Fehim Nametak u svom radu Kulturni razvoj Konjica za vrijeme osmanske vlasti, kojeg je objavio 1991. godine, navodi da je Repovačka džamija sagrađena 1574. godine.
Prema Muliću, Repovačka džamija je mogla nastati između 1658. i 1664. godine (Mulić, str. 165.). Vjerojatno zbog nemogućnosti da se izgradi na desnoj strani, munara je izgrađena sa lijeve strane od ulaza u objekat27 po čemu se Repovačka džamija razlikuje od drugih džamija. U periodu austrougarske vladavine, muslimansko stanovništvo je prešlo da živi na lijevu obalu rijeke Neretve. Islamska zajednica je objekat džamije izdala garnizonu austrougarske vojske koja ga je koristila kao skladište. Godine 1924. nakon obnove džamije i povratkom muslimanskog stanovništva na desnu obalu Neretve, džamija je ponovo služila svojoj svrsi. Za vrijeme drugog svjetskog rata 1943. godine Nijemci su džamiju pretvorili u skladište. Nakon drugog svjetskog rata u džamiji je i dalje bilo smješteno skladište a harem je pretvoren u stočnu pijacu.
Godine 1990. izvršena je restauracije objekta nakon čega je Repovačka džamija dobila današnji izgled.
Za vrijeme rata u Bosni i Hercegovini (1992. – 1995.) krov džamije je bio pogođen artiljerijskim projektilima kao i džamijski zidovi. Nakon završetka rata oštećenja na objektu su sanirana. Tom prilikom izgrađen je krov iznad sofa, sagrađena abdesthana u dvorištu i ograđen harem.
27
Za izgradnju munare na lijevoj strani od ulaza u Repovačku džamiju, kao i za izgradnju džamije postoji legenda prema kojoj je Hudaverdi-beg nakon smrti žene Lejle i kćerke Jasmine naložio da se munara na Repovačkoj džamiji izgradi na lijevoj strani, strani srca u znak ljubavi prema njima dvjema. („Kabes“ broj 5, str. 63.)
25