure 3 which illustrates the so-called ‘recombination operator’ as well as eleven ‘mutation operators’ that are known to the program to produce new molecules (the ‘offspring’) from a given set of molecules (the ‘parent generation’).

structure – thus, the models are able to predict additional properties of molecules, such as whether drugs are active or inactive against a particular mutant protein of interest. This

Novel Methods to Protein Sequence Analysis

is particularly relevant in case of retroviruses such as HIV, which is a key interest of our

The above example of generating new ligands for target proteins is coping with the need to devise new chemical structures: the area of ‘cheminformatics’. The Pharma-IT Platform also addresses target-based questions, and then we’re talking bioinformatics. When a medicinal chemist designs a ligand with a desired activity against a target, the off-target (or side) effects of the compound need to be considered too. Most commonly, side-effects are due to action against proteins related to the target protein, so understanding the function of protein residues (the amino acids) with regard to ligand selectivity is crucial. In the LACDR Kai Ye developed sequence analysis methods, such as the ‘two-entropy analysis’ approach (Figure 4), which is able to characterize protein residues with respect to variability within a target class and in a complete set of sequences – which gives important information as to the function of the residue. For this analysis, informationtheoretical approaches are employed with further developments occurring in the future.

research.

22

Origin - Universiteit Leiden


Figure 3. While ‘chemical space’, which comprises all theoretically synthesizable and stable molecules, is vast, we are able to devise new structures which are likely to possess the molecular properties of interest by using directed search algorithms such as genetic approaches. In this example, a recombination operator as well as mutation operators are able to modify a set of molecular structures. By iterating this variation/selection process the set of molecules gradually is transformed into a set of molecules that fulfil the target specifications and have improved predicted properties as compared to the initial set.

Future plans - and how you can help us! Ever since January 2008, with the launch of the Pharma-IT Platform, Andreas and Michael have been discussing research interests within the Faculty. They see as their main goal for the months to come to identify suitable research partners within Leiden University including the LUMC as well as in private companies. Andreas and Michael concluding ‘unisono’: “We see ourselves as a ‘service station’ in areas where life science data are analyzed – and with the combined expertise from the LACDR, LIACS and the MI we are confident that we are able to understand the nature of each particular dataset and to apply suitable solutions to analyze the data in the desired way. Please don’t hesitate to contact us if you are dealing with life science data in this regard. Also we are offering MSc projects for students who possess either a life science background and who would be interested in data analysis, or to students with a computer science or mathematical background who would like to apply their knowledge to life science data. We are looking forward to hearing from you.” Well, why not call or email them if you’re interested? Have a look at www.pharma-it.net for the coordinates of both Andreas and Michael.

Figure 4. By employing the Two-Entropy Analysis developed by PhD student Kai Ye, we are able to analyze the variability (more precisely, the information entropy) of various residues of G-protein coupled receptors. Analyzed are the information entropy within defined subfamilies of a receptor family (here, class A GPCRs) as well as the whole dataset of sequences at that position. We see that, for example, residues in the binding site possess a clearly different degree of information entropy than residues from other position in the receptors. This can be used both for functional interpretation as well as for sophisticated feature selection methods for classification models.

Origin - Universiteit Leiden

23


Life Science Symposium

Bio-imaging: imagine every detail Menig LS&T-student had er lang naar deze dag uitgekeken. De verwachtingen waren dan ook groot aan het begin van een dagje verdieping in de wereld van Bio-imaging. Donderdag 6 maart stond het Gorlaeus namelijk in het teken van het derde Life Science Symposium.

De deelnemers werden enthousiast verwelkomd door prof. Abrahams en de voorzitter van de symposiumcommissie van studievereniging LIFE Maarten Rotman. Al snel werd duidelijk dat iedereen een interessante dag te wachten stond. Helaas was er ook de vervelende mededeling dat prof. Walker vanwege medische redenen niet op het symposium aanwezig kon zijn. Deze teleurstelling ebde echter al snel weg toen de aanwezigen getrakteerd werden op lezingen van de overige vooraanstaande sprekers. De openingsspeech werd verzorgd door prof. Janneke Gerards. Velen zullen haar kennen als voorzitter van de Jonge Akademie van de KNAW. In haar lezing ging ze in op de sociale en maatschappelijke gevolgen van de ontwikkelingen in de Life Sciences. Eén van haar voorstellen was om in elk wetenschappelijk onderzoek ook hier aandacht aan te besteden. Er bestaat immers altijd een verschil tussen de huidige stand van wetenschap en de wetgeving. Er werd aandachtig geluisterd naar deze lezing en dit resulteerde dan ook in een levendige discussie na afloop. Door de deelnemers werd het sterk gewaardeerd dat ook deze kant van de Life Science op het symposium werd belicht. Het eerste ochtendblok werd afgesloten door een lezing van prof. Christoph Gerber. Hij gaf inzicht

