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Offizielles Organ der SULM Schweizerische Union für Labormedizin | Organe officiel de l’USML Union Suisse de Médecine de Laboratoire | www.sulm.ch | Nr. 5, Oktober 2017

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Microbiologie dans un monde en mutation Mikrobiologie in einer sich mutierenden Welt Neue Strategien zur Entwicklung antiviraler Medikamente gegen Hantaviren Le Centre national de référence pour les maladies transmises par les tiques Borréliose de Lyme – le CQE comme outil de formation Le diagnostic moléculaire syndromique des maladies infectieuses Automatisation des laboratoires de bactériologie et d’épidémiologie Biobanking in der klinischen Mikrobiologie


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Mikrobiologie in einer sich mutierenden Welt Im Mittelpunkt dieser Sonderausgabe mit dem Thema Mikrobiologie stehen die neuen Krankheitserreger. Das Aufkommen neuer Krankheitserreger ist mitunter durch die zunehmende Globalisierung, unsere zahlreichen Reisen, die Veränderung unseres Verhaltens mit mehr Haustieren (und mehr Haustierarten) sowie häufigeren Bergwanderungen bedingt. Dr. med. Kunz, Dr. med. Rothenberger und Dr. med. Engler geben einen Überblick über die Hantaviren. Dabei betonen sie die Wichtigkeit, diese Virenart biomedizinisch zu erforschen, da sie eine gewisse Mortalität sowie eine zunehmende Prävalenz aufweist und es bis dato weder eine spezifische Behandlung noch einen Impfstoff gibt. In einem weiteren Beitrag schreibt Prof. Dr. med. Greub gemeinsam mit Dr. med. Lienhard und Dr. med. Ackermann über das Nationale Referenzzentrum für zeckenübertragbare Krankheiten. Dieses befasst sich nicht nur mit dem FSME-Virus und Borrelien, sondern auch mit verschiedenen intra­ zellulären Bakterien wie Rickettsien, Coxiella, Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia sowie seit Kurzem mit Chlamydien, deren Vorkommen in untersuchten Zecken in der Schweiz ausgiebig dokumentiert ist. Folglich müssen die Informationen für Wanderer in der Schweiz nach und nach überarbeitet werden, wie die Zeichnung von Frida Bünzli deutlich macht, welche das Titelblatt dieser Ausgabe ziert. Die Problematik der Lyme-Krankheit wird durch den Beitrag von Dr. med. Dagmar Kesseler aus dem Blickwinkel von Qualitätskontrollen ergänzt, welche in unserer täglichen mikrobiologischen Praxis von grosser Bedeutung sind. Die Thematik der neuen Krankheitserreger beschränkt sich jedoch nicht nur auf diese wenigen Viren und Bakterien, sondern schliesst auch die wichtigen diagnostischen Entwicklungen der letzten Jahre ein, die unsere Kenntnisse über die mikrobielle Diversität Stück für Stück erweitern. So wirft laut Dr. med. Jaton das Panelverfahren heute mitunter Fragen zur klinischen Relevanz bestimmter Bakterien auf, die bis dato nur wenig bekannt, unbekannt oder unterdiagnostiziert waren. Überdies wird die Laborautomatisierung unsere

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EDITORIAL

Borrelia, mais également à différentes bactéries intracellulaires dont les rickettsies, Coxiella, Anaplasma, Ehrlichia ainsi que depuis peu aux Chlamydiae qui ont récemment été largement documentées dans les tiques prélevées en Suisse. Ainsi, les informations à nos randonneurs devront être progressivement être revues, comme le souligne Frida Bünzli dans le dessin qui orne la page de couverture de ce numéro. La problématique de la maladie de Lyme est complétée par l’article de la Dre Dagmar Kesseler sous l’angle des contrôles de qualité, si importants dans notre pratique quotidienne de microbiologie. Mais la thématique des pathogènes émergents ne se limite pas à ces quelques virus et bactéries, mais inclut également les développements importants en termes diagnostiques qui ont été effectués ces dernières années et qui accroissent progressivement notre connaissance de la diversité microbienne. Ainsi, comme le souligne la Dre Jaton, l’approche par panel apporte aujourd’hui parfois des questions sur la relevance clinique de certaines bactéries jusqu’alors méconnues ou peu ou sous‑ Prof. Gilbert Greub, MD-PhD diagnostiquées. L’automatisation dans les laboratoires va également modifier notre capacité de culture et peut par exemple nous permettre d’effectuer à l’avenir, dans des situations cliniques particulières, une approche de type culturomique (culture à haut débit) afin Les pathogènes émergents sont au d’identifier des germes auxquels on centre d’intérêt de ce numéro spécial n’aurait pas d’emblée pensé. La dispomicrobiologie. L’émergence de nounibilité des microbes en culture est imveaux pathogènes est parfois le fruit de portante notamment pour ces microbes notre monde toujours plus globalisé, de émergents et l’initiative du Dr Egli d’une nos nombreux voyages, de nos chanbiobanque suisse fait donc parfaitement gements de comportement avec plus sens dans notre microbiologie en mutad’animaux de compagnie (et une plus tion, où le nombre d’espèces de genres grande variété de ces animaux), ainsi et de familles ne cesse de croître. Enfin, que des balades en montagne plus fréune bonne communication au public est quentes. Les Drs Kunz, Rothenberger essentielle, afin d’éviter des peurs inuet Engler présentent un overview sur les tiles face aux pathogènes émergeants Hantavirus, soulignant l’importance de la et afin de rappeler l’importance d’une recherche biomédicale sur un virus qui recherche active en microbiologie dans présente une certaine mortalité, une pré- un monde en mutation, où les défis de valence qui s’accroît et pour lequel il n’y santé publique sont majeurs. a aujourd’hui ni traitement spécifique, ni Nous espérons que ces différentes thévaccin. Puis le Pr. Greub s’associe au matiques vous donneront envie de lire Drs Lienhard et Ackermann pour décrire en détail ce numéro spécialement dédié le Centre national de référence pour les à la microbiologie. maladies transmises par les tiques. Ce centre s’intéresse non seulement aux Prof. Gilbert Greub, MD-PhD virus de l’encéphalite à tiques et aux Kultivierungsmethoden verändern und uns somit in der Zukunft beispielsweise ermöglichen, in besonderen klinischen Situationen Kulturen anzulegen (Hochdurchsatz-Kultivierung), um Keime zu identifizieren, an die nicht von vornherein gedacht wurde. Das Vorhandensein von Mikrobenkulturen ist insbesondere bei den neuen Keimen wichtig. Daher ist die Initiative von Dr. med. Egli, eine Schweizer Biobank zu gründen, in unserer sich verändernden mikrobiologischen Welt, in der die Zahl der Erregergattungen und -familien beständig zunimmt, äusserst sinnvoll. Und schlussendlich ist eine angemessene Information der Öffentlichkeit unerlässlich, um unnütze Ängste vor den neuen Krankheitserregern zu verhindern und auf die Bedeutung aktiver Forschungsarbeit im Bereich Mikrobiologie in einer sich verändernden Welt mit hohen volksgesundheitlichen Herausforderungen hinzuweisen. Wir hoffen, dass diese verschiedenen Themen Ihnen Lust machen, die vorliegende Sonderausgabe zum Thema Mikrobiologie zu lesen.

