Rapport d’activité 2025 – extrait
En tant qu’infrastructure d’importance nationale subventionnée par la Confédération au titre de l’art. 15 LERI, le SIB soutient la recherche et l’innovation en Suisse, et promeut le pays au niveau international dans le domaine des sciences de la vie.
La science est depuis longtemps un moteur de la coopération internationale, du progrès collectif et du bien commun. Le SIB s’inscrit pleinement dans cette vision en mettant à disposition des bases de données biologiques et des outils informatiques de haute qualité, ainsi qu’une expertise reconnue. Il promeut ainsi l’accès à un savoir d’utilité mondiale, rend possible des dizaines de milliers de découvertes chaque année, et inscrit la Suisse dans les grands efforts de recherche internationaux.
L’exemple récent du prix Nobel de chimie de 2024 pour un modèle d’IA permettant de prédire les structures des protéines, qui s’est notamment appuyé sur des ressources du SIB, montre l’importance de telles infrastructures de recherche pour permettre des avancées scientifiques significatives.
Aujourd’hui pourtant, la science se trouve au cœur des turpitudes géopolitiques. Des décisions récentes prises par la nouvelle administration des Etats-Unis (coupes drastiques dans les financements et les effectifs scientifiques, suppression de données critiques, ingérence du politique dans l’orientation de la recherche...) fracturent les modèles éprouvés de coopération scientifique et risquent de mettre en péril les efforts mondiaux face à des défis majeurs tels que la préparation aux pandémies ou le changement climatique. La Suisse n’est pas à l’abri, avec par exemple le risque du désengagement du NIH d’initiatives ambitieuses comme celles portées par le SIB. Mais plus fondamental est le signal donné.
Si tous les pays doivent faire face à ce nouveau paradigme, la Suisse, qui figure parmi les nations les plus innovantes au monde, a l’opportunité, mais également la responsabilité, de se positionner comme un acteur stable et fiable, défenseur de la science ouverte et de la collaboration globale.
Une manière de réaffirmer ses ambitions en matière de formation, de recherche et d’innovation, une manière de réaffirmer également sa tradition séculaire au sein du concert des nations en faveur de ce bien universel qu’est la connaissance. Garantir des liens stables avec nos voisins européens pour solidifier nos coopérations scientifiques ne se révèle que plus vital.
Dans ce moment charnière, assurer notre souveraineté dans le domaine des sciences de la vie revêt un caractère particulier. Des infrastructures de recherche capable de mettre à disposition de la communauté scientifique mondiale des données et expertises à forte valeur ajoutée, comme celles développées par le SIB, sont plus déterminantes que jamais. La capacité de la Suisse à innover et à conserver sa place de leader dépendra de sa volonté à les pérenniser. •
«
Le SIB promeut l’accès à un savoir d’utilité mondiale. »
Simone de Montmollin Conseillère nationale Présidente du Conseil de Fondation du SIB
L’organisation suisse de référence en matière de science des données biologiques et biomédicales, avec une vision ambitieuse pour la société.
Le SIB est une organisation à but non lucratif qui regroupe des employé·es et des membres affilié·es de 28 institutions partenaires.
885
membres, dont 186
employé·es
groupes 28
partenaires institutionnels dans toute la Suisse
162 bases de données et outils informatiques développés par nos membres et employé·es, accessibles via le portail web Expasy.org
Au 1 er janvier 2025
Nous faisons progresser la science des données grâce à des collaborations interdisciplinaires et à une maîtrise approfondie des données biologiques et des technologies de pointe.
Nous fournissons aux chercheur·euses et aux clinicien·nes des bases de données et des outils informatiques, ainsi que des services et des formations, afin d’accélérer l’innovation dans des domaines variés : médecine, santé, agriculture, préservation de la biodiversité et protection de l’environnement.
Nous représentons et fédérons la bioinformatique suisse. En encourageant l’excellence scientifique et la collaboration, nous contribuons à faire de la Suisse un des pays les plus innovants au monde.