24

Origin - Universiteit Leiden

in de nieuwste ontwikkelingen op het gebied van Atomic Force Microscopie. Alhoewel dit onderwerp misschien wat natuurkundig aandoet, werd al snel duidelijk dat ook de Life Sciences hier nuttig gebruik van kunnen maken. Nieuwe methoden die zijn onderzoeksgroep in Basel toepassen maken het mogelijk om bijvoorbeeld in een sample op één enkel gen te screenen. Het continu kunnen monitoren voor bepaalde substanties in een monster biedt een toekomstperspectief waarin iedereen een apparaatje draagt waarmee eventuele ziekten al in een vroeg stadium opgemerkt kunnen worden. Tijdens de koffiepauze werden de kersverse indrukken verwerkt en kon men zich opmaken voor de laatste lezing van de ochtend. Prof. Rombouts doet vooraanstaand onderzoek op het gebied van functionele Magnatic Resonance Imaging. Hiermee is het mogelijk om de functionele indeling van de hersenen empirisch te bepalen. Op een hele inzichtelijke en behapbare manier werden de deelnemers het fMRI onderzoeksveld ingeleid. Hoewel ook deze techniek nog maar aan het begin van zijn evolutie staat, is het nu al duidelijk dat we hier in de toekomst nog meer van gaan horen. Een inspirerende lezing voor alle aanwezigen dus.


Na de lunch begon het parallelle deel van het symposium. Een deel van de bezoekers bleef in collegezaal C1 om nog 3 lezingen aan te horen. De overige deelnemers kregen in 3 workshops de kans om bio-imaging aan den lijve te ondervinden. De 3 workshops vonden plaats in het Huygens laboratorium, het Cell Observatory en de Experience Tour huisveste in het LCP.

prof. Dekker, dr. Hoedemaker en dr. Schasfoort. Cees Dekker ga een overzicht van het gebied van de nanoscience en nanotechnologie. In dit nano-vakgebied draait het om het waarnemen, bestuderen, en manipuleren van enkele atomen en moleculen. Na een korte algemene inleiding werd er ingezoomd op het grensgebied tussen nanotechnologie en de biologie. Op de grens van nano en bio zijn allerlei interessante nieuwe ontwikkelingen. De wisselwerking van eiwitten en DNA moleculen kan zelfs gemeten worden op het niveau van enkele moleculen. Er werden chips getoond met nanovloeistofkanalen waar biologische motoren buisjes heen en weer duwen.

Het Cell Observatory bood de bezoekers een vogelvlucht door de methode die gebruikt wordt om de structuur van eiwitten te ontrafelen. Het type onderzoek wat dus bijdroeg aan het werk waarmee prof. Walker de Nobelprijs won. Eén van de cruciale stappen in dit proces is het produceren van de juiste Dr. Hoedemaker lichtte toe hoe ver het stond met de kristallen. Deelnemers kregen de kans om die zelf onontwikkeling van een Common Visualization Platder de microscoop te bekijken. form. Het doel van dit platform Vervolgens werden alle stappen is om analoog aan “Google Op de grens van nano en bio die vanaf het verkrijgen van het Earth” een soort “Google Cell” kristal tot de oplossing van de zijn allerlei interessante nieuwe te ontwikkelen waarbij alle imadrie dimensionale structuur gingtechnieken gecombineerd ontwikkelingen. leiden toegelicht. worden tot een soort super Het tweede deel van deze microscoop. Dr. Schasfoort, workshop bestond uit een presentatie van nieuw werkzaam aan de Universiteit Twente, vertelde over onderzoek op het gebied van Micro Fluid systemen. een nieuwe Label Free Biosensor, waarbij gebruik In de opstelling die gepresenteerd werden 3 verschilgemaakt werd van Surface Plasmon Resonance techlende gekleurde stromen vloeistof bij elkaar gebracht, nologie. Dit biedt met namelijk mogelijkheden in het en geheel tegen de verwachting van de aanwezigen detecteren van eiwitbindingen en zodoende inzicht in in mengden de vloeistoffen niet. Dit terwijl zij een regulatie. bochtig systeem doorstroomden. Aan het einde van de dag stond eigenlijk Nobelprijswinnaar John Walker op het programma. Vanwege De Experience Tour gaf de deelnemers de kans om zijn afwezigheid was prof. Abrahams bereid gevonden kennis te maken met de basisprincipes van een heel om in te vallen. Mede dankzij de ludieke opening scala aan imagingtechnieken. Door middel van van de lezing door het opdragen van een sensationeel inzichtelijke opstellingen werden onder andere NMR, gedicht, werd dit bijzonder goed ontvangen. Fluoriscentie microscopie, AFM en EM toegelicht. Van opstelling naar opstelling transformeerden de Studievereniging LIFE en al haar leden hebben bijaanwezigen van leek tot expert. Maar ook de experts zonder genoten van deze dag. En er zal nog vaak aan kwamen tot nieuwe inzichten. De opstellingen zullen terug gedacht worden. Het eerstvolgende symposium we nog vaker terugzien op bijvoorbeeld opendagen. staat pas weer voor het lustrumcollegejaar 2009-2010 Tegelijkertijd met deze workshops werden de overige op het programma, maar de commissie wil haar opsymposiumbezoekers getrakteerd op lezingen van volgers alvast het volgende meegeven: beat this!