Microbiologie dans un monde en mutation

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Prof. Dr. Gilbert Greub Redaktionskomitee / Comité de rédaction «pipette»


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IMPRESSUM pipette, offizielles Publikationsorgan der SULM / Organe officiel de l’USML 13. Jahrgang, Nr. 5/2017, erscheint 2017 6-mal, ISSN 1661-09 Richtlinien für Autoren | Herausgeber | Editeur Instructions pour les auteurs SULM – Schweizerische www.sulm.ch/pipette Union für Labormedizin c/o Prof. A. R. Huber Verlag | Editeur Institut für Labormedizin EMH Schweizerischer Kantonsspital Aarau AG Ärzteverlag AG CH-5001 Aarau Farnsburgerstrasse 8 Tel. 062 838 53 02 Postfach, 4132 Muttenz andreas.huber@ksa.ch Tel. 061 467 85 55 www.sulm.ch Redaktionskomitee | Comité de rédaction Prof. Dr. Andreas R. Huber Dr. Roman Fried Dr. Jeroen S. Goede Prof. Dr. Gilbert Greub Dr. Stephan Regenass Prof. Dr. Lorenz Risch PD Dr. Michel Rossier Marianne Schenk Dr. Véronique Viette Redaktion | Rédaction Esther Meyle (em) pipette@sulm.ch Redaktionsadresse | Adresse de la rédaction wortbild gmbh Gestaltung & Kommunikation Niklaus von Flüe-Strasse 41 4059 Basel Tel. 061 331 31 44 pipette@sulm.ch Cover © Frida Bünzli

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Herstellung | Production Schwabe AG Farnsburgerstrasse 8 Postfach, 4132 Muttenz Tel. 061 467 85 85 druckerei@schwabe.ch Inserate | Annonces wortbild gmbh Gestaltung & Kommunikation Niklaus von Flüe-Strasse 41 4059 Basel Tel. 061 331 31 44 pipette@wortbild.ch Abonnemente | Abonnements www.sulm.ch/pipette/abonnement abo@emh.ch Einzelpreis CHF 20.– Jahresabo CHF 80.–

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Inhalt · Sommaire 3 EDITORIAL

Mikrobiologie in einer sich mutierenden Welt | Microbiologie dans un monde en mutation

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Neue Strategien zur Entwicklung antiviraler Medikamente gegen Hantaviren | Nouvelles stratégies pour le développement de médicaments antiviraux contre les hantavirus 8 E D U C AT I O N

Le Centre national de référence pour les maladies transmises par les tiques (CNRT)| Nationales Referenzzentrum für zeckenübertragbare Krankheiten (NRZK)

1 0 E D U C A T I O N

Borréliose de Lyme – le CQE comme outil de formation | LymeBorreliose – EQK als Schulungstool

1 2 E D U C AT I O N

Le diagnostic moléculaire syndromique des maladies infectieuses | Die syndromische Molekulardiagnostik von Infektionskrankheiten

1 4 E D U C AT I O N

Automatisation des laboratoires de bactériologie et d’épidémiologie | Laborautomatisierung in den Bereichen Bakteriologie und Epidemiologie

1 6 E D U C AT I O N

Biobanking in der klinischen Mikrobiologie – warum und wie? | Biobanking en microbiologie clinique – pourquoi et comment?

1 9 E D U C AT I O N

Communication avec le grand public: la parole aux microbiologistes | Information der Öffentlichkeit: Den Mikrobiologen das Wort erteilen

21 NEWS

SULM-Tagung 2017

22 NEWS Auflage | Tirage 15 000 Exemplare

Nächste Ausgabe | Prochain numéro Onkologie, 29. November 2017

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Continuous Medical Education CME Ziel der vier bis sieben thematisch aufeinander abgestimmten Weiterbildungsartikel je «pipette» ist die Förderung und Weiterentwicklung der Labormedizin auf C der Grundlage aktueller wissenschaftlicher ErkenntLE C S nisse. Die Redaktion arbeitet unabhängig, das Heft EDU finanziert sich durch Inserate und nichtgebundene Fördergelder, es werden keine finanziellen Interessen verfolgt. Folgende Firma leistet in dieser Ausgabe einen nicht zweckgebundenen Beitrag: Roche Diagnostics Schweiz AG. Firmen, welche die Weiterbildung der «pipette» unterstützen möchten, melden sich unter: pipette@sulm.ch. Continuous Medical Education CME L’objectif des quatre à sept articles de formation continue organisés par thèmes pour chaque «pipette» consiste à promouvoir et former la médecine de laboratoire sur la base des connaissances scientifiques actuelles. La rédaction travaille de façon indépendante, la publication est financée par les annonces et les subventions indépendantes, sans aucun intérêt financier. L’entreprise suivante apporte à cette édition une contribution bénévole: Roche Diagnostics Schweiz AG. Les entreprises qui souhaitent soutenir la formation continue de «pipette» sont priées de contacter: pipette@sulm.ch.

Congrès annuel de la Société Suisse de Microbiologie (SSM) 2017 à Bâle et 2018 à Lausanne

25 NEWS

Jahresbericht der Schweizerischen Gesellschaft für klinische Chemie SGKC/SSCC

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www.sulm.ch/aktuell/agenda – Termine zu Kongressen, Tagungen und Versammlungen – Dates des congrès, conférences et réunions P I P E T T E O N L I N E

www.sulm.ch/pipette – Lesen Sie die «pipette» online als E-Paper, im Browser oder auf dem Tablet-Computer. Alle Artikel können im «pipette»-Archiv als PDF heruntergeladen werden. – Lire la «pipette» en ligne comme e-paper, dans le navigateur ou sur la tablette. Tous les articles de la «pipette» peuvent être téléchargés en format PDF.


