Rapport d’activité 2024 – extrait
En tant qu’institution subventionnée par la Confédération au titre de l’art. 15 LERI, le SIB soutient la recherche et l’innovation en Suisse, et promeut le pays au niveau international dans le domaine des sciences de la vie. Voir page 3.
Àune époque marquée par des défis mondiaux sans précédent – du changement climatique à la dégradation de la biodiversité en passant par les menaces de pandémie ou les défis posés par des maladies comme le cancer – les scientifiques des données offrent des perspectives essentielles pour permettre des découvertes capitales. Investir dans des institutions compétentes et fiables axées sur les données biologiques et biomédicales est donc crucial pour permettre des impacts sociétaux et garantir notre indépendance collective.
À l’heure où le Conseil de l’Europe et le Parlement suisse débattent de l’utilisation éthique de l’Intelligence
Artificielle, les ensembles de données sous-jacents doivent être structurés et fiables. Cela est particulièrement vrai dans les sciences de la vie, où les applications de l’IA ont des impacts sociétaux considérables dans le domaine de la santé et au-delà. Le rôle de premier plan du SIB en tant qu’expert du domaine et fournisseur de bases de données accessibles à toutes et tous et de haute qualité est donc un atout inestimable pour la Suisse et l’avancement de la recherche. Ce rôle a été mis en lumière en novembre 2024 lors du sommet
AI-Bioscience à Washington DC auquel le SIB a été convié comme seul représentant de notre pays. La base de données Uniprot, lancée à Genève, a notamment été citée comme une ressource essentielle aux développements de l’IA reconnus par le dernier prix Nobel de chimie. Le développement de bases de données ouvertes est également une contribution unique de l’institut selon un rapport écrit par des représentant·es d’institutions suisses siégeant au Conseil de fondation du SIB. Parmi les autres contributions soulignées, on peut citer : l’offre de formations spécialisées, la fédération de la recherche suisse en bioinformatique et la connexion aux infrastructures de recherche internationales.
Il y a vingt-six ans, des élu·es suisses ont fait preuve de clairvoyance en soutenant la création du SIB à Genève. Aujourd’hui, alors que nous entrons dans une nouvelle ère définie par l’IA, la mission du SIB, qui consiste à développer la science des données biologiques et biomédicales est plus significative que jamais. Conscient·es des défis que nous devons relever pour les générations futures, je vous invite à reconnaître avec moi le rôle essentiel d’institutions telles que le SIB pour trouver les solutions innovantes de demain.
« Il y a vingtsix ans, des élu·es suisses ont fait preuve de clairvoyance en soutenant la création du SIB. »
Simone de Montmollin Conseillère nationale Présidente du Conseil de Fondation du SIB
Grâce aux approches informatiques, les scientifiques peuvent améliorer leur compréhension des systèmes biologiques complexes.
Les chercheur·euses en sciences de la vie et les clinicien·nes essaient depuis longtemps de faire parler les données pour trouver les réponses à des questions fondamentales. Aujourd’hui, les données ne manquent pas et nous nous trouvons face à un défi additionnel. Les nouvelles technologies produisent des données à une vitesse sans précédent, en quantité et en variété telles qu’elles ne peuvent plus être interprétées par le seul esprit humain.
C’est là qu’intervient la bioinformatique.
La bioinformatique est l’application de technologies informatiques pour mieux comprendre et utiliser les données biologiques et biomédicales. C’est la discipline qui stocke, partage, analyse et interprète les grands volumes de données générées par les expériences des sciences de la vie ou recueillies dans un contexte clinique ou environnemental. Ce domaine pluridisciplinaire est animé par des expert·es issus de divers horizons : biologistes, informaticien·nes, mathématicien·nes, statisticien·nes et physicien·nes.
De quels types de données s’agit-il ?
La bioinformatique traite un large éventail de types de données complexes.