Origin - Universiteit Leiden

25


Toekomstperspectief scheikundigen Chemisch Dispuut Leiden Afgelopen tijd heeft het Chemisch Dispuut Leiden weer vele activiteiten georganiseerd en hebben haar leden weer volop genoten van gezellige borrels, bèta-gala, feestjes, waaronder één samen met de studievereniging Emile (Pedagogische Wetenschappen), interessante lezingen en bedrijvenexcursies.

Elk jaar probeert het CDL de leden kennis te laten maken met verschillende bedrijven om zo een mogelijk toekomstperspectief voor de scheikundigen te bieden. Vaak zal een dergelijke activiteit in de vorm zijn van een carrière/recruitment lezing, workshop of excursie zijn. In de afgelopen maanden heeft er een interactieve Shell workshop plaatsgevonden en een recruitment lezing van Hewitt Associates. De kennis van onze studenten en hun analytische skills werden getest op het

gebied van complexe problemen die bij een multinational als Shell komen kijken. De eerstejaars studenten zijn op excursie geweest bij Océ in Venlo en de ouderejaars hadden een bedrijfsbezoek in Antwerpen bij Evonik Degussa. Beide bezoeken bevatten een uitgebreide rondleiding, demonstraties en natuurlijk ook recruitment informatie. Voor de eerstejaars was het belangrijk om een goed beeld te kunnen krijgen over wat je staat te wachten wanneer je kiest voor de major Technologie, Scheikunde of Duurzaamheid. Bij MS&T is het namelijk de bedoeling dat je een major kiest na het eerste jaar. Hieronder volgt een wat uitgebreider verslag van de Shell workshop en de Hewitt lunchlezing.

Shell Op vrijdag 22 februari kwam een groep van ruim 40 enthousiaste studenten naar het Gorlaeus om een workshop van Shell te volgen. Het Chemisch Dispuut Leiden en De Leidsche Flesch hadden namelijk een middagprogramma ingericht voor Shell om onze studenten wat te vertellen en te laten doen. Na een heerlijke gratis lunch was de sfeer goed genoeg om met de workshop te beginnen. De eerste spreker was Joep Völkers. Hij begon met een praatje over Shell in het algemeen, hieruit kwam vooral naar voren dat Shell en heel groot en internationaal bedrijf is,