La marque SIB est reconnue au-delà de nos frontières comme gage de fiabilité et d’excellence. Plusieurs de nos ressources sont notamment reconnues au niveau mondial comme essentielles à la recherche et démontrent la pertinence des scientifiques suisses dans le domaine de la bioinformatique.
Au SIB, nous savons que l’expertise en matière de données des sciences de la vie est essentielle pour relever les grands défis mondiaux. En expoitant le potentiel des données biologiques et biomédicales, nous générons des connaissances et favorisons l’innovation pour un avenir meilleur.
Renforcer la sécurité alimentaire
En transformant des données biologiques complexes en informations utiles, la bioinformatique est au cœur des sciences de la vie, des soins de santé et de l’innovation.
Les nouvelles technologies produisent des données à une vitesse sans précédent, en quantité et en variété telles qu’elles ne peuvent être interprétées par le seul esprit humain.
C’est là qu’intervient la bioinformatique.
La bioinformatique transforme les données biologiques brutes en connaissances exploitables par pour les décideur·ses, les clinicien·nes, les scientifiques et l’intelligence artificielle. C’est la discipline qui stocke, partage, analyse et interprète les grands volumes de données générées par les expériences des sciences de la vie ou recueillies dans un contexte clinique ou environnemental. Ce faisant, elle accélère les découvertes scientifiques et l’innovation, contribuant à relever les défis mondiaux en matière de santé et à résoudre les problèmes environnementaux. Elle est désormais incontournable pour l’avenir de la recherche et de l’élaboration des politiques dans le domaine des sciences de la vie.
La bioinformatique traite un large éventail de types de données complexes, telles que :
Les images, y compris les scanners médicaux, pour aider à la détection précoce des maladies
En tant que domaine interdisciplinaire, la bioinformatique englobe de nombreux aspects, qui font tous partie des activités du SIB :
LES BASES DE DONNÉES pour le stockage, l’organisation et le partage d’informations sélectionnées et annotées, les transformant en connaissances auxquelles les scientifiques et clinicien·nes peuvent se fier pour comprendre les processus biologiques ;
LES LOGICIELS pour modéliser, visualiser, interpréter et comparer des données;
L’ANALYSE de données complexes à l’aide de nouvelles approches statistiques ou de techniques d’apprentissage automatique (IA) ;
Les séquences d’ADN, pour identifier les espèces dans différents écosystèmes ou les régions génétiques liées aux maladies, aux caractéristiques des cultures ou à l’adaptation au climat
protéines, pour comprendre les maladies et mettre au point de nouveaux médicaments
LA RECHERCHE exploitant les méthodes informatiques dans une grande variété de domaines biologiques pour permettre des découvertes allant de l’agriculture à la médecine de précision ;
DES INFRASTRUCTURES DE CALCUL ET DE STOCKAGE pour traiter et sauvegarder de grandes quantités de données biologiques.
Grâce à des partenariats institutionnels et à des collaborations étroites avec les groupes académiques affiliés, le SIB constitue une porte d’entrée vers toute l’expertise suisse en bioinformatique.
Fondé en 1998 à Genève grâce à une volonté politique forte du canton, le SIB y a établi son siège social.