Des gènes (ADN) aux protéines
Données d’expression, telles que le niveau d’expression d’un gène dans un échantillon
La bioinformatique englobe :
LES BASES DE DONNÉES pour le stockage, l’organisation et le partage d’informations sélectionnées et annotées pour créer des connaissances auxquelles les scientifiques et clinicien·nes peuvent se fier pour comprendre les processus biologiques ;
LES OUTILS LOGICIELS pour modéliser, visualiser, interpréter et comparer les données biologiques ;
L’ANALYSE d’ensembles de données ou de systèmes biologiques complexes à l’aide de nouvelles approches statistiques ou de techniques d’apprentissage automatique (IA) ;
LA RECHERCHE exploitant les méthodes informatiques dans une grande variété de domaines biologiques pour développer des solutions dans divers domaines, de l’agriculture à la médecine de précision ;
DES INFRASTRUCTURES DE CALCUL ET DE STOCKAGE pour traiter et sauvegarder de grandes quantités de données biologiques.
Données d’imagerie Texte et bien d’autres encore...
Le Conseil de fondation est l’organe de gouvernance suprême du SIB. Il se compose de représentant·es de ses institutions partenaires. En 2023, un rapport rédigé par un groupe de travail représentatif de ses membres et initié par la présidente du Conseil, Simone de Montmollin, a mis en évidence les contributions uniques du SIB à la Suisse : un résumé.
Conclusions résumées du rapport
Ce rapport a identifié les contributions du SIB les plus impactantes, uniques et complémentaires par rapport à l’écosystème académique national dans quatre domaines clés : 1) le développement de bases de données et outils nécessaires aux sciences de la vie, 2) la mise en réseau de la Suisse avec les infrastructures de recherche internationales, 3) la formation en sciences des données biologiques et biomédicales, 4) la fédération de la recherche suisse en bioinformatique. Le groupe de travail a également mis en lumière l’expérience du SIB dans la mise en place d’infrastructures nationales pour la recherche en sciences de la vie en partenariat avec d’autres institutions du pays. Ces contributions, financées au travers de l’art. 15 LERI par le Secrétariat d’État à l’éducation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI), s’inscrivent dans les trois piliers d’activité du SIB (PAGE 6).
Consultez le rapport complet
« La combinaison de compétences en bioinformatique, de mise en réseau et de formation du SIB est la clé de son succès, sert de modèle dans d’autres pays et pourrait également servir de modèle pour d’autres domaines en Suisse. »
Les auteurs du rapport
Simone de Montmollin
Présidente du Conseil de fondation du SIB Membre du Conseil national
Christophe Dessimoz Directeur exécutif SIB
Hugues Abriel
Vice-recteur pour la recherche Université de Berne
Antoine Geissbühler
Doyen de la Faculté de médecine Université de Genève
Edouard Bugnion Vice-président pour les systèmes d’information EPFL
Elisabeth Stark
Vice-présidente de la recherche Université de Zurich
Organisation phare dans le domaine de la science des données biologiques et biomédicales, le SIB partage avec ses partenaires une vision ambitieuse pour notre société.
Au SIB, nous savons que l’expertise en matière de données des sciences de la vie est essentielle pour relever les grands défis mondiaux. En exploitant le potentiel des données biologiques et biomédicales, nous générons des connaissances et favorisons l’innovation pour un avenir meilleur.
Nous repoussons les limites de la science des données grâce à des collaborations interdisciplinaires et à une maîtrise approfondie des données biologiques et des technologies de pointe.
Nous fournissons aux chercheur·euses et aux clinicien·nes des bases de données et des outils informatiques, ainsi que des services et des formations, afin d’accélérer l’innovation dans des domaines variés : médecine, santé, agriculture, préservation de la biodiversité et protection de l’environnement.
Nous représentons et fédérons la recherche en bioinformatique suisse. En encourageant l’excellence scientifique et la collaboration, nous contribuons à faire de la Suisse un des pays les plus innovants au monde.