26

Origin - Universiteit Leiden


hetgeen bijna iedereen reeds wist. Shell houdt zich zowel bezig met upstream processen, hieronder vallen bijvoorbeeld het zoeken naar olie en gas, als downstream processen, bijvoorbeeld raffineren, distribueren en het maken van producten uit olie en gas. Hoewel Nederlanders denken dat Shell een voornamelijk Nederlands bedrijf is, is slecht 9 procent van de werknemers van Nederlandse nationaliteit. Na deze korte introductie stelden Joep Völkers en Georg Stockinger zich persoonlijk voor. Dhr. Völkers studeerde ooit Wiskunde aan de Universiteit Leiden en werkt nu al vele jaren bij Shell, maar telkens bij andere bedrijfstakken. Hij is nu bezig met de IT van de afdeling Exploratie en Productie. Hij vertelt dat Shell op zoek is naar jong talent, omdat het een nog steeds groeiend bedrijf is. Hiernaast zegt hij dat het idee dat Shell werknemers over de hele wereld stuurt achterhaald is en dat werknemers tegenwoordig zelf mogen kiezen of ze in het buitenland willen werken. Dhr. Stockinger vertelt dat hij een relatief nieuwe werknemer van Shell is. Na zijn studie Scheikunde in Leiden en bestuur te zijn geweest van het CDL, is hij via de Gourami Business Challenge bij Shell terecht gekomen. Hoewel hij afgestudeerd is in biochemie, werkt hij nu vooral bij projecten die met water te maken hebben, zo heeft hij bijvoorbeeld de stadsverwarming van Rotterdam geholpen te vernieuwen. Hij vertelt dat de verscheidenheid van studies bij de werknemers van Shell steeds groter wordt. Hierna was er een pauze met koffie, thee en lekkere koekjes om de motivatie erin te houden. Na de pauze kon dan echt met de workshop begonnen worden. De groep werd verdeeld in groepjes van ongeveer zes mensen, die enkele vraagstukken voorgeschoteld kregen. De vragen kwamen voort uit echte problemen waarmee werknemers van Shell te maken hadden gehad en werden geïllustreerd door mooie interactieve filmpjes. Er waren vier grote vraagstukken, over Exploration, Production, Research en Manufacturing. Met deze vier grote vraagstukken werd een goed beeld gegeven van de verscheidenheid van het werk dat bij de verschillende afdelingen van Shell gebeurt en de problemen die daarmee gemoeid zijn. De middag werd afgesloten met een lekkere borrel waarbij nogmaals over de antwoorden van de workshop gediscussieerd kon worden en natuurlijk lekker geïntegreerd kon worden.

Hewitt Associates Na een scheikundig bedrijf op het Gorlaeus gehad te hebben, kwam op vrijdag 14 maart Hewitt Associates bij het CDL op bezoek om de scheikundigen wat meer te vertellen over een heel andere richting van carrière na het afstuderen. Hewitt Associates is een internationaal adviesbureau op het gebied van HRM consulting en outsourcing. Zij houden zich vooral bezig actuarieel advies en pensioenuitvoering. Hewitt heeft jaarlijks goede betà’s nodig om hun team te versterken, analytisch denken is belangrijk in de hun vak. Vandaar dat ze ook geïnteresseerd zijn in scheikundigen, natuurkundigen, wiskundigen en eigenlijk alle afgestudeerden van de faculteit W&N. Na een lekkere broodjeslunch gaf Laura Goeree (recruiter) informatie over het bedrijf en daarna vertelde haar collega Mark Buningh over zijn carrière bij Hewitt. Zijn werk bij Retirement & Financial Management bestond uit drie onderdelen: Accounting, Funding en Projects/Research. Hoewel hijzelf niet in eerste instantie opgeleid was tot consultant, kon hij toch bij Hewitt aan het werk. In ieder geval gaf deze lezing ons voldoende informatie over een ander soort toekomstperspectief dan van een standaard chemicus. Na deze twee leuke en interessante activiteiten hebben we in ieder geval een beter beeld gekregen van waar we na de studie heen zouden kunnen gaan. Het Chemisch Dispuut Leiden is van plan om dit jaar nog een carrièrelezing te organiseren waarbij een promovendus zijn/haar werk uitlegt. Op deze manier krijgen de leden van een aantal toekomstrichtingen een mooi perspectief en kunnen zij alvast keuzes maken tijdens de studie.

Origin - Universiteit Leiden

27


De groene bril van de

Als onmisbare wervel in de ruggengraat van de Leidse Biologen Club brengt de excursiecommissie Sacculina biologen naar tal van onderzoeksvelden en vakgebieden waarin ‘het leven’ centraal staat. Het gaat Sacculina om zowel het leven van een zoogdier als de mens, als het microbiële leven in petrischalen, leven hoog in de lucht of om het leven diep onder de grond.

