2-4 分子生物技術分析
2-4-1 螢光原位雜交(FISH)技術 為了瞭解環境中所存在的 ANAMMOX 細菌種類、分布…等，故需要 利用一些分子生物技術分析方法，最早嘗試的 ANAMMOX 細菌定量方法 為螢光原位雜交(FISH)。FISH 是常用的工具，為培養獨立原位識別環境樣 品中的目標細胞。許多研究都使用 FISH 技術來進行 ANAMMOX 細菌的 定性和定量。根據學者的研究，這項技術已廣泛的對厭氧氨氧化菌使用。
首先，FISH 技術的重點是設計能檢測厭氧氨氧化菌的特異性寡核苷酸 探針(design-specific oligonucleotide probes)。因為不同的探針可針對不同的 微 生 物 群 體 ， 特 異 性 螢 光 標 記 的 DNA 寡 核 苷 酸 探 針 (specificity of fluorochrome-labeled DNA oligonucleotide probe)是實踐這項技術的最重要 的因素之一．然而 FISH 是耗時的，且在複雜的生物群集與每細胞 rRNA 含量低時，具有困難性[30]。
2-4-2 聚合酶鏈鎖反應(PCR) 環境樣品中，PCR 擴增具有特定生物標記物引子（biomarkers specific primers）的 DNA 模板，使得所要之 DNA 產物濃度提升．當我們想檢測環 境樣品中，所含的任何菌種，PCR 是首選方法，PCR 可在未知的微生物篩 選任何我們想檢測的 DNA 產物。在 ANAMMOX 情況下，這個方法是最 22