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Sylvia Rothenberger 1,2 , Olivier Engler 1 und Stefan Kunz 2

Neue Strategien zur Entwicklung antiviraler Medikamente gegen Hantaviren Infektionen mit Hantaviren haben in Mitteleuropa in letzter Zeit stark zugenommen, das wird in Zukunft auch Auswirkungen auf die Schweiz haben. Hantavirus-Infektionen können tödlich sein, es gibt weder einen wirksamen Impfstoff noch eine spezifische Therapie. Das Ziel des gemeinsamen Projektes vom Labor Spiez und dem Institut für Mikrobiologie der Universität Lausanne besteht darin, neue therapeutische Ansätze zur Bekämpfung von Hantaviren zu entwickeln. Der Name des Virus stammt vom Hantan-Fluss in Südkorea. Dort erkrankten während des Koreakriegs in den 1950er Jahren über 3000 Soldaten an ungewöhnlich starkem Fieber. 1977 wurde der Erreger isoliert und Hanta­virus genannt. Hantaviren sind neue hochpathogene Viren Hantaviren sind neu auftretende hochpathogene Viren, die weltweit vorkommen und in Europa vor allem in Skandinavien und Südosteuropa verbreitet sind [1– 4]. In den vergangenen Jahren häufen sich Infektionen mit Hantaviren in Mitteleuropa, weshalb diese neuen Erreger unser Land zukünftig stärker betreffen könnten. Hantaviren sind Krankheitserreger der Risikogruppe 3, die zur Familie der Bunyaviren gehören, die eine Reihe

Ein erstes therapeutisches Ziel ist es, das Andocken und Eindringen von Viren in die Wirtszelle zu blockieren. von hochpathogenen Erregern einschliesst. Hantaviren bilden umhüllte Partikel mit einem Durchmesser von 120  –160 nm. Ihr genetisches Material besteht aus drei Ribonucleinsäure(RNS)-Segmenten mit negativer Orientierung. Das grösste Segment (L) codiert für die virale Polymerase, die für die Transkription und Replikation des viralen Genoms verantwortlich ist. Das mittlere Segment (M) enthält die Information für das virale Glykoprotein, das die virale Hülle dekoriert und im Eintritt der Viren in die Wirtszelle eine zentrale Rolle spielt. Das virale Nukleoprotein (N), welches die genomische RNS verpackt, ist im kleinsten Segment (S) gespeichert. 1 2

LABOR SPIEZ, Bundesamt für Bevölkerungs schutz, Austrasse, CH-3700 Spiez Institut de Microbiologie, Centre Hospitalier Universitaire Vaudois, Rue du Bugnon 48 CH-1011 Lausanne

Aufgrund ihrer geografischen Ausbreitung, genetischer sowie serologischer Kriterien werden Hantaviren in Neuund Altweltviren aufgeteilt. Das prototypische Hantaanvirus (HTNV), sowie das Seoulvirus (SEOV) treten in Asien auf, während Tulavirus (TULV), Puumalavirus (PUUV) und Dobravavirus (DOBV) in Europa weit verbreitet sind. Auf dem amerikanischen Kontinent stellen Andesvirus (ANDV) und Sin-Nombre-Virus (SNV) die wichtigsten pathogenen Hantaviren dar. Als natürliche Reservoire für Hantaviren dienen Mäuse, Spitzmäuse, Maulwürfe und Fledermäuse, in denen die Viren chronische, meist asymptomatische Infektionen verursachen [5, 6]. In weiten Teilen Europas ist z.B. die Rötelmaus (Myodes glareolus) der Wirt für PUUV. In Osteuropa und im Balkan ist das DOBV in der Gelbhalsmaus (Apodemus-Arten) zu finden, während die amerikanische Hirschmaus (Peromyscus maniculatus) den wichtigsten Träger von SNV und ANDV darstellt. Die Übertragung von Hantaviren auf den Menschen erfolgt über Aerosole von Sekreten infizierter natürlicher Wirte [4,  7]. Die Altweltviren HTNV, SEOV und DOBV können im Menschen ein schweres hämorrhagisches Fieber mit renalem Syndrom (HFRS) verursachen, was zu einer gravierenden Nierenschädigung bis hin zum akuten Nierenversagen führen kann und in 5 –15% der Fälle tödlich verläuft [4, 5, 8 –11]. Infektion mit PUUV führt oft zu Nephropathia epidemica, einer milderen Form der Nierenschädigung. In Amerika verursachen ANDV und SNV eine schwere Erkrankung der Atemwege, das Hantavirus-assoziierte pulmonale Syndrom (HPS), das in 40 –50% der Fälle tödlich endet. Die

aerogene Übertragung stellt eine besondere Gefahr dar, wie der Ausbruch von Hantaviren im Yosemite-Nationalpark im Sommer 2012, bei dem drei Touristen starben, auf tragische Weise illustriert. Gegen Hantaviren gibt es weder eine zugelassene Impfung noch wirksame Medikamente, und die Therapie bleibt derzeit auf die Behandlung der Symptome beschränkt. Aus diesem Grund hat die Entwicklung einer spezifischen antiviralen Therapie gegen hochpathogene Hantaviren hohe Priorität.

Neue Ansätze zur antiviralen Therapie gegen Hantaviren Unser gemeinsames Projekt stellt eine Zusammenarbeit der Virologie-Gruppe des Labors Spiez und des Instituts für Mikrobiologie am Universitätsspital Lausanne dar. Das Labor Spiez ist die nationale Institution zum Schutz der Bevölkerung gegen atomare, biologische und chemische Bedrohungen. Die Sektion Biologie ist verantwortlich für die Bereitstellung von modernen Methoden für die Detektion und Charakterisierung neuer hochpathogener Erreger und unterstützt nationale und kantonale Stellen mit entsprechender Expertise. Das Ziel unserer Zusammenarbeit ist die Entwicklung neuer antiviraler Medikamente gegen pathogene Hantaviren (Abb. 1). Ein erstes therapeutisches Ziel ist es, das Andocken und Eindringen von Viren in die Wirtszelle zu blockieren. Diese ersten Schritte der viralen Infektion sind vielversprechende Ansatzpunkte antiviraler Therapien, welche das Virus zu einem frühen Zeitpunkt blockieren können, noch bevor es die Kontrolle über die zelluläre Maschinerie übernehmen kann. Die


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Neue Strategien zur Entwicklung antiviraler Medikamente gegen Hantaviren

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Entwicklung zellbasierter Testsysteme

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Screening von chemischen Bibliotheken und Identifikation von Kandidatenmolekülen

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Test der Kandidaten auf Zelltoxizität

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Entwicklung von in vitro Testsystemen mit infektiösen Wildtyp Hantaviren

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Validierung der Kandidatenmolekülen mit infektiösen Wildtyp Hantaviren

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Untersuchung der Wirkmechanismen ausgewählter Moleküle

Abbildung 1

Gruppe Virologie des Labors Spiez verfügt über in der Schweiz einzigartige Expertise in experimenteller Arbeit auf den höchsten Biosicherheitsstufen und hat langjährige Erfahrung im Bereich der Hantavirenforschung. Die Forschungstätigkeit am Institut für Mikrobiologie fokussiert auf die molekularen Mechanismen der Virus-Zellinteraktion. Unter Anwendung unserer komplementären Expertisen und neuer Technologien erforschen wir derzeit die weitgehend unbekannten Mechanismen, mittels derer Hantaviren die schützende Barriere des menschlichen Atemtraktes durchbrechen können. Die Untersuchung der molekularen Prozesse, die das rasche Eindringen der Viren in Zellen des menschlichen Lungengewebes erlauben, wird zudem zu einem tieferen Verständnis dieser Erreger sowie zu einer besseren Abschätzung des Übertragungsrisikos führen. Ein Ansatz zur Entwicklung therapeutischer Interventionen beruht auf der Tatsache, dass Viren bei ihrem Zelleintritt fast vollständig auf die zelluläre Maschinerie angewiesen sind. Angriffspunkte sind in diesem Fall nicht wie klassischerweise die Viren selbst, sondern zelluläre Faktoren, welche für das Eindringen des Erregers essentiell sind. In einer komplementären Strategie un-