BÂLE 16 GROUPES 205 MEMBRES 20 EMPLOYÉ·ES
au 1 er janvier 2025
VILLIGEN 1 GROUPE 5 MEMBRES
ZÜRICH 18 GROUPES 162 MEMBRES 6 EMPLOYÉ·ES
WÄDENSWIL 2 GROUPES 16 MEMBRES
SAINT-GALL 1 GROUPE 4 MEMBRES
YVERDON 1 GROUPE 5 MEMBRES
LAUSANNE 26 GROUPES 281 MEMBRES 87 EMPLOYÉ·ES
GENÈVE 11 GROUPES 113 MEMBRES 73 EMPLOYÉ·ES
Partenaires
Genève UNIGE HUG HEG
Lausanne EPFL UNIL CHUV Ludwig Cancer Research
Yverdon HEIG-VD
BERNE 2 GROUPES 35 MEMBRES
FRIBOURG 4 GROUPES 10 MEMBRES
MARTIGNY 1 GROUPE 5 MEMBRES
Fribourg UNIFR
Martigny Idiap Berne UNIBE Bâle FMI UNIBAS Swiss TPH nw
membres, dont 186 employé·es
Zürich UZH ETH USZ
Villigen PSI
Wädenswil Agroscope zhaw
Lugano USI SUPSI
Bellinzone iOR USI
Saint-Gall EMPA Davos Cardio-care SIAF
BELLINZONE 2 GROUPES 16 MEMBRES
LUGANO 3 GROUPES 13 MEMBRES
DAVOS 3 GROUPES 15 MEMBRES
La force du SIB réside dans sa structure unique : en plus de son personnel, 700 membres y sont affilié·es, issu·es de 28 institutions académiques majeures du pays. La plupart de ces institutions siègent au Conseil de fondation, la plus haute instance du SIB. Ce réseau national permet au SIB de coordonner des initiatives nationales et internationales avec indépendance et efficacité. Cela garantit également que la meilleure expertise du pays sera sollicitée pour répondre aux besoins de la recherche.
Ce
Guidées par une vision ambitieuse, nos activités se déclinent en trois piliers pour permettre des impacts concrets : découvrez notre chaîne de valeur.
PILIER D’ACTIVITÉ I
Accélérer les découvertes grâce à des données, des connaissances et des outils ouverts
POURQUOI Les scientifiques du vivant et les clinicien·nes – ainsi que l’IA – ont besoin d’ensembles de données de haute qualité, structurés et harmonisés ainsi que des outils de pointe pour comprendre les processus biologiques et faire des découvertes importantes.
COMMENT Le SIB est reconnu à l’échelle internationale pour ses bases de données et ses outils en libre accès, principalement soutenus par la Confédération (VOIR P. 8), et soumis à des évaluations régulières par un comité scientifique indépendant.
RÉSULTAT Ces ressources bioinformatiques constituent une infrastructure de pointe qui permet d’accélérer la recherche et le développement de modèles d’IA fiables.
EXEMPLE D’IMPACT Nos ressources, telles que la base de données UniProt ou l’outil de benchmarking Cameo, ont permis des percées dans le domaine de l’IA, comme AlphaFold, récompensé par le prix Nobel de chimie 2024.
PILIER D’ACTIVITÉ II Soutenir la recherche et l’innovation grâce à une expertise spécialisée
POURQUOI Les milieux académiques et cliniques, les autorités publiques et les entreprises doivent pouvoir s’appuyer sur une science des données solide, mais ne disposent pas toujours de l’expertise nécessaire.
COMMENT Nos équipes – composées de spécialistes en science des données, développement de logiciels, annotation, formation et biologie computationnelle – offrent des services qui allient une expertise informatique pointue à une compréhension approfondie des données biologiques.
RÉSULTAT Nous collaborons dans des projets de recherche avec des applications concrètes dans les domaines public et privé, en Suisse et à l’international.
EXEMPLE D’IMPACT Dans le cadre d’IMMUcan, un projet européen incluant plusieurs entreprises pharmaceutiques, et grâce à nos compétences en gestion et analyse de données sensibles et complexes à large échelle, nous avons mis en place un atlas de données de patients afin d’accélérer la recherche de traitements personnalisés contre le cancer.
PILIER D’ACTIVITÉ III
Maximiser les investissements scientifiques grâce à une coordination efficace
POURQUOI Les avancées majeures dans le domaine des sciences de la vie nécessitent le partage et l’analyse de données harmonisées et structurées par de nombreuses parties prenantes (y compris les scientifiques, les clinicien·nes, les autorités sanitaires), parfois basées dans des pays différents.
