SEMEX-POSTI tammikuu 2021
ELEVATE-GENOMITESTI LASKEE YKSILÖN GENOMISEN SUKUSIITOSASTEEN
H
arkitulla sukusiitoksella pyritään tuottamaan tasalaatuisia ja periyttämisvarmoja eläimiä vähentämällä perimässä esiintyvää hajontaa ja lisäämällä toivottujen alleelien esiintymistä. Keinosiemennyskäyttöön voidaan tuottaa tarkoituksella myös sukusiitettyjä sonneja, jolloin parhaimmillaan saadaan vahvoja periyttäjiä ja nopeaa edistystä jalostuksessa. Erisukuiselle lehmälle paritettuna tästä ei ole mitään haittaa syntyvälle vasikalle, sillä sukusiitetyn linjan samaperintäisyys katkeaa täydellisesti heti, kun käytetään erisukuista yksilöä paritukseen. Sukusiitosta pitää käyttää harkitusti, sillä myös haitalliset ominaisuudet voivat vahvistua yhtä aikaa haluttujen ominaisuuksien kanssa, ja geenipohjan kaventuminen heikentää kokonaisuudessaan populaation elinvoimaa. Parhaiden sukulinjojen runsas käyttö on aiheuttanut
sukusiitosasteen nousua kaikkialla maailmassa, ja tällä hetkellä keinosiemennysyritykset etsivät aktiivisesti myös täysin erisukuisia linjoja jalostusohjelmiaan varten. Karjatasolla ei saada hyötyä siitä, että sonnivalinnassa haetaan mahdollisimman pientä sukusiitosastetta. Jos sukusiitosasteelle asetetut ylitiukat rajat estävät lehmille parhaiten sopivien sonnien käytön, saatetaan karjan jalostuksellista kehitystä hidastaa merkittävästi ilman, että saadaan aikaan minkäänlaista elinvoiman lisäystä erisukuisuuden kautta. Se, onko eläimen sukusiitosaste 0% vai 7%, ei tutkimusten perusteella vaikuta sen elinvoimaan.
Haitat alkavat näkyä, kun sukusiitosaste ylittää 10 prosenttia Tutkimuksissa on todettu sukusiitoksen haittavaikutusten alkavan näkyä eläimen sukusiitosasteen
ylittäessä 10 prosenttia. Silloin todennäköisyys hedelmällisyyden ja elinvoiman heikkenemiseen kasvaa sitä voimakkaammin, mitä korkeammalle sukusiitosprosentti nousee, ja nähdään esimerkiksi lisääntymisvaikeuksia, vasikkakuolleisuuden nousua, epämuodostumia, vastustuskyvyn heikkenemistä sekä tulehdusalttiutta. Ilmiötä kutsutaan sukusiitostaantumaksi. Jos sukusiitosaste kasvaa hitaasti monen sukupolven aikana, haitat ovat pienemmät kuin nopeassa sukusiitoksessa eli lähisukulaisten yhdistämisessä. Yksilön laskennallinen sukusiitosaste on puolet sen vanhempien välisestä sukulaisuussuhteesta. Isä-tytär -parituksessa jälkeläisten keskimääräisen sukusiitosasteen lasketaan olevan 25 %, puolisisarparituksessa 12,5 % ja serkusparituksessa 6,25 %. Sukusiitos vähentää heterotsygoottisten geeHomotsygoottisissa jaksoissa (ROH) vastingeenit ovat samanlaiset. Näiden jaksojen pituus määrittää genomisen sukusiitoksen asteen. Sukusiitos on haitallista, kun eläin on perinyt pitkiä jaksoja, joissa vastingeenit on peritty samalta yhteiseltä isovanhemmalta. Neljällä täyssisarella saattaa olla täysin eri tavoin rakentuneet geenijaksot homotsygotian määrän osalta, vaikka kaikkien sukusiitosaste on laskennallisesti sukutaulun perusteella sama. (DW Bjelland &.al)
34
niparien osuutta jokaisessa sukupolvessa sukusiitosasteen verran. Laskennallisen sukusiitosasteen tulos riippuu mukana olevien sukupolvien määrästä, joten vain sellaisia sukusiitosasteita voi verrata keskenään, joissa on huomioitu täsmälleen sama sukupolvimäärä. Genominen sukusiitosaste sen sijaan lasketaan suoraan yksilön genomista, eikä ennalta ilmoitettuja sukutietoja tarvita lainkaan. Genominen sukusiitosaste on siten kaikkein luotettavin. Sukutauluun perustuvalla oletetulla sukusiitosasteella ei ole merkitystä sen jälkeen, kun genomitestin kautta on saatu yksilöllinen tulos.
Yksilöiden väliset erot löytyvät genomitestillä Genomitestin avulla voidaan määrittää jokaisen yksilön genominen sukusiitosaste. Esimerkiksi serkusparituksesta syntyneillä täyssisaruksilla on yksi yhteinen isovanhempi sekä isän että emän puolelta. Yhteisen isovanhemman geenit ovat kuitenkin jakautuneet jälkeläisten perimään sattumanvaraisesti eri tavoin. Todellisen homotsygotian määrä on jokaisella täyssisarella erilainen, vaikka ne polveutuisivat samoista vanhemmista ja niiden sukutaulusta laskettu sukusiitosaste olisi sama. Toisella sisaruksella saattaa olla perimässään selvästi enemmän homotsygotiaa kuin toisella. Homotsygotian määrä