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Nouvelles stratégies pour le développement de médicaments antiviraux contre les hantavirus

Abbildung 1

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tersuchen wir den Replikationsmechanismus von Hantaviren, um virale Proteine zu identifizieren, welche sich als Ziele für einen therapeutischen Ansatz eignen. Trotz der hohen genetischen Vielfalt der Hantaviren sind die viralen Proteine, die für die Transkription und Replikation verantwortlich sind, hochkonserviert und stellen traditionell die aussichtsreichsten Ziele für die Entwicklung antiviraler Medikamente dar, insbesondere die virale Polymerase. Studien unserer Gruppen und anderer Laboratorien zeigten, dass die Polymerase der Hantaviren eine ungewöhnlich starke Endo-Nuklease-Aktivität enthält [12, 13]. Diese Endo-NukleaseAktivität ist von zentraler Bedeutung für die virale Replikation und Transkription. Die Hemmung ihrer Aktivität durch niedermolekulare Substanzen wird deshalb als vielversprechende antivirale Strategie evaluiert. Es ist uns gelungen einen robusten biochemischen Test für die Endo-Nukleasen von Hantaviren zu etablieren [12]. Dieser Zell-basierte Assay ermöglicht es, Inhibitoren rasch auf eine mögliche Wirkung gegen Hantaviren zu testen. Das Testformat ist speziell dazu geeignet, umfangreiche Sammlungen synthetischer Verbindungen, sogenannter «Chemischer Bibliotheken», auf neue Inhibitoren der Hantavirus-Endo-Nu-

Les hantavirus comptent de nos jours parmi les virus émergents les plus importants en Europe et leur mode de transmission par aérosols représente un danger particulier pour la santé humaine. La recrudescence des infections en Europe centrale aura certainement une incidence en Suisse dans le futur. Les infections par les hantavirus peuvent être mortelles, et il n’existe ni vaccin, ni thérapie spécifique efficace pour lutter contre ces agents pathogènes. Le but de notre projet commun, réalisé au laboratoire de Spiez et à l’Institut de Microbiologie de l’Université de Lausanne est de développer de nouvelles approches thérapeutiques pour combattre les hantavirus. Nous étudions les mécanismes qui permettent aux hantavirus de franchir la barrière protectrice des voies respiratoires humaines à l’aide de techniques modernes de biologie moléculaire afin d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. Dans une approche complémentaire, nous essayons d’identifier des médicaments capables d’inhiber la réplication virale. klease zu screenen. Kandidaten für antivirale Medikamente, welche aus den verschiedenen Ansätzen resultieren, werden anschlies­send im BSL-3/4Hochsicherheitslabor in Spiez an authentischen Hantaviren weiter evaluiert. Das Projekt wird unterstützt durch den Bund, den Kanton Waadt sowie private Stiftungen wie die Schweizerische Lungenliga. Es erlaubt einzigartige Synergien zwischen der universitären Grundlagenforschung in molekularer Virologie und der angewandten Forschung im Hochsicherheitsbereich von Labor Spiez. Korrespondenz Olivier.Engler@babs.admin.ch Stefan.Kunz@chuv.ch

Referenzen Online unter: www.sulm.ch/d/pipette → Aktuelle Ausgabe (Nr. 5-2017)


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Gilbert Greub 1 , Reto Lienhard 2 et Rahel Ackermann 3

Le Centre national de référence pour les maladies transmises par les tiques (CNRT/ NRZK) Les maladies transmises par les tiques sont nombreuses et associées à une morbidité considérable. La borréliose de Lyme et l’encéphalite à tiques (méningo-encéphalite verno-estivale [MEVE] touchent de plus en plus de personnes [1].

Le centre de référence On estime entre 6000 et 12  000 le nombre annuel de cas de borréliose et de 100 à 250 celui de MEVE. Le CNRT/ NRZK apporte son soutien à l’Office fédéral de la santé publique (OFSP) dans le domaine de la surveillance des maladies transmises par les tiques (en particulier de la borréliose de Lyme, de la MEVE et de la fièvre Q). Il regroupe par ailleurs des spécialistes de diverses disciplines dans le but de développer des mesures destinées à prévenir ces maladies. Le CNRT/NRZK est géré par le Laboratoire Spiez (R. Ackermann), Admed Microbiologie à La Chaux-deFonds (R. Lienhard, M.-L. Tritten) et le CHUV à Lausanne (G. Greub). Le CNRT/NRZK est particulièrement actif et très bien coordonné grâce à des réunions régulières entre les trois équipes, et ce, malgré son organisation multisite. En matière de santé publique, l’OFSP et le CNRT/NRZK visent les objectifs suivants: −− le diagnostic de référence pour la FSME (Laboratoire Spiez) et la borréliose de Lyme (Admed Microbiologie), ainsi que le diagnostic de confirmation pour la fièvre Q (CHUV) −− la fourniture de souches de référence −− l’assurance de la qualité et la recherche dans le domaine du développement de tests diagnostiques pour ces agents pathogènes −− le réseautage, la formation et le conseil scientifiques au niveau national et international −− la surveillance, l’alerte précoce et 1 2 3

Prof. Gilbert Greub, Institut de Microbiologie, Centre Hospitalier Vaudoise (CHUV) Dr Reto Lienhard, Laboratoire ADMED, La Chaux-de-Fonds Dre Rahel Ackermann, Laboratoire TBE du NRZK/CNRT, Spiez

le soutien pour l’exécution d’études épidémiologiques Notamment, pour la borréliose de Lyme, le CNRT/NRZK organise des comparaisons interlaboratoires pour le diagnostic sérologique en coopération avec le CSCQ et effectue les analyses pour le réseau Sentinella. Pour le diagnostic de MEVE potentiellement faussé par des réactions croisées avec d’autres flavivirus, le CNRT/ NRZK peut effectuer un test de neutralisation. S’il peut paraître étonnant que le CNRT s’occupe de la fièvre Q et de son étiologie Coxiella, il faut souligner l’importance d’avoir un centre de référence en Suisse pour cette maladie qui pose des défis diagnostiques (intracellulaire obligatoire) et thérapeutiques (traitement de plus de 18 mois). En particulier, une bonne connaissance et compréhension de la sérologie complexe pour cette bactérie est nécessaire. Cette bactérie présente en effet deux phases différentes: La phase 1, obtenue par croissance des bactéries au sein des rongeurs directement et qui correspondent à des anticorps présents en face tardive, fièvre Q chronique, et les anticorps de phase 2 dirigés contre des antigènes obtenus par croissance de la bactérie en culture cellulaire et qui sont prépondérants en phase aiguë.