88 groupes
913 membres, dont
192 employé·es
28
partenaires institutionnels dans toute la Suisse
160 bases de données et outils informatiques développés par nos membres et employé·es, accessibles via le portail web Expasy.ch
494
articles scientifiques (peerreviewed) publiés en 2023*
Au 1 er janvier 2024
* Source : Web of Science
Nos partenaires internationaux ainsi que les membres de notre Conseil scientifique indépendant saluent régulièrement la qualité de notre travail. La marque SIB est reconnue au-delà de nos frontières comme gage de fiabilité et d’excellence. Plusieurs de nos ressources sont notamment reconnues au niveau mondial comme essentielles à la recherche et démontrent la pertinence des scientifiques suisses dans le domaine de la bioinformatique.
Grâce à des partenariats institutionnels et à des collaborations étroites avec les groupes académiques affiliés, le SIB constitue une porte d’entrée vers toute l’expertise suisse en bioinformatique.
membres SIB, comprenant 192 employé·es, dans 28 institutions partenaires
BÂLE
16 GROUPES 192 MEMBRES 23 EMPLOYÉ·ES
VILLIGEN 1 GROUPE 5 MEMBRES
ZÜRICH 19 GROUPES 167 MEMBRES 5 EMPLOYÉ·ES
WÄDENSWIL 2 GROUPES 21 MEMBRES
SAINT-GALL 1 GROUPE 3 MEMBRES
YVERDON 1 GROUPE 6 MEMBRES
LAUSANNE 23 GROUPES 310 MEMBRES 92 EMPLOYÉ·ES
GENÈVE
9 GROUPES
109 MEMBRES 72 EMPLOYÉ·ES
Partenaires
Genève
Université de Genève HUG HEG
Lausanne EPFL
Unil
Ludwig Cancer Research
Yverdon HEIG-VD
BERNE
4 GROUPES 39 MEMBRES
FRIBOURG 4 GROUPES 18 MEMBRES
MARTIGNY 1 GROUPE 6 MEMBRES
Fribourg UNI FR
Martigny Idiap
Berne
Université de Berne
Bâle
FMI
Université de Bâle
Swiss TPH nw
Zürich
Université de Zürich ETH USZ
Villigen PSI
Wädenswil Agroscope zhaw
Lugano USI SUPSI
Bellinzone iOR USI
Saint-Gall EMPA
Davos
Cardio-care SIAF
BELLINZONE 2 GROUPES 12 MEMBRES
LUGANO 2 GROUPES 8 MEMBRES
DAVOS 3 GROUPES 17 MEMBRES
La force du SIB réside dans sa structure unique : en plus des 192 employé·es, plus de 700 membres y sont affilié·es et issu·es de 28 institutions académiques majeures du pays. La plupart de ces institutions siègent au Conseil de fondation, la plus haute instance du SIB. Ce réseau national permet au SIB de coordonner des initiatives nationales et des projets internationaux avec indépendance et efficacité. Cela garantit également aux partenaires qui nous consultent de toujours trouver la meilleure expertise pour répondre à leurs besoins.
Nos activités se déclinent en trois grandes typologies qui nous permettent de remplir notre mission.
Les scientifiques du vivant et les clinicien·nes doivent traiter de grands volumes de données pour mener à bien leurs recherches. Les bases de données et les logiciels développés au SIB sont essentiels pour fonder leurs travaux sur des données fiables et harmonisées et ainsi gagner un temps précieux pour faire de nouvelles découvertes.
EXEMPLE
Le groupe Swiss-Prot, basé au SIB Genève, développe les bases de connaissances UniProt et Rhea, reconnues comme cruciales pour la recherche européenne et mondiale par les organismes de référence (ELIXIR et Global Biodata Coalition).
Les scientifiques du groupe sont parmi les plus grand·es spécialistes au monde dans le domaine de la biocuration, qui consiste à sélectionner et annoter les données contenues dans la littérature scientifique afin de créer des bases de connaissance fiables et complètes pour tous.
PILIER
Nous facilitons la collaboration entre les disciplines, les scientifiques et les institutions pour créer des infrastructures nationales et internationales durables.
EXEMPLE
Le groupe Personalised Health Informatics, basé au SIB Bâle, coordonne l’initiative fédérale du Swiss Personalised Health Network (SPHN) qui vise à mettre à disposition de projets de recherche les données cliniques ayant reçu le consentement des patient·es. Standardiser ces données, les sécuriser, mettre à disposition les outils nécessaires pour leur utilisation font partie des défis à relever.
