var derfor at undersøge, om metoden kunne anvendes på ”rigtige” data - eksempelvis fra mælk. Ved at måle både IR og NIR spektre for samme prøve, er det muligt at rearrangere spektrene således, at overtoner og grundtoner er repræsenteret. Efter re-arrangeringen er det muligt at anvende avancerede kemometriske analysemetoder som Parallel Factor Analysis (PARAFAC). Ved anvendelse af PARAFAC opnås en række fordele - de såkaldte N-vejs fordele. N-vejs fordele indebærer, at langt færre prøver behøves ved kalibrering. Hvor 150 prøver skulle anvendes til PLS kalibrering, kan langt færre anvendes til PARAFAC modellering (i teorien kan blot en enkelt prøve være nok). Ved PARAFAC modellering opnås des-
uden ”matematisk kromatografi”. Dette betyder, at modellen adskiller de forskellige kemiske komponenter i prøverne. Rene spektre (eksempelvis for beta-casein) kunne derfor, i det ideelle tilfælde, opnås ved måling på mælk. Dette gør det endnu nemmere at detektere forurenede prøver. Såfremt metoden kunne anvendes på mælk og andre mejeriprodukter, kunne VOCSY derfor være en mulig løsning på at undgå fremtidige melaminskandaler. Det høje vandindhold i mange mejeriprodukter kan vanskeliggøre VOCSY analyse. Derfor blev der i første omgang udviklet en metode på et IR/ NIR-datasæt for marcipan, da vandindholdet i marcipan er relativt lavt. Metoden blev herefter forsøgt anvendt på mælk.
Konklusion Det var muligt at opstille en VOCSYmodel for fugtindholdet i marcipan, og denne model var kemisk tolkbar. Sukkerindholdet kunne prædikeres tilfredsstillende, i dette tilfælde var modellen dog ikke umiddelbart kemisk tolkbar. Et højt vandindhold i mælk vanskeliggjorde VOCSY modellering af protein- og fedtindhold. Det var derfor ikke muligt at opnå den ønskede præcision. Modellerne var desuden ikke kemisk tolkbare. Vejledere: Seniorforsker Max Egebo (FOSS Analytical) samt professor Søren Balling Engelsen og professor Rasmus Bro (Begge KU-LIFE). Specialet blev forsvaret den 4. november.
Mejeriingeniør 2008
Bakteriofager
Titel: Analysis of bacteriophage devolopment at a dairy by the use of Denaturing gradient gel electrophoresis - aimed at the difference in the receptor binding protein gene exemplified by the 936-species phage. Af Martin Thorup Nielsen og Line Sønderbæk Olesen
Resumé Hovedformålet med projektet var at undersøge mønstret i bakteriofagudviklingen på et mejeri over en periode på en måned. Forsøgene blev eksemplificeret med 936-species fager og var rettet mod forskelle i receptor-bindingsproteingenet, som koder for receptor-bindingsproteinet i 936-species fager.
14
NR. 1
Til forsøgene blev der på et dansk ostemejeri over en periode på en måned dagligt udtaget valleprøver fra den første og sidste tank ost samt en prøve af starterkulturen. For detektion af fager i valle og starterkultur blev receptor-bindinggenet i 936-species fagerne undersøgt for stykker med identiske nukleotide sekvenser fra sekvensdatabasen NCBI (http://www.ncbi.nlm. nih.gov). Herefter var det muligt at designe en forward primer til polymerase chain reaction (PCR) placeret i skulderregionen af receptor-bindingsproteingenet samt en reverse primer placeret i begyndelsen af holin-genet. Herefter blev disse primere afprøvet til PCR på fag DNA og valleprøver for at se om amplifikation fandt sted. Efter en del optimering var det muligt at amplificere mange af 936-species fagerne. DGGE blev introduceret for at påvise forskelle mellem de forskellige 936-species fager, da det område som primerne amplificerede var variabel fra fag til fag inden for 936-species fagerne. For at DGGE kunne benyttes som metode, blev der sat en GC-clamp på den reverse primer. Til prøverne til denaturering gradient gel elektroforese (DGGE) blev en reverse primer med
GC-clamp benyttet. 29 fager blev testet og resultatet var, at primerne var i stand til at amplificere SL5, sk1, jj50, p2, HD11, Q51, HD20, SL11, HD14, HD5, P008, bIL170, 712, 936, SL2, fd13, jw9A, jw9B, jw30, jw31, jw32. Derimod var primerne ikke i stand til at amplificere Q62, som også tilhører gruppen af 936-species fager. Primerne var ikke i stand til amplificere TP901-1 og c2 fra henholdsvis P335 og c2-species fager.
Konklusion En metode til detektion af 936-species fager i valle blev udviklet og optimeret. Der sås et tydeligt skift i positionen af båndende i valleprøverne i løbet af perioden. Ydermere var metoden i stand til at give en indikation af, om en prøve var blevet kontamineret og/ eller var muteret. Slutteligt blev det vist, at starterkulturen var fagbærende, da den indeholdt bakteriofager. Vejledere var lektor Finn Kvist Vogensen, KU Life IFV, postdoc Dennis Sandris Nielsen KU Life IFV og Søren K. Lillevang Arla Foods A.m.b.a. Censor Jan Martinussen DTU Institut for Systembiologi. Specialet blev forsvaret den 31. august 2007.
MÆLKERITIDENDE 2009