Full Download Biohydrometallurgy of chalcopyrite 1st edition zhao PDF DOCX

https://ebookmass.com/product/biohydrometallurgy-

More products digital (pdf, epub, mobi) instant download maybe you interests ...

Analysis of the Development of Beijing, 2019 1st ed.

Edition Zhao Ran

https://ebookmass.com/product/analysis-of-the-development-ofbeijing-2019-1st-ed-edition-zhao-ran/

Valley Verified Kyla Zhao

https://ebookmass.com/product/valley-verified-kyla-zhao/

The Fraud Squad Kyla Zhao

https://ebookmass.com/product/the-fraud-squad-kyla-zhao/

Big Data Analysis of Nanoscience Bibliometrics, Patent, and Funding Data (2000-2019) 1st Edition Yuliang Zhao

https://ebookmass.com/product/big-data-analysis-of-nanosciencebibliometrics-patent-and-funding-data-2000-2019-1st-editionyuliang-zhao/

Organic Nanochemistry: From Fundamental Concepts to Experimental Practice Yuming Zhao

https://ebookmass.com/product/organic-nanochemistry-fromfundamental-concepts-to-experimental-practice-yuming-zhao/

Advanced Nanomaterials for Pollutant Sensing and Environmental Catalysis Qidong Zhao

https://ebookmass.com/product/advanced-nanomaterials-forpollutant-sensing-and-environmental-catalysis-qidong-zhao/

Dietary methionine hydroxy analogue supplementation benefits on growth, intestinal antioxidant status and microbiota in juvenile largemouth bass Micropterus salmoides Ye Zhao

https://ebookmass.com/product/dietary-methionine-hydroxyanalogue-supplementation-benefits-on-growth-intestinalantioxidant-status-and-microbiota-in-juvenile-largemouth-bassmicropterus-salmoides-ye-zhao/

Full Daytime Sub-ambient Radiative Cooling in Commercial-like Paints with High Figure of Merit

Xiangyu Li & Joseph Peoples & Zhifeng Huang & Zixuan

Zhao & Jun Qiu & Xiulin Ruan

https://ebookmass.com/product/full-daytime-sub-ambient-radiativecooling-in-commercial-like-paints-with-high-figure-of-meritxiangyu-li-joseph-peoples-zhifeng-huang-zixuan-zhao-jun-qiuxiulin-ruan/

Morphology-controlled synthesis of 3D flower-like TiO2 and the superior performance for selective catalytic reduction of NOx with NH3 Luyao Zong & Guodong Zhang & Jiuhu Zhao & Fang Dong & Jiyi Zhang & Zhicheng Tang

https://ebookmass.com/product/morphology-controlled-synthesisof-3d-flower-like-tio2-and-the-superior-performance-forselective-catalytic-reduction-of-nox-with-nh3-luyao-zong-guodongzhang-jiuhu-zhao-fang-dong-jiyi-zhang/

BIOHYDROMETALLURGYOF CHALCOPYRITE

Thispageintentionallyleftblank

BIOHYDROMETALLURGY OFCHALCOPYRITE

HONGBO ZHAO

CentralSouthUniversity,Changsha,Hunan,China

CONGREN YANG

CentralSouthUniversity,Changsha,Hunan,China

XIAN ZHANG

CentralSouthUniversity,Changsha,Hunan,China

YISHENG ZHANG

CentralSouthUniversity,Changsha,Hunan,China

GUANZHOU QIU

CentralSouthUniversity,Changsha,Hunan,China

Elsevier

Radarweg29,POBox211,1000AEAmsterdam,Netherlands TheBoulevard,LangfordLane,Kidlington,OxfordOX51GB,UnitedKingdom 50HampshireStreet,5thFloor,Cambridge,MA02139,UnitedStates

Copyright © 2021ElsevierInc.Allrightsreserved.

Nopartofthispublicationmaybereproducedortransmittedinanyformorbyanymeans,electronicor mechanical,includingphotocopying,recording,oranyinformationstorageandretrievalsystem,without permissioninwritingfromthepublisher.Detailsonhowtoseekpermission,furtherinformationaboutthe Publisher’spermissionspoliciesandourarrangementswithorganizationssuchastheCopyrightClearance CenterandtheCopyrightLicensingAgency,canbefoundatourwebsite: www.elsevier.com/permissions

ThisbookandtheindividualcontributionscontainedinitareprotectedundercopyrightbythePublisher (otherthanasmaybenotedherein).

Notices

Knowledgeandbestpracticeinthis fieldareconstantlychanging.Asnewresearchandexperiencebroaden ourunderstanding,changesinresearchmethods,professionalpractices,ormedicaltreatmentmaybecome necessary.

Practitionersandresearchersmustalwaysrelyontheirownexperienceandknowledgeinevaluatingand usinganyinformation,methods,compounds,orexperimentsdescribedherein.Inusingsuchinformationor methodstheyshouldbemindfuloftheirownsafetyandthesafetyofothers,includingpartiesforwhom theyhaveaprofessionalresponsibility.

Tothefullestextentofthelaw,neitherthePublishernortheauthors,contributors,oreditors,assumeany liabilityforanyinjuryand/ordamagetopersonsorpropertyasamatterofproductsliability,negligenceor otherwise,orfromanyuseoroperationofanymethods,products,instructions,orideascontainedinthe materialherein.