COMMENT Grâce à notre statut indépendant et à but non lucratif, nous coordonnons les efforts entre les disciplines, les communautés et les institutions pour surmonter les défis inhérents aux exigences techniques, aux cadres juridiques et à la protection des données, et ainsi mettre en place des infrastructures durables.
RÉSULTAT Nous maximisons les investissements dans la recherche, renforçons la compétitivité économique de la Suisse et accélérons les découvertes.
EXEMPLE D’IMPACT La Suisse est mieux armée contre les épidémies grâce à notre Centre de Bioinformatique des Pathogènes qui soutient la recherche et les décisions de santé publique (VOIR P. 11)
Notre expertise en matière de développement et d’optimisation de bases de données et de logiciels (PILIER I) peut également être appliquée à des besoins spécifiques en R&D et dans le domaine clinique (PILIER II), en les adaptant aux besoins spécifiques de nos partenaires.
Notre valeur reconnue comme fournisseur de services en R&D (PILIER II), et de centre de coordination des données pour de grands projets européens, a contribué à notre rôle de premier plan dans la mise en place d’infrastructures ambitieuses au niveau national et international (PILIER III).
Notre coordination de données de recherche ouvertes et interopérables pour des initiatives à grande (PILIER III) se nourrit des meilleures pratiques et normes que nous appliquons à nos propres bases de données et logiciels (PILIER I)
En 2024, le SIB a obtenu de bons résultats financiers avec un revenu total de 33,2 millions de francs suisses, soutenant ses trois piliers d’activité et provenant de bailleurs de fond nationaux et internationaux.
Revenus
Soutenu par la Confédération suisse
Le Secrétariat d’Etat à l’éducation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI) est la source de financement la plus importante. Cette contribution de base représente 36% des revenus de notre institut. Pour 2024, elle a été réduite de 0,3 million, ce qui représente une baisse de 2,8% par rapport au montant initialement prévu.
Un modèle de financement unique pour les ressources ouvertes
Plus de la moitié de la contribution du SEFRI est consacrée au développement de nos bases de données et outils (57%, CHF 6,6 millions). Elle est complétée par d’autres sources de financement, y compris des fonds compétitifs et des contributions de l’industrie.
Un tiers de nos revenus provient de fonds compétitifs
En 2024, 31% des revenus proviennent de fonds compétitifs, comme des projets européens public-privé, et de collaborations avec l’industrie. La diversité de nos compétences et le statut indépendant du SIB en font un partenaire recherché.
(12%)
(4%)
Dépenses
Personnel (intégré)
5.8M (17%)
Pro l des employé·es
Bioinformaticien·nes
Développeur·euses de logiciels
Un centre d’excellence qui tient ses promesses
Notre centre d’excellence comprend la formation et les services de bioinformatique aux universités, entreprises privées et hôpitaux. Il est principalement financé par des collaborations et des fonds compétitifs souvent internationaux.
Faire face à l’augmentation des demandes
Biocurateur·rices
Chercheur·euses
Personnel (SIB Hub)
18.8M (57%)
Le financement des ressources ouvertes et des capacités informatiques est complété par des réserves (900K) pour répondre à la forte demande, et conformément à la stratégie d’investissement pour la période 2021-2024.
Gestionnaires de projets scienti ques
Spécialistes IT
Cadres supérieur·es
Fonctions suppor t
Conseil externe
3.3M (1 0%)
Maintenance et équipement 0.6M (2%)
Projets BioMedIT 0.7M (2%)
Autres dépenses 1.7M (5%)
Provisions 2.3M ( 7%)
Tous les chiffres sont exprimés en millions de francs suisses. Ils reflètent les états financiers audités.