Recherche sur des agents pathogènes transmis par les tiques qui sont moins connus Outre l’encéphalite à tiques et la maladie de Lyme qui sont relativement fréquentes en Suisse, de nombreuses autres maladies transmises par les tiques peuvent être acquises en Suisse ou dans d’autres pays, bien qu’elles restent relativement moins connues en

raison de leurs fréquences moindres. Notons notamment les fièvres boutonneuses, qui sont transmises par différentes espèces de tiques, déterminant à la fois la présentation clinique et la répartition géographique de ces maladies [2]. D’autres bactéries de l’ordre des Rickettsiales dont les Ehrlichia et Anaplasma ont également un rôle significatif, mais leurs véritables importances restent sous-estimées. Dans une étude récente, le laboratoire du Professeur Greub à Lausanne a pu montrer que sur 62 000 tiques Ixodes ricinus collectées en Suisse [3], 1,7% des tiques sont infectées par Anaplasma phagocytophilum [4]. Les symptômes attendus d’infection par A. phagocytophilum sont cependant difficiles à diagnostiquer puisque souvent aspécifiques (fièvre…), et puisque même les éléments les plus spécifiques (leucopénie par exemple) sont souvent attribués à de possibles toxicités médicamenteuses ou ne sont simplement pas documentés chez les patients plus jeunes, pour lesquels un bilan sanguin n’est pas forcément effectué en présence d’un syndrome grippal et/ou d’autres manifestations cliniques non spécifiques. Utilisant la disponibilité de ces 62 000 tiques collectées dans toute la Suisse, le laboratoire du Professeur Greub a également investigué la présence au sein de ces tiques d’ADN de Coxiella burnetii, l’agent de la fièvre Q. Cependant, alors que cette maladie est relativement endémique chez les petits ruminants suisses (ovins et caprins), aucune tique ne s’est révélée positive, malgré une investigation extensive de plus de 8000 pools de tiques [4]. En parallèle à cette investigation pour la fièvre Q, ces tiques ont été évaluées


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Nationales Referenzzentrum für zeckenübertragbare Krankheiten (NRZK) pour la présence de bactéries apparentées aux chlamydias. En effet, dans une étude de préalable, A. Croxatto et collaborateurs avaient démontré que des tiques collectées en Suisse et en Algérie étaient porteuses de bactéries apparentées aux chlamydias [5]. Sur 62 000 tiques étudiées, l’équipe lausannoise a pu confirmer ses résultats préalables, puisque le taux de tiques porteuses de bactéries apparentées aux chlamydia s’élève à près de 1% [6]. Il s’agissait principalement de Rabdochlamydiacae, de Parachlamydiacae et de bactéries encore non classées correspondant à de nouvelles familles au sein de l’ordre des Chlamydiales [6]. Notons que la quantité très importante de Rabdochlamydia au sein des tiques a permis d’effectuer le génome par séquençage direct sans amplification préalable, et ceci, malgré la présence d’ADN de la tique [7].

En 2016, le laboratoire de Spiez a effectué une étude sur la prévalence des agents pathogènes dans un millier de I. ricinus tiques collectées dans des sites urbains. Basé sur des analyses de biologie moléculaire, Borrelia burgdorferi sensu lato, Borrelia miyamotoi, Rickettsia spp., A. phagocytophilum, Candidatus Neoehrlichia mikurensis et Babesia venatorum (Babesia sp., EU1) ont été détectés avec des prévalences très comparables à ceux des sites ruraux. Le portage de multiples agents pathogènes a été fréquemment montré [8].

Die durch Zecken übertragenen Krankheiten sind vielfältig und mit einer erheblichen Morbidität verbunden. Immer mehr Menschen sind von Lyme-Borreliose und Zecken-Enzephalitis (Frühsommer-Meningoencephalitis FSME) betroffen. Die jährliche Anzahl der Fälle von Borreliose wird schweizweit auf zwischen 6000 und 12000 geschätzt und von FSME auf 100 bis 250. Das Nationale Referenzzentrum für zeckenübertragbare Krankheiten (NRZK) unterstützt das Bundesamt für Gesundheit (BAG) bei der Überwachung von zeckenbasierten Krankheiten (insbesondere Lyme-Borreliose, FSME und Q-Fieber).

Correspondance: Gilbert.Greub@chuv.ch

Références Vous trouverez la liste des références sur le site: www.sulm.ch/f/pipette → Numéro actuel (no 5-2017).

Darmkrebs-Früherkennung – Colo-Rectal und iColo-Rectal Guajak-basierte sowie immunologische Methode – kein ergänzendes System nötig Colo-Rectal: gFOBT – hygienische Handhabung, optimale Screening-Methode  93% Spezifität, 80% Sensitivität gegenüber Koloskopie, Nachweisgrenze: 2 ml Blut/100 g Stuhl  Massive Reduktion falsch positiver/negativer Resultate bei Eisentherapien und Vitamin C-Einnahmen  2-Reagenz-System, Probenauswertung nach längerer Wartezeit möglich

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iColo-Rectal: iFOBT – hochwertige Verarbeitung, überzeugende diagnostische Eigenschaften  99% Spezifität, 82% Sensitivität gegenüber Koloskopie  Detektionslimit von 50 ng hHb/1 ml Pufferlösung  Auswertung mittels Testkassette, kein System nötig, kein Kontakt zur Probe

Packungsgrössen: Colo Rectal: 50x3 Tests, 10x3 Tests und 5x3 Tests iColo Rectal: 30x1 Tests und 10x1 Tests


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Dagmar Kesseler 1 , Stéphanie Bourgeois 1

Borréliose de Lyme – Le CQE comme outil de formation Le Centre Suisse de Contrôle de Qualité (CSCQ) lançait en 2010, en collaboration avec le Centre National de Référence pour les maladies transmises par les Tiques (CNRT), un nouveau programme de contrôle de qualité externe (CQE) pour la sérologie de la borréliose de Lyme. L’échantillon natif envoyé pour chaque enquête est accompagné d’une anamnèse. Les laboratoires dosent les immunoglobulines et peuvent confirmer leur présence par immunoblot. Ils doivent en outre répondre à un questionnaire sur l’interprétation des résultats obtenus en fonction du contexte clinique annoncé, sur les recommandations et les tests additionnels qu’ils proposeraient pour un bon suivi du patient. L’objectif de cet article n’est pas de discuter des performances des différents tests, mais de démontrer ce que peut apporter une participation à un contrôle de qualité externe en terme de formation des participants.