Op een grote verscheidenheid van plaatsen is een nog grotere verscheidenheid aan organismen te vinden. Omdat de opleiding Biologie ook zo’n grote verscheidenheid aan vakgroepen heeft, probeert Sacculina die praktijk aan biologen kenbaar te maken. Dit doen zijn door het organiseren van excursies waarbij de educatieve waarde van de excursie een grote rol speelt. Om maar even een greep te nemen uit de grote pot van excursies die Sacculina organiseert, hebben wij ons afgelopen tijd kunnen verheugen op een bezoek aan Stichting AAP, een wandeling langs de slaapbomen van halsbandparkieten in Den Haag, een wandeling door een bos met grote verscheidenheid aan

28

Origin - Universiteit Leiden

fungi, vogels, planten en al dat andere levend spul dat te vinden is in een bos, en als klap op de vuurpijl, zij het wat minder educatief maar wel leuk: een dagje hout hakken in De Horsten. Vanzelfsprekend werden deze excursies altijd bijgestaan door experts. Dit laat maar een klein deel zien van de activiteiten die georganiseerd worden door Sacculina. In de nabije toekomst liggen er echter nog veel meer activiteiten in het verschiet. Sommigen worden voor het eerst georganiseerd, terwijl anderen al jaren op de agenda terugkeren. Zo is er bijvoorbeeld een jaarlijks terugkerende excursie ‘Vleermuizen vangen’. Onder begeleiding van een professionele onderzoeker, wordt onder een brug in Stompwijk een net opgehangen waar de vliegende muisjes in terechtkomen. Vervolgens worden zij uit het net gehaald, gewogen en gemerkt. Dit gebeurd allemaal onder het oog van geïntrigeerde biologen die soms worden ingeschakeld om zo’n beestje vast te houden (uiteraard met de nodige veiligheidsmaatregelen en onder begeleiding van een professional). Afgelopen jaar hadden we een geweldige vangst van zo’n 15 vleermuizen!


Leidse Biologen Club

Een andere jaarlijkse excursie is het snorkelen in Grevelingen. Het zal eenieder verbazen wat voor verscheidenheid aan dieren in het brakke water van Nederland leven. Grote krabben, krabbenzakken, kreeften, zeenaalden, grote vissen en allerlei soorten algen! Wat het spotten van exotische organismen betreft, is het ook niet mis. Japans bessenwier en Japanse blaasjeskrabben zorgen voor een fraai onderwater uitzicht.

Ook ethische aspecten worden door Sacculina aan het licht gebracht. Een excursie naar het primatenonderzoekcentrum BPRC geeft biologen te denken of dit wel of niet verantwoord is. Maar, laat het duidelijk zijn dat Sacculina niets betekend zonder al die geïnteresseerde biologen die de excursies vullen. Komend jaar heeft de commissie nog een volle planning en zodra het veldseizoen weer begint, schieten de excursies weer als paddenstoelen uit de grond. Biologen en andere geïnteresseerden, wees voorbereid op een jaar vol spannende ontdekkingen en avonturen in het veld! Tot ziens op een van onze activiteiten! Met groene groet,

Aan het kleine wordt ook aandacht geschonken. In het NKI in Amsterdam kunnen biologen zich bijvoorbeeld buigen over hun technieken en bevindingen. Dit laat wat meer van de medische kant van biologie zien.

Namens de excursiecommissie van de Leidse Biologen Club “Sacculina” Thijs Groenewegen

Origin - Universiteit Leiden

29


Geachte lezer, Het collegejaar is inmiddels al ver over de helft. Stiekem kijkt iedereen alweer uit naar de tijd dat we lekker op de terrasjes van het zonnetje kunnen gaan genieten.

Maar helaas is het nog niet zover. De lente is inmiddels al wel begonnen maar het mooie weer laat nog even op zich wachten. Niet verschrikkelijk omdat iedereen nog druk is met stage, colleges en/of practica en dus eigenlijk geen tijd heeft om middagen op terrasjes te gaan zitten. Nog even geduld dus nog.. De aanvang van de lente is het begin van een nieuwe tijd. Het wordt weer warmer, de bloemen beginnen de bloeien. Kleine lammetjes worden geboren en springen rond in de wei. Normaal begint de lente op 21 maart maar dit jaar begon deze op 20 maart. Voor ons als bestuur was 20 maart ook het begin van een nieuwe tijd, de tijd van het inwerken van onze potentiele opvolgers. Op donderdagavond 20 maart mocht het kandidaatsbestuur zich onthullen op een eigen georganiseerd feestje. Als bestuur was dit feestje toch wel weer een rare gewaardwording. Je bestuursjaar zit er nog niet eens op want er staan nog zoveel activiteiten op de planning maar toch moet je vanaf nu je potentiele opvolger gaan inwerken en komt het moment van het daadwerkelijk overdragen van het spreekwoordelijke stokje angstvallig dichtbij. Maar gelukkig hebben we als bestuur nog een kleine 3 maanden. 3 maanden die bomvol staan met hele mooie activiteiten. Zo vertrekken we op 19 april voor 10 dagen naar Tokio, Japan. Ieder jaar wordt er een buitenlandse reis georganiseerd door de assessoren

