Jornadas internacionales de investigación científica
2016
s
103
El programa P-Match – 1.0 (www.gene-regulation.com) (Chekmenev, Haid, & Kel, 2005) se utilizó para identificar sitios de unión a factores de transcripción específicos de hongos. P-Match también se utilizó para comprobar la identificación de las cajas CAAT. Para la identificación en las regiones promotoras de los sitios putativos de inicio de la transcripción (TSS, por sus siglas en inglés) se utilizó el programa Promoter 2.0 Prediction Server (Knudsen, 1999).
Resultados. Datos iniciales Se escogieron 629 genes provenientes del análisis de expresión génica realizado en Santander (2014). Particularmente, se tomaron aquellos genes que presentaron un cambio en su expresión de entre 2 y 7 veces, y un p-value <0.01 en el análisis de expresión diferencial descrito en la Figura 1. De la condición 1 (esporas en germinación de tipo silvestre (wt) expuestas y no expuestas a NO), 104 genes se encontraron inducidos y 103 presentaron represión en respuesta a NO. De la condición 2 (esporas de la cepa mutante ΔBcfhg1 desprovista de su mecanismo de detoxificación frente a NO, expuestas y no expuestas a NO), 207 genes se encontraron inducidos y 215 se encontraron reprimidos en respuesta a NO. Identificación de los potenciales sitios de unión a factores de transcripción y de los sitios de inicio de la transcripción Para la condición 1, el programa PROMHW identificó cajas TATA en 4 genes reprimidos por NO y en un gen inducido por este (Cuadro 1). Cuadro 1. Genes reprimidos e inducidos de la condición 1 que presentan caja TATA en su región promotora
RESPUESTA A ÓXIDO NÍTRICO
NOMBRE DEL GENa
FUNCIÓN
CAMBIO EN EL NIVEL DE EXPRESIÓNb
Reprimido
BcT4 9516
Hypothetical protein
2,47
Reprimido
BcT4 7546
Hypothetical protein
2,41
Reprimido
BcT4 9787
NA
2,35
Inducido
BcT4 4355
Dolichol-phosphate mannosyltransferase
2,06
a
Los nombres responden al proyecto de secuenciación del genoma de B. cinerea cepa B05.10
a
El cambio en el nivel de expresión y las condiciones de comparación fueron obtenidas de Santander (2014)
En la condición 2 se identificaron 28 cajas TATA en las regiones promotoras: 7 en los genes reprimidos y 21 en los genes inducidos (Cuadro 2). Los programas Tfsitescan y P-Match – 1.0 identificaron cajas CAAT tanto en los genes inducidos de la condición 1, como en genes inducidos y reprimidos en la condición 2. En la condición 1 se identificó este elemento en el gen inducido BcT4 6801, y en la condición 2 se identificaron en la región promotora de los genes reprimidos BcT4 4720 y BcT4 8109, y en el gen inducido BcT4 3987. En cuanto a las regiones promotoras que presentan actividad enhancer y/o silencer (aumentadora/represora), Tfsitescan identificó 13 genes de la condición 1 que presentan esta característica y 58 de la condición 2 (Cuadro 3). P-Match – 1.0 identificó 9 sitios de unión a factores de transcripción específicos de hongos en genes de la condición 1 y 23 en la condición 2. Promoter 2.0 identificó el sitio putativo de inicio de la transcripción (TSS, por sus siglas en inglés) en 5 genes reprimidos y 4 genes inducidos de la condición 1 (Cuadro 4). En la condición 2 los identificó en 15 genes reprimidos y 18 inducidos (Cuadro 5). Aquellos TSS predichos con un score mayor a 1, tienen una mayor probabilidad de ser correctos.