Participation et contexte clinique

de screening non réactives. En 2012, 41% des laboratoires réalisaient ou préconisaient de réaliser une confirmation sur des tests de dépistage négatifs. En 2014, ils n’étaient plus que 28% et, en 2017, plus que 19%. Parmi ces derniers, la majorité réalisent ces tests de confirmation avec l’échantillon de contrôle principalement pour vérifier la sensibilité de leurs tests. Un seul laboratoire propose encore, comme test complémentaire, une confirmation de son résultat de dépistage négatif. Nous observons que les recommandations des experts, lors d’envoi d’échantillons réactifs, sont aussi reprises par les laboratoires dans des enquêtes suivantes. les tests additionnels réalisés ou pro- Le CQE pour la borréliose de Lyme posés par les laboratoires. Ils com- a également permis de détecter un mentent les recommandations des problème lié à un lot de fabricaparticipants pour un éventuel suivi tion chez un fournisseur de réactif. du patient. Le contexte clinique basé Cette société a ainsi pu identifier un sur des cas réels permet aux experts problème de spécificité pour un lot d’ajouter des commentaires sur les donné, qui serait passé inaperçu si un symptômes décrits et sur l’évolution grand nombre de laboratoires n’avait de la maladie de Lyme, ainsi que des pas analysé le même échantillon avec notions épidémiologiques. différents tests. Ceci contribue également à l’amélioration de la qualité Améliorations des coffrets sur le marché. Depuis le lancement du programme, lorsque des échantillons négatifs ont Autres programmes été envoyés, nos experts signalent Depuis de nombreuses années déjà, le aux participants qu’il n’est pas né- CSCQ propose plusieurs programmes cessaire de confirmer des sérologies de CQE en microbiologie incluant l’interprétation des résultats obtenus. Les rapports d’enquête des programmes hématologie parasitaire, 1 Dagmar Kesseler, Directrice Centre Suisse de toxoplasmose, virologie (HIV, HBV Contrôle de Qualité CSCQ, Chêne-Bourg / Stéphanie Bourgeois, CSCQ et HCV), coloration de Gram, urine En 2011, 26 laboratoires participaient régulièrement à ce CQE; aujourd’hui nous dénombrons 88 participants de 7 pays différents (figure 1). Nos experts, Messieurs Reto Lienhard et Dr Olivier Péter, reçoivent après chaque enquête un résumé avec les statistiques élaborées par le CSCQ, ce qui leur permet d’analyser les résultats et

Depuis de nombreuses années déjà, le CSCQ propose plusieurs programmes de CQE en microbiologie incluant l’interprétation des résultats obtenus.

slide, ainsi que pour les tests rapides, ceux des programmes HIV et streptocoque du groupe A, intègrent des commentaires d’experts qui tiennent compte des recommandations ou des remarques proposées par les laboratoires. Le centre QCMD, avec lequel le CSCQ collabore, propose également quelques programmes de diagnostic moléculaire en microbiologie avec interprétation des résultats. Les avantages qu’apportent ces CQE sont indéniables et cette tendance s’étend aussi à d’autres domaines de la biologie médicale, tels que l’hématologie et la génétique.

Conclusion Au vu de ces observations, et en analysant l’évolution des commentaires des laboratoires, nous pouvons affirmer que ces CQE en microbiologie, pour lesquels une interprétation est demandée en plus du geste technique, sont un formidable outil de formation continue. Par exemple, les participants au programme de la borréliose de Lyme peuvent s’appuyer sur les recommandations données par nos experts pour interpréter correctement les résultats de dépistage et les bandes réactives des immunoblots qui nécessitent une bonne expertise. Ces laboratoires font à leur tour bénéficier les médecins prescripteurs de leur expérience pour interpréter les résultats dans leur ensemble en fonction des symptômes du patient. Malheureusement, trop souvent encore, les cliniciens oublient de transmettre le contexte clinique au laboratoire. Une


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Lyme-Borreliose – EQK als Schulungstool Seit 2010 werden vom CSCQ Qualitätskontrollen bezüglich Lyme-Borreliose organisiert. Wie auch bei anderen Programmen im Bereich Mikrobiologie ermöglichen diese Ringversuche den Laboren, den technischen Aspekt mit einer Interpretation der Resultate entsprechend einem klinischen Kontext zu verknüpfen. Anhand der Analyse der Teilnehmerkommentare konnte eine positive Entwicklung der Kenntnisse auf dem spezifischen und schwierigen Gebiet der Lyme-Borreliose festgestellt werden. Zudem kam es zu finanziellen Einsparungen, da in bestimmten Fällen unnötige Bestätigungstests vermieden wurden.

Figure 1

meilleure connaissance permet aussi l’économie de tests de confirmation en particulier qui n’apportent, dans certains cas, pas de plus-value pour un diagnostic correct. Correspondance: Dagmar.Kesseler@hcuge.ch

High Multiplex Real-Time PCR Products Automated on NIMBUS IVD / STARlet IVD

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Katia Jaton 1 , Gilbert Greub 1

Le diagnostic moléculaire syndromique des maladies infectieuses Ces 20 dernières années ont été marquées par le développement et l’avancement des techniques de biologie moléculaire en microbiologie. Ces méthodes ont révolutionné l’identification des microbes, la détection des pathogènes directement à partir des prélèvements cliniques et même le monitoring de la réponse à certains traitements antiviraux. Ils ont permis la détection de germes fastidieux, de croissance lente ou difficile, pour lesquels les méthodes traditionnelles restent peu sensibles. Cependant, pendant de nombreuses années, le diagnostic moléculaire n’était réalisé que dans les laboratoires spécialisés pour des indications limitées du fait de sa complexité.

Ces techniques d’amplification continuent à se développer et deviennent pour certaines d’entre elles de plus en plus automatisées. De plus leur coût a diminué, leur utilité clinique a été démontrée dans de nombreuses situations. Actuellement, le diagnostic moléculaire est utilisé de manière routinière dans beaucoup de laboratoires et son application clinique va continuer à s’étendre ces prochaines années. La révolution a eu lieu, la biologie moléculaire devenant le nouveau «gold standard» pour le diagnostic de plusieurs maladies infectieuses. Jusqu’à il y a quelques années, une des limites majeures du diagnostic moléculaire microbiologique était le fait que chaque pathogène potentiel était ciblé de manière individuelle, l’approche syndromique n’était effectuée que dans certains laboratoires spécialisés [1]. Mais actuellement, de nombreux tests «prêts à l’emploi», fa-

