[FREE PDF sample] Bioinformatics: methods and applications dev bukhsh singh ebooks by Education Libraries

https://ebookmass.com/product/bioinformaticsmethods-and-applications-dev-bukhsh-singh/

Download more ebook from https://ebookmass.com

More products digital (pdf, epub, mobi) instant download maybe you interests ...

4D Printing: Fundamentals and Applications Rupinder

Singh https://ebookmass.com/product/4d-printing-fundamentals-andapplications-rupinder-singh/

Deep Learning in Bioinformatics: Techniques and Applications in Practice Habib Izadkhah

https://ebookmass.com/product/deep-learning-in-bioinformaticstechniques-and-applications-in-practice-habib-izadkhah/

Soil And Plant Analysis Rahul Dev Behera

https://ebookmass.com/product/soil-and-plant-analysis-rahul-devbehera/

Emerging trends in applications and infrastructures for computational biology, bioinformatics, and systems biology : systems and applications 1st Edition Arabnia

https://ebookmass.com/product/emerging-trends-in-applicationsand-infrastructures-for-computational-biology-bioinformatics-andsystems-biology-systems-and-applications-1st-edition-arabnia/

Atmospheric Remote Sensing: Principles and Applications

Abhay Kumar Singh

https://ebookmass.com/product/atmospheric-remote-sensingprinciples-and-applications-abhay-kumar-singh/

Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology: ABC of Bioinformatics Shoba Ranganathan

https://ebookmass.com/product/encyclopedia-of-bioinformatics-andcomputational-biology-abc-of-bioinformatics-shoba-ranganathan/

Optical properties of materials and their applications

Second Edition Singh

https://ebookmass.com/product/optical-properties-of-materialsand-their-applications-second-edition-singh/

Intermittent Demand Forecasting: Context, Methods and Applications Syntetos

https://ebookmass.com/product/intermittent-demand-forecastingcontext-methods-and-applications-syntetos/

Rheology: Concepts, Methods, and Applications Alexander

Y. Malkin

https://ebookmass.com/product/rheology-concepts-methods-andapplications-alexander-y-malkin/

Bioinformatics

MethodsandApplications

Bioinformatics MethodsandApplications

Editedby

DevBukhshSingh DepartmentofBiotechnology,InstituteofBiosciencesandBiotechnology, ChhatrapatiShahuJiMaharajUniversity,Kanpur,India

RajeshKumarPathak SchoolofAgriculturalBiotechnology,PunjabAgriculturalUniversity, Ludhiana,India

AcademicPressisanimprintofElsevier 125LondonWall,LondonEC2Y5AS,UnitedKingdom 525BStreet,Suite1650,SanDiego,CA92101,UnitedStates 50HampshireStreet,5thFloor,Cambridge,MA02139,UnitedStates TheBoulevard,LangfordLane,Kidlington,OxfordOX51GB,UnitedKingdom

Nopartofthispublicationmaybereproducedortransmittedinanyformorbyanymeans,electronicormechanical,including photocopying,recording,oranyinformationstorageandretrievalsystem,withoutpermissioninwritingfromthepublisher. Detailsonhowtoseekpermission,furtherinformationaboutthePublisher’spermissionspoliciesandourarrangementswith organizationssuchastheCopyrightClearanceCenterandtheCopyrightLicensingAgency,canbefoundatourwebsite: www. elsevier.com/permissions .

ThisbookandtheindividualcontributionscontainedinitareprotectedundercopyrightbythePublisher(otherthanasmaybe notedherein).

Notices

Knowledgeandbestpracticeinthisfieldareconstantlychanging.Asnewresearchandexperiencebroadenourunderstanding, changesinresearchmethods,professionalpractices,ormedicaltreatmentmaybecomenecessary.

Practitionersandresearchersmustalwaysrelyontheirownexperienceandknowledgeinevaluatingandusinganyinformation, methods,compounds,orexperimentsdescribedherein.Inusingsuchinformationormethodstheyshouldbemindfuloftheir ownsafetyandthesafetyofothers,includingpartiesforwhomtheyhaveaprofessionalresponsibility.

Tothefullestextentofthelaw,neitherthePublishernortheauthors,contributors,oreditors,assumeanyliabilityforanyinjury and/ordamagetopersonsorpropertyasamatterofproductsliability,negligenceorotherwise,orfromanyuseoroperationof anymethods,products,instructions,orideascontainedinthematerialherein.

BritishLibraryCataloguing-in-PublicationData

AcataloguerecordforthisbookisavailablefromtheBritishLibrary LibraryofCongressCataloging-in-PublicationData

AcatalogrecordforthisbookisavailablefromtheLibraryofCongress

ISBN:978-0-323-89775-4

ForInformationonallAcademicPresspublications visitourwebsiteat https://www.elsevier.com/books-and-journals

Publisher: StacyMasucci

SeniorAcquisitionsEditor: RafaelE.Teixeira

EditorialProjectManager: SaraPianavilla

ProductionProjectManager: MariaBernard

CoverDesigner: MarkRogers

TypesetbyMPSLimited,Chennai,India

1.Introductiontobasicsof bioinformatics1

RajeshKumarPathak,DevBukhshSingh andRahulSingh

1.1Introduction1

1.1.1Conceptbehindbioinformatics, insilicobiology,and computationalbiology3

1.1.2Scientificdisciplineandsupport systemsforbioinformatics5

1.1.3Needsofbioinformatics5

1.2Historicalbackgroundofbioinformatics5

1.3Aimofbioinformatics7

1.4Therecentdevelopmentinthefieldof bioinformatics7

1.5Challengesinbioinformatics8

1.6Applicationofbioinformatics8

1.6.1Sequenceanalysis8

1.6.2Phylogeneticanalysis8

1.6.3Predictionofproteinsecondary structure9

1.6.4Protein3Dstructureprediction9

1.6.5Evaluationandvalidationof predictedproteinmodel10

1.6.6Discoveryanddesigningofsmall moleculesleadingtodrugs/ agrochemicaldevelopment10

1.6.7Next-generationsequencingdata analysis10

1.6.8SNPandSSRidentification10

1.6.9Pharmacogenomics10

1.6.10Metabolomicsandmetabolic fluxanalysis11

1.6.11Systemsbiologyandomics dataintegration11

1.7Futureperspective11

1.8Conclusion11 Conflictofinterest12 References12

2.Biologicaldatabasesandtheir application17

ParvaKumarSharmaandInderjitSinghYadav

2.1Introduction17

2.1.1Relationaldatabases17

2.1.2Object-orienteddatabases17

2.2Sequencedatabases19

2.2.1GenBank19

2.2.2EuropeanNucleotideArchive19

2.2.3DNADatabaseofJapan20

2.2.4GenPept20

2.2.5Proteininformationresources20

2.3Compositedatabase21

2.3.1UniversalProteinResource(UniProt)21

2.3.2Nonredundantdatabase22

2.4Secondarydatabase22

2.4.1PROSITE22

2.4.2PRINTS22

2.4.3Pfam23

2.4.4InterPro23

2.5Structuraldatabases23

2.5.1Researchcollaboratoryforstructural bioinformaticsproteindatabank23

2.5.2SCOP24

2.5.3CATH/Gene3D24

2.6Specializeddatabase24

2.6.1Clusteringdatabases24

2.6.2Bibliographicdatabases26

2.6.3Expressiondatabases26

2.6.4Taxonomydatabases26

2.6.5Interactiondatabases26

2.6.6Pathwaydatabases27

2.6.7Enzymedatabases27

2.6.8microRNAdatabase27

2.6.9Smallmoleculedatabase27

2.6.10Vaccinedesigndatabase28

2.7Databasesearchingandannotation28

2.7.1Entrez28

2.7.2Thesequenceretrievalsystem28

2.7.3Annotation28

2.8Conclusions29 Conflictofinterest29 References29

3.Biologicalsequenceanalysis33

SamvednaShukla,BhawanaMishra, HimanshuAvashthiandMukteshChandra

3.1Introduction33

3.2Sequencealignments:determining similarityanddeducinghomology34

3.2.1Whyconstructsequencealignment?34

3.2.2Similarityofsequences34

3.2.3Homologyofsequences35

3.2.4Globalsequencealignment35

3.2.5Localsequencealignment35

3.2.6Workingofalignmentalgorithm36

3.3Scoringmatrices:constructionand properselection36

3.3.1Scoringmatrices36

3.3.2PAMmatrices37

3.3.3BLOSUMmatrices37

3.3.4PAMversusBLOSUM37

3.4BasicLocalAlignmentSearchTool38

3.4.1Seedingstep39

3.4.2Ungappedextensionstep39

3.4.3Gappedextensionstep39

3.4.4TypesofBLAST39

3.4.5BLATversusBLAST39

3.5Multiplesequencealignment(MSA)40

3.5.1NeedforMSA40

3.5.2Multiplesequencealignment algorithm41

3.5.3ClustalW41

3.6Phylogeneticanalysis42

3.6.1Typesoftrees43

3.6.2Algorithmsforphylogeneticanalysis43

3.6.3Terminologyofphylogenetictree43

3.7Applicationofsequencealignment44

3.8Conclusion44 Conflictofinterest45 References45

4.Genomeassemblyandannotation49

PallaviMishra,RanjeetMaurya, HimanshuAvashthi,ShikhaMittal, MukteshChandraand PramodWasudeoRamteke