van het bestuur. De afgelopen jaren is dit steeds binnen Europa gebleven maar door een huidig ambitieus assessoraat is het gelukt om dit jaar een intercontinentale reis te gaan maken en wel naar Japan. We zullen door de lange reisduur maar 8 dagen in Japan zelf zijn dus de dagen zijn vol gepland met excursies en andere uitjes. Over het programma ga ik niet al te veel uitwijden aangezien in de volgende editie van de Origin een zeer uitgebreid verslag van de reis te lezen is. Verdere activiteiten zijn bijvoorbeeld nog de maandelijse borrels, een biercantus, een oudbesturendiner, een BBQ en een lustrum-Panacea feestje. Panacea is de eerstejaarscommissie van ,,Aesculapius’’. Op 23 maart 1933 is deze commissie opgericht en dus was afgelopen zondag 23 maart het 75 jarig en dus het 15e lustrum van deze commissie. Uiteraard moet dit heugdelijke feit gevierd worden en dus is het dan weer tijd voor een feestje. Tevens heb ik per motie de opdracht gekregen om een biercantus te organiseren en dus zal dit jaar voor het eerst een ,,Aesculapius’’cantus komen. Zodra het weer beter weer wordt, gaan we ook zoals ieder jaar weer lekker BBQ-en. Zoals jullie kunnen lezen belooft de komende tijd nog een mooie tijd te worden. Dus ook al is het nog niet zulk mooi weer, bij ,,Aesculapius’’ is het volop genieten van wat we allemaal te bieden hebben. Wij hopen dat de activiteiten lekker druk bezocht worden. Hou de site (www.aesculapius.nl) in de gaten voor de komende activiteiten. Rest mij te zeggen: Vivat, Crescat, Floreat, ,,Aesculapius’’

‘Alet it be’ 30

Origin - Universiteit Leiden

Namens het 122ste bestuur der L.P.S.V. ,,Aesculapius’’ ‘Alet it be’ Alette Ouwerling h.t. praeses aesculapii


Agenda Vrijdag 18 april

Vrijdag 20 juni 2008

Open Dag

Last Minute Leiden Je kunt Last Minute Leiden op vrijdag 20 juni bezoeken om je studiekeuze definitief vast te leggen. Maak een studiekeuzetest, bezoek workshops over studeren in Leiden en kom langs bij één van de Leidse opleidingen.

28 t/m 31 mei Biologie Olympiade Jr Van 28 t/m 31 mei 2008 wordt de 14e eindronde van de Biologie Olympiade Junior gehouden in Leiden. De Junior Olympiade is voor havo-vwo leerlingen van klas 1, 2 en 3. Ieder jaar doen meer dan 100 scholen mee. In 2007 ging het om bijna 5000 leerlingen en dit aantal wordt ieder jaar groter.

Agenda Promoties Woensdag 23 april, 13.45 uur

Donderdag 24 april, 13.45 uur

Promotie: X.O. Weenink Titel: Protein secretion in the filamentous fungus Aspergillus niger Promotor: Prof.dr. C.A.M.J.J. van den Hondel

Promotie: M. Niemantsverdriet Titel: 14-3-3 proteins and the p 53 family: a study in keratinocytes Promotor: Prof.dr. J. Brouwer

Woensdag 23 april, 16.15 uur

Donderdag 24 april, 16.15 uur

Promotie: H.A. van Veen Titel: Production and Characterization of Recombinant Human Lactoferrin Promotor: Prof.dr. H.A. de Boer

Promotie: M. Zaccheddu Titel: First-principles calculations of electronic excitations of photoactive bio-molecules Promotor: Prof.dr. J.M. van Ruitenbeek Prof.dr.ir. W. van Saarloos

Promoties Origin - Universiteit Leiden

31


Advertentie Bio

20072008 origin#3  
Read more
Read more
Similar to
Popular now
Just for you