Universidad Autónoma de Ciudad Juárez. Instituto de Ciencias Biomédicas. Departamento de Ciencias Biológicas.
Herramientas bioinformáticas.
Brandon Yadier Solis Solis. Matricula: 170333
Química Computacional. Reporte Agosto del 2017.
Herramientas bioinformáticas. 1. Genome projector. (http://www.g-language.org/g3/) Es una herramienta que permite utilizar la misma tecnología de Google Maps para la visualización de genomas completos. Actualmente cuenta con el genoma de varias bacterias en 4 posibles vistas: Plasmid Map, Genome Map, Pathway View y DNA Walk Herramienta que permite utilizar la misma tecnología de Google Maps para la visualización de genomas completos. (Instituto Nacional de Medicina Genómica, Herramientas bioinformáticas, 07/29/2010, 12:12 pm, http://www.inmegen.gob.mx/es/tecnologia/herramientasbioinformaticas/genome-projector/)
2. Endeavour.(http://homes.esat.kuleuven.be/~bioiuser/endeavour/endeavour. php). Es un software que permite priorizar genes para estudios de asociación de gen candidato. Utiliza información de distintas fuentes como: Literatura, Gene Ontology, Interpro, KEGG, datos de expresión entre otros para pesar los genes en base a esta información (Instituto Nacional de Medicina Genómica, Herramientas bioinformáticas, 07/29/ 2010, 12:20 p.m, http://www.inmegen.gob.mx/es/tecnologia/herramientasbioinformaticas/endeavour/)
3. E-Cell (http://ecell3d.iab.keio.ac.jp/features.html#section3) Ambiente de simulación en 3D que utiliza datos experimentales para generar un ambiente gráfico. El resultado de la simulación se puede navegar por medio del teclado, mouse, o con otros controles remotos como el Nintendo Wii.
Existe una demostración del modelo del ciclo circadiano de la Drosophila y también ya está disponible el software que permite hacer modelos propios. Este software corre en plataforma MacOS X. (Instituto Nacional de Medicina Genómica, Herramientas bioinformáticas, 07/29/2010, 12:18 p.m. http://www.inmegen.gob.mx/es/tecnologia/herramientasbioinformaticas/e-cell/)
4. Protein Data Bank. (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do) Este recurso es alimentado por el archivo de datos del banco de datos de proteínas sobre las formas 3D de proteínas, ácidos nucleicos y conjuntos complejos que ayuda a los estudiantes y los investigadores a comprender todos los aspectos de la biomedicina y la agricultura, desde la síntesis de proteínas hasta la salud y las enfermedades. (Protein Data Bank, Una visión estructural de la biología, 08/16/2017, http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)
5. Vensim Personal Learning Edition. (http://vensim.com/vensim-personallearning-edition/) Vensim PLE es una versión de Vensim que ha sido diseñada para bajar las barreras al modelador de dinámica del sistema de inicio. Vensim PLE es un software de dinámica de sistemas completamente funcional que es gratuito para uso personal y educativo, y viene completo con modelos de ejemplo, motor de ayuda y formato Adobe Acrobat. (Vensim, Vensim personal learning Edition, 08/16/2017, http://vensim.com/vensimpersonal-learning-edition/)
6. WebMO. (https://www.webmo.net/) WebMO es una interfaz gratuita basada en la World Wide Web para paquetes de química computacional. La aplicación WebMO permite a los usuarios crear y ver moléculas en 3-D, visualizar orbitales y elementos de simetría, buscar información química y
propiedades de bases de datos externas y ver / enviar trabajos WebMO desde su teléfono o tableta. (WebMO, ¿Qué es WebMO?, 08/16/2017, https://www.webmo.net/)
7. ExPASy (https://www.expasy.org/) ExPASy es el portal de recursos del Bioinformática SIB que proporciona acceso a bases de datos científicos y herramientas de software (es decir, recursos) en diferentes áreas de ciencias de la vida, incluida la proteómica, la genómica, la filogenia, la biología de sistemas, genética de poblaciones, etc. En este portal encontrará recursos de diferentes grupos SIB así como instituciones externas. (ExPASy, Bioinformatics Resource Portal, 08/16/2017, https://www.expasy.org/)
8. BIOJAVA (http://biojava.org/index.html) En BIOJAVA se puede acceder a módulos de estructura de proteínas y secuencias biológicas. (BioJava: un marco de código abierto para la bioinformática en 2012 Andreas Prlic; Andrew Yates; Spencer E. Bliven; Peter W. Rose; Julius Jacobsen; Peter V. Troshin; Mark Chapman; Jianjiong Gao; Chuan Hock Koh; Sylvain Foisy; Richard Holland; Gediminas Rimsa; Michael L. Heuer; H. Brandstatter-Muller; Philip E. Bourne; Scooter Willis (http://biojava.org/index.html) 9. Biopython (http://biopython.org/) Biopython es un conjunto de herramientas libremente disponibles para la computación biológica escritas en Python por un equipo internacional de desarrolladores. (Biopython, Introduccion, 07/10/2017, http://biopython.org/)