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Istituto CSSMendel

ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI

DSQ 05, Rev. 12 Data 06-06-2014

Diagnosi di Genetica Molecolare Referente di Settore: Dr Alessandro De Luca PATOLOGIA

TEST GENETICO POSTNATALE

TEMPI DI TIPOLOGIA REFERTAZIONE CAMPIONE

n.

nome

TEST GENETICO

metodo

giorni

1

Acondroplasia

FGFR3-SEQ

PCR/SEQ

30

S.ED.

2

Epidermolisi Bollosa Ereditaria Analisi forensi Angelman, Sindrome di

FGFR3-RE EBE-MUT EBE-STRs FOR-STRs PWS/AS-UPDcr15 PWS/AS-DEL/MET SMN1-DEL SMN1-RE SMN1-STRs BWS-UPDcr11 BWS -DEL/MET EYA1-GENE EYA1-MUT NGS-RASopatie BRAF-GENE BRAF-MUT NGS-RASopatie MODY2/GENE MODY3/GENE UPDcr2-STRs UPDcr6-STRs UPDcr14-STRs UPDcr16-STRs UPDcr20-STRs GJA1-SEQ GJA1-MUT SGCE-GENE SGCE-MUT DYT1-STR DYT6/THAP1/GENE DMPK-STRs DMPK-LONG DMPK-SHORT DMPK-BLOT CAV3-GENE CAV3-MUT EVC-GENE EVC2-GENE EVC/EVC2-MUT EVC/EVC2-STRs

PCR/2RE PCR/SEQ PCR/STR PCR/STR PCR/STR MLPA MLPA PCR/RE PCR/STR PCR/STR MLPA PCR/SEQ PCR/SEQ NGS PCR/SEQ PCR/SEQ NGS PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR PCR/STR PCR/STR PCR/STR PCR/STR PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR PCR/SEQ PCR/STR PCR-STR PCR/STR PCR-S.BLOT PCR/SEQ PCR/SEQ PCRSEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR

30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 120 15 120 60 15 120 60 60 30 30 30 30 30 30 15 90 15 30 30 30 60 30 60 30 15 90 90 15 30

S.ED. S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.

EXT1-GENE EXT1-MUT EXT2-GENE EXT2-MUT EXT1/EXT2-STRs

PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR

90 15 90 15 30

S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.

3 4 5

Atrofia muscolare spinale

6

Beckwith-Wiedemann, Sindrome di Branchio-Oto-Renale, Sindrome Cardiofaciocutanea, Sindrome di

7 8 9 10

Costello Sindrome Diabete MODY

11

Disomia Uniparentale

12 13

Displasia OculoDentoDigitale Distonia mioclonica

14

Distonia primaria

15

Distrofia miotonica di Steinert

16

Distrofia muscolare dei cingoli di tipo 1C Ellis-Van Creveld,Sindrome di

17

18

Esostosi multiple ereditarie

Pagina 1 di 6 N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.

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ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI

PATOLOGIA n.

nome

19

Fibrosi cistica

20

22 23 24 25

Hallervorden-Spatz, Sindrome di Insensibilità agli androgeni Ipocondroplasia Joubert, Sindrome di Kennedy, Malattia di Legius, Sindrome di

26

Leopard, Sindrome di

27

Martin Bell, Sindrome di

28

Microdelezioni cromosoma Y Microftalmia sindromica 3

21

29 30 31

Miotonia congenita di Thomsen/Becker Neoplasie endocrine multiple tipo 2

32

Neurofibromatosi tipo 1

33

Noonan, Sindrome di

TEST GENETICO POSTNATALE

DSQ 05, Rev. 12 Data 06-06-2014

TEMPI DI REFERTAZIONE

TIPOLOGIA CAMPIONE

TEST GENETICO

metodo

giorni

CFTR-NLM 38 CFTR-NLM PLUS CFTR-RDB-17+19 CFTR-RDB-17 CFTR-RDB-19 CFTR-RDB-IT CFTR-MUT PANK2-GENE PANK2-MUT AR-GENE AR-MUT FGFR3-SEQ SJ-MUT AR-STRs NGS-RASopatie SPRED1-GENE SPRED1-MUT NGS-RASopatie PTPN11-GENE PTPN11-MUT RAF1-GENE RAF1-MUT BRAF-GENE BRAF-MUT FMR1-S.BLOT FMR1-STR FMR1-STR-Ab FMR1-STRs-AmpX FMR1-mPCR AmpX FMR1-MS-MLPA AZFc-PCR

PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR NGS PCR/SEQ PCR/SEQ NGS PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR-S.BLOT PCR/STR PCR/STR PCR/STR PCR/STR MS-MLPA PCR

30 30 30 30 30 30 15 60 15 60 15 30 15 30 120 60 15 120 90 15 60 15 60 15 90 30 30 30 30

S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.

30

S.ED.

SOX2-GENE SOX2-MUT CLCN1-GENE CLCN1-MUT RET-GENE RET-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ

60 15 90 15 60 15

S.ED. S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.

NGS-RASopatie NF1-MLPA NF1-GENE NF1-MUT NF1-STRs NGS-RASopatie PTPN11-GENE PTPN11-MUT RAF1-GENE RAF1-MUT SOS1-GENE SOS1-MUT SHOC2-SEQ BRAF-GENE BRAF-MUT

NGS MLPA PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR NGS PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ

120 30 180 15 30 120 90 15 60 15 90 15 30 60 15

S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. Pagina 2 di 6

N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.

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PATOLOGIA n.

nome

34

Parkinson, Malattia di

35

Prader Willi, Sindrome di

36

Rene policistico dell’adulto Rene policistico infantile Silver-Russell, Sindrome di Sordità indotta da streptomicina

37 38 39 40

Sordità neurosensoriale AR1

41

Trombofilia

42

Wolfram, Sindrome di

ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI

TEST GENETICO POSTNATALE

DSQ 05, Rev. 12 Data 06-06-2014

TEMPI DI REFERTAZIONE

TIPOLOGIA CAMPIONE

TEST GENETICO

metodo

giorni

PARK-MLPA PARK2-GENE PARK2-MUT LRRK2-EX41-SEQ PWS/AS-UPD-cr15 PWS/AS-DEL/MET

MLPA PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR MLPA

30 60 15 30 30 30

S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.

PKD1-PKD2-STRs

PCR/STR

60

S.ED.

PKHD1-STRs

PCR/STR

60

S.ED.

SRS_UPD-cr7 SRS-DEL/MET MTRNR1-SEQ MTRNR1-RE MTTS1-SEQ GJB2-GENE GJB2-MUT GJB2-EX1 CX26-CX30 TRB-RDB-3 TRB-RDB-4 TRB-RDB-14 FV Leiden-MUT FII – MUT MTHFRA-MUT MTHFRC-MUT WFS1-GENE WFS1-MUT

PCR/STR MLPA PCR/SEQ PCR/RE PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR PCR-REV DOT BLOT PCR-REV DOT BLOT PCR-REV DOT BLOT RT-PCR RT-PCR RT-PCR RT-PCR PCR/SEQ PCR/SEQ

30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 15 15 15 15 15 15 60 15

S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.

N.B.:  Su richiesta possono essere eseguite le diagnosi prenatali per le sopraelencate patologie, per le quali è previsto un tempo di refertazione di 15 giorni, ad eccezione di quei test che necessitano di campione di DNA estratto da amniociti coltivati (come ad esempio, la S. di Martin Bell e l’Atrofia Muscolare Spinale).  In caso di test di screening del portatore o diagnostico su pazienti che hanno in corso una gravidanza, i tempi di refertazione sono di 21 giorni.  Se il test di screening del portatore o diagnostico è eseguito su pazienti che hanno in corso una gravidanza, ma hanno una familiarità e/o un sospetto diagnostico o altra segnalazione del medico inviante, i tempi di refertazione sono di 15 giorni.

In ogni caso è’ indispensabile un accordo preliminare con il Referente del Settore Diagnostico.

LEGENDA: S.ED.  da 2 a 10 ml sangue periferico in EDTA PCR: reazione polimerasica a catena SEQ: sequenziamento automatico 2RE: restrizioni enzimatiche STR: micro satelliti

MLPA: dosaggio genico S. BLOT: Southern Blot REV DOT BLOT: Reverse Dot Blot NGS: Next Generatione Sequence

Pagina 3 di 6 N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.

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ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI

DSQ 05, Rev. 12 Data 06-06-2014

DIAGNOSI CITOGENETICA Responsabile di Struttura Semplice: Dr Antonio Novelli Indagini Citogenetiche

Campione

Tempi di attesa

Tipo

Quant ità



5 ml

Test rapido Aneuploidie cromosomi 13, 18, 21, X, Y

Liquido amniotico

48-72 ore



Cariotipo su sangue periferico (SP) 

Sangue in eparina sodica

5 ml

Villi coriali

20 mg

28 gg.*

7 gg.

Diretta 21 gg. In coltura

Cariotipo su villi coriali (CVS)



Liquido amniotico

> 16 ml

Cariotipo su liquido amniotico (LA)

21 gg.



Cariotipo su materiale abortivo (MA o POC)



Materiale abortivo Villi 20 mg



30 gg.

amniotico: nuclei

5 ml

7gg.

in interfase

2.

metafa 2 vetrini si fissate

7gg.

su vetrino Studio dei riarrangiamenti cromosomici

3.

Note tecniche

Valori di riferimento

QF-PCR (Quantitative Fluorescent Polymerase Chain Reaction)

Identificazione delle aneuploidie numeriche dei cromosomi 13,18,21 e XY mediante microsatelliti Identificazione di aberrazioni cromosomiche numeriche e strutturali

Assenza/Presenza di aneuploidie dei cromosomi 13,18,21 e XY

Identificazione di aberrazioni cromosomiche numeriche e strutturali

Assenza/Presenza di aneuploidie e aberrazioni strutturali

Identificazione di aberrazioni cromosomiche numeriche e strutturali

Assenza/Presenza di aneuploidie e aberrazioni strutturali

Identificazione di aberrazioni cromosomiche numeriche e strutturali

Assenza/Presenza di aneuploidie e aberrazioni strutturali

Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante citogenetica molecolare (sonda locus-specifica, sonde subtelomeriche)

Assenza/Presenza di microdelezione o microduplicazioni

Caratterizzazione di riarrangiamenti strutturali (sonde painting)

Assenza/presenza segnale di ibridazione anomalo

Coltura di linfociti, bandeggio GTG(400 bande), analisi cromosomi al microscopio ottico Metodo diretto (mitosi spontanee) e/o indiretto [coltura cellulare a medio e/o lungo termine] , bandeggio GTG(400 bande), analisi cromosomi al microscopio ottico] Coltura di amniociti (in situ e/o in fiasca), bandeggio GTG(livello di risoluzione 400 bande), analisi cromosomi al microscopio ottico Coltura cellulare (dal sacco amniotico, dal trofoblasto, dai tessuti propri del feto) , bandeggio GTG(livello di risoluzione 400 bande), analisi cromosomi al microscopio ottico Ibridazione in situ fluorescente (FISH)

Liquido

1.

Metodo

metafa 1015ml si da

21gg

Assenza/Presenza di aneuploidie e aberrazioni strutturali

Studio aneuploidie Numero dei segnali di mediante sonde alfoidi ibridazione

coltura di amniociti Pagina 4 di 6 N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.

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Indagini Citogenetiche

ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI

Campione

Tipo Studio dei riarrangiamenti cromosomici



Tempi di attesa

Metodo

metafa 2 vetrini

7gg

si fissate su vetrino 2.

Data 06-06-2014

Note tecniche

Valori di riferimento

Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante citogenetica molecolare (sonda locus-specifica, sonde subtelomeriche)

Assenza/Presenza di microdelezione o micro duplicazioni

Caratterizzazione di riarrangiamenti strutturali (sonde painting)

Assenza/presenza segnale di ibridazione anomalo

Studio aneuploidie mediante sonde alfoidi

Numero dei segnali di ibridazione

Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante citogenetica molecolare (sonda locus-specifica)

Assenza/Presenza di microdelezione o microduplicazioni

Studio aneuploidie mediante sonde alfoidi

Numero dei segnali di ibridazione

Separazione dei linfociti da sangue periferico mediante Ficoll dopo centrifugazione

Osservazione di proliferazione cellulare

Quantità

Villi coriali 1.

DSQ 05, Rev. 12

metafa 20 mg

21 gg

si da coltura di villo coriale 

Sangue in

5ml

21 gg*

eparina sodica 

Tessuto incluso in paraffina

5 fettine di 21 gg. inclusi in paraffina dallo spessore di 20μ

Analisi su preparati fissati in paraffina

 Allestimento di linee linfoblastiche mediante EBV (Epstein Barr Virus)

Ibridazione in situ fluorescente (FISH)

cadauno

Sangue in eparina sodica

EBV (Epstein Barr Virus)

> 10 ml 30 gg.

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Indagini Citogenetiche

ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI

Campione

Tipo 





Tempi di attesa



10 ml

7 gg lavorativi

1 Coltura di liquido Amniotico

21gg

2. .Flask a confluenza

7 gg lavorativi

Villi coriali

Metodo

Note tecniche

Valori di riferimento

CGH Array (Comparative Genomic Hybridization)

Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante microarray

Assenza/Presenza di microdelezione o microduplicazioni

120 gg. *§

amniotico Studio dei riarrangiamenti genomici ad alta risoluzione

Data 06-06-2014

Quantit à

5 ml Sangue in eparina sodica + Sangue in EDTA 5ml

Liquido

DSQ 05, Rev. 12

Risoluzione da 10 Kb a1,0 Mb

20 mg 7 gg. lavorativi

1.frustolo di villo 2.coltura

21 gg.

cellulare di villo 

Materiale abortivo

20 mg

30gg

* Quando l’analisi viene eseguita in regime di URGENZA I tempi di refertazione saranno ridotti a 7 giorni di calendario § I tempi di refertazione potranno subire variazioni in caso di necessità di approfondimenti sul paziente o sui familiari: più 21 gg per approfondimento tramite FISH più 30 gg per approfondimento tramite RT-PCR N.B.: in casi particolari, possono essere utilizzate anche altre tecniche di bandeggio.

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