La science des données nécessite une compréhension détaillée de ces dernières et de la méthode utilisée pour leur génération. Nos expert·es, développeur·euses, biocurateur·rices et biologistes computationnel·les mettent leur expertise au service de partenaires universitaires, cliniques, gouvernementaux et industriels en Suisse et à l’étranger.
EXEMPLE
Le groupe Vital-IT, basé au SIB Lausanne, apporte son expertise en gestion de données, analyse et intelligence artificielle à des projets européens tel que OBELISK, qui vise à prévenir l’obésité infantile ou iCARE4CVD qui réunit 33 partenaires et vise à étudier la prise en charge des maladies cardiovasculaires.
D’autres impacts concrets
Développée avec l’ensemble de la communauté du SIB, notre feuille de route fixe le cap des activités de l’institut d’ici à 2028. Voici les cinq objectifs stratégiques qui guiderons nos actions dans les années à venir.
OBJECTIF 1
Permettre les progrès des sciences de la vie grâce aux données de recherche ouvertes
Chaque année, plus de 10 millions de scientifiques et de clinicien·nes s’appuient sur les bases de données et les outils développés au SIB pour accélerer leurs recherches et développer des innovations. Notre engagement pour le développement de données de recherche ouvertes, harmonisées et interopérables va se poursuivre.
OBJECTIF 2
Exploiter le potentiel des données -omiques pour une meilleure santé
La SIB a joué un rôle clé dans l’essor de la santé personnalisée en Suisse en mettant en place l’infrastructure SPHN et le réseau informatique national sécurisé BioMedIT. D’autres développements sont déjà en cours pour permettre la réutilisation des données génomiques, et des logiciels sont développés avec les hôpitaux à Genève et Zurich.
OBJECTIF 3
Contribuer à l’effort de préservation de l’environnement
Les crises de la biodiversité et de l’environnement exigent la mise en commun de données très hétérogènes et la coordination d’efforts à large échelle. C’est un domaine pour lequel nous mettons nos expertises à disposition de la communauté suisse et internationale.
OBJECTIF 4
Rester à la pointe des nouveaux
Notre rôle en tant que spécialistes des données est de contribuer à la révolution de l’IA pour les sciences de la vie et d’en tirer le meilleur parti pour la société. Le benchmarking des modèles et la mise à disposition de données de qualité sont en particulier au cœur de notre action.
OBJECTIF 5
Représenter les intérêts de la Suisse au niveau international dans le domaine des sciences de la vie
Le SIB positionne la Suisse parmi les acteurs internationaux majeurs de l’infrastructure de recherche pour les sciences de la vie et la science ouverte (au travers d’EOSC par exemple) et permet aux scientifiques suisses de rester aligné·es sur les standards internationaux.
La feuille de route complète est disponible sur notre site
En 2023, le SIB a obtenu de bons résultats financiers avec un revenu total de 32 millions de francs suisses soutenant ses trois piliers d’activité et provenant de bailleurs de fonds nationaux et internationaux.
Revenus
Soutenu par la Confédération suisse
Le Secrétariat d’État à la formation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI) représente le financement le plus important du SIB.
Un modèle de financement unique pour les ressources ouvertes
Plus de la moitié de la contribution du SEFRI est consacrée au développement de nos bases de données et outils (58%, 6,8 millions de francs). Elle est complétée par d’autres sources de financement, y compris des bourses compétitives et des contributions de l’industrie.
Un tiers de nos revenus provient de fonds compétitifs
En 2023, 33% des revenus proviennent de fonds compétitifs et de collaborations. Ce montant a augmenté de 7% par rapport à 2022. La diversité de nos compétences et le statut indépendant du SIB en font un partenaire recherché. Cela inclut des projets avec l’industrie et au sein de consortiums de recherche.
