ook in de jaren van voorspoed en op aandringen van de handelaren besloot het stadsbestuur in 1410 een grote haven uitbreiding te doen in de Merwede. Deze havenuitbreiding werd gebouwd op een zandplaat voor de stad in de Merwede gelegen, die werd opgehoogd met het uitgegraven zand voor de nieuwe haven. De nieuwe haven kreeg de weinig prozaïsche naam ‘Nieuwehaven’ (Wijk, 1995, p. 62). Het nieuwe havengebied bleef zo’n 100 jaar min of meer ongebruikt, doordat er zich een langere periode voordeed, waarin rampen en oorlogen de stadsagenda bepaalden en waardoor de welvaart sterk afnam. De rampspoed begon met een aantal serieuze vloeden waarvan de Elizabethvloed in 1421 de zwaarste en bekendste was. Het hele achterland van Dordrecht werd langdurig onder water gezet, waardoor Dordrecht feitelijk weer een eiland werd. Tot overmaat van ramp werd de stad getroffen door een grote stadsbrand in 1457 en door een periode van grote politieke onrust ten tijde van de Hoekse en Kabeljauwse twisten (tot 1490). In feite ware deze twisten een interne machtsstrijd van de Hollandse elite, die gebieden in Holland afwisselend voor langere tijd in de greep hield en tot verschillende conflicten heeft geleid. Bekend is het beleg van Dordrecht in 1418 na een escalatie van de strijd kort na de dood van Graaf Willem VI van Holland (Herwaarden, 1996, p. 157). In 1493 kreeg de stad een nieuw bestuur dat weer voor de nodige stabiliteit zorgde. Dit bleek van relatief korte duur toen Dordrecht te lijden kreeg van de opstand tegen het Spaanse gezag in 1555. Met het tekenen van de Unie van Dordrecht (1575) was Dordrecht de stad waar de Staten van Holland en de Staten van Zeeland gezamenlijk Willem van Oranje als enig stadhouder van Holland en Zeeland aanwezen, ook als duidelijk teken van de opstand tegen de Spanjaarden. Uiteindelijk wordt tijdens de Tachtigjarige Oorlog in 1587 feitelijk de republiek uitgeroepen, nadat pogingen werden gestaakt een soevereine vorst voor de Nederlanden te vinden. In 1581 werd de Spaanse vorst al niet langer erkend door de Staten
Generaal. Ook de beeldenstorm van 1566 ging de stad niet voorbij (Noordhoff, 2011, p. 190). De rust keert terug en tijdens de gouden eeuw in Holland (17e eeuw) profiteert Dordrecht wat minder van de bloei dan enkele andere Hollandse steden, mede doordat de lokale economie wat eenzijdig op handel en doorvoer van goederen was gericht. Het omslagpunt lag rond 1620 waarin Rotterdam definitief de leidende positie in de regio zou innemen (Schoor, 1999, p. 118). De reden lag in het feit dat de ‘commerciële’ revolutie, die de jonge republiek omstreeks 1600 beleefde grotendeels gebaseerd was op de opkomst van de zeevaart. Dordrecht was bij uitstek de binnenvaart haven (Maas en Rijn) in het gebied en participeerde minder succesvol in de zeevaart, hoewel men het wel degelijk probeerde (Frijhoff, 1998, p. 147). Van de handel in het gebied omstreeks 1620 ging de helft van de uitvoer naar het Rijngebied, 35% naar Engeland , 8% naar Luik en slechts 1 % naar de Oostvaart (Frijhoff, 1998, p. 147). Amsterdam had daar ver weg het grootste aandeel van in handen door zijn gunstigere ligging. Dordrecht wist zich echter goed te handhaven als binnenvaart haven en wist op die manier het uitblijven van groei door de zeehandel redelijk te compenseren. Het is daarom ook goed te begrijpen dat het Dordtse stadsbestuur en haar kooplieden alle voorgenomen uitbreidingen en aanpassingen van de Hollandse waterwegen nauwkeurig in de gaten hielden en niet zelden hun macht gebruikten om plannen te verijdelen. Het was in hun belang dat Dordrecht letterlijk niet ‘voorbij’ gevaren kon worden en dat de inkomsten uit overslag en handel niet zouden teruglopen (Frijhoff, 1996, p.149). Waterbeheer was ook in die tijd al een belangrijke, politieke zaak met veel belanghebbenden, die voor hun economisch belang en/ of veiligheid opkwamen. Zo zag Dordrecht bijvoorbeeld een plan afgewezen om de stroomsnelheid in de Merwede te verhogen om 11