temps du personnel. Les avantages majeurs de ces tests sont la rapidité du rendu des résultats et la facilité d’exécution. Ils peuvent être effectués 7/7jours et 24h/24, ce qui est d’une réelle utilité lorsque l’on pense au diagnostic de la méningite par ex. Il y a également une nécessité d’obtenir un résultat rapidement (comme dans les autres disciplines de la médecine de laboratoire) pour guider le traitement, si possible ciblé, et ainsi éviter l’utilisation abusive des antibiotiques à large-spectre ou, lors de suspicion d’une maladie contagieuse, pour l’isolement du patient. Et de plus, vu les coûts médicaux à la hausse, il est de plus en plus important de reconnaître rapidement une maladie bénigne qui peut être soignée en ambulatoire, la distinguer d’une maladie grave nécessitant une hospitalisation. Malgré tous ces avantages, nous sommes devant des questionnements importants quant au choix des tests; en effet aucun n’est complet, aucun n’est parfait et tous ont un prix non négligeable pour le laboratoire et pour les patients. De plus, comment aborder ces questions devant une pression importante de la part des firmes et des médecins qui souciles à utiliser et capables de détecter haitent parfois avoir tous les panels un nombre impressionnant de bacté- à disposition, puis, lorsque certains ries, virus en une seule analyse, enva- laboratoires ouvrent cette boîte de hissent le marché. Cette technologie pandore, s’interrogent sur la signifide multiplexage a permis d’augmen- cation de certains résultats? ter l’offre de pathogènes recherchés, Les infections respiratoires commuen diminuant les coûts réactifs et le nautaires sont une cible particulière pour les PCR multiplex. En effet une réponse rapide pourrait parfois faire renoncer à des antibiotiques (la plu1 Dr med. Katia Jaton, Prof. Gilbert Greub, part du temps s’agissant d’une étiolo Institut de Microbiologie, Centre Hospitalier Vaudoise (CHUV) gie virale), ou donner un antibiotique

Il est vrai que seuls quelques virus peuvent être traités et que l’identification des autres virus n’influence pas le traitement.

ciblé, renvoyer le patient à la maison ou l’hospitaliser. Il est vrai que seuls quelques virus peuvent être traités et que l’identification des autres virus n’influence pas le traitement. En effet, l’identification d’une étiologie virale n’exclut pas une surinfection bactérienne ou une co-infection avec plus d’un virus. Mais il est clair que dans un contexte d’économie des coûts de la santé, les indications cliniques pour l’utilisation de ces tests sensibles et rapides doivent être connues et respectées. Ces tests syndromiques restent chers et ne devraient pas être utilisés pour n’importe quelle infection virale banale, qui ne nécessite pas de diagnostic étiologique. Par contre ils restent essentiels dans une population ciblée avec des symptômes respiratoires tels que les patients transplantés, les personnes immunocompromises, les patients aux soins intensifs, les patients avec une maladie respiratoire chronique, les enfants en détresse respiratoire, les nouveau-nés. Chez ces patients, les buts cliniques sont la réduction de la mortalité et de la morbidité et l’introduction d’un traitement spécifique si celui-ci existe. La probabilité pré-test est donc essentielle. De plus toutes les étapes de l’analyse doivent être connues et contrôlées:

1. Au niveau pré-analytique Pour le médecin: le bon prélèvement au bon moment chez le bon patient (probabilité pré-test). Pour le laboratoire: la manipulation du prélèvement doit se faire selon les bonnes pratiques du diagnostic moléculaire afin d’éviter des contaminations entre deux prélèvements (n’ou-


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Die syndromische Molekulardiagnostik von Infektionskrankheiten blions pas qu’il s’agit d’amplification). En effet actuellement, grâce à l’automatisation, le problème de contamination des tests moléculaires se situe surtout au niveau de la pré-analytique.

2. Au niveau analytique Une quantification ou semi-quantification est nécessaire afin de pouvoir avoir un regard critique sur le résultat positif; est-il fortement ou faiblement positif, la courbe est-elle correcte ? Ces éléments seront nécessaires pour l’interprétation finale. Par exemple, que faire d’un test positif pour la grippe en plein été chez un patient qui n’a pas voyagé ? La visualisation de la courbe d’amplification, la quantification nous permettent d’interpréter ce test avec des éléments objectifs. Des contrôles externes sont nécessaires afin de vérifier la sensibilité et la spécificité analytiques de ces tests même s’ils sont prêts à l’emploi. De même ces tests avant la mise sur le marché devraient être évalués par le fabricant et non pas par les laboratoires qui se retrouvent en position de « testeurs » malgré eux. De plus des publications scientifiques montrant des valeurs de sensibilités, spécificités, valeurs prédictives positives et négatives sur une population « normale » versus ciblée devraient être à disposition.

3. Au niveau post-analytique La connaissance du test est essentielle. Quels sont les pathogènes ciblés? Sont-ils tous des pathogènes stricts? Quelle est la probabilité prétest? En fait l’interprétation d’une détection moléculaire doit être faite en fonction du prélèvement, du type de patient et de la situation épidémiologique. Les infections gastro-intestinales sont également une cible intéressante pour les PCR multiplex [2] et nous assistons à une révolution technologique avec l’introduction des méthodes moléculaires classiques et rapides. Quoi de plus attractif que d’avoir en une à deux heures un résultat pour, comme

certains systèmes le proposent, 22 cibles incluant des bactéries, parasites et virus à l’origine de diarrhées? Cependant parmi ces 22 pathogènes ciblés, combien sont relevants pour le clinicien? Comment interpréter certains résultats positifs pour un «virus exotique»? Dans ce contexte, à nouveau, les trois étapes essentielles des tests de laboratoires doivent être suivies: la pré-analytique, l’analytique et surtout l’interprétation post-analytique du résultat en fonction de la clinique, de l’épidémiologie. Un des points essentiels à retenir est que les analyses moléculaires mettent en évidence aussi bien les organismes vivants que les organismes morts et l’on sait que l’ADN bactérien peut persister très longtemps selon les microorganismes et/ou leur localisation chez l’hôte. La persistance ou durée de PCRs positives post-gastro-entérite est actuellement inconnue pour plusieurs pathogènes et par conséquent, une PCR peut rester positive plusieurs jours/semaines/mois après un épisode infectieux et peut donc refléter soit une infection active, soit une infection passée ou soit un portage asymptomatique. De plus nous savons que environ 8% des individus sont porteurs de STEC faiblement pathogènes, ce qui a déjà entraîné une nette augmentation des cas suspects que le NENT reçoit pour confirmation [3], et ces PCRs n’étant pas quantitatives, un suivi de l’infection est totalement contre-indiqué. Un autre effet inattendu de la rapidité des tests est que le médecin peut traiter tout de suite le malade sans attendre les trois jours des résultats de la culture, période qui suffit souvent à faire diminuer les symptômes et à renoncer à tout traitement; ceci pourrait faire augmenter la consommation des antibiotiques, alors que l’un des avantages escompté est une diminution de cette consommation. Dans ce contexte, une mise en culture, bien que moins sensible, reste utile pour la détermination de la susceptibilité aux antibiotiques et pour une éventuelle enquête épidémiologique.