4.1Introduction49

4.1.1Howdoyoureassemblea genomeaftersequencing?50

4.1.2Assemblertechnology:historical landscape50

4.2Genomeassemblyalgorithms51

4.2.1Theoverlap-layout-consensus/string graphassemblers51

4.2.2DeBruijngraphassemblers51

4.3Datapreprocessing52

4.3.1Qualitycontrolofraw sequencingdata52

4.3.2Trimmingandfilteringofrawreads52

4.4Genomeassemblyapproaches:typesof assembly52

4.4.1Denovoassemblyapproach52

4.4.2Reference-based assemblyapproach54

4.4.3Hybridassemblyapproach54

4.4.4Meta-assemblyapproach54

4.5Toolsandsoftwarefor genomeassembly56

4.5.1Genomefinishing/polishing56

4.5.2Assemblyqualityassessmentand validation58

4.6Pitfallingenomeassemblies58

4.6.1DNAquality58

4.6.2Librarypreparation59

4.6.3Dataquality59

4.6.4RepetitiveDNA59

4.7Amathematicalcalculationfordepth/ coverage60

4.8Genomeannotation60

4.8.1Structuralannotation61

4.8.2Functionalannotation62

4.9Applicationandfutureprospectsof genomeassembly62

4.10Conclusion63 Conflictofinterest63 References63

5.Computationalmolecularphylogeny: conceptsandapplications67

KrishnaKumarOjha,SwapnilMishra andVijayKumarSingh

5.1Introduction67

5.2Convergentanddivergentevolution67

5.3Conceptofcladisticsandsystematics68

5.4Phylogenetictrees’terminology69

5.4.1Phylogenetictree69

5.4.2Taxon69

5.4.3Node69

5.4.4Leaf69

5.4.5Internalnode70

5.4.6Edge70

5.4.7Topology70

5.4.8Root70

5.4.9Rootedtree70

5.4.10Unrootedtree70

5.4.11Binarytree70

5.4.12Clade71

5.4.13Monophyletictaxon71

5.4.14Paraphyletictaxon71

5.4.15Polyphyletictaxon71

5.4.16Split72

5.4.17Subtree72

5.4.18Edgelength72

5.4.19Ultrametrictree72

5.4.20Cladogram73

5.4.21Phylogram73

5.4.22Dendrogram73

5.5Evolutionaryinferenceofphylogenetic trees73

5.5.1Importanceofsharedderived charactersinphylogeny74

5.6Treeconstructionmethods74

5.6.1UPGMA74

5.6.2Neighbor-joiningalgorithm76

5.6.3Maximumparsimony80

5.6.4Maximumlikelihoodphylogeny82

5.6.5Bayesianphylogeny83

5.7Estimatingreliabilityofphylogenetictree84

5.7.1Bootstrapping85

5.8Phylogenetictools85

5.9Applicationofmolecularphylogeny86

5.9.1Classification86

5.9.2Identifyingtheoriginofpathogens87

5.9.3Speciesconservation87

5.10Conclusion87 Conflictofinterest87 References87

6.Applicationsandchallengesof microarrayandRNA-sequencing91

AnkitaNegi,AbhimatiShukla,AkankshaJaiswar, JatinShrinetandRahulSinghJasrotia

6.1Introduction91

6.2Evolutionofmicroarray92

6.2.1AutomatedarraysandcDNA cloningtomicroarraytechnology92

6.2.2Principleofmicroarray92

6.2.3Listofmicroarraytoolsandtheir utility94

6.3DNAsequencing94

6.3.1Firstgeneration94

6.3.2Secondgeneration95

6.3.3Thirdgeneration96

6.4RNA-sequencing96

6.4.1Librarypreparationandsequencing96

6.4.2PipelineandusageofRNAsequencing97

6.5Biologicaldatabasesfor datasubmission99

6.6Applicationsofmicroarray99

6.7ApplicationsofRNA-sequencing100

6.8Advantagesoftranscriptome sequencingovermicroarraytechnology100

6.9Limitationsandfutureperspectiveof RNA-sequencing100

6.10Conclusion100 Conflictofinterest101 References101

7.RNA-seqforrevealingthefunction ofthetranscriptome105

KavitaGoswamiandNeetiSanan-Mishra

7.1Introduction105

7.2Next-generationsequencingplatforms andtheirtechnologies105

7.2.1Illumina106

7.2.2Roche454106

7.2.3IONtorrent107

7.2.4SoLidABI107

7.2.5IlluminaTru-seqSLRtechnology108

7.2.6PacificBiosciences(PacBio) SMRTsequencing108

7.2.7OxfordNanopore108

7.3AnalyzingtheRNA-seqdata109

7.3.1Qualityanddepthofraw sequencingdata109

7.3.2Adapterremoval110

7.3.3Levelofalignment110

7.3.4Redundancyrateofreads111

7.4RNA-seqapplications111

7.4.1Transcriptomeassembly111

7.4.2Identificationofnovel protein-codinggenes112

7.4.3Identificationofotherclassesof RNAs113

7.4.4Profilingexpressionpatterns115

7.4.5Degradomesequencing119

7.4.6Variantsdetectionand allele-specificexpression120

7.4.7Expressionquantitativetraitloci120

7.5Databasesandsoftwareforsmall RNAanalysis121

7.5.1miRBase121

7.5.2PMRD121

7.5.3Armour121

7.5.4UEAsRNAworkbench121

7.5.5sRNAtoolbox122

7.5.6sRNAbench122

7.5.7miRNAconsTarget122

7.5.8Massivelyparallelsignature sequencingdatabase122

7.5.9CLCGenomicsWorkbench122

7.6Conclusion122

Conflictofinterest123 References123

8.AnalysisofSSRandSNPmarkers131

AnkitaMishra,PramodKumarSingh, AbhishekBhandawat,VinaySharma,VikasSharma, PradeepSingh,JoyRoyandHimanshuSharma

8.1Introduction131

8.2AnalysisofSSRmarkers132

8.2.1Benefitsandlimitationsof microsatellitemarkers132

8.2.2SSRminingandprimerdesigning133

8.2.3Classificationandgenomic localization133

8.2.4FunctionalannotationsofSSR containingsequences133

8.2.5SSRamplificationandevaluationof polymorphicpotential133

8.2.6Cross-transferabilityofSSRmarkers134

8.2.7Futureperspective135

8.3AnalysisofSNPmarkers135

8.3.1Approachesforsequencedata generation135

8.3.2Samplepreparation135

8.3.3Sequencingofcomplexgenomes135

8.3.4Assessmentofsequencequality136

8.3.5Readsassemblyandmappingto referencegenome136

8.3.6Postprocessingofmappedreads138

8.3.7Variantcallingandfiltration138

8.3.8Functionalannotationofvariant138

8.4Conclusion140 Acknowledgments140 Conflictofinterest140 References140 Furtherreading144

9.GeneOntology:applicationand importanceinfunctionalannotation ofthegenomicdata145 ReshuSaxena,RitikaBishnoiandDeepakSingla

9.1Background145

9.2GeneOntology basedclassification146

9.2.1Cellularcomponent147

9.2.2Molecularfunction147

9.2.3Biologicalprocess147

9.3Annotationofunknowngene/genome147

9.3.1Blast2GO148

9.3.2IPRscan(InterProScan)148

9.3.3GenomeAssemblyandAnnotation Package149

9.3.4GOnet149

9.3.5DEEPred149

9.3.6SDNGO149

9.3.7AmiGO149

9.3.8OBO-Edit149

9.3.9GeneOntologyFunctional EnrichmentAnnotationTool149

9.4GOenrichmentanalysis149

9.4.1DAVID(DatabaseforAnnotation, Visualization,andIntegrated Discovery)150

9.4.2PANTHER(ProteinANalysis THroughEvolutionary Relationships)150

9.4.3g:Profiler150

9.4.4clusterProfiler151

9.4.5Enrichr151

9.4.6ToppGene151

9.4.7QuickGo152

9.4.8REVIGO(Reduce&Visualize GeneOntology)152

9.4.9WEGO(WebGeneOntology)152

9.4.10ShinyGO152

9.4.11ViSEAGO152

9.4.12PoGo(Predictionof GeneOntology)152

9.4.13GOrilla(GeneOntology enRIchmentanaLysisand visuaLizAtiontool)152

9.4.14EasyGO152

9.4.15GOEAST(GeneOntology EnrichmentAnalysis SoftwareToolkit)153

9.4.16GOAT(GeneOntology AnnotationTool)153

9.4.17GOLEM(GeneOntologyLocal ExplorationMap)153

9.4.18GOssTo(GeneOntology semanticsimilarityTool)153

9.4.19NaviGO153

9.5Applications153

9.6Futureprospects154

9.7Conclusion154 Acknowledgment154 Conflictofinterest155 Authorcontributions155 References155

10.Metagenomics:theboonfor microbialworldknowledge andcurrentchallenges159

J.K.Choudhari,J.Choubey,M.K.Verma, T.ChatterjeeandB.P.Sahariah

10.1Introduction:anoverviewof metagenomics159

10.2Resourcesinmetagenomics161

10.3Challengesinmetagenomics161

10.4Theworkflowinmetagenomeanalysis162

10.5Datasetacquireandprocessing162

10.6Qualitycontrolanalysis162

10.6.1Basequalityscore162

10.6.2Sequencequalityscore162

10.6.3Overrepresentedsequences163

10.6.4PerbaseNcontent163

10.6.5Duplicatesequences163

10.6.6Readlengthdistribution163

10.6.7Perbasesequencecontent163

10.6.8Guanine cytosinecontent163

10.6.9Overrepresentedk-mers163

10.6.10Qualityanalysisandimproving softwaretools163

10.7Genomeassemblytoolsin metagenomics164

10.8Binningtoolsinmetagenomics164

10.8.1Statisticalanalysis166

10.9Datastorageandsharing166

10.10Metagenomicsanalysis:acasestudy166

10.11Material,methodology,andoutcome166

10.11.1Metagenomedataset166

10.11.2Sequencingqualityanalysis166

10.11.3Hitsdistributionofmetagenome fromthedatabasesources168

10.11.4Hitsdistributionoffunctional group168

10.11.5Taxonomichitsdistribution170

10.11.6Rarefactioncurve170

10.11.7Alphadiversity170

10.12Advantagesofmetagenomicsstudy172

10.13Limitationsandfutureperspective172

10.14Conclusion172 Conflictofinterest173 References173

11.Proteinstructureprediction177

ShikhaAgnihotry,RajeshKumarPathak, DevBukhshSingh,ApoorvTiwari andImranHussain

11.1Introduction177

11.2Proteinstructureprediction177

11.3Methodofproteinstructureprediction178

11.3.1Homologymodeling (comparativemodeling)178

11.3.2Threadingorfoldrecognition180

11.3.3Abinitioapproach182

11.4Evaluationofpredicted proteinstructure184

11.5Applicationsofstructureprediction185

11.5.1Mutationstudies185 11.5.2Unfoldingstudies185 11.5.3Bindingsiteprediction185 11.5.4Proteindockingandvirtual screening185

11.5.5Understandingthedynamicsof proteinorprotein ligand complex186

11.5.6Structureevolutionanalysis186

11.6Conclusion186

Conflictofinterest186 References186 Furtherreading188

12.Structuralandfunctionalanalysis ofprotein189

NeetuSinghYadav,PawanKumar andIndraSingh

12.1Proteinpreliminaries189 12.2Growthoftheprotein structuraldatabase189 12.3Structuraltopologyandfold classificationscheme190 12.4D-Structurequality assessmentprotocol191

12.5Protein3Dstructureprediction191 12.5.1Energyfunctions192 12.6MachinelearninginPSP197

12.6.1Featureengineeringand representation197

12.6.2Featureselection198 12.6.3MLalgorithms198 12.6.4MLmodels’implementation andevaluation199

12.7Conclusion200 Conflictofinterest201 References201

13.Computationalapproachesin drugdesigning207

AnshulTiwariandSakshiSingh

13.1Introduction207

13.2Computer-aideddrugdesigning207 13.2.1Structure-baseddrugdesign207 13.2.2Ligand-baseddrugdesign209

13.3Computationalapproaches209 13.3.1Molecularmodeling209

13.3.2Bindingsiteandcavity prediction211 13.3.3Computationalligand designingandsearching211

13.3.4Pharmacophoremodeling211

13.3.5Moleculardocking211

13.3.6Moleculardynamicssimulation212

13.3.7Quantitativestructure activity relationship213

13.3.8Leadoptimization214

13.4Limitations214

13.5Recenttrendsindrugdesigning214

13.6Conclusion215

Conflictofinterest215 References215

14.Structure-baseddrugdesigning219

ShubhamPant,ShivaniVerma, RajeshKumarPathakandDevBukhshSingh

14.1Introduction219

14.2Backgroundofstructure-baseddrug design220

14.3ProcessofSBDD221

14.3.1Targetidentification221

14.3.2Targetstructure determination/prediction221

14.3.3Cavity/bindingsiteprediction223

14.3.4Ligandstructurepreparation/ retrieval223

14.3.5Moleculardockingandvirtual screening224

14.3.6ADMETanalysis226

14.3.7Moleculardynamicssimulation226

14.3.8Binding-free-energy calculation-MM-PBSA227

14.4RecentdevelopmentinSBDD227

14.5Challengesandlimitations228

14.6Futureprospective228

14.7Conclusion229

Conflictofinterest229 References229

15.Ligand-baseddrugdesigning233

SuchitraM.Ajjarapu,ApoorvTiwari, PramodWasudeoRamteke,DevBukhshSingh andSundipKumar

15.1Introduction233

15.2Pharmacophore234

15.2.1Buildpharmacophore hypothesis234

15.2.2Alignmentofmolecules235

15.2.3Similaritysearchmethods235

15.2.42Dfingerprints235

15.33Dfingerprints235

15.3.13Dsimilaritiesdependonthe alignment236

15.3.2Conformationalflexibility236

15.3.3Scaffoldhopping236

15.3.4Fragment-baseddrugdesign236

15.4Pharmacophoremapping236

15.4.1Diverseconformation generation236

15.4.2Generationof3D pharmacophore237

15.4.3Validationofthe pharmacophoremodel237

15.5Pharmacophoreclassifications238

15.5.1Ligand-basedpharmacophore modeling238

15.5.2Structure-basedpharmacophore modeling239

15.6Applicationofpharmacophorein virtualscreeninganddenovodesign239

15.6.1Virtualscreening239

15.6.2Denovopathway240

15.7Advancementinexploring3D pharmacophoreprinciplesover theabovelimitations240

15.8Quantitativestructure activity relationship240

15.8.1DesignationofQSAR241

15.8.2Backboneofchemical similarity241

15.8.3QSARdata242

15.8.4Classificationof3DQSAR approaches243

15.8.5Molecularinteractionsand energies243

15.8.6QSARmodeling245 15.8.7Conceptofapplicability domainandQSARapproaches246

15.9DevelopmentofnewQSAR:HQSAR248

15.10ApplicationofQSAR/SAR248

15.10.1Syntheticorganicchemistry andQSAR248

15.10.2Predictionofkineticand thermodynamicparameters249 15.10.3Drugdevelopmentandother applications249

15.11Conclusion250 Conflictofinterest250 References250

16.Discoveryandoptimizationoflead moleculesindrugdesigning253 ShivaniVermaandRajeshKumarPathak

16.1Introduction253

16.2PrinciplesofCADD254

16.2.1Casestudy:inhibitionof lipoxygenases255

16.3Discoveryoftheleadmolecule256

16.4Typesofleadmolecules256

16.4.1Naturalleadcompounds256

16.4.2Syntheticleadmolecules257

16.4.3Semisyntheticdrugs259

16.5Leadoptimizationandstrategies259

16.5.1Byusingorganicsynthetic chemistry259

16.5.2Structuresimplification261

16.5.3Structuremodification261

16.5.4Functionalgroupinterconversion261

16.5.5Bondingstrengthandselectivity262

16.5.6Usingthermodynamic, pharmacodynamics,and pharmacokineticparameters262

16.6Computationalleadoptimization263

16.7Advantagesofcomputationallead designing263

16.8Futureperspectives263

16.9Conclusion264 Conflictofinterest265 References265

17.Pharmacophoremodelingandits applications269

RashmiTyagi,AmishaSingh,KamalKumar ChaudharyandManojKumarYadav

17.1Introduction269

17.2Basicsofpharmacophoremodeling271

17.2.1Divisionofinitialdatainto diversedatasets271

17.2.2Conformationalanalysiswith three-dimensionalstructures272

17.3Differentmethodsofpharmacophore generation273

17.3.1Ligand-basedpharmacophore modeling273

17.3.2Structure-basedpharmacophore modeling275

17.4Validationofpharmacophoremodels276

17.4.1Receiveroperatingcharacteristic curve276

17.4.2Structure-basedpharmacophore modelingapproachforthedesign ofazaindolederivativesasDprE1 inhibitorsfortuberculosis: acasestudy277

17.5Recenttrendsinpharmacophore generation278

17.5.1Machine-learningmodels incorporatedwithpharmacophore descriptors278

17.5.2Predictionofpharmacokinetic properties279

17.5.3Targetidentificationanddenovo liganddesignusing pharmacophoreapproaches279

17.5.4Proteinfunctionalitystudies279

17.5.53Dpharmacophoremodeling usingawebplatform279

17.5.6Pharmacophoremethodsin lightofmoleculardynamics simulations280

17.6Applicationsofpharmacophore modeling281

17.6.1Generationofe-pharmacophore forvirtualscreeningofdrug molecules281

17.6.2ADME-Toxanalysis282

17.6.3Generationofamultitarget ligand282

17.6.4Modulationoftheimmune system282

17.6.5Pharmacophore-guideddrug targetidentification282 17.7Futureperspectivesofpharmacophore models283

17.7.1Fragment-baseddrugdesign283

17.7.2Protein proteininteraction inhibition283

17.7.3Apotentialroleinproteindesign283 17.8Conclusion284 Conflictofinterest284 References284

18.Moleculardockingandmolecular dynamicssimulation291

SakshiSingh,QanitaBaniBaker andDevBukhshSingh

18.1Introduction291

18.2Moleculardocking292

18.2.1Algorithms292

18.2.2Scoringfunctions294

18.2.3Knowledge-basedSFs294 18.3Dockingmethodologies295

18.3.1Flexibledocking295

18.3.2Semiflexibledocking295 18.3.3Virtualscreeningof high-throughputdocking295 18.3.4Fragmentdocking296 18.3.5Machinelearningindocking296 18.3.6Dockingtoolsandtheirfeatures297 18.4Moleculardynamicssimulation297 18.4.1Postdockingrefinement298 18.4.2Binding-freeenergycalculations: MM-GBSA/MM-PBSA299

18.5Challengesinmoleculardockingand MDsimulationtechniques300

18.6Conclusion301

Conflictofinterest301 References301

19.Pharmacokineticsand pharmacodynamicsanalysisof drugcandidates305

SatendraSingh,DevBukhshSingh, BudhayashGautam,AnamikaSingh andNamrataYadav

19.1Introduction305

19.2Postgenomiceraanddrugdiscovery306

19.3Pharmacokinetics307

19.3.1Drugabsorption308

19.3.2Drugdistribution(binding/ localization/storage)308

19.3.3Drugmetabolism309

19.4Pharmacodynamics311

19.4.1Drugtoxicity311

19.5Computationalapproachesfor ADMETprediction311

19.6Translationalbioinformatics313

19.7Drugrepurposing313

19.7.1Benefitsofdrugrepurposing313

19.7.2Computationaldrugrepurposing314

19.8Roleofpharmacogenomicsin precisionmedicine314

19.9Chemicaldiversityofnatural products:asourceforcomputer-aided drugdiscovery315

19.10Conclusion315

Conflictofinterest315 References315 Furtherreading316

20.Computationalapproachesfor vaccinedesigning317

AnimeshAwasthi,GauravSharma andPiyushAgrawal

20.1Introduction317

20.2Antigenselectionandimmunological databases318

20.2.1Exogenousantigens318

20.2.2Endogenousantigens319

20.2.3Autoantigens319

20.3 Insilico methodforB-cellepitope prediction319

20.3.1Predictionofconformational B-cellepitopes320

20.3.2PredictionoflinearB-cell epitopes321

20.4 Insilico methodforT-cellepitope prediction322

20.4.1MHCclassIbinderprediction323

20.4.2MHCclassIIbinderprediction324

20.4.3MHCgenediversityandits importanceinT-cellepitope prediction325

20.5Adjuvantandlinkerselection325

20.6Building3Dmodelandvalidationof fusionvaccineconstruct326

20.7Miscellaneousproperties326

20.7.1Peptidetoxicity326

20.7.2Half-lifeorstability327

20.7.3Deliverymethodology327

20.8Roleofnext-generationsequencing technologyinvaccinedesign328

20.9Computer-aidedvaccine developmentexample328

20.10Conclusion329 Acknowledgments329 Conflictofinterest330 References330

21.Metabolomicsandfluxbalance analysis337 PriyankaNarad,G.Naresh andAbhishekSengupta

21.1Introduction337

21.2Definitionofmetabolomics338

21.3MS-andNMR-basedtechniquesin metabolomics338

21.4Dataprocessinginmetabolomics339

21.4.1Nuclearmagneticresonance spectroscopy339

21.4.2WorkflowofMS-based metabolomics339

21.4.3LimitationsofNMRandMS methods340

21.4.4RecentadvancesinMS-and NMR-basedmetabolomics341

21.4.5Challengesandaffectingfactors341

21.5Applicationsofmetabolomics341

21.5.1Microbialscience341

21.5.2Plantscience341

21.5.3Animalscience342

21.5.4Medicalscience342

21.5.5Foodandherbalmedicines343

21.6Fluxbalanceanalysis343

21.7Metabolicnetworksandmodel construction344

21.7.1Metabolicmodel:construction andrefinement345

21.7.2Massbalance348

21.7.3Steadystate349

21.7.4Typesofconstraints349

21.7.5Optimization350

21.7.6StepsinFBA351

21.8Metaboliccontrolanalysisandisotopic steadystate/carbonfluxanalysis352

21.8.1Metaboliccontrolanalysis352

21.8.2Carbonfluxanalysis352

21.8.3Differenttypesoffluxbalance analysisatdifferentconditions353

21.9Someimportanttoolsoffluxbalance analysis355

21.9.1OptKnock355

21.9.2OptGene355

21.9.3OptStrain356

21.9.4COBRAToolbox356

21.9.5MetaboAnalyst4.0356

21.9.6OptFlux356

21.9.7OpenFlux357

21.9.8CellNetAnalyzer357

21.9.9SBRT357

21.9.10Escher-FBA357

21.9.11MetaFluxNet357

21.10Applications,challenges,andfuture perspectivesofFBA358

21.10.1Applications358

21.10.2Challengesandfuture perspectives360

21.11Casestudy:applicationsof metabolomicsandfluxbalance analysisinindustriallyimportant microorganisms361

21.11.1Lactococcuslactis361

21.11.2Saccharomycescerevisiae361

21.11.3Escherichiacoli362

21.12Conclusion363 References363

22.Topologicalparameters,patterns, andmotifsinbiologicalnetworks367 ArvindKumarYadav,RohitShukla andTirathaRajSingh

22.1Introduction367

22.2Biologicalnetworks368

22.2.1Constructionofbiological networks368

22.3Networkmotifsandpatterns369

22.3.1Motifdiscoveryandcounting369

22.4Analysisofbiologicalnetwork370

22.4.1Graphtheory371 22.4.2Adjacencymatrices373 22.5Topologicalparameters373 22.5.1Nodedegree374 22.5.2Theaverageofshortest pathlength374

22.5.3Clusteringcoefficient375 22.5.4Betweennesscentrality375 22.5.5Statisticalcomparison375 22.6Biologicalsignificanceof networkmotifs375 22.7Applicationsofnetworkbiology376 22.8Limitationsandchallenges376 22.9Conclusion376 Conflictofinterest377 References377

23.Networkbiologyandapplications381 NeeruRedhuandZoozealThakur

23.1Introductiontobiologicalnetworks381 23.2Biologicalnetworksproperties381 23.2.1Path,averagepathlength, anddiameter381 23.2.2Degreeakaconnectivity382 23.2.3Scalefree382 23.2.4Smallworldnetwork382 23.2.5Dateandpartyhub382 23.2.6Networkmotifs382 23.3Typesofbiologicalnetworks382 23.3.1Ecologicalnetworks383 23.3.2Gene(genetic)regulatory network383

23.3.3Protein proteininteraction network384 23.3.4Metabolicnetworks385 23.3.5Cellularsignalingnetwork385 23.3.6Genecoexpressionnetwork387 23.4Experimentalmethodsinnetwork biology387

23.4.1Microarray387 23.4.2DeepmRNAsequencing388 23.4.3Exomesequencing388 23.4.4ChIP-seq389 23.4.5Genome-widebisulfite sequencing389 23.4.6Yeasttwo-hybrid390 23.4.7Massspectrometry-based proteomics391 23.4.8Flowandmasscytometry392 23.4.9Livecellimaging392 23.5Resourcesforbiological network-basedstudies393

23.5.1KyotoEncyclopediaofGenes andGenomes393

23.5.2BioCycDatabaseCollection393

23.5.3ENZYME393

23.5.4ExplorEnz:theenzymedatabase394

23.5.5BiochemicalGeneticand Genomic/BiochemicalGenetic andGenomicmodels394

23.5.6STRING394

23.5.7metaTIGER394

23.6Toolsfornetworkpathwayanalysis394

23.6.1Pathwaytools395

23.6.2ERGO395

23.6.3KEGGtranslator395

23.6.4ModelSEED395

23.6.5NetworkAnalysisTools396

23.6.6BioNetStat396

23.6.7OmicsNet396

23.7Applicationsofnetworkbiology396

23.7.1Applicationsinrarediseases396

23.7.2Determinationof proteinfunction398

23.7.3Pathwaydetermination398

23.7.4Essentialproteinidentification398

23.7.5Functionalmodules’ identification399

23.8Challengesandfutureperspective399

23.8.1Pseudotemporalordering399

23.8.2Multipledatasources400

23.8.3Combinationofalgorithms400

23.9Conclusion400 Conflictofinterest401 References401

24.Pathwaymodelingandsimulation analysis409 GitanjaliTandon,SunitaYadav andSukhdeepKaur

24.1Introduction409

24.2Computationalmodelingof apathway409

24.2.1Typeofmodeling410

24.2.2Approachesofmodeling410

24.3Generaldiagramandlanguageusedin pathwaymodeling411

24.3.1SystemsBiologyGraphical Notation411

24.3.2SystemsBiologyMarkup Language412

24.4Pathwaysimulationsanalysis413

24.4.1Ordinarydifferentialequations413

24.4.2Stochasticsimulation414

24.5Platformsusedformodelingand simulations415

24.5.1Pathwaydesigningtools415

24.5.2PathwayTools415 24.5.3Simulationtools416

24.6Applicationsofpathwaymodelingand simulations418

24.6.1Metabolicengineering418

24.6.2Drugdesigning418

24.6.3Studyofphenomics419 24.6.4Fluxbalanceanalysis419

24.7Challenges420

24.7.1Knowledgegapsbetween computationalistsand experimentalists420

24.7.2Theorydevelopment420

24.7.3Miscellaneouscomputational challenges420

24.8Conclusion420 Conflictofinterest421 References421

25.Systemsbiologyandbigdata analytics425

RohitShukla,ArvindKumarYadav, WilliamO.Sote,MoacyrComarJunior andTirathaRajSingh

25.1Introduction425

25.2Bigdataingeneralandinthecontext ofbiology425

25.3Typesofdatainsystemsbiology426

25.3.1Biologicalsequences428

25.3.2Molecularstructure428

25.3.3Geneexpression428

25.3.4Bindingsitesanddomains429

25.3.5Protein proteininteraction429

25.3.6Massspectroscopy429

25.3.7Metabolicpathways429

25.4Biologicalbigdataresources429

25.4.1Genomicsandtranscriptomics resources430

25.4.2Proteomicsresources430

25.4.3Cellularmetabolome430

25.4.4Protein proteininteraction databases430

25.4.5Drugandchemicalcompound databases432

25.4.6Differentotherdatabases432

25.5Networkgenerationanditsanalysis fromvarioussourcesofdata432

25.6Bigdataindrugrepurposingand systemspharmacology434

25.6.1Network-basedapproachesfor systemspharmacology435

25.7Casestudyrelatedtotranscriptome dataanalysis435

25.8Limitationsinbigdataanalysis437

25.9Conclusion438

Acknowledgment438

Conflictofinterest438 References438

26.Machinelearninginbioinformatics443 IndrajeetKumar,SuryaPratapSingh andShivam

26.1Introduction443

26.2Supervisedlearning443

26.2.1Classification444

26.2.2Supervisedmachinelearningin bioinformatics444

26.3Unsupervisedmachinelearning445

26.4Problemstounderstandsupervised learningandunsupervisedlearning446

26.5Regression446

26.5.1Hypothesis447

26.6Clustering450

26.6.1K-meansclustering450

26.6.2Density-basedclustering450

26.6.3Distribution-basedclustering451

26.6.4Fuzzyclustering451

26.7Unsupervisedlearningin bioinformatics452

26.8Applicationofmachinelearning452

26.8.1Genomeannotation452

26.8.2Proteinstructureprediction452

26.8.3Researchareainbioinformatics withdeeplearning453

26.9Discussion453

26.10Conclusion454 Conflictofinterest454 References454

27.Bioinformaticsandbiological datamining457

AdityaHarbola,DeeptiNegi, MaheshManchandaand RajeshKumarKesharwani

27.1Biologicaldatamining457

27.2Dataminingapplications457

27.3Dataminingprocess458

27.3.1Classification458

27.3.2Estimation458

27.3.3Prediction459

27.3.4Association459

27.3.5Clustering459

27.3.6Descriptionandvisualization460

27.3.7CasestudiesusingWaikato environmentforknowledge analysis461

27.4Featureselectiontechniqueindata mining461

27.4.1Objectiveoffeatureselection462

27.5Majordataminingalgorithms applicabletobiologicaldata462

27.5.1C4.5algorithm462

27.5.2K-meansalgorithm462

27.5.3Supportvectormachine463

27.6Biologicaldataevolutionandrelated issues463

27.6.1Biologicaldataavailability463

27.6.2Biologicaldataavailabilityin computer-readableform464

27.6.3Biologicaldatacleaning464

27.6.4Biologicaldataquality464

27.6.5Biologicaldatadimensionality464

27.6.6Biologicaldataknowledge discovery466

27.7Bioinformaticsresearchareasandtools466

27.7.1Sequencesearching,comparison, andevolutionaryanalysis467

27.7.2Annotationofgene/protein structureandfunction467

27.7.3Geneandproteinexpression analysis468

27.7.4Mutationanddiseaseassociation study468

27.7.5Proteinstructureprediction, docking,andprotein protein interactionanalysis468