(13%)
(6%)
Perte ( nancée par les réserves) céepar
Dépenses
Personnel (intégré)
6,6M (19%)
Personnel (SIB Hub)
17,9M (52%)
Conseil externe
2,9M (8%)
Maintenance et équipement 0,6M (2%)
Projets BioMedIT 2,8M (8%)
Provisions
BioMedIT/SPHN
1,4M (4%)
Autres dépenses
2,4M (7%)
Pro l des employé·es
Bioinformaticien·nes
Faire face à l’augmentation des demandes
La perte de 0,2 million (0,6% des dépenses) est financée par les réserves selon une décision d’investissement du Conseil de fondation pour développer de nouvelles ressources.
Développeur·euses de logiciels
Biocurateur·rices
Chercheur·euses
Gestionnaires de projets scienti ques
Spécialistes IT
Cadres supérieur·es
Fonctions de soutien
Un centre d’excellence qui tient ses promesses
Notre centre d’excellence comprend la formation et les services de science des données (p. 6). Il est principalement financé par des collaborations et des bourses compétitives internationales.
Des fonctions support et de direction efficaces Les dépenses liées aux fonctions de gestion et de soutien couvrent l’administration, les ressources humaines, les finances, la communication, le conseil juridique et l’informatique. Ces équipes contribuent également directement au sein des projets de l’institut.
Investir dans les personnes au cœur de la recherche 71% (24,5 millions) des dépenses sont consacrées au personnel, dont 73% pour les employé·es du siège du SIB et 27% pour les employé·es du SIB intégré·es au sein des institutions partenaires, reflétant notre modèle unique d’ancrage dans la recherche.
Tous les chiffres sont exprimés en millions de francs suisses.
Les sciences de la vie évoluent très rapidement avec l’explosion du volume des données à disposition. L’infrastructure de recherche doit constamment s’adapter aux besoins des chercheur·euses, pour développer de nouvelles méthodes, intégrer les nouvelles technologies et permettre le traitement de nouvelles typologies de données. Le SIB se positionne sur les sujets d’importance stratégique pour la recherche dans le but d’avoir le plus fort impact possible sur les défis du siècle.
La bioinformatique a un rôle important à jouer pour répondre à des questions essentielles sur la perte de biodiversité. Elle peut aider à répertorier les espèces présentes, leurs interactions avec d’autres et leur capacité d’adaptation à leur environnement. Nos scientifiques coordonnent et collaborent à de nombreux projets pour faire progresser ce domaine, qu’il s’agisse par exemple d’utiliser l’intelligence artificielle pour hiérarchiser les actions de conservation, de rendre disponible les données issues de projets d’observation ou d’étudier la biodiversité microbienne des océans. Le SIB co-dirige, en particulier, l’Atlas européen des génomes de référence (ERGA), une réponse scientifique paneuropéenne aux menaces actuelles qui pèsent sur la biodiversité. Les génomes de référence fournissent l’aperçu le plus complet de la base génétique qui forme chaque espèce et représentent une ressource puissante pour comprendre le fonctionnement de la biodiversité.
En savoir plus : https://www.sib.swiss/tags/biodiversity
L’intelligence artificielle (IA) joue un rôle transformateur dans les sciences de la vie, notamment en facilitant l’analyse de vastes ensembles de données complexes. Nos équipes et nos membres évaluent et utilisent ces technologies dans des domaines variés pour fournir aux chercheur·euses et aux clinicien·nes des solutions efficaces. Par exemple, le SIB intègre des outils basés sur l’IA pour découvrir de nouvelles familles de protéines et comprendre leurs fonctions, comme dans le projet “Protein Universe Atlas” utilisant des algorithmes de deep learning pour analyser des millions de structures protéiques. Ces innovations permettent non seulement d’accélérer la recherche fondamentale, mais aussi d’ouvrir la voie à des avancées en médecine, comme le développement de nouveaux traitements. Le SIB travaille également sur des projets utilisant l’IA pour améliorer la recherche sur des maladies complexes, l’identification de nouvelles indications thérapeutiques pour une molécule ou la protection de la biodiversité.
