I: dsDNA • •
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La prima classe comprende i virus a DNA bicatenario, cioé la quasi totalità dei virus a DNA. Se la sintesi di mRNA virale può essere realizzata dalla RNA-polimerasi della cellula ospite, che ha sede nel nucleo, come avviene per Herpesvirus, Adenovirus e Papovavirus si definisce la sottoclasse 1°a dove i virus svolgono la maggior parte degli eventi replicativi nel nucleo della cellula. Gli altri virus, con genoma a DNA bicatenario, come i Poxvirus e gli Iridovirus, possiedono una propria RNA-polimerasi associata al virione, che consente loro di replicarsi a livello del citoplasma. Questi costituiscono la sottoclasse 1°b. II: ssDNA
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La seconda classe comprende i virus con genoma a DNA a singolo filamento positivo. La seconda classe comprende i virus (+) come i Parvovirus. La replicazione avviene nel nucleo e prevede la sintesi del filamento complementare del DNA; la doppia elica di DNA viene poi usata come stampo per la sintesi degli RNA messaggeri e dei nuovi genomi virali. A differenza dei virus a DNA a doppia elica, quelli a filamento singolo codificano soltanto le proteine del capside. Essi si affidano ai sistemi cellulari per ciò che concerne la loro replicazione e trascrizione. III: dsRNA
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La terza classe comprende i virus con genoma ad RNA bicatenario (es. Reovirus). Il genoma di questi virus è suddiviso in 10-12 segmenti contenuti in un doppio capside isometrico. Ogni segmento è detto "minicromosoma", perché é trascritto separatamente e dà luogo ad un singolo RNA messaggero monocistronico. Poiché non esistono enzimi cellulari per la trascrizione diretta di RNA in RNA, sono necessari enzimi virali associati ai virioni che, dopo la penetrazione e lo scapsulamento trascrivono il filamento genomico negativo (-) per produrre mRNA. IV: ssRNA+ •
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La quarta classe comprende i virus con genoma ad RNA a singolo filamento positivo(+). Di questa classe fanno parte i Poliovirus, i Picornavirus e il virus dell’epatite A (sottoclasse IVa). All’estremitá 3’ il genoma é poliadenilato mentre all’estremitá 5’ é legato covalentemente ad una piccola molecola proteica. Dopo lo scapsidamento, questa proteina viene rimossa da una proteasi cellulare ed il genoma può quindi legarsi ai ribosomi e funzionare come RNA messaggero. La trascrizione origina un’unica proteina, corrispondente alla capacità codificativa totale del virus. Questa molecola proteica viene detta "poliproteina", perchè in seguito a tagli operati da proteasi cellulari vengono generate diverse proteine funzionali più piccole.