27.7.6Biologicalsystemsmodeling andnetworkanalysis468

27.7.7Expressedsequencetaganalysis469

27.7.8MicroRNAandtargetprediction469

27.7.9Medicalandhealthdataanalysis andclinicaldecisionsupport system469

27.8Limitations469 27.9Conclusion470 Conflictofinterest470 References470 Index473

Listofcontributors

ShikhaAgnihotry DepartmentofComputationalBiologyandBioinformatics,JacobInstituteofBiotechnologyand Bio-Engineering,SamHigginbottomUniversityofAgriculture,TechnologyandSciences,Allahabad,India

PiyushAgrawal CentreforComputationalBiology,IndraprasthaInstituteofInformationTechnologyDelhi(IIITD), OkhlaPhaseIII,NewDelhi,India

SuchitraM.Ajjarapu BioinformaticsSub-DIC,MolecularBiology&GeneticEngineering,CollegeofBasicScience andHumanities,G.B.PantUniversityofAgricultureandTechnology,India;DepartmentofBiotechnology,Andhra University,India

HimanshuAvashthi DepartmentofComputationalBiology&Bioinformatics,SamHigginbottomUniversityof AgricultureTechnology&Sciences,India;DivisionofGenomicResources,ICARNationalBureauofPlantGenetic Resources,PusaCampus,NewDelhi,India

AnimeshAwasthi InstituteofBioinformaticsandAppliedBiotechnology(IBAB),Bengaluru,India;Departmentof Biotechnology,IndianInstituteofTechnologyKharagpur,Kharagpur,India

QanitaBaniBaker DepartmentofComputerScience,JordanUniversityofScienceandTechnology,Irbid,Jordan

AbhishekBhandawat Agri-BiotechnologyDivision,NationalAgri-FoodBiotechnologyInstitute,Mohali,India

RitikaBishnoi SchoolofAgriculturalBiotechnology,PunjabAgriculturalUniversity,Ludhiana,India

MukteshChandra CentreofBioinformatics,InstituteofInterdisciplinarySciences,UniversityofAllahabad, Prayagraj,India

T.Chatterjee RaipurInstituteofTechnology,Raipur,India

KamalKumarChaudhary SchoolofBiosciences,IMSGhaziabadUniversityCoursesCampus,India

J.Choubey RaipurInstituteofTechnology,Raipur,India

J.K.Choudhari ChhattisgarhSwamiVivekanandTechnicalUniversity,Bhilai,India

BudhayashGautam DepartmentofComputationalBiologyandBioinformatics,JacobInstituteofBiotechnologyand Bioengineering,SHUATS,Prayagraj,India

KavitaGoswami PlantRNAiBiologyGroup,InternationalCentreforGeneticEngineeringandBiotechnology,New Delhi,India

AdityaHarbola SchoolofComputing,GraphicEraHillUniversity,Dehradun,India

ImranHussain SchoolofLifeandAlliedHealthSciences,GlocalUniversity,Saharanpur,India

AkankshaJaiswar MossakowskiMedicalResearchCentre,PolishAcademyofSciences,Warsaw,Poland

RahulSinghJasrotia DepartmentofBiologicalSciences,FloridaStateUniversity,FL,UnitedStates

MoacyrComarJunior CampusCentro-Oeste,DepartmentofBiochemistry,FederalUniversityofSaoJoaoDelRei, MinasGerais,Brazil

SukhdeepKaur DepartmentofComputationalBiologyandBioinformatics,SamHigginbottomUniversityof Agriculture,TechnologyandSciences(SHUATS),Prayagraj,India

RajeshKumarKesharwani NehruGramBharatiDeemedUniversity,Prayagraj,India

IndrajeetKumar GraphicEraHillUniversity,Dehradun,India

PawanKumar BioinformaticsCenter,NationalInstituteofImmunology,NewDelhi,India

Another random document with no related content on Scribd:

ei tahdo työtä tehdä, hän olkoon myös syömättä.» Ei — Jumalan valtakunnassa tehdään työtä, tavattoman paljon työtä, ja siihen työhön tulee myös sinun ottaa osaa.

Sanoihan Jeesus kerran eräälle miehelle: »Mene tekemään työtä minun viinimäessäni». Ja opetuslapsilleen hän sanoi: »Ensin Jerusalemissa, sitten Samariassa ja sitten maailman ääriin.»

Työtä siis tehdään ja työnteko jakaantuu itsekunkin lahjojen ja kutsumuksen mukaan. Perheenisä tekee työtä perheensä keskuudessa kasvattamalla lapsistaan jumalaapelkääviä, kunnon ihmisiä. Pappi tekee työtä virassaan, opettaja kutsumuksessaan.

Maanviljelijä tekee työtä pellollaan ja tiedemies työhuoneessaan. Työn arvo riippuu mielenlaadusta, millä sitä tehdään. Siinä tulee ennenkaikkea kysymykseen uskollisuus. Jumala katselee taivaastaan, palveleeko ihminen työllään lähimmäistään t.s. häntä. Tästä mielenlaadusta johtuu se hyvän olon tunne, joka ilmaantuu vanhurskautena, rauhana ja ilona Pyhässä Hengessä.

Kun siis olemme tulleet Jumalan valtakuntaan ja siinä ruvenneet tekemään työtä, pääsemme kerran taivaaseen. Monestihan meidät kyllä epätoivo valtaa. Mutta — »joka loppuun asti vahvana pysyy, hän tulee autuaaksi.»

Taivaassakaan emme saa jouten olla. Ei siellä yksinomaan lauleta ja kiitetä. Ei, vaan sielläkin tehdään työtä, eletään täydellistä elämää rakkaudessa.

Tällainen on päämäärä, rakas kuulijani. Sitä kohti pyri Herrasi ja Vapahtajasi avulla. Amen.

OPETUSLAPSENA OLEMISEN VAARA JA IHANUUS.

6. Pääsiäisen jälk. sunnuntai. — Luukk. 12, 4—12.

Vapahtaja oli ollut aterialla erään fariseuksen luona ja siellä joutunut nuhtelemaan fariseuksia ja lainoppineita heidän ulkokultaisuudestaan. Vapahtajan puhe oli herättänyt ankaran vihan myrskyn ja saanut suuren väkijoukon kokoontumaan talon edustalle.

Silloin hän puhuu ne sanat, jotka tänään ovat tekstinämme.

Hän puhuu opetuslapsena olemisen vaarasta ja ihanuudesta.

On vaarallista olla Kristuksen opetuslapsi. Vapahtaja sanoo, että maailmassa tulee olemaan vihamielisiä voimia, jotka suuntautuvat opetuslapsia vastaan. Ne ovat ihmiset.

Mutta — niitä ei tule peljätä, koska he pystyvät korkeintaan vain tappamaan ruumiin. On yksi, jota tulee peljätä vielä enemmän: häntä, jolla on valta, jonkun tapettuaan, syöstä hänet helvettiin, t.s. Jumalaa.

Tämä pelko oli apostoleilla ja on ollut kaikilla Jumalan valituilla. En uskalla mennä sanomaan, missä määrin he ovat peljänneet nimenomaan iankaikkista kadotusta — minkälainen käsitys heillä siitä on ollut. Mutta joka tapauksessa he ovat peljänneet Jumalan vanhurskautta ja tämä pelko on antanut heille sen merkillisen vakavuuden, jota maailma on aina ihmetellyt.

He ovat joutuneet esivallan ja valtamiesten eteen vastaamaan. Lukemattomia kertoja. Mutta aina he ovat löytäneet oikeat sanat, niinkuin Pietari ja Johannes korkean raadin edessä, Paavali kuningas Agripan edessä ja Luther Wormsin valtiopäivillä.

Pitääkö Vapahtajan sana vieläkin paikkansa? Eikö maailma ole sentään jonkun verran muuttunut? Eihän nykyajan kristityitä julkisesti vainota.

Ei se on kyllä totta. Mutta vaaroja tuottaa opetuslapsena oleminen vieläkin.

Suurin vaara on siinä, että nykyjään näyttää niin helpolta kristittynä oleminen. Opetuslapset joutuvat monessa asiassa mukautumaan. Ja tämä mukautuminen voi helposti johtaa kieltämiseen. Siinä on vaara, joka jokaisen Kristuksen seuraajan on otettava huomioon.

II.

Mutta — jos opetuslapsena oleminen tuottaa vaaroja, tuottaa se myös onnea ja iloa. Vapahtaja vakuuttaa, että taivaallinen Isä pitää heistä huolen kuten varpusista. »Eikö viittä varpusta myydä kahteen ropoon? Eikä Jumala ole yhtäkään niistä unohtanut.»

Voidaanko ottaa juuri vaatimattomampaa esimerkkiä. Varpunen… kuka meistä ei tuntisi sääliä, nähdessään varpusen talvipakkasessa höyheniään pöyhöttelevän. Kuinka se voi tulla toimeen, kun meitä, joilla on paksut turkit, vilu puistattaa? Mistä se saa elatuksensa, kun kaikki on jäässä?

Jumala pitää siitä murheen.

Varpunen saarnaa siis meille uskosta. Katsopas minua… täällä minä vain istun ja tirskutan. Kylmä on… mutta hyvin sentään tulen toimeen. Ja sinä … ihminen, epäilet. Ettekö te sentään ole suurempiarvoiset kuin me?

III.

Voimme siis olla vain kahdessa eri suhteessa Vapahtajaan. Joko tunnustamme hänet tai kiellämme.

Meidän ei suinkaan tarvitse olla julkisia jumalankieltäjiä. Voimme olla kirkon uskollisia poikia ja tyttäriä ja kuitenkin kuulua kieltäjiin.

Taikka — voimme olla jumalankieltäjiä ja kuitenkin kuulua tunnustajiin.

Se on sydän, sisällinen ihminen, joka tässä ratkaisee.

Vaikka suun tunnustus onkin tärkeä, on elämä vielä tärkeämpi.

»Sydämen uskolla me autuaiksi tulemme.» Ja tätä sydämen uskoa voi olla sellaisellakin, joka näyttää olevan Kristuksen julkinen vihollinen.

Minulla on eräs ystävä, joka väittää olevansa kirkon vihamies. Hän ei ole vuosikymmeniin avannut yhdenkään temppelin ovea eikä sano

avaavansa. Hänen mieliharrastuksensa on kielteisen kirjallisuuden lukeminen ja hyvin mielellään hän juttelee näistä asioista.

Mutta — hänen elämänsä on hänen oppinsa täydellinen vastakohta. Harvoin olen tavannut siinä määrin epäitsekästä ihmistä, kuin on tämä ystäväni. Häneen jos kehenkään voi luottaa. Hän on harvinaisen auttavainen ja helläsydäminen; hän antaisi viimeisen leipäpalansa tarvitsevalle.

Kumpaan ryhmään hänet asettaisin: Vapahtajan ystävienkö vai vihollisten joukkoon?

Minä asetan hänet Kristuksen tunnustajien puolelle. Hän on sitä kaikesta kielteisyydestään huolimatta.

Varmasti Jumala katselee asioita toisin kuin me. Hän näkee uskoa siinä, missä me näemme vain uskottomuutta ja päinvastoin. Sillä onhan hän vanhurskas ja lahjomaton. Amen.

PYHÄ HENKI.

Helluntai. — Joh. 14, 15—21.

Ei ole helppoa puhua Pyhästä Hengestä. Liikumme silloin Jumalan salaisuuksissa. Mutta kun Jumalan sana puhuu siitä paljon ja päivän evankeliumi erikoisesti, on minun tänään siis saarnattava siitä.

Mitä opimme päivän tekstistä?

Opimme ensiksikin, että voi olla Kristuksen opetuslapsi, vaikka ei vielä olisikaan saanut kokea Hengen vaikutusta sydämessään.

Opetuslapsethan saivat Pyhän Hengen vasta helluntaina. Mutta sitä ennen he olivat jo olleet Vapahtajan vaikutuksen alaisina. Jos joku heistä olisi kuollut ennen helluntaita, hän aivan vannaan olisi tullut autuaaksi. Jos siis joku meistä on huolissaan siitä, ettei ole tuntenut hengen asumista sydämessään, olkoon huoleti: Herra tuntee omansa.

Toiseksi opimme, että kehitys hengellisessä elämässä kulkee omaa suuntaansa. Ja se kehitys on tavallisesti sellainen, että ihminen

vähitellen rupeaa tuntemaan hengen läheisyyden, ja että tämä henki sitten ottaa asuntonsa hänessä: ihminen täytetään hengellä.

Erämaan matkaajille — 11

Opetuslapset olivat nyt siinä tilassa. »Te tunnette hänet», sanoo Vapahtaja, — »sillä hän pysyy teidän tykönänne». Helluntaina toteutui sitten tämä sana: »ja on teissä oleva».

Jotta siis ihminen tulisi täytetyksi hengellä, on hänen ensin koettava hengen läheisyyttä.

Kolmanneksi opimme sen, kuinka ihminen joutuu kokemaan hengen läheisyyttä. Se tapahtuu siten, että ihminen oppii rakastamaan Vapahtajaa ja pitämään hänen käskynsä. Hänessä ilmaantuu siten Jumalan hengen työ.

Rakastamaan Vapahtajaa, sanoimme. Kuinka se käy päinsä?

Siten, että opitaan rakastamaan hänen elämäänsä sellaisena kuin Uusi Testamentti sen meille esittää — hänen sanojaan, hänen antamaansa esikuvaa. Siten, että opitaan ihailemaan sitä nöyryyttä, uskon lujuutta ja puhtautta, joka hänessä ilmenee, — eikä ainoastaan ihailemaan, vaan toteuttamaan sitä omassa elämässä. Silloin saadaan kokea hengen läheisyyttä.

Sitä voivat toisinaan kokea sellaisetkin ihmiset, jotka eivät Jumalasta välitä, kun he taistelevat esim. jonkun jalon aatteen puolesta. Vaikka toiselta puolen on vähän vaikea ajatella ihmistä, joka ei välittäisi Jumalasta, ja kuitenkin taistelee jalon aatteen puolesta.

Neljänneksi opimme, ettei Jumalan henki ole määrätty meitä vain lähentelemään, vaan valloittamaan sydämemme. Ja väkirynnäköllä.

Se tapahtuu sinä hetkenä, jolloin meidän henkinen maailmamme avautuu

Jumalan hengelle.

Puhutaan kahden ihmisen henkisestä sukulaisuudesta. Mitä sillä tarkoitetaan? Sitä, että näiden ihmisten sielut ovat avautuneet toisilleen: he ymmärtävät toisensa täydellisesti. Kehittyneemmän ihmisen hengenelämä vaikuttaa aina voimakkaammin sellaiseen, joka on alemmalla kehitysasteella. Sen todistaa todeksi elämä.

Jumala on täydellinen henki. Hänen henkensä voi siis aina vaikuttaa meihin niinkuin alemmalla kehitysasteella oleviin. Ja kun se sen tekee, tapahtuu se voimalla, — suurella, valtavalla voimalla, niin että se ottaa haltuunsa koko meidän olentomme, henkemme ja ruumiimme.

Mutta tämä asia jää hämäräksi, jollemme ota tähän yhteyteen Jeesusta

Kristusta. Me voimme nim. kysyä, missä on Jumala ja hänen henkensä.

Se on Jeesuksessa Kristuksessa.

Jumala tuntee Kristuksen ja Kristus tuntee Jumalan. Hän tuntee myös meidät. Hän on siis porras, joka yhdistää meidät Jumalaan ja hänen henkeensä.

Sanoimme jo äsken, että ainoa edellytys hengen läheisyyden kokemiseen on tulla hengen täyttämäksi, oppia rakastamaan

Vapahtajaa ja pitämään hänen käskyjään. Nyt ehkä käsitämme, kuinka »johdot» tässä kohden juoksevat.

Yksi seikka on meidän kuitenkin aina muistettava: älkäämme koskaan rakentako tunteille. Tunteet haihtuvat. Lämmintä vuodenaikaa seuraa syksy ja kylmä, pimeä talvi. Älä silloin joudu epätoivoon, jollet sydämessäsi tunnekaan suvisten helluntaituulten leyhyntää. Tottele vain Kristusta, ole hänen käskyillensä kuuliainen. Hän on kerta kaikkiaan antanut sanansa, johon voit luottaa: »Minä olen ilmaiseva itseni hänelle». Tulee jälleen kevät, hengen suloinen, lämmittävä kevät, jolloin saat iloita Jumalan armoauringon loisteesta ja kiittää häntä.

Hengen läsnäolo ei aina ilmaannu riemun ja autuuden tuntemuksena. Se voi myös ilmetä murheen ja ahdistuksen tunteina.

Henki vei kerran Jeesuksenkin korpeen perkeleen kiusattavaksi. — Mutta sekä ilon hetkien että murheen ja alakuloisuuden hetkien tarkoituksena on vetää meitä vain lähemmäksi Jumalaa, henkien Isää. Amen.

HYVÄ SANOMA.

2. Helluntaipäivä.— Joh. 3, 16—21.

Tuntuu niin hyvältä tänä vuoden aikana, jolloin luonto täällä Lapissakin julistaa kevään hyvää sanomaa, puhua siitä hyvästä sanomasta, joka tuo maailmalle pelastuksen.

Niin on Jumala maailmaa rakastanut, että hän antoi ainoan poikansa, jotta kuka ikinä uskoo häneen, ei hukkuisi, vaan saisi iankaikkisenelämän.

Ihmiskunta oli elänyt kuin pimeää, raskasta talvikautta ennen Vapahtajan tuloa. Olihan kyllä kevään enteitäkin näkynyt. Vanhan Testamentin profeetat, varsinkin Sakaria ja Malakia, olivat olleet sellaisia kevään ennustajia Israelin kansan keskuudessa. Samoin oli pakanamaailmassa esiintynyt jaloja miettiä, joiden sana toisinaan oli voimakkaasti liikuttanut ihmisten sydämiä. Mutta heidän vaikutuksensa oli ollut lauhan suvipäivän kaltaista, joka keskellä talvea toisinaan saapuu, sulattaen hiukan hangen pintaa.

Sen ohimentyä on pakkanen tavallisesti entistä ankarampi.

Ei ollut ihme, että ihmiskunta oli vähitellen menettänyt toivonsa. Koittaako enää koskaan kevät kärsivälle maailmalle?

Rooman valtakunta oli ennen Vapahtajan tuloa lopullisesti asettunut sille kannalle, että odotus oli turhaa. Pakanauskonnot olivat menettäneet merkityksensä. Vanhoja jumalia pilkattiin. Ei kannattanut uskoa mihinkään. Pilatuksen kysymys: »Mikä on totuus?» ilmaisee selvästi roomalaisen maailman toivottomuuden.

Mutta kevät oli tulossa. Pienessä Juudanmaassa syntyi merkillinen mies, joka sanoi: »Minä olen ylösnousemus ja elämä.» »Minä olen maailman valkeus!»

Ja niinkuin toukomettinen surinallaan ilmaisee, että kevät on tullut, niin rupesi ylt'ympäri Rooman valtakuntaa kaikumaan: »Jumala on rakastanut maailmaa! Hän on lähettänyt poikansa!»

Merkillinen julistus, ihmeellinen oppi. Se ei asettanut minkäänlaisia rajoja eri kansallisuuksille, ei mitään määrättyjä valmistustöitä ihmisille, niinkuin pakanauskonnot, vaan se kuulutti yksinkertaisesti: »Kuka ikinä häneen uskoo, se ei huku, vaan saa iankaikkisen elämän.»

Se oli hyvä sanoma, joka kiiri yli vanhan maailman kuin lämpöaalto yli talven kahleissa huokaavan maan. Syntyi liikettä, syntyi elämää. Routa suli mielestä, talven valta oli murrettu. Oli tullut kevät, Jumalan valtakunnan ihana kevätaika.

Tiedämme, että vuosisatoja sitten saapui tämä hengen kevät rakkaaseen Suomeemmekin, saapui tosin sotajoukkojen ja aseiden

kera. Mutta kaikkialla, missä se kohtasi otollista maaperää, sen siunaukselliset vaikutukset tulivat näkyviin. Kristinusko kasvoi kuin kuusi keväisen mäen rinteellä ja aloitti Suomen kansa uutta tuon kuusen suojassa elämäänsä.

II.

Mutta nyt emme tahdo kauemmin viipyä menneissä tapahtumissa. On vain virkistävää todeta, miten hyvä sanoma Jeesuksesta Kristuksesta on lentänyt kuin muuttolintu maasta toiseen ja pesiytynyt lopuksi meidänkin kaukaisille rannoillemme. Se on ollut Hengen kultaista aikaa ja näin helluntaina on paikallaan muistaa sekin.

Mutta nyt tarkastelemme näitä kotiseudun oloja. Täälläkin on vallinnut hengen kevät aikoinaan, kun Laestadius, Lapin apostoli, saarnasi näillä main. Hyvä sanoma Jeesuksesta Kristuksesta lensi yli näiden tunturiseutujen ja sytytti sydämet kaikkialla palamaan. Ihmiset heräsivät syntiunestaan ja tekivät parannuksen. Tuo vanha sana: »ei hukkumaan, vaan iankaikkisen elämän saamaan» vapisutti sydämiä voimallaan kautta koko Lapinmaan ja yhtenä miehenä ylistettiin täällä silloin Jumalaa.

Missä on se hyvä sanoma nyt? Laestadius ja vanhimmat ovat kuolleet. Heidän äänensä on iäksi vaiennut. Onko hyvä sanoma mennyt heidän mukanaan hautaan?

Jumalan kiitos, ei ole. Se on vielä jäljellä, se voidaan vielä kuulla. Toukomettisen ääni ei ole vaiennut. Joka helluntai se liitelee yli Lapinkin ja sen rakas, tuttu ääni kuullaan yhä uudestaan: »Niin on Jumala maailmaa rakastanut, että hän antoi ainoan poikansa.»

Onko täällä sydämiä, jotka iloitsevat tästä äänestä? Onko sydämiä, joille tämä hyvä sanoma on kuin vesi kuivalle maalle? Me odotamme näin keväisin lämmintä sadetta, joka pehmittäisi maan. Me tarkastelemme huolestuneina taivasta, eikö näkyisi millään ilman suunnalla pilveä, joka toisi tullessaan siunatun sateen. Ja, oi, mikä riemu, kun näemme pilven nousevan etelästä, lämpimän ilman suunnalta! Silloin iloitaan mataloissa tunturitaloissa.

Rakkaat ystävät! Tässä lähettää Jumala meille hengellisen sateen.

Tämä on se taivaan vihma, joka käy yli maan, pehmittääkseen kovettuneita sydämiä: Jumalan pelastuksen evankeliumi, hyvä sanoma Jeesuksesta Kristuksesta. Antakaamme sen sattua sydämiimme.

Tämä maailma on kuin meri, myrskyä, kuolemaa ja tuhoa tuottava meri. Voimme sanoa niin, jollemme pyri asioita kaunistelemaan. Päivän evankeliumi tuo eteemme kuvan kirkkaasta päivästä, joka seuraa myrskyn ja pimeyden jälkeen. Se päivä on niin sanomattoman ihana ja rauhaisa, loppumattoman pitkä ja onnellinen, että sydämen valtaa ilo sitä katsellessa.

Kuulkaamme siis vielä kerran niitä suloisia sanoja, jotka tämän päivän meille tuovat: »Niin on Jumala maailmaa rakastanut, että hän antoi ainoan Poikansa, jotta, kuka ikänä häneen uskoo, ei hukkuisi, vaan saisi iankaikkisen elämän».

Kiitos olkoon Jumalalle hyvästä sanomasta! Amen.

* END OF THE PROJECT GUTENBERG EBOOK ERÄMAAN MATKAAJILLE *

Updated editions will replace the previous one—the old editions will be renamed.

Creating the works from print editions not protected by U.S. copyright law means that no one owns a United States copyright in these works, so the Foundation (and you!) can copy and distribute it in the United States without permission and without paying copyright royalties. Special rules, set forth in the General Terms of Use part of this license, apply to copying and distributing Project Gutenberg™ electronic works to protect the PROJECT GUTENBERG™ concept and trademark. Project Gutenberg is a registered trademark, and may not be used if you charge for an eBook, except by following the terms of the trademark license, including paying royalties for use of the Project Gutenberg trademark. If you do not charge anything for copies of this eBook, complying with the trademark license is very easy. You may use this eBook for nearly any purpose such as creation of derivative works, reports, performances and research. Project Gutenberg eBooks may be modified and printed and given away—you may do practically ANYTHING in the United States with eBooks not protected by U.S. copyright law. Redistribution is subject to the trademark license, especially commercial redistribution.

START: FULL LICENSE

THE FULL PROJECT GUTENBERG LICENSE

PLEASE READ THIS BEFORE YOU DISTRIBUTE OR USE THIS WORK

To protect the Project Gutenberg™ mission of promoting the free distribution of electronic works, by using or distributing this work (or any other work associated in any way with the phrase “Project Gutenberg”), you agree to comply with all the terms of the Full Project Gutenberg™ License available with this file or online at www.gutenberg.org/license.

Section 1. General Terms of Use and Redistributing Project Gutenberg™ electronic works

1.A. By reading or using any part of this Project Gutenberg™ electronic work, you indicate that you have read, understand, agree to and accept all the terms of this license and intellectual property (trademark/copyright) agreement. If you do not agree to abide by all the terms of this agreement, you must cease using and return or destroy all copies of Project Gutenberg™ electronic works in your possession. If you paid a fee for obtaining a copy of or access to a Project Gutenberg™ electronic work and you do not agree to be bound by the terms of this agreement, you may obtain a refund from the person or entity to whom you paid the fee as set forth in paragraph 1.E.8.

1.B. “Project Gutenberg” is a registered trademark. It may only be used on or associated in any way with an electronic work by people who agree to be bound by the terms of this agreement. There are a few things that you can do with most Project Gutenberg™ electronic works even without complying with the full terms of this agreement. See paragraph 1.C below. There are a lot of things you can do with Project Gutenberg™ electronic works if you follow the terms of this agreement and help preserve free future access to Project Gutenberg™ electronic works. See paragraph 1.E below.

1.C. The Project Gutenberg Literary Archive Foundation (“the Foundation” or PGLAF), owns a compilation copyright in the collection of Project Gutenberg™ electronic works. Nearly all the individual works in the collection are in the public domain in the United States. If an individual work is unprotected by copyright law in the United States and you are located in the United States, we do not claim a right to prevent you from copying, distributing, performing, displaying or creating derivative works based on the work as long as all references to Project Gutenberg are removed. Of course, we hope that you will support the Project Gutenberg™ mission of promoting free access to electronic works by freely sharing Project Gutenberg™ works in compliance with the terms of this agreement for keeping the Project Gutenberg™ name associated with the work. You can easily comply with the terms of this agreement by keeping this work in the same format with its attached full Project Gutenberg™ License when you share it without charge with others.

1.D. The copyright laws of the place where you are located also govern what you can do with this work. Copyright laws in most countries are in a constant state of change. If you are outside the United States, check the laws of your country in addition to the terms of this agreement before downloading, copying, displaying, performing, distributing or creating derivative works based on this work or any other Project Gutenberg™ work. The Foundation makes no representations concerning the copyright status of any work in any country other than the United States.

1.E. Unless you have removed all references to Project Gutenberg:

1.E.1. The following sentence, with active links to, or other immediate access to, the full Project Gutenberg™ License must appear prominently whenever any copy of a Project Gutenberg™ work (any work on which the phrase “Project Gutenberg” appears, or with which the phrase “Project Gutenberg” is associated) is accessed, displayed, performed, viewed, copied or distributed:

This eBook is for the use of anyone anywhere in the United States and most other parts of the world at no cost and with almost no restrictions whatsoever. You may copy it, give it away or re-use it under the terms of the Project Gutenberg License included with this eBook or online at www.gutenberg.org. If you are not located in the United States, you will have to check the laws of the country where you are located before using this eBook.

1.E.2. If an individual Project Gutenberg™ electronic work is derived from texts not protected by U.S. copyright law (does not contain a notice indicating that it is posted with permission of the copyright holder), the work can be copied and distributed to anyone in the United States without paying any fees or charges. If you are redistributing or providing access to a work with the phrase “Project Gutenberg” associated with or appearing on the work, you must comply either with the requirements of paragraphs 1.E.1 through 1.E.7 or obtain permission for the use of the work and the Project Gutenberg™ trademark as set forth in paragraphs 1.E.8 or 1.E.9.

1.E.3. If an individual Project Gutenberg™ electronic work is posted with the permission of the copyright holder, your use and distribution must comply with both paragraphs 1.E.1 through 1.E.7 and any additional terms imposed by the copyright holder. Additional terms will be linked to the Project Gutenberg™ License for all works posted with the permission of the copyright holder found at the beginning of this work.

1.E.4. Do not unlink or detach or remove the full Project Gutenberg™ License terms from this work, or any files containing a part of this work or any other work associated with Project Gutenberg™.

1.E.5. Do not copy, display, perform, distribute or redistribute this electronic work, or any part of this electronic work, without prominently displaying the sentence set forth in paragraph 1.E.1

with active links or immediate access to the full terms of the Project Gutenberg™ License.

1.E.6. You may convert to and distribute this work in any binary, compressed, marked up, nonproprietary or proprietary form, including any word processing or hypertext form. However, if you provide access to or distribute copies of a Project Gutenberg™ work in a format other than “Plain Vanilla ASCII” or other format used in the official version posted on the official Project Gutenberg™ website (www.gutenberg.org), you must, at no additional cost, fee or expense to the user, provide a copy, a means of exporting a copy, or a means of obtaining a copy upon request, of the work in its original “Plain Vanilla ASCII” or other form. Any alternate format must include the full Project Gutenberg™ License as specified in paragraph 1.E.1.

1.E.7. Do not charge a fee for access to, viewing, displaying, performing, copying or distributing any Project Gutenberg™ works unless you comply with paragraph 1.E.8 or 1.E.9.

1.E.8. You may charge a reasonable fee for copies of or providing access to or distributing Project Gutenberg™ electronic works provided that:

• You pay a royalty fee of 20% of the gross profits you derive from the use of Project Gutenberg™ works calculated using the method you already use to calculate your applicable taxes. The fee is owed to the owner of the Project Gutenberg™ trademark, but he has agreed to donate royalties under this paragraph to the Project Gutenberg Literary Archive Foundation. Royalty payments must be paid within 60 days following each date on which you prepare (or are legally required to prepare) your periodic tax returns. Royalty payments should be clearly marked as such and sent to the Project Gutenberg Literary Archive Foundation at the address specified in Section 4, “Information

about donations to the Project Gutenberg Literary Archive Foundation.”

• You provide a full refund of any money paid by a user who notifies you in writing (or by e-mail) within 30 days of receipt that s/he does not agree to the terms of the full Project Gutenberg™ License. You must require such a user to return or destroy all copies of the works possessed in a physical medium and discontinue all use of and all access to other copies of Project Gutenberg™ works.

• You provide, in accordance with paragraph 1.F.3, a full refund of any money paid for a work or a replacement copy, if a defect in the electronic work is discovered and reported to you within 90 days of receipt of the work.

• You comply with all other terms of this agreement for free distribution of Project Gutenberg™ works.

1.E.9. If you wish to charge a fee or distribute a Project Gutenberg™ electronic work or group of works on different terms than are set forth in this agreement, you must obtain permission in writing from the Project Gutenberg Literary Archive Foundation, the manager of the Project Gutenberg™ trademark. Contact the Foundation as set forth in Section 3 below.

1.F.

1.F.1. Project Gutenberg volunteers and employees expend considerable effort to identify, do copyright research on, transcribe and proofread works not protected by U.S. copyright law in creating the Project Gutenberg™ collection. Despite these efforts, Project Gutenberg™ electronic works, and the medium on which they may be stored, may contain “Defects,” such as, but not limited to, incomplete, inaccurate or corrupt data, transcription errors, a copyright or other intellectual property infringement, a defective or

damaged disk or other medium, a computer virus, or computer codes that damage or cannot be read by your equipment.

1.F.2. LIMITED WARRANTY, DISCLAIMER OF DAMAGES - Except for the “Right of Replacement or Refund” described in paragraph 1.F.3, the Project Gutenberg Literary Archive Foundation, the owner of the Project Gutenberg™ trademark, and any other party distributing a Project Gutenberg™ electronic work under this agreement, disclaim all liability to you for damages, costs and expenses, including legal fees. YOU AGREE THAT YOU HAVE NO REMEDIES FOR NEGLIGENCE, STRICT LIABILITY, BREACH OF WARRANTY OR BREACH OF CONTRACT EXCEPT THOSE PROVIDED IN PARAGRAPH

1.F.3. YOU AGREE THAT THE FOUNDATION, THE TRADEMARK OWNER, AND ANY DISTRIBUTOR UNDER THIS AGREEMENT WILL NOT BE LIABLE TO YOU FOR ACTUAL, DIRECT, INDIRECT, CONSEQUENTIAL, PUNITIVE OR INCIDENTAL DAMAGES EVEN IF YOU GIVE NOTICE OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.

1.F.3. LIMITED RIGHT OF REPLACEMENT OR REFUND - If you discover a defect in this electronic work within 90 days of receiving it, you can receive a refund of the money (if any) you paid for it by sending a written explanation to the person you received the work from. If you received the work on a physical medium, you must return the medium with your written explanation. The person or entity that provided you with the defective work may elect to provide a replacement copy in lieu of a refund. If you received the work electronically, the person or entity providing it to you may choose to give you a second opportunity to receive the work electronically in lieu of a refund. If the second copy is also defective, you may demand a refund in writing without further opportunities to fix the problem.

1.F.4. Except for the limited right of replacement or refund set forth in paragraph 1.F.3, this work is provided to you ‘AS-IS’, WITH NO OTHER WARRANTIES OF ANY KIND, EXPRESS OR IMPLIED,

INCLUDING BUT NOT LIMITED TO WARRANTIES OF MERCHANTABILITY OR FITNESS FOR ANY PURPOSE.

1.F.5. Some states do not allow disclaimers of certain implied warranties or the exclusion or limitation of certain types of damages. If any disclaimer or limitation set forth in this agreement violates the law of the state applicable to this agreement, the agreement shall be interpreted to make the maximum disclaimer or limitation permitted by the applicable state law. The invalidity or unenforceability of any provision of this agreement shall not void the remaining provisions.

1.F.6. INDEMNITY - You agree to indemnify and hold the Foundation, the trademark owner, any agent or employee of the Foundation, anyone providing copies of Project Gutenberg™ electronic works in accordance with this agreement, and any volunteers associated with the production, promotion and distribution of Project Gutenberg™ electronic works, harmless from all liability, costs and expenses, including legal fees, that arise directly or indirectly from any of the following which you do or cause to occur: (a) distribution of this or any Project Gutenberg™ work, (b) alteration, modification, or additions or deletions to any Project Gutenberg™ work, and (c) any Defect you cause.

Section 2. Information about the Mission of Project Gutenberg™

Project Gutenberg™ is synonymous with the free distribution of electronic works in formats readable by the widest variety of computers including obsolete, old, middle-aged and new computers. It exists because of the efforts of hundreds of volunteers and donations from people in all walks of life.

Volunteers and financial support to provide volunteers with the assistance they need are critical to reaching Project Gutenberg™’s goals and ensuring that the Project Gutenberg™ collection will

remain freely available for generations to come. In 2001, the Project Gutenberg Literary Archive Foundation was created to provide a secure and permanent future for Project Gutenberg™ and future generations. To learn more about the Project Gutenberg Literary Archive Foundation and how your efforts and donations can help, see Sections 3 and 4 and the Foundation information page at www.gutenberg.org.

Section 3. Information about the Project Gutenberg Literary Archive Foundation

The Project Gutenberg Literary Archive Foundation is a non-profit 501(c)(3) educational corporation organized under the laws of the state of Mississippi and granted tax exempt status by the Internal Revenue Service. The Foundation’s EIN or federal tax identification number is 64-6221541. Contributions to the Project Gutenberg Literary Archive Foundation are tax deductible to the full extent permitted by U.S. federal laws and your state’s laws.

The Foundation’s business office is located at 809 North 1500 West, Salt Lake City, UT 84116, (801) 596-1887. Email contact links and up to date contact information can be found at the Foundation’s website and official page at www.gutenberg.org/contact

Section 4. Information about Donations to the Project Gutenberg Literary Archive Foundation

Project Gutenberg™ depends upon and cannot survive without widespread public support and donations to carry out its mission of increasing the number of public domain and licensed works that can be freely distributed in machine-readable form accessible by the widest array of equipment including outdated equipment. Many

small donations ($1 to $5,000) are particularly important to maintaining tax exempt status with the IRS.

The Foundation is committed to complying with the laws regulating charities and charitable donations in all 50 states of the United States. Compliance requirements are not uniform and it takes a considerable effort, much paperwork and many fees to meet and keep up with these requirements. We do not solicit donations in locations where we have not received written confirmation of compliance. To SEND DONATIONS or determine the status of compliance for any particular state visit www.gutenberg.org/donate.

While we cannot and do not solicit contributions from states where we have not met the solicitation requirements, we know of no prohibition against accepting unsolicited donations from donors in such states who approach us with offers to donate.

International donations are gratefully accepted, but we cannot make any statements concerning tax treatment of donations received from outside the United States. U.S. laws alone swamp our small staff.

Please check the Project Gutenberg web pages for current donation methods and addresses. Donations are accepted in a number of other ways including checks, online payments and credit card donations. To donate, please visit: www.gutenberg.org/donate.

Section 5. General Information About Project Gutenberg™ electronic works

Professor Michael S. Hart was the originator of the Project Gutenberg™ concept of a library of electronic works that could be freely shared with anyone. For forty years, he produced and distributed Project Gutenberg™ eBooks with only a loose network of volunteer support.

Project Gutenberg™ eBooks are often created from several printed editions, all of which are confirmed as not protected by copyright in the U.S. unless a copyright notice is included. Thus, we do not necessarily keep eBooks in compliance with any particular paper edition.

Most people start at our website which has the main PG search facility: www.gutenberg.org.

This website includes information about Project Gutenberg™, including how to make donations to the Project Gutenberg Literary Archive Foundation, how to help produce our new eBooks, and how to subscribe to our email newsletter to hear about new eBooks.