Dynamo nr. 67

Page 16

16

T E M A : I M M U N T E R A P I

DTU

KOMPLEKS DATAANALYSE KAN BANE VEJEN TIL MÅLRETTET BEHANDLING AF BRYSTKRÆFT Udforskning af enkeltceller i brystkræftvæv kan på sigt føre til, at man kan udpege de brystkræftpatienter, der kan få gavn af immunterapi.

M a riann e Vang Ry d e B a x Lin d h ard t

F

or Christina Bligaard Pedersen er kræft ikke kun en mod­ bydelig sygdom, der tilfældigt rammer hver tredje af os, men også en kæmpe matrix af tal på computerskærmen, som hun forsøger at finde mønstre i. Hun er bioinformatiker og tæt på at afslutte sit ph.d.-studium på DTU Sundhedsteknologi, men er samtidig tilknyttet Afdeling for Genomisk Medicin på Rigshospitalet. Og de mange tal kommer fra vævsprøver taget fra patienter, der er blevet diagnosticeret med brystkræft. Fra hospitalet får hun celler oprenset fra patienters kræftknuder og oversat til rækker af tal. Hun ser måske 1.000 celler og 20.000 gener i en kæmpe tabel og leder så ved hjælp af et computerværktøj efter celler, der minder om hinanden. Hvilke er mest ens, og hvilke er mest forskellige? Ved at svare på disse spørgsmål kan hun finde frem til en underopdeling og en viden om,

hvilken celletype der er dominerende i den enkelte patients tumor. Datamængden vokser Brystkræft kan antage mange former, og patienternes væv er heller ikke ens. Derfor sigter forskningen på at kunne underopdele patienterne i subtyper og koble hver type med den behandling, man har erfaret, virker bedst. ”Vi kigger på den transkriptomiske profil af tumoren, det vil sige, hvilke gener der bliver udtrykt i de enkelte celler. Hvis man finder nogle, som overudtrykker et bestemt gen, der eksempelvis fører til uhæmmet vækst af cellerne, så kan man overveje, om det på sigt er muligt at målrette et lægemiddel, der specifikt imødegår dette,” siger Christina Bligaard Pedersen, der uddyber: ”Derudover kan man opnå en dybere indsigt i tumorens sammensætning: En tumor kan indeholde 90 pct. af én type

celler og 10 pct. af en anden. Og hvis behandlingen kun får fat i de 90 pct., så er der frit slag for de 10 pct. til at fortsætte spredningen.” En del af de værktøjer, Christina bruger, er baseret på matematiske løsninger, der blev præsenteret for årtier siden. Men området udvikler sig kolossalt i disse år, ikke mindst fordi der hele tiden genereres mere data: ”Tidligere var der måske ét datapunkt for en hel tumor. Nu kan vi have punkter for 1.000 enkeltceller. Derfor kan vi også lave meget mere komplicerede analyser. Men det giver samtidig enorme udfordringer. Man må bruge flere matematiske værktøjer kombineret med statistik for at fortolke de mange data. Det er det, bioinformatikere som mig er specialister i. Vi vil dog aldrig kunne give endegyldige svar, og vi kommer ikke til at erstatte lægerne. Alt, hvad jeg finder ud af, skal bruges som en støtte til lægens beslutning om behandling,” siger Christina Bligaard Pedersen. Nye værktøjer Som ingeniør er Christina ikke kun interesseret i at finde en måde at understøtte lægens beslutninger på. Hun har også arbejdet med at udvikle nye it-analyseværktøjer. Hun har