Des fonctions support et de direction efficaces Les dépenses liées aux fonctions de gestion et de soutien (13%, 4,3 millions) couvrent l’administration, les ressources humaines, les finances, la communication, le transfert de technologies, les affaires légales et l’informatique. Ces équipes contribuent également directement au sein des projets du SIB.
Investir dans les personnes au cœur de la recherche 74% (24,6 millions) des dépenses sont consacrées au personnel, dont 76% pour les employé·es du SIB Hub et 24% pour les employé·es intégré·es dans les institutions partenaires. Cela reflète notre modèle unique d’ancrage dans la recherche.
La bioinformatique, un domaine multidisciplinaire
Avec l’explosion du volume des données à disposition, les sciences de la vie évoluent très rapidement. L’infrastructure de recherche doit constamment s’adapter aux besoins du domaine, en développant de nouvelles méthodes, en intégrant les nouvelles technologies et en permettant le traitement de nouveaux types de données. Voici quelquesuns des sujets sur lesquels le SIB fait avancer la recherche, pour un impact fort sur les défis du siècle.
La comprendre pour mieux la protéger
La bioinformatique permet de répondre à des questions essentielles sur la biodiversité, de l’identification des espèces présentes à leurs interactions et leur capacité d’adaptation. Dans le cadre de l’initiative ’Jardins botaniques numériques’, nos équipent connectent par exemple les données chimiques des plantes à d’autres informations clés, permettant de les explorer via l’IA. Ce travail permet de mieux protéger la biodiversité et d’identifier de nouveaux composés bioactifs, dont des médicaments potentiels. Nous contribuons aussi à des initiatives internationales comme ERGA, l’atlas européen des génomes de référence* pour lequel nous avons mis en place une ressource clé pour la génomique de la biodiversité ; ou encore au projet Earth BioGenome qui vise à séquencer les génomes de 1,8 million d’espèces d’ici 2035.
* Génome de référence: version type de l’ADN d’une espèce
Les fondations d’une IA fiable
L’IA transforme les sciences de la vie en facilitant l’analyse de vastes ensembles de données. Pour être fiable, elle doit s’appuyer sur des données précises et des modèles rigoureusement évalués. Nos activités y contribuent directement : la biocuration fournit des données de haute qualité servant à entraîner les modèles ; la connexion de bases de données complexes assure une navigation intelligente et accélere les découvertes ; et la comparaison des modèles d’IA permet de garantir leur pertinence. Ces bases permettent de développer des modèles qui affinent notre compréhension du vivant, et apportent des réponses à des enjeux majeurs tels que la santé et l’environnement.
Notre base de données UniProt a par exemple été essentielle au succès du modèle d’IA AlphaFold, prix Nobel de chimie 2024, qui a révolutionné le domaine de la prédiction de la structure des protéines. Nous développons également des solutions d’IA pour mieux comprendre les tumeurs, en partenariat avec l’industrie, ou encore pour retracer l’évolution de la biodiversité.
Pérenniser l’acquis pour faire face aux prochaines crises sanitaires
La surveillance génomique est désormais reconnue comme essentielle pour la gestion des pathogènes et les stratégies de santé publique. La Suisse en est un leader mondial.
Avec la création du Centre de Bioinformatique des Pathogènes, le SIB est au cœur de cette nouvelle ère de contrôle des maladies infectieuses. S’appuyant sur le travail réalisé pendant la pandémie de COVID-19, le centre structure un écosystème durable pour une surveillance génomique continue et une réponse rapide aux crises. En renforçant infrastructures, collaborations et innovations, il favorise la recherche, consolide la préparation aux épidémies et maintient la Suisse à la pointe du domaine. Nos plateformes de surveillance et d’analyse telles que SPSP (Swiss Pathogen Surveillance Platform) permettent par exemple aux autorités fédérales de suivre l’évolution de variants en Suisse, qu’il s’agisse du SARS-CoV-2, de l’influenza ou de la listeria. Le SIB coordonne également le Pathogen Data Network, visant à connecter les données mondiales sur les maladies infectieuses pour accélérer les réponses aux épidémies.