Die letzten 20 Jahre waren in der Mikrobiologie von der Entwicklung und den Fortschritten der molekularbiologischen Techniken geprägt. Diese haben die Identifikation von Mikroben, den direkten Nachweis von Krankheitserregern anhand klinischer Blutproben und sogar die Überwachung des Ansprechens auf bestimmte antivirale und viele andere Behandlungen revolutioniert. Derzeit erobern zahlreiche Schnelltests den Markt. Das Multiplex-Verfahren hat es ermöglicht, das Angebot der getesteten Krankheitserreger zu erweitern und gleichzeitig die Reaktionskosten sowie den personellen Zeitaufwand zu verringern. Angesichts der steigenden medizinischen Kosten wird es zunehmend wichtiger, eine harmlose Erkrankung, die rasch ambulant versorgt werden kann, von einer schweren, die einen Spitalaufenthalt erfordert, unterscheiden zu können. Trotz all dieser Vorteile stellen sich wichtige Fragen bezüglich der Testwahl. Denn keiner der Tests deckt das vollständige Erregerspektrum ab oder ist perfekt, und alle haben einen für das Labor und die Patienten stolzen Preis. Wie kann man dies in einer angespannten Notfallsituation am besten ansprechen?

Le laboratoire de microbiologie d’hier a évolué, les méthodes changent et doivent être prises en considération. Cependant leurs performances doivent être connues, et une bonne communication entre les laboratoires et les médecins cliniciens est essentielle afin de tirer parti des avantages de ces nouvelles technologies et d’éviter une spirale infernale technologique. Correspondance: Gilbert.Greub@chuv.ch

Références 1 Ten years of R&D and full automation in molecular diagnosis. Gilbert Greub, Roland Sahli, René Brouillet and Katia Jaton. Future Microbiol. 2016;11(3):403 –25. 2 Panels gastro-intestinaux par PCR multiplex pour la prise en charge des diarrhées du voyageur: performants et utiles. Laurence Rochat, Antony Croxatto, Serge De Vallière, Valérie D’Acremont, Blaise Genton.Rev Med Suisse, 2017; 13: 963 –7. 3 Augmentation inattendue du nombre de déclarations d’infections à E. coli entéro-hémorragique ces derniers mois en Suisse: influence des nouvelles méthodes de PCR multiplex employées pour le diagnostic primaire? OFSP, 2015, Bulletin 52: 988.


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Antony Croxatto 1 , Guy Prod’hom 1 , Dominique Blanc 2 , Gilbert Greub 1

Automatisation des laboratoires de bactériologie et d’épidémiologie L’augmentation croissante du nombre d’analyses impose à de nombreux laboratoires de microbiologie d’augmenter la productivité tout en maintenant la qualité des prestations. Les limitations de budget et la réduction du personnel peuvent être compenseés par une réorganisation du laboratoire et une évolution technologique capables d’absorber l’augmentation continuelle des tests.

Le laboratoire de bactériologie du CHUV a déjà entrepris l’acquisition de nouvelles solutions technologiques ces dernières années avec notamment l’acquisition de deux MALDI-TOF pour l’identification des microorganismes et d’un ensemenceur automatique (WASP) tout en optimisant l’organisation du laboratoire et les prestations

dois (CHUV) a décidé d’investir dans l’installation d’un système d’automatisation intégrale pour les laboratoires de bactériologie et d’épidémiologie. Grâce à l’automatisation, à la standardisation et à la numérisation, cette procédure permettra de réorganiser entièrement les étapes de travail autrefois manuelles, comme l’ensemencement, l’incubation, la lecture et l’interprétation d’échantillons microbiologiques. L’automatisation devrait permettre 1) d’accroître l’efficience et la productivité, 2) d’augmenter la qualité et la traçabilité, 3) de réduire le temps de rendu des résultats et 4) de permettre un gain financier pour l’institution [1, 2]. Afin de préparer un appel d’offre permettant de répondre à ces objecfournies. En prévision de la continuelle tifs, une analyse détaillée des systèmes augmentation attendue des analyses, disponibles a été effectuée. Le système le Centre hospitalier universitaire vau- BD Kiestra TLA a été choisi, car ce système répond aux besoins et à l’activité des laboratoires de bactériologie et 1 PhD Antony Croxatto, Dr Guy Prod'hom, Prof. Gilbert Greub, Institut de Microbiologie, d’épidémiologie. Avec la nouvelle ins Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) tallation d’automatisation intégrale, les 2 Dr Dominique Blanc, Laboratoire d’épidémio logie hospitalière, CHUV laboratoires de bactériologie et d’épi-

Grâce à l’automatisation, à la standardisation et à la numérisation, cette procédure permettra de réorganiser entièrement les étapes de travail autrefois manuelles…

Service Center      

démiologie devraient pouvoir à l’avenir mettre beaucoup plus rapidement à la disposition des médecins traitants des informations cliniquement pertinentes et de ce fait permettre un traitement plus efficace des patients. De plus, un partenariat public-privé dans le domaine de la recherche et du développement a été initié avec l’entreprise Becton Dickinson qui commercialise ce système d’automatisation, afin de développer des modules automatisés supplémentaires et d’introduire l’intelligence artificielle permettant de réaliser une lecture automatisée des croissances microbiennes et d’apporter une aide à l’interprétation et à la validation des résultats. Ces recherches devraient améliorer le flux analytique en bactériologie afin de poursuivre l’amélioration de la productivité, de la qualité et la réduction du temps de rendu des résultats. La nouvelle installation automatisée a été installée fin août 2017 et mise en service fin septembre. La mise en routine des premiers échantillons sera

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Références

Figure 1: Avant et après l’arrivée de la chaîne au BH18

suivie d’une phase de montée en puissance et du transfert graduel sur le système automatisé d’une grande partie des analyses de bactériologie et d’épidémiologie jusqu’à la fin de l’année 2017. Ce projet complexe a impliqué de nombreux intervenants du département des laboratoires, des laboratoires de bactériologie et d’épidémiologie, du service d’ingénierie biomédicale du CHUV et de la direction des systèmes d’information. Par ailleurs, l’automatisation représente un changement

majeur et une opportunité pour toutes les collaboratrices et tous les collaborateurs des laboratoires de bactériologie et d’épidémiologie. Une gestion de projet et une gestion du changement attentive et performante est nécessaire afin d’atteindre les buts fixés par ce projet ambitieux d’automatisation tout en préservant des conditions de travail optimales et enrichissantes pour le personnel technique [3, 4]. Correspondance: Antony.Croxatto@chuv.ch

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1 Croxatto A, Dijkstra K, Prod'hom G, Greub G. 2015. Comparison of Inoculation with the InoqulA and WASP Automated Systems with Manual Inoculation. J Clin Microbiol 53:2298 – 2307. 2 Croxatto A, Prod'hom G, Faverjon F, Rochais Y, