4 minute read
Elevate-genomitesti laskee yksilön genomisen sukusiitosasteen – Sari Alhainen
Harkitulla sukusiitoksella pyritään tuottamaan tasalaatuisia ja periyttämisvarmoja eläimiä vähentämällä perimässä esiintyvää hajontaa ja lisäämällä toivottujen alleelien esiintymistä. Keinosiemennyskäyttöön voidaan tuottaa tarkoituksella myös sukusiitettyjä sonneja, jolloin parhaimmillaan saadaan vahvoja periyttäjiä ja nopeaa edistystä jalostuksessa. Erisukuiselle lehmälle paritettuna tästä ei ole mitään haittaa syntyvälle vasikalle, sillä sukusiitetyn linjan samaperintäisyys katkeaa täydellisesti heti, kun käytetään erisukuista yksilöä paritukseen.
Advertisement
Sukusiitosta pitää käyttää harkitusti, sillä myös haitalliset ominaisuudet voivat vahvistua yhtä aikaa haluttujen ominaisuuksien kanssa, ja geenipohjan kaventuminen heikentää kokonaisuudessaan populaation elinvoimaa. Parhaiden sukulinjojen runsas käyttö on aiheuttanut sukusiitosasteen nousua kaikkialla maailmassa, ja tällä hetkellä keinosiemennysyritykset etsivät aktiivisesti myös täysin erisukuisia linjoja jalostusohjelmiaan varten.
Karjatasolla ei saada hyötyä siitä, että sonnivalinnassa haetaan mahdollisimman pientä sukusiitosastetta. Jos sukusiitosasteelle asetetut ylitiukat rajat estävät lehmille parhaiten sopivien sonnien käytön, saatetaan karjan jalostuksellista kehitystä hidastaa merkittävästi ilman, että saadaan aikaan minkäänlaista elinvoiman lisäystä erisukuisuuden kautta. Se, onko eläimen sukusiitosaste 0% vai 7%, ei tutkimusten perusteella vaikuta sen elinvoimaan.
Haitat alkavat näkyä, kun sukusiitosaste ylittää 10 prosenttia Tutkimuksissa on todettu sukusiitoksen haittavaikutusten alkavan näkyä eläimen sukusiitosasteen ylittäessä 10 prosenttia. Silloin todennäköisyys hedelmällisyyden ja elinvoiman heikkenemiseen kasvaa sitä voimakkaammin, mitä korkeammalle sukusiitosprosentti nousee, ja nähdään esimerkiksi lisääntymisvaikeuksia, vasikkakuolleisuuden nousua, epämuodostumia, vastustuskyvyn heikkenemistä sekä tulehdusalttiutta. Ilmiötä kutsutaan sukusiitostaantumaksi. Jos sukusiitosaste kasvaa hitaasti monen sukupolven aikana, haitat ovat pienemmät kuin nopeassa sukusiitoksessa eli lähisukulaisten yhdistämisessä.
Yksilön laskennallinen sukusiitosaste on puolet sen vanhempien välisestä sukulaisuussuhteesta. Isä-tytär -parituksessa jälkeläisten keskimääräisen sukusiitosasteen lasketaan olevan 25 %, puolisisarparituksessa 12,5 % ja serkusparituksessa 6,25 %. Sukusiitos vähentää heterotsygoottisten gee-
Homotsygoottisissa jaksoissa (ROH) vastingeenit ovat samanlaiset. Näiden jaksojen pituus määrittää genomisen sukusiitoksen asteen. Sukusiitos on haitallista, kun eläin on perinyt pitkiä jaksoja, joissa vastingeenit on peritty samalta yhteiseltä isovanhemmalta. Neljällä täyssisarella saattaa olla täysin eri tavoin rakentuneet geenijaksot homotsygotian määrän osalta, vaikka kaikkien sukusiitosaste on laskennallisesti sukutaulun perusteella sama. (DW Bjelland &.al) niparien osuutta jokaisessa sukupolvessa sukusiitosasteen verran.
Laskennallisen sukusiitosasteen tulos riippuu mukana olevien sukupolvien määrästä, joten vain sellaisia sukusiitosasteita voi verrata keskenään, joissa on huomioitu täsmälleen sama sukupolvimäärä. Genominen sukusiitosaste sen sijaan lasketaan suoraan yksilön genomista, eikä ennalta ilmoitettuja sukutietoja tarvita lainkaan. Genominen sukusiitosaste on siten kaikkein luotettavin. Sukutauluun perustuvalla oletetulla sukusiitosasteella ei ole merkitystä sen jälkeen, kun genomitestin kautta on saatu yksilöllinen tulos. Yksilöiden väliset erot löytyvät genomitestillä Genomitestin avulla voidaan määrittää jokaisen yksilön genominen sukusiitosaste. Esimerkiksi serkusparituksesta syntyneillä täyssisaruksilla on yksi yhteinen isovanhempi sekä isän että emän puolelta. Yhteisen isovanhemman geenit ovat kuitenkin jakautuneet jälkeläisten perimään sattumanvaraisesti eri tavoin. Todellisen homotsygotian määrä on jokaisella täyssisarella erilainen, vaikka ne polveutuisivat samoista vanhemmista ja niiden sukutaulusta laskettu sukusiitosaste olisi sama. Toisella sisaruksella saattaa olla perimässään selvästi enemmän homotsygotiaa kuin toisella. Homotsygotian määrä
riippuu siitä, kuinka suuri osa vastingeeneistä on sattunut periytymään samalta isovanhemmalta sekä emän että isän kautta.
Genomisen sukusiitosasteen laskennassa tutkitaan sitä, miten pitkiä homotsygoottisia geenijaksoja yksilöstä löytyy. ROH (runs of homozygosity) on homotsygoottinen geenijakso, jossa molemmissa kromosomin puoliskoissa on sama emäs. Pitkät homotsygoottiset jaksot lisäävät sukusiitoksen aiheuttamaa taantumaa, kun taas keskimääräistä lyhyemmät jaksot vähentävät sukusiitoksen vaikutusta.
Homotsygotian määrä voidaan selvittää jo alkiosta Nykyaikaisissa jalostusohjelmissa testataan tulevat donorit ja keinosiemennyssonnit jo alkioina, jolloin niiden genominen sukusiitosaste selviää. Koska koeputkialkiPuolisisarparituksessa on yksi yhteinen isovanhempi. (esim. Mogul isänisänä ja emänisänä). Laskennallinen sukusiitosaste on 12,5 %, mutta käytännössä vastingeenit voivat olla joko sama- tai eriperintäiset, jolloin genominen sukusiitosasteen vaihtelu voi samasta yhdistelmästä syntyneillä täyssisaruksilla vaihdella todella paljon. (T.Carthy 2016)
oita voidaan hyvin edullisin kustannuksin tuottaa jalostusohjelman käyttöön jopa kymmeniä tuhansia vuodessa, on niiden joukosta helppo valita yksilöt, joiden perimässä ei ole haitallisia homotsygoottisia jaksoja. Tuotantoeläimiksi voidaan vastaavasti tuottaa alkioita, joissa hyödynnetään risteytyselinvoimaa hedelmöittämällä linjasiitetyn donorin munasolu täysin erisukuisella sonnilla. Tilannetta voidaan hyvin verrata siihen, että ennen genomiaikaa jokaisella täyssisaruksella oli sama sukutauluun perustuva odotusarvo, vaikka ne todellisuudessa ovat perineet vanhemmiltaan aivan erilaisen geenikombinaation. Genomitestin avulla nämä todelliset erot voidaan mitata niin sukusiitosasteen kuin muidenkin ominaisuuksien osalta.
Karjanomistaja pystyy edullisesti testauttamaan omat eläimensä Elevategenomitestin avulla. Samasta näytteestä, josta lasketaan jalostusarvot, saadaan tulokset yksilön genomisesta sukusiitosasteesta sekä tarkistetaan suku, ja lisäpalveluna voi testauttaa myös haitalliset haplotyypit ja maidon kappa- ja beetakaseiinit. Holsteinrotuisille eläimille saadaan myös tulos perinnöllisestä immuunivasteesta.
Sari Alhainen
TARJOLLA ON MONIA ERILAISIA GENOMITESTEJÄ, MUTTA VAIN YKSI TESTAUSMENETELMÄ MITTAA KARJASI PERINNÖLLISTÄ IMMUUNIVASTETTA.
Elevate -sovelluksen avulla testaat helposti karjasi jalostuksellisen i j l t k lli lEl t ll k l ll l t t t h l t ti k j tason ja perinnöllisen immuunivasteen, sekä tarkistat polveutumisen. Lisäpalveluina tarjolla TPI- ja haplotyyppitulokset, punavärigeeni, sekä A2-beetakaseiinitiedot. Immuunivasteen genomitestin avulla pystyt parantamaan karjasi terveyttä geneettisesti myös emälinjojen kautta. Testaus on vaivatonta. Kudosnäyte otetaan korvamerkkien laiton yhteydessä, ja tiedot yhdistetään näytteeseen kännykän skannaustoiminnon ja Elevate sovelluksen kautta. Lisätiedot tai omalta alue-edustajalta.
Semex Finland Oy
Viikatetie 3, 91900 Liminka