Soutenir la stratégie nationale pour l’excellence scientifique
La recherche doit pouvoir se reposer sur des données ouvertes, c’est-à-dire librement accessibles, tout en respectant la sécurité des données. C’est une des conditions de l’efficacité de la recherche et la collaboration scientifique, de la transparence et de la reproductibilité de la science – et de la compétitivité de la Suisse.
L’infrastructure et l’expertise du SIB sont essentielles pour permettre la chaîne de valeur des données de recherche ouvertes et FAIR* : de ses bases de données servant les chercheur·euses du monde entier (12 millions d’utilisateur·ices**), y compris l’industrie (9,600 mentions dans des brevets en 2024), jusqu’aux différents projets de recherche public-privés européens pour lesquels nous rendons les données exploitables, et enfin les infrastructures de grande envergure que nous mettons en place, comme le Swiss Personalized Health Network ou encore le Pathogen Data Network, financé par le NIH.
* Principes FAIR: Findable (trouvable), Accessible (accessible), Interoperable (interopérable), Reusable (réutilisable)
** Définition des utilisateur·rices et sources : Google Analytics, Plausible, Matomo
Permettre une recherche de pointe sur des infrastructures sécurisées
La santé personnalisée, en adaptant prévention, diagnostic et traitements au profil de chaque patient·e, est une évolution très prometteuse pour toutes et tous.
Le SIB joue un rôle clé dans l’infrastructure suisse SPHN (Swiss Personalised Health Network) qui accélère la recherche dans ce domaine : nos experts ont par exemple mis en place des standards nationaux pour permettre l’interopérabilité des systèmes de données cliniques et de recherche, ainsi que le réseau national sécurisé pour le partage et l’analyse de celles-ci. Nous coordonnons également le premier projet d’archive nationale des données génomiques humaines (Swiss FEGA) Nos spécialistes sont également très impliquées dans l’oncologie de précision, avec plusieurs projets auprès des équipes cliniques suisses. Au niveau européen, le SIB participe à la recherche publique-privée sur l’obésité et le diabète par exemple.
Nos autres thématiques : www.sib.swiss/focus-areas
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Ce document présente un aperçu simplifié. Pour des informations détaillées ou officielles, veuillez vous référer au rapport complet « SIB Profile 2025 ». CRÉDITS PHOTOGRAPHIQUES COUVERTURE : Luis Quiros Guerrero, University of Geneva, and Marco Pagni, SIB Vital-IT Computational Biology group 2E ET 3E DE COUVERTURE : Alamy Stock Photo / Hector Christiaen – Alamy Stock Photo / Scott Camazine P. 1 : Valentin Luggen P. 2 : Adobe Stock – abeille – Nicolas Righetti / lundi13 P. 3 : Sutthaburawonk / iStock – Molecular Modeling Group, SIB & UNIL P. 7 : Phylo.io – Adobe Stock – Alexey Solodovnikov, CC BY-SA 4.0 – Adobe Stock P. 10 : Alamy Stock Photo / Mint Images Limited – Jumper, J et al. Nature 2021. DOI: 10.1038/s41586-021-03819-2 CC BY 4.0 P. 11 : David S. Goodsell, RCSB Protein Data Bank. DOI: 10.2210/rcsb_pdb/goodsell-gallery-049 – Alamy Stock Photo / Scott Camazine
Notre institut rassemble des partenaires publics et privés pour conduire des projets d’envergure. Grâce à une coordination interdisciplinaire et interinstitutionnelle, nous maximisons les découvertes issues des données des sciences de la vie tout en alignant les pratiques suisses avec les standards internationaux.
Cette visualisation montre comment notre expertise de pointe permet de relier des données complexes – ici sur des composés végétaux – pour révéler des liens invisibles et accélérer les découvertes scientifiques.
