El escudo es de estilo español, y está dividido en dos piezas de honor y cuatro cuarteles. Las piezas de honor son:
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Un jefe esmaltado en rojo con el nombre del instituto: INSTITUTO SAN RAFAEL. Un escudete en el centro, esmaltado en azul, con el escudo de la Congregación de Religiosos Terciarios Capuchinos de Nuestra Señora de los Dolores, y orlado con el cordón franciscano. 3. El escudo (un corazón), está traspasado por siete espadas, símbolo de los Siete Dolores de María. Una corona de rosas, símbolo de maternidad y de la fragancia de las virtudes de María, abraza las dos espadas superiores; y una llama, en medio de la cual se abren lirios, símbolos, respectivamente, del amor de María y de su Inmaculada Concepción. Los cuatro cuarteles son:
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El primer cuartel, sobre fondo de oro, contiene las armas de Manizales: una puerta abierta, simbolizando el título dado a Manizales: “la ciudad de las puertas abiertas”, signo de la generosidad acogedora de sus gentes. Tres montañas: la más lejana simboliza el volcán y el Nevado del Ruiz; la segunda, el complejo de la cordillera central; y la tercera, el cerro de “San Cancio”. 2. El segundo cuartel, sobre esmalte de plata, lleva las alegrías del arcángel San Rafael como armas del instituto, el pez, con cuya hiel curó a Tobías de su ceguera; el bastón de caminante, una concha de mar para recoger el agua de los ríos y una calabaza para guardarla. Estos son símbolos de inocencia, integridad y virtudes cristianas. 3. El tercer cuartel, esmaltado en plata, contiene el símbolo de la institución: el estudio. 4. El cuarto cuartel, esmaltado en verde, encierra el tereque y las espigas que representan el trabajo industrial y el pan ganado con el trabajo. El lema es: Escuela (estudio), Hogar (familia), Trabajo (talleres). El Escudo va coronado por una cruz latina, símbolo de la raza, y por una rama de olivo, símbolo de la paz; y otro de laurel, premio al deber cumplido. El pabellón está formado por la bandera de Colombia y la bandera del instituto. BANDERA DE SAN RAFAEL La bandera del instituto, formada por siete barras símbolo de los siete dolores de María, cuyos colores verde y blanco, intercalados, nos hablan de juventud y paz. En la parte superior lleva una franja en fondo amarillo, símbolo de virtud.
HIMNO DE SAN RAFAEL
CORO: Son tus alas, Rafael, Dulce ayuda para el bien (bis)
En el sabio silencio del aula del taller en febril ajetreo, en la gárrula voz del recreo, a mi lado andarás Rafael.
De la vida en la turbia corriente monstruo artero mi alma dadme Tú la virtud que rechaza amenaza, todo mal y reviste de honor.
Si algún día perdiera las luces que la gracia derrama doquiera, de mi alma la negra ceguera cura, Tú, medicina de Dios.