Alan García Perez Este también lo hizo en otros asuntos importantes. Después de viajar a Toledo en 1528 y lograr las Capitulaciones con la Corona, en las que obtuvo su propia designación como la única autoridad legítima, a pesar del pedido y del encargo hecho por sus dos socios para compartir esas responsabilidades, Pizarro evadió la culpa asignándosela a la Emperatriz y al Consejo de Indias, con el argumento de que no podía entregarse la autoridad dividida porque eso podría traer conflictos. Fue un momento tenso pero, después de unos días de reproches y de lucha, Almagro se rindió ante el hecho consumado e irreversible. Es probable que el propio Pizarro sugiriera entonces a Almagro solicitar una gobernación diferente al sur de su territorio, como en efecto hizo este. Ante las protestas de Manco Inca por los abusos que sufrió mientras él estaba en Lima, pudo explicar que fueron sus hermanos Juan y Gonzalo los responsables de la crueldad y Manco Inca debió creerlo por un tiempo tras su nueva partida a Lima, pero cuando los maltratos se reanudaron estalló la rebelión. Intentó aun, a través de las cartas y mensajes que envió a Manco Inca, pedir nuevamente su adhesión argumentando que estaba ausente del Cusco cuando se cometieron los nuevos ultrajes de sus hermanos, que lo encadenaron haciendo que la tropa orinara sobre él, pero entonces su pedido ya no tuvo efecto. Pudo además tranquilizar a Almagro refiriéndole que Hernando Pizarro había sido enviado desde Cajamarca a España para evitar que continuara insultándolo. Finalmente, y es lo más grave, evadió también toda responsabilidad en la muerte de Almagro. Pero dejó la suerte de este en manos de su peor enemigo, Hernando, y en su marcha al Cusco después de la batalla de Las Salinas (26 de abril de 1538) se detuvo ex profeso en Jauja más tiempo del debido, a pesar de los clamores de Almagro por tratar su caso con él antes de ser ejecutado (8 de julio de 1538). El cronista López de Gomara señala que Hernando no concedió la apelación «porque no la revocasen la sentencia en el Consejo de Indias y porque tenía mandamiento de Francisco Pizarro». El propio Porras Barrenechea, simpatizante del personaje (Pizarro. p. 581), conviene en que «Francisco Pizarro negó su piedad a Almagro». Lo cierto es que Pizarro no llegó esta vez en siete días al Cusco, como en el viaje de 1536, sino que se demoró ex profeso desde julio de
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