En savoir plus : https://www.sib.swiss/tags/artificial-intelligenceand-machine-learning
Le concept « One Health » est une approche interdisciplinaire qui reconnaît l’interconnexion de la santé humaine, animale et environnementale. Il permet aux chercheur·euses de relever les défis posés par les maladies transmises par les animaux, la résistance aux antibiotiques ou la dégradation des écosystèmes, en adoptant un cadre holistique et collaboratif qui intègre de multiples typologies de données. Le SIB soutient ce concept en travaillant sur des plateformes de surveillance et d’analyse des données de santé publique. Par exemple, la plateforme SPSP (Swiss Pathogen Surveillance Platform) permet de suivre l’évolution des variants pathogéniques en Suisse, fournissant des outils bioinformatiques pour l’analyse en temps réel de données génomiques liées aux épidémies. Cela renforce la capacité du pays à répondre aux crises de santé publique.
En savoir plus : https://www.sib.swiss/tags/one-health
En améliorant le diagnostic et la prévention des maladies, et en permettant l’adaptation des traitements au profil moléculaire spécifique des patient·es, ce que l’on appelle aujourd’hui la santé personnalisée est une évolution très prometteuse pour chacun d’entre nous. En facilitant l’interopérabilité des systèmes de données cliniques et de recherche, le SIB joue un rôle clé dans la mise en place de l’infrastructure suisse SPHN (Swiss Personalised Health Network) qui stimule aujourd’hui la recherche dans ce domaine. Les équipes du SIB sont également très impliquées dans l’oncologie de précision, avec plusieurs projets auprès des équipes cliniques suisses. Au niveau européen, le SIB est également impliqué dans la recherche publique-privée sur le cancer ou le diabète par exemple. Plus de 20 groupes sont actifs dans la recherche en santé personnalisée au SIB.
En savoir plus : https://www.sib.swiss/tags/personalized-health
Pour accélérer les découvertes, la recherche moderne doit pouvoir se reposer sur des données ouvertes, c’est-à-dire librement accessibles, et suivant les principes FAIR pour Findable – trouvable, Accessible – accessible, Interoperable – interopérable, Reusable – réutilisable. Les données de recherche ainsi disponibles permettent transparence et reproductibilité des travaux de recherche, et encouragent la collaboration entre chercheurs à l’échelle mondiale.
Au-delà des bases de données du SIB qui mettent à disposition des données ouvertes et FAIR, l’institut développe des infrastructures permettant d’harmoniser les données selon les standards internationaux, et ainsi de rendre les investissements publics plus efficaces. C’est, par exemple, le cas de projets nationaux comme SPHN/BioMedITqui assure la confidentialité et la sécurité des données cliniques sensibles de santé -, ou de projets internationaux comme le Pathogen Data Network financé par les Etats-Unis.
En savoir plus : https://www.sib.swiss/tags/open-research-data
Pour en découvrir plus sur notre institut, visitez notre site internet
Vous y trouverez notamment :
Les derniers projets auxquels nous participons au niveau national et international
Nos équipes et leurs spécialités
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CRÉDITS PHOTOGRAPHIQUES
COUVERTURE : Anastasia Sveshnikova (Swiss-Prot group) 2E ET 3E DE COUVERTURE : Keystone / Peter Klaunzer, DR
P. 1 : Valentin Luggen P. 2 : Franziska Gruhl – SIB. All rights reserved, Sutthaburawonk / iStock, Fabio Rinaldi – SIB. All rights reserved
P. 3 : Valentin Luggen, University of Bern – Dres Hubacher, EPFL, Nicolas Righetti / lundi13, University of Geneva – Jacques Erard, University of Zurich
P. 6 : Nicolas Righetti / lundi13 P. 10 : Unsplash P. 11 : Davide Bonazzi, Nicolas Righetti / lundi13
Notre institut rassemble des partenaires publics et privés pour conduire des projets d’envergure. Grâce à une coordination interdisciplinaire et interinstitutionnelle, nous maximisons les découvertes issues des données des sciences de la vie tout en alignant les pratiques suisses avec les standards internationaux.
Cette visualisation illustre une nouvelle méthode utilisant l’IA, développée par notre groupe genevois Swiss-Prot, pour accélérer son travail de biocuration.
Swiss Institute of Bioinformatics
www.sib.swiss
