Amelioration de la Race
Par Sean McGrath Coordonnateur des programmes d’amélioration de la race, Association Simmental du Canada
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Un aperçu du centre IGS
ous trouverez ci-après une mise à jour des activités, écrite par Dre Lauren Hyde, laquelle est la responsable du développement des ÉPD et de la programmation informatique avec le center IGS. Cet article vous fournira un aperçu des principes scientifiques qui sont utilisés et constamment mis à jour dans le système d’évaluation génétique IGS, lequel est employé par l’ASC. Une partie du contenu qui suit pourrait vous sembler être un langage informatique incompréhensible, toutefois nous espérons que cela vous donnera une certaine idée du travail effectué dans l’ombre, ainsi que des améliorations constantes dans notre travail d’évaluation génétique et de relation avec le centre IGS. L’évaluation génétique est effectuée chaque semaine par IGS, avec plus de 18 millions d’individus, ce qui en fait la plus importante évaluation de bovins de boucherie dans le monde. Les données provenant de l’ASC (généalogie, performance, ADN) sont transmises à chaque semaine et de nouveaux ÉPD sont calculés et mis à jour à chaque semaine dans le système de l’ASC. Lauren doit prochainement prendre sa retraite, mais elle sera remplacée par la très compétente Dre Miranda « Randie » Culbertson.
Constatez ce que nous avons effectué jusqu’à maintenant! Par Dre Lauren Hyde, Ph.D.
Il y a de cela à peu près un an et demi, soit samedi le 5 mai 2018, l’Association Simmental Américaine publiait pour la première fois la première série complète d’ÉPD multi-races, estimés par le logiciel ultramoderne BOLT.Je dois admettre que le personnel de l’ASA, à l’exception de quelques-uns (peutêtre seulement Steve McGuire), était très préoccupé à ce qui les attendait le lundi suivant sur leur courriel, leur boîte vocale, leur outil Messenger de Facebook, etc. Toutefois, ce fut finalement très tranquille, tellement qu’on aurait pu entendre une mouche voler. Je ne veux dire qu’on était alors parfait avec cette réalisation mais, alors que les membres commençaient à évaluer les nouveaux ÉPD, vous avez alors exprimé des commentaires et des questions qu’on s’attendait à avoir. On savait alors que le logiciel n’était pas complété. Il ne le sera jamais. En fait, je révisais encore il y a deux ans lelogiciel de Cornell vieux de 30 ans.Tel que cela a été le cas avec le vieux logiciel de Cornell, on continuera d’y apporter des mises à jour, des révisions, des améliorations, afin de calculer les ÉPD avec le nouveau logiciel BOLT. Constatez ce que nous avons effectué jusqu’à maintenant: Juin 2018 • Développement de rapports d’audit de l’évaluation, quant au nombre de données transmises par le personnel de l’ASA et les partenaires d’IGS. • Développement de rapports de contrôle de qualité pour les données génomiques transmises. • Début de l’enlèvement des génotypes erronés et manquants pour toutes les associations. • L’Association Shorthorn Américaine publie des ÉPD calculés pas IGS. Juillet 2018 • Début d’un testage pilote et en parallèle pour les partenaires d’IGS qui sont dans l’attente d’obtenir leurs ÉPD. • Début de la transmission de rapports hebdomadaires de contrôle de qualité à chaque association, par l’entremise du canal génomique, lequel permet d’assurer les échanges de données génomiques provenant des laboratoires d’analyse de l’ADN jusqu’aux partenaires d’IGS, puis vers la base de données d’IGS. Août 2018 • L’Association Gelbvieh Américaine, la Fondation Nord-Américaine Limousin et l’Association Simmental du Canada publient des ÉPD provenant d’IGS. • Ajout des données de transfert embryonnaire à l’évaluation.
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• Découverte et correction de données d’identification d’animaux en double. • Début de la cueillette par les partenaires d’IGS des données d’ingestion alimentaire et de gestation chez les taures. Septembre 2018 • L’Association Shorthorn du Canada publie des ÉPD provenant d’IGS. • Mise en place d’appels conférence mensuels avec les partenaires d’IGS, afin de discuter des problématiques et des mises à jour dans l’évaluation. Octobre 2018 • L’Association Angus Rouge des Amériques publie des ÉPD provenant d’IGS. • Développement d’une interface connectée par internet, afin que le personnel de l’ASA et des partenaires d’IGS puisse consulter les ÉPD des taureaux et y détecter des erreurs (contrôle de qualité). • Établissement d’une “liste blanche” afin d’y conserver dans l’évaluation les animaux possédant des disparités génomiques. • Ajustement au système d’évaluation afin d’y ajouter les données génomiques pour les animaux n’ayant pas de données phénotypiques sur les carcasses ou les mesures par ultrasons. Novembre 2018 • Introduction du langage Java permettant de compiler plus rapidement la composition génétique de tous les animaux dans la base de données d’IGS. • Début d’un projet de recherche avec l’Université de l’état du Colorado, visant à développer unÉPD du nombre de jours requis jusqu’à la finition. • Début d’un projet désigné Bon de travail 1 (“WO1”), visant à: – Extraire de l’évaluation les poids de naissance erronés. – Séparer les groupes contemporains à la naissance, entre les veaux issus de femelles au premier veau des veaux provenant de vaches adultes. – Inclure des mesures de variances hétérogènes du poids au sevrage, et selon le sexe du veau. – Retrait de la valeur modérée de corrélation négative entre le poids au sevrage direct et le poids au sevrage maternel, pour l’ajuster à 0. – Introduction d’une mise à jour du sous-ensemble de marqueurs des données génomiques. Décembre 2018 • Ajout d’une mesure de vérification de l’accouplement (père+mère+veau), dans les rapports d’erreurs du contrôle de qualité. Janvier 2019 • Début de l’investigation sur l’imputation multi-races. • Début de l’évaluation de la plus récente suite du logicielFlmpute. Février 2019 • Début de l’amélioration de l’analyse génomique Zoetis. • Réception des résultats préliminaires du projet de recherche sur les ÉPD du nombre de jours requis jusqu’à la finition. • Combinaison et début de l’amélioration des données sur les taux de gestation chez les génissesprovenant des partenaires d’IGS. Mars 2019 • Initiation de l’investigation du potentiel d’amélioration de l’évaluation sur