V rámci rozvojovej spolupráce Slovenskej republiky bolo Moldavsko v rokoch 2009 - 2013 podporované ako jedna z projektových krajín Východného partnerstva. Rozvojové aktivity boli zamerané predovšetkým na proces transformácie verejnej správy, demokratizáciu a budovanie občianskej spoločnosti.
Od roku 2014 sa Moldavsko pre Slovensko stáva, v súlade so Strednodobou stratégiou rozvojovej spolupráce SR na roky 2014 – 2018, programovou krajinou (popri Keni a Afganistane). Uplatnenie programového prístupu znamená, popri zvýšenej finančnej alokácii, systematickejšiu a cielenejšiu rozvojovú spoluprácu. Zameranie spolupráce vychádza z analýzy moldavských rozvojových potrieb, konzultácií s relevantnými subjektmi zo štátneho i mimovládneho sektora, ako aj komunikácie s donorskými organizáciami pôsobiacimi v Moldavsku.