O planejamento institucional é um processo de formulação de estratégias organizacionais, elaborado pelo EMAER em conjunto com os ODSA, no qual se busca o atingimento da visão da instituição, bem como a viabilização das atividades rotineiras da organização com foco na missão, considerando o ambiente em que ela está atuando. No processo de planejamento institucional, é preciso que todos os planos da organização sejam elaborados de maneira integrada e articulada. Para que o planejamento traga os resultados almejados, é essencial que ocorra o devido acompanhamento e controle do que foi planejado.
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O planejamento institucional da FAB adota os seguintes horizontes temporais: - curto prazo – zero a 4 anos; - médio prazo – 5 a 10 anos; e - longo prazo – acima de 10 anos. Para viabilizar este planejamento, a FAB possui os seguintes instrumentos: - Concepção Estratégica; - Plano Estratégico Militar da Aeronáutica (e Planos Complementares); - Plano de Direção-Geral (antigo Plano de Trabalho Plurianual); - Planos Setoriais dos ODSA; - Programas de Trabalho Anual; e - Plano de Ação da Aeronáutica.