La gestión integrada de cuencas se refleja en un documento, el Plan de Manejo de la Cuenca, que es la herramienta para alcanzar los objetivos de conservación, gestión del recurso hídrico, y habitabilidad en el área para las poblaciones. Esto consiste en realizar prácticas agrícolas sostenibles, proteger los suelos de la erosión y así evitar la pérdida de fertilidad en las tierras agrícolas, conservar los bosques o reforestar en las zonas de recarga hídrica (que son las áreas donde el agua de lluvia se infiltra al subsuelo y rellena el agua subterránea que luego va produciendo nacimientos o nos permite tener pozos), control de la contaminación, gestión de las áreas según el riesgo o vulnerabilidad que presentan, control de la calidad de agua y de la cantidad, y la planificación de las necesidades de agua para poder satisfacer la demanda de las poblaciones y proteger el recurso hídrico. (Global Water Partnership -GWP- y la Red Internacional de Organismos de Cuenca -International Network of Basin Organizations, INBO-. Manual para la Gestión Integrada de Recursos Hídricos en Cuencas. 2009).
En una cuenca bien manejada, y por lo tanto sana, el agua de lluvia se infiltra por el suelo, lo cual mantiene los niveles de humedad del mismo. En la medida que el suelo está conservado, no se produce erosión. En cambio, en aquellos suelos que han perdido su estructura, y que tienen poca cantidad de materia orgánica el agua sufrirá un gran escurrimiento superficial, que hace que se arrastre el suelo y nutrientes, y que llegan a los ríos y al lago, dando también mayores contaminaciones en el agua. También, debido a la fuerza del agua de lluvia que va superficialmente se producen daños a caminos, carreteras, casas y otras infraestructuras. Factores que afectan a una cuenca hidrográfica El agua y el suelo están estrechamente relacionados. Todo lo malo que le suceda a los suelos afectará de una u otra manera al agua. La presencia de aguas residuales y sustancias químicas como fertilizantes y plaguicidas químicos, puede llegar a rebasar la capacidad de renovación de las aguas superficiales y subterráneas.
Los suelos que han perdido su estructura, debido a la fuerza del agua de lluvia pueden producir daños a caminos, carreteras, casas y otras construcciones.
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