LibraryofCongressCataloging-in-PublicationData

AcatalogrecordforthisbookisavailablefromtheLibraryofCongress

BritishLibraryCataloguing-in-PublicationData

AcataloguerecordforthisbookisavailablefromtheBritishLibrary

ISBN:978-0-12-821880-8

ForinformationonallElsevierpublicationsvisitourwebsiteat https://www.elsevier.com/books-and-journals

Publisher: CandiceJanco

AcquisitionsEditor: KostasKIMarinakis

EditorialProjectManager: RubySmith

ProductionProjectManager: KumarAnbazhagan

CoverDesigner: MilesHitchen

TypesetbyTNQTechnologies

Contents

Prefacevii

1. Microorganismsusedinchalcopyrite bioleaching

1.1Overviewofbioleachingmicroorganisms2

1.2Structurecompositionandfunctionaldiversity ofmicrobialcommunities3

1.3Functionalroleofcoexistingbacteriain bioleachingsystems14

1.4Ecologyandmetabolismofsulfur-and/or iron-oxidizing Acidithiobacillus 30 Acknowledgments41 References41

2. Propertiesofchalcopyrite

2.1OxidationstateofCu,Fe,andSelements51

2.2Electronicstructure57

2.3Reconstructionofchalcopyritesurfaces60

2.4Summary69

Acknowledgments70 References70

3. Electrochemicaldissolutionprocessof chalcopyrite

3.1Electrochemicalbehaviorofchalcopyrite73

3.2Surfacespeciesofchalcopyriteaftertreatmentby differentpotentials87

3.3Disulfideandpolysulfidepassivationofthe chalcopyritesurface94

3.4Optimumrangeofredoxpotentialfor chalcopyriteleaching98

3.5Enhancingbioleachingofchalcopyriteby controllingthesolutionpotential112

3.6Summary118

Acknowledgments120 References120

4. Dissolutionandpassivationmechanism ofchalcopyriteinbioleaching

4.1Passivationmechanismofchalcopyrite bioleaching125

4.2Effectsofmineralogicalpropertiesonpassivation anddissolutionmechanism135

4.3Briefoverviewofeffectsofmineralogical properties145

4.4Summary149

Acknowledgments150 References151

5. Roleofganguemineralsinchalcopyrite bioleaching

5.1Roleofmarmatiteinchalcopyrite bioleaching157

5.2Roleofpyriteinchalcopyritebioleaching172

5.3Othergangueminerals177

5.4Summary178

Acknowledgments179 References179

6. Chalcopyritebioleachingcatalyzedby silver

6.1Catalyticmechanismofsilverionsin chalcopyritebioleaching183

6.2Catalyzedbioleachingusingsilver-containing waste201

6.3Summary205

Acknowledgments206 References206

7. Industrialapplicationforchalcopyrite bioleaching

7.1Bioleachingtechnology211

7.2Industrialpracticecases214

7.3Keyparametersandcontrollingtechniques214

7.4Summary226 Acknowledgments226 References226 Index233

Preface

Chalcopyrite(CuFeS2)isthemostabundantcopper-containingmineralresourcein theworld,accountingformorethan70%of globalcopperreserves.Itisalsowidely distributedinsolidwasteandsecondary resources.Chalcopyriteismainlytreatedby bene ficiation-pyrometallurgytechnologyto recovercopper,whichcannotprocess chalcopyriteofalowgradeand fineand complexdistributioneasilyandeconomically.Biohydrometallurgy(bioleaching, biomining,microbialleaching,andbacterial leaching)isanalternativehydrometallurgical technologyforconventionalbeneficiationpyrometallurgy,especiallyusedtoprocess mineralresourcesoflowgradeand fineand complexdistribution.Italsohasanimportant roleinprocessingsolidwasteandsecondary resources,suchastailings,smelterwaste,and electronicwaste.

Itisimportanttodevelopbioleaching technologyforchalcopyrite,especiallyheap leaching.However,thelarge-scaleindustrializationofchalcopyritebioleachingishinderedbyitsslowleachingkineticsandlow

copperextraction.Toovercomethis challenge,thedissolutionmechanismof chalcopyritebioleachingshould firstbe interpreted,andthencontrolandintensificationtechniquesneedtobedeveloped.In thisbook,therelatedinformationissummarizedanddiscussedinsevenchapters, includingmicroorganismsusedinchalcopyritebioleaching(Chapter1),theproperties ofchalcopyrite(Chapter2),theelectrochemicaldissolutionprocessofchalcopyrite (Chapter3),thedissolutionandpassivation mechanismofchalcopyriteinbioleaching (Chapter4),theroleofganguemineralsin chalcopyritebioleaching(Chapter5),the catalyzedbioleachingofchalcopyritebysilver(Chapter6),andindustrialapplications forchalcopyritebioleaching(Chapter7). Webelievethatthisbookwillbeauseful referenceinbothlaboratoryresearchand industrialproduction.

Alltheauthors CentralSouthUniversity, Changsha,Hunan,China

Thispageintentionallyleftblank

1

Microorganismsusedinchalcopyrite bioleaching

Thespatiotemporaldistributionofpopulationsinvariouseco-nichesisthoughttobe potentiallyrelatedtoindividualdifferencesintheuseofnutrientsorotherresources,but theirfunctionalrolesinthemicrobialcommunitiesremainelusive.Wecompareddifferentiationingenerepertoireandmetabolicpro files,withafocusonthepotentialfunctionaltraits ofthreecommonlyrecognizedmembers(Acidithiobacilluscaldus, Leptospirillumferriphilum, and Sulfobacillusthermosul fidooxidans)inbioleachingheaps.Comparativegenomicsrevealed thatthesecooccurringbacteriasharedafewhomologousgenes,whichsigni ficantly suggestedgenomicdifferencesamongtheseorganisms.Notably,relativelymoregenes assignedtotheClustersofOrthologousGroupscategory[G](carbohydratetransportand metabolism)wereidentifiedin S.thermosulfidooxidans comparedwiththetwootherspecies, whichprobablyindicatedtheirmixotrophiccapabilitiesthatassimilatebothorganicandinorganicformsofcarbon.Furtherinspectionrevealeddistinctivemetaboliccapabilities involvingcarbonassimilation,nitrogenuptake,andiron-sulfurcycling,providingrobust evidenceforfunctionaldifferenceswithrespecttonutrientuse.Therefore,weproposed thatthemutualcompensationoffunctionalitiesamongthesecooccurringorganismsmight provideaselectiveadvantageforefficientlyusingthelimitedresourcesintheirhabitats. Furthermore,itmightbefavorabletochemoautotrophs'lifestylestoformmutualistic interactionswiththeseheterotrophicand/ormixotrophicacidophiles,inwhichthelatter coulddegradeorganiccompoundstodetoxifytheenvironmentseffectively.Collectively, the findingsshedlightonthegenetictraitsandpotentialmetabolicactivitiesofthese organismsandenableustomakesomeinferencesaboutgenomicandfunctionaldifferences thatmightallowthemtocoexist.Manyscienti ficstudiesrevealedthattheacidophilicferrous and/orsulfuroxidizers, Acidithiobacillus spp.,werewidelyfoundindiverseminetailings withlowpHandahighconcentrationoftoxicsubstances;thus,itisnecessarytoidentify thecellularmechanismstocopewiththeseharshenvironmentalconditions.Pan-genome analysisof10bacteriabelongingtothegenus Acidithiobacillus indicatedthatallstrainsshared alargenumberofcoregenome,mostofwhichwereassignedtothemetabolism-associated genes.Inaddition,uniquegenesof Acidithiobacillusferrooxidans weremuchlesserthanthose ofotherspecies.Inparticular, Acidithiobacillusferrivorans speci ficgeneswithalarge

proportionweremappedtometabolism-relatedgenes,indicatingthatdiversemetabolic pathwaysmightconferanadvantagetoadapttolocalenvironmentalconditions.Analyses offunctionalmetabolismsrevealedthedifferencesofcarbonmetabolism,nitrogenmetabolism,andsulfurmetabolismatthespeciesand/orstrainlevel.Comparisonacrossspecies and/orstrainsof Acidithiobacillus populationsbringsadeeperappreciationofmetabolicdifferencesandhighlightstheimportanceofcellularmechanismsthatmaintainthebasalphysiologicalfunctionsundercomplexenvironments.

1.1Overviewofbioleachingmicroorganisms

Inindustry,biohydrometallurgyhasbeensuccessfullyexploitedtoextractbasicmetals fromsul fideminerals(Demergassoetal.,2005).Inthe fieldofindustrialapplications,mine tailingsofalowgradewerecommonlyusedforbioleachingheaps.Duringbioleaching operations,insolublemetalsul fideswereconvertedintowater-solublemetalsulfates,resultinginconsiderablyhighconcentrationsofsolubleironandalowpH.Ferrousiron(Fe[II]) wasoxidizedrapidlytogenerateferriciron(Fe[III])underoxygen-saturatedconditions withneutralpH,whereasinacidicenvironments,Fe(II)wasstableevenunderthecondition ofatmosphericoxygen(O2).Thus,Fe(II)couldbeusedbymicrobialcommunitiesasthe electrondonor(Bonnefoy & Holmes,2012).Nonetheless,thehighestlevelsofsolubleiron couldthreatenmicroorganismsinhabitingtheseenvironments.Hydroxylradicalsproduced bythereactionoffreeferrousironwithoxygen(Fentonreaction)woulddamagebiological macromoleculesandevencausecelldeath(Touati,2000).Thus,specializedenvironments provideaparticularopportunityandapotentialchallengeforacidophiliclife.

ThesehabitatswithalowpHandhighconcentrationoftoxicsubstancesrepresentatype ofextremelyacidicenvironmentofanthropogenicorigin(Bonnefoy & Holmes,2012)thatare inhospitabletomostprokaryotesandeukaryotes(Guoetal.,2014; Yeltonetal.,2013). However,inbothnaturalandman-madeextremelyacidicenvironments(pH < 3),thereis aconsiderablediversityofacidophilicmicroorganisms(mostlyEubacteriaandArchaea) (Bonnefoy & Holmes,2012; Johnson,1998).AcidophilesthathaveapHoptimumlessthan 3areendowedwiththepeculiaradaptivemechanismsandsurvivabilitytothriveinthese extremeenvironments.Acidophilicprokaryotestypicallyassociatedwithbioleachingoperationswerewidelystudied,primarilybecauseoftheirpotentialforcommercialapplication. Muchoriginalresearchandmanyreviewarticleshavefocusedonmicrobialspeciesandtheir biologicalnature.Generally,acidophilicprokaryoticmicroorganismsareclassifiedasiron oxidizers,sulfuroxidizers,iron-and-sulfuroxidizers,ironreducers,ironoxidizers/reducers, ironoxidizers/reducersandsulfuroxidizers,heterotrophicacidophiles,andobligateanaerobes(Johnson & Hallberg,2003).Thesebacterialiveoverawidetemperaturerangeand includepsychrotolerantbutnotpsychrophilicspeciesthatsurviveattemperaturesaslowas 4 C,mesophiles(between20and40 C),moderatethermophiles(between40and60 C),and extremethermophiles(above60 C)(Bonnefoy & Holmes,2012; Johnson,1998; Johnson & Hallberg,2003).

Unravelingtheecologicalandfunctionalrolesofmicroorganismsinbiologicalcommunities isanimportantbutstillelusiveissue(Prosseretal.,2007),althoughthesemicroorganismsare thoughttobecrucialtothefunctionofecosystems(Harris,2009; Huaetal.,2015; Jiaoetal.,

1.2Structurecompositionandfunctionaldiversityofmicrobialcommunities

2010).AsstatedbySoginetal.(Soginetal.,2006),thereisasurprisinglywidebiodiversityof microbialcommunitiesinpristineenvironments.Intheirstudy,thedominantpopulationsare numericallysignificant,butmembersoftherarebiosphereaccountformostofthephylogeneticdiversity.Similarresultsweregenerallyobservedinothernaturalandanthropogenic environmentsbasedonmetagenomicandmetatranscriptomicanalyses(Chenetal.,2015; Goltsman,Comolli,Thomas, & Banfield,2015; Xiaoetal.,2016; Zhangetal.,2016d).Genomes ofmicrobialmembersinvariouscommunitieshavebeenreconstructedwiththebenefit ofcultivation-independentsequencing(Masonetal.,2012; Tysonetal.,2004; Wuetal., 2016),providinga firstglimpseoftheirfunctionalrolesinsitu.Inaddition,several bioinformatics-basedstrategieshavebeenattemptedtoobtaingenomicassembliesfrommetagenomicdatasets(Dicketal.,2009; Huaetal.,2015).

1.2Structurecompositionandfunctionaldiversityofmicrobialcommunities

Inrecentdecades,issuesassociatedwithmicrobiallifeinoligotrophic,extremelyacidic environmentshavebeendiscussedinalargenumberofreviewsandpapers,includingthe occurrenceandcompositionofmicrobialcommunities(González-Toril,Llobet-Brossa, Casamayor,Amann, & Amils,2003; López-Archilla,Marin, & Amils,2001; Sánchez-Andrea, Rodríguez,Amils, & Sanz,2011),theirstrategiestotoleratemetalandalowpH (Baker-Austin & Dopson,2007; Franke & Rensing,2007),aswellastheirmetabolismsand functions(Sabateretal.,2003; Tysonetal.,2004).Inparticular,microbialcommunitiesin minetailingshaveattractedconsiderableinterest,andthereismuchrelevantmicrobiological researchrelatedtominetailings(Chenetal.,2013; Schippersetal.,2010).Previous cultivation-dependentstudiesofminetailingsinseveralcountrieshaverevealedanumerical dominanceofBacteriaoverArchaea.Abundantmicroorganismsareacidophiliciron-and/or sulfur-oxidizing Acidithiobacillus and Leptospirillum (Bosecker,Mengel-Jung, & Schippers, 2004; Breuker,Blazejak,Bosecker, & Schippers,2009; Kock & Schippers,2006, 2008).Inaddition,metagenomicanalysisrevealedthatthemostabundantmicroorganismsina low-temperatureacidminedrainage(AMD)streamweremostsimilartothepsychrotolerant acidophile, A.ferrivorans (Liljeqvistetal.,2015).However,studiesonextremelyacidiclead/ zincminetailingsrevealedthatacidophilicArchaea,mostlyferrous-iron oxidizing Ferroplasmaacidophilum,werenumericallysigni ficant,indicatingtheirimportancein extremelyacidicenvironments(Huangetal.,2011).

Themicrobialecologyoffull-scaleheapordumpbioleachingofcopperorehasbeenpoorly understood(Brierley,2001),whereasanunderstandingofmicrobiologicalcomponentsof bioheapsfacilitatedcommercialbioheapapplications.Although16SribosomalRNA(rRNA) geneanalysiswastargetedasausefulmethodinmanystudiesofextremeenvironments, thedevelopmentofsequencingtechnology,metagenomicsmethods,andbioinformaticstools hasprovidedavaluableplatformforenvironmentalgenepoolidentificationandpotential functionalpredictionofbiogeochemicalrelevanceinmicrobialpopulations(Johnson, Chevrette,Ehlmann, & Benison,2015).Metagenomics,ortheculture-independentgenomic analyticalmethodofmicroorganisms,wasapowerfulapproachtocapturetheentirespectrum ofmicrobialcommunitiesincludingbothcultivatableanduncultivablemicroorganisms,the latterofwhichcouldnotbeculturedbystandardtechniquesbutcomprisedthemajorityof

biologicaldiversity(Friedrich,2005; Handelsman,2004; Riesenfeld,Schloss, & Handelsman, 2004; Streit & Schmitz,2004).Metagenomicresearchassociatedwithecologicalrolesof unculturedandraremicroorganismsshowedtheirimportanceinAMDcommunities(Hua etal.,2015).Acombinationofshotgunmetagenomesequencingandcomputational approachesforgenomeassemblyhasadvancedtometagenomics,providingglimpsesinto theunculturedmicrobialworld(Schloss & Handelsman,2005).

Inthissection,wecollectedsamplesfromthesurface-layerminetailingsofthebioleaching heaplocatedintheDexingCopperMine,JiangxiProvince,China.Byinvestigatingthe taxonomicclassi ficationandfunctionalgenesinvolvedinseveralkeymetabolicprocesses, basedonmetagenomeanalyses,wesoughttocharacterizethemicrobialcommunitycompositioninthebioleachingdumpsheapedbyminetailingsandthefunctionalcodingpotential ofmicroorganismsrelatedtokeymetabolicpathwayswithinextremelyacidicenvironmental conditions.

1.2.1Sequencing,denovoassembly,geneprediction,andfunctional annotation

MetagenomicDNAwassubjectedtoIlluminaMiSeqsequencing.Approximately3.4 millionshortDNAsequenceswerethenusedforbioinformaticsanalysis.Afterquality controlusinganNGSQCToolkit,2,941,297(87.80%)readswithhighqualitywereobtained (Table1.1).Subsequently,allofthesehigh-qualityreadswereassembled,andaself-writing scriptwasusedto filtertheassembledsequencesunder300basepairs(bp),resultinginatotal of301,907,459bp,withanN50of641bp(481,688contigsrangingfrom301to49,868bp; meanlength,626bp).Forgeneprediction,660,572codingsequences(CDS)wereidentified usingtheprogramMetaGeneAnnotator.

AllputativeproteincodingsequencesweresearchedagainstdatabasesincludingNational CenterforBiotechnologyInformation-non-redundantproteinsequencedatabase(NCBI-nr), theextendedClustersofOrthologousGroups(COG)(Franceschinietal.,2013),and KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG).Weobtainedatotalof535,887 (81.12%),517,948(78.41%),and494,721(74.89%)signi ficantBasicLocalAlignmentSearch Tool(BLAST)hits,respectively.Moreover,497,601sequences(75.33%)and261,595sequences (39.60%)wereassignedtotheCOGcategoriesandKEGGOrthology,respectively(Table1.1). Amongthe25COGcategories,metagenomesequenceswereassignedto23ofthem(Fig.1.1).

AlargeproportionofsequenceswereassignedtotheCOGcategory[S](functionunknown) (80,561CDSs;16.19%)andCOGcategory[R](generalfunctionpredictiononly)(39,507CDSs; 7.94%),indicatinglargepoolsofpotentialunknownfunctionalgenesincopperbioleaching operations.Furthermore,thelargeamountofgenesassociatedwithbasalmetabolisms suchasaminoacidtransportandmetabolism(COGcategory[E])andenergymetabolism (COGcategory[C])indicatedtheubiquitoussubstanceandenergymetabolisminthe extremelyenvironments,maintainingbasicmicrobialactivities.

1.2.2Taxonomicassignmentofmetagenomedatasets

Torevealmetagenomesequenceclassi ficationofmicrobialcommunitiesintailingssample, taxonomicanalysesatthegenuslevelwereperformed.Taxonomicassignmentusingthe programMEGANrevealedunexpectedlyabundantmicrobialbiodiversity(over100genera)

TABLE1.1 Metagenomedatasetofsamplesfromsurface-layerminetailings.

Properties

Rawsequencereads 3,349,899 High-qualitysequences 2,941,297(87.80%)

Assemblysequences 481,688 Totalbases 301,907,459

Maximumsequencelength(bp)49,868

Minimumsequencelength(bp)301

Meanlength(bp) 626

Meanguaninepluscytosine(%)60.00

N50(bp) 641

Protein-codingsequences660,572

CDSswithNCBI-nrhits 535,887(81.12%)

CDSswithCOGhits 517,948(78.41%)

CDSswithCOGs 497,601(75.33%)

CDSswithKEGGhits 494,721(74.89%)

CDSswithKEGGOrthology261,595(39.60%)

CDSs,codingsequences;COG,ClustersofOrthologousGroups.

FIGURE1.1 Theclustersoforthologousgroups(COG)categoriesofmetagenomedatafromminetailings.From Zhang,X.,Niu,J.,Liang,Y.,Liu,X,Yin,H.(2016). Metagenome-scaleanalysisyieldsinsightsintothestructureand functionofmicrobialcommunitiesinacopperbioleachingheap.BMCGenetics,17(1),21. https://doi.org/10.1186/s12863-0160330-4.

1.Microorganismsusedinchalcopyritebioleaching

ofthisextremeenvironments(surface-layerofcopperminetailings)tosomeextent,which hinderedsequenceassemblyowingtothelowsequencingdepth.Copperminetailingsin thisstudyharboreddiversemicrobialpopulations,possiblybecauseofvariousnichesrelated togradientsofphysicochemicalconditions,whichwerediscussedpreviouslyinAMDenvironments(Baker & Banfield,2003; Chenetal.,2013; Hallberg,2010; Johnson & Hallberg, 2003).MEGANanalysisshowedthatthemicrobialcommunityinthemineralsurface-layer wasdominatedbythesulfur-andiron-oxidizingacidophilesof Acidithiobacillus-related and Leptospirillum-relatedgroups(Fig.1.2).

Inthese Acidithiobacillus-relatedsequences,mostwereassignedto A.ferrivorans,followed closelyby A.ferrooxidans.Intheextremelyacidictailings,approximately93.47%of thetotal Acidithiobacillus-relatedsequenceswereaffiliatedwith A.ferrivorans and A.ferrooxidans.Asamajorparticipantofiron-andsulfur-oxidizingacidophilicbacteria, A.ferrivorans hasbeenwidelyfoundinmetalmine-affectedenvironments(Hallberg,2010). Likewise, A.ferrooxidans,whichusedenergyfromtheoxidationofsulfur-andironcontainingminerals,wasaprincipalmemberinconsortiaofmicroorganismsassociated withthebioleachingorbiomining(industrialrecoveryofcopper)(Valdésetal.,2008a). Thenumericaldominanceof Acidithiobacillus-relatedsequenceindicateditsimportancein thesurfacelayerofcopperminetailingsduringindustrialbioleachingoperations.Moreover, Rhodanobacter (7.34%), Thiobacillus (6.03%), Leptospirillum (5.57%),and Acidiphilium (4.51%) werefoundinsurface-layerminetailings.Inaddition,82CDSswereassignedtovirus, mostofwhichwereaffiliatedwiththedouble-strandedDNAviruseswithnoRNAstage. Ofthesesequences,mosttaxonomichits(74%)sharedsequenceidentitywithsequencesin theorder Caudovirales,basedonthetaxonomyofviralgenomesprovidedbytheGenBank

FIGURE1.2 Taxonomiccompositionanalysisatthegenuslevelbasedoncontigssequences(‡300basepairs) inthemetagenomedataset. Onlygenerawiththespecifiedpercentageabundance( 1%)areshown. CDSs, coding sequences. FromZhang,X.,Niu,J.,Liang,Y.,Liu,X,Yin,H.(2016).Metagenome-scaleanalysisyieldsinsightsintothe structureandfunctionofmicrobialcommunitiesinacopperbioleachingheap.BMCGenetics,17(1),21. https://doi.org/10.1186/ s12863-016-0330-4.

Another random document with no related content on Scribd:

VANA KANNEL

LAULUN AIKA

Paras lauluaeg

Nyt on hetki helkytellä, viikko virttä vieritellä, ilta impien ilota; viel' on aika vaiti jäädä, hetki laulujen levätä, kun on kuollunna kuvolla, olkein päälle oikaistuna, vainajana vuotehella, valkolautojen välissä.

Kun on alla mustan mullan, alla hiekan harmahtavan.

ÄIDIN HAUDALLA

Ema haual

Olen mieron orpolapsi, koito ilman kannen alla, ei ole armon antajata, eikä pään silittäjätä, tuima tuuli armahteli, päivän paiste pään silitti.

Pidot päätyi, juhlat joutui, toiset kulki kaupunkihin, luokse tuttujen torilla. Minä minne mieron lapsi, kuhun astun angervoinen?

Astun haudalle emoni, kalmistohon kantajani, itkuhuivinen pivossa, huoliraidat huivisessa. »Nouse, nouse, äityeni, neuvomahan nurmen alta, valmistele vakkaseni, kiinnitä kapiokirstu!»

Emo haudasta havasi:

»Tytär, lieto lintuseni, matalainen marjueni! En voi nousta nurmen alta, koivu kasvoi kaulalleni, silmille kukat siniset, kulmilleni kulleroiset.»

»Nouse, nouse, äityeni! Tuon Virusta viikattehen, niitän nurmet kummun päältä, heinät katkon haudan päältä, silmiltä kukat siniset, kulmiltasi kulleroiset.»

»Tytär nuori! en voi nousta, mull' on suussa mullan tuntu, rinnassani ristin tuntu, käsissäni kalman tuntu.

»Nouse, nouse, äityeni! Vien Viruhun vihtomahan, saatan Suomen saunasehen, suusta huuhdon mullan tunnun, käsistäsi kalman tunnun.»

»Tytär nuori! en voi nousta, mull' on kolme kaitsijata: pieluksissa Tuonen poika, tyttö Tuonen jalkapäässä, välill' itse vanha Tuoni. Pyydä haavalta hameita, leppäpuulta linnikoita»

Mailma sua suojatkohon, armas Luoja auttakohon!

VANHA POLVI VAINOPOLVI

Vana aeg oli vaenoaega

Vanha polvi vainopolvi, piinapolvi pitkällinen, orjapolvi ohdakkeinen, angervoinen arpiaika, surullinen sorronaika.

Vaivasivat vainonhenget, papin helmet painelivat, riistivät rajut ritarit, rosvoparvet ryöstelivät, mellastivat murhamiekat!

Pelto syötti saksalaista, laidun meille leivän tuotti, kanervikko kasvatteli, avun antoivat akanat.

KYLLÄ TIEDÄN ORJAN KIUSAT

Minä tiijä orja elo

Siskoseni, sirkkuseni, matalainen marjueni! älä kuule orjan kieltä, älä paimenen puhetta, tiedusta toki minulta, kysy multa kullaiselta, — kyllä tiedän orjan kiusat, orjan kiusat, raukan räähkät: orja orrella viruvi, orvon vuode vaajan päällä; palkollisen parren päällä, kun tuo parsi painahtuvi, kiikkuvi kiverä orsi, uni orjan on ohitse, rauha raatajan lopussa, orja oitis hyörimähän, orpolapsi liikkumahan.

MITEN IMPYEN IHANUUS?

Kui pikk on neiu piduda?

Olkaa nopsat, neitiseni, rientäessänne ripeät, pian saapuu syksyilmat, talvipilvet taivahalle.

Miten impyen ihanuus? kuinka kauan kauneutta? niinkuin vihma virven päällä, kaste heinän helpehellä, ruoste ruohon latvasessa; niinkuin on omenan onni, kaalinkukkasen kukoistus, herneen hennon heilimöinti.

Niin on impyen ihanuus.

VÄKIVALLOIN SUUTELIJA

Suisa suud

Läksin luutoa lehosta vastaksia varvikosta, vaskiluutaa vainiolta, tinaluutaa tien polulta.

Saavuin Sulevin mäelle, Sulevin, Kalevin mäelle, seisoi siellä Sulevpoika,

Sulevpoika, Kalevpoika, vaati se väkisin suuta, kysyi kättä kiusaellen.

Suonut en väkisin suuta, enkä kättä kiusaellen.

Vedin veitseni terävän, puukon kirkkahan povesta, syöksin miehen sydämehen, väkisin Sulevipojan, Kalevpojan kiusaellen, läpi vartensa verevän, läpi poskensa punaisen, tukan halki tummahiuksen.

Itse itkien kotihin, kallotellen kartanolle.

Saapui maammo, saapui taatto, vastaan vanhukset molemmat. Maammo kysyi mairitellen, taatto taitavin saneli:

»Mitä itket, neiti nuori?»

»Sitä itken taattoseni, sitä itken ja valitan, sitä itken, äiti rukka, sitä, maammoni, valitan: läksin luutoa lehosta, vastaksia varvikosta, vaskiluutaa vainiolta, tinaluutaa tien polulta. Saavuin Sulevin mäelle, Sulevin, Kalevin mäelle, seisoi siellä Sulevpoika Sulevpoika, Kalevpoika. Vaati se väkisin suuta, kysyi kättä kiusaellen. Suonut en väkisin suuta, enkä kättä kiusaellen, vedin veitseni terävän, puukon kirkkahan povesta, syöksin miehen sydämehen, väkisin Sulevipojan, Kalevpojan kiusaellen, läpi vartensa verevän, läpi poskensa punasen, tukan halki tummahiuksen.»

Maammo varsin vastaeli:

»Terve sulle, neiti nuori! kaitsemastas kunniasi, suuren koiran surmastas!»

KOLME ONNETONTA

Kolm vaest

Onpa kolme onnetonta, taivaan alla angervoa. Yksi on emoton impi, toinen on isoton poika, kolmas koito leskivaimo.

Miks itki emoton impi?

Vakan itki vaalijata, kapioitten katsojata.

Miks itki isoton poika?

Auransa asettajata, auran kurjen kirjojata.

Miks valitti leskivaimo?

Itki suun sukostajata, kainalossa kantajata.

Kun itki emoton impi, siihen lähde läikähteli. Kun itki isoton poika, siihen kaivo kumpueli, kun valitti leskivaimo, siihen lammikko levisi, kasosi kalainen järvi.

MISTÄ MULLA LAAJAT LAULUT?

Mille mul pal'l'o sõnnu suuh?

Mistä mulla laajat laulut? mistä virret vieriväiset?

Olin pieni pikkarainen, kasvoin kanana kodissa, olin lapsi yksiöinen piika kaksipäivyinen emo vei kehtoni kedolle, kesannolle kätkyeni, pani käen kiikuttajaks, suvilinnun liikuttajaks, paljon pajatti käkönen, lintu liiaksi liverti.

Minä lapsi miettimähän, miettimähän, muistamahan, kaikki panin paperille, kiinnittelin kirjasehen. Kun ma immeksi ylenin, kasvoin korjaksi kavoksi, kaivoin virret kirjasesta, etsin lehdistä esille.

NOOR-EESTILLE

Noor-Eestile

Ei mulle kunniata, — ei koskaan, milloinkaan! Ja niin jos kuiske kuuluu, se on harhahuhu vaan.

On kolkot lauluni kaikki, sydän kolkko rinnassain, ja kolkoin kohtaloni, — ei minulle koskaan vain!

Vaan kunnia niille, jotka sai valossa varttua, ja tiedon kruunua kantaa ja työhön tarttua.

Ja jollei miehiä löydy, niin itse luokaa ne! hyveet kaikki kerätkäätte, — ei minua, — kuulkaa se!

Hyveet kaikki kerätkäätte: nuo rakkaat vainajat, nuo vanhat, kalliit kummut ja esivanhemmat.

Niin saatte sankarinne, kun suuriks kasvatte, ken nuorten kunnon kruunaa, ei minua, — kuulkaa se!

LAULU KATOOVAISUUDESTA

Laul sellest kaduvast

Laulu loppuvan suven, suruinen laulu.

Laulu loppuvan elon, suruinen laulu.

Haihtuvan nuoruuden laulu, haikea laulu.

Haihtuvan hyveen laulu, haikea laulu.

Surun sammuvan laulu, surkea laulu.

Kansan kuolevan laulu, surkein laulu.

EI SALLI PAREMPAA

Paremat ei kannata

(Poltettuani runoni)

Käy tuiskut kilvan kedolla, ja tumma taivas, tumma maa, niin armas, armas minulle, ei silmä salli parempaa.

Mun vanhempaini menneisyys, oi murheinen ja musta maa!

Kuussataa vuotta vieri jo, ei tähden tuikett ainoaa.

Kuussataa vuotta vieri jo, ei tähden tuikett ainoaa. Niin, armas, armas minulle, ei sielu salli parempaa.

PAKKANEN

Külm Niin hyinen korven hiljaisuus, niin verenkirkas idän koi…. Palava löyly pohjoisen! Ja sudet aamun alkaen taas kera kauriin vaikeroi. Puu värähtää… ja pakkanen käy paukkuen. Taas hyinen kuolon hiljaisuus, vait korpi jää… niin verenkirkas idän koi.

OI MUN KALLIS KANTAJANI!

Oh mu kallis emakene!

Oi mun kallis kantajani, oi sa emo ehtoinen! Kuolleen kumpu itse olen, kummulles kun kulkenen.

Neuvon sanoit: seuraa mua, seuraa mua, poikani!

En ma sua seurannutkaan, neitoa vain, äitini!

Yöt ja päivät, yöt ja päivät, juoksin neidon jäljissä, annoin suuta anturalle, kun se tallas sydäntä.

Oi mun kallis kantajani, oi sa emo ehtoinen! Kuolleen kumpu itse olen kummulles kun kulkenen.

OI TUTTAVAT, ÄLKÄÄ TULKO!

Oh sõbrad, ei lase ma öelda

Oi tuttavat, älkää tulko mua sairaaks syyttämään! Ett' täysin terve oisin, en usko itsekään.

Niin terve vain lienen, että tään rahvaan raihnaisan, tään rahvaan raukan ja rakkaan viat kaikki kuvastan.

NIINKUIN ÄÄNI KIRKAS, KULTAINEN

Nagu ilusamgi hele hääl

Niinkuin ääni kirkas, kultainen rotkon pohjaan sortuu soinnultaan, vaihtuu valitukseks alta maan, alta arkkuin, alta ruumiitten:

niinpä sammuu pyyde pyhinkin, kukka kuolottuuden lakastuu, totuus kirkas, kaunis tukehtuu, hukkuu yöhön huuto hartahin.

LAULU EESTISTÄ

Laul Eestist

Aikakirjat kuin kirojen luku, maahan sorrettu, matala suku, käyrät, kumarat vaivaiskoivut, juurineen, juuritta hetteessä rämeen: Se on Eesti.

Kukapa suot nämä kuivaa kerran? heilimöi nuoruus vain hetken verran, ruostuu tekojen kirkas teräs, raskaina iskevät hallayön ruoskat, Eestissä ollaan.

Kenenpä nauru kirkasna soisi? murheet ken riemuksi muuttaa voisi? kuormasta kyyryssä huokaa elo kohdalla Murheen-alhon kylän, Eestin elo.

Vaivaispajujen, petäjäin kehto! toisin lehajaa tammilehto, toisin etelän taivaan alla

viinirinteillä raikuu runo.

Eestissä sataa

ruosteista sumua alati, aina… eipä laulajan päähän paina

laakerinlehväistä seppeltä kukaan. Kova on kohtalo syntyä tänne laulajaks Eestin.

Laulamme tuntien varhaisen tuhon, kirottuin soitten kuoleman-uhon. Mistä on unelma kuolemanlasten? päivästä kauniista, kirkkaammasta, päivästä Eestin.

SUOSYVÄREILLÄ

Soolaugastel

Täynnänsä syvärejä suon on syli. Niist' ammottaako vesi, ruosteinen, kieletön? vai tuijottaako tuska, niin musta, mieletön?

Täynnänsä syvärejä suon on syli.

Vedestä kohoo kuplat hopeaiset. Oi soitten kaihot, salaunelmat, oi tuulentuvat, tyhjyytehen raukeevat!

Vedestä kohoo kuplat hopeaiset.

Nään vaivaiskoivut maata matavaiset. Syvällä suonet piilee vuossatain menneitten, ja jalan alla väijyy suon pinta liejuinen.

Nään vaivaiskoivut maata matavaiset.

Tuhannet sääsket survoo soitten yli, kasvoihin, suuhun sinkoo, verehen imeytyy, tahtohon takertuupi, sydämeen kätkeyy.

Tuhannet sääsket survoo soitten yli.

ERÄÄLLE LAPSELLE

Ühele lapsele

Soi helisten sun naurus huoneeseni, soi helisten!

kuin airo järven, halkoi kirjojeni se harmauden.

Kaks kuoppaista ja palmikkoa kaksi, kaks kuoppaista! ja silmät äiti pesi kirkkahaksi, kaks laulua!

Kuin tuulispää ohitse riemus kiitää, kuin tuulispää! kisaten, karkeloiden jalkas liitää ja lennähtää.

Laps huhtikuun, noin elon halki pysy, laps huhtikuun!

Sä älä ankeuteni syytä kysy ja murheen muun!

Vain karkeloon, te kevytkenkäjalat, vain karkeloon!

Avoinna olkoon kaikki leikkialat, tie aurinkoon!

Mut sankartyö on tuskaa naurain kantaa, mut sankartyö

vaeltaa vihellellen Lethen rantaa, kun yltää yö.

MEIDÄNAIKUINEN SATU

Meie aja muinasjutt

Läpi lumen tiemme kulki, tumman taivaan pilvet sulki.

Mikä siintää halki yön? ne on kodin metsäsalot, metsän takaa tutut talot, uni jälkeen päivätyön.

Tuulenhenki havahti.

Kuulkaa, mikä yöstä räikkyi: talven vaitiolo säikkyi, sydämessä vavahti.

Kuka itkee, lohduton?

Monin kerroin huuto kaikuu, yli kotirajan raikuu; satu synkeä se on.

Sydämessä värähti, läpi luun ja lihan tuikkas.

Joku mustaan yöhön huikkas, joku nauruun pärähti.

Kauan älä kuuntele! Kiihko kouristuttaa rintaa, oman maasi poljet pintaa, oma kotis onpi se!

Läpi lumen tiemme kulki, tumman taivaan pilvet sulki.

KIROUS

Needmine Te maan päällä makaajat, suistukaa surman yöhön! Te nurmen alla nukkuvat, herätkää, herätkää työhön!

Pudottaa lehtensä elämän puu, kauhean kiron on maassa valta, elävät elämää kammoksuu, noustava miesten on mannun alta!

Vaiti on vainajat haudoissaan, kohoo ei kummusta sankari pyhä, turhaanko toivomme miestä yhä, ken katkoisi kahleet, lunastais maan?

Kolkko kuin yö kaartaa kirous maan, työssä on haudankaivaja vaan, siunattu työ!

Vaan kirotut elävät, kuolleet!

MIKS HIUKEISIN, MIKS

PAASTOISIN!

Mis tarvis piinad, mis tarvis paast?

Miks hiukeisin, miks paastoisin? Kas, viinamarjat valmiiks saa! niin kauan halut hillitsin, nyt rinnan riemut puhjetkaa!

On kaunokaisia kyllälti, mut yhtä halajoitsen vain! janosta riutui rintani, ja nyt hän hehkuu huulillain.

Jo päivä puoleen kohosi, pois varjot tieltä vaeltaa. Oi, ihanaiseni, iloni! mun vertani huumaa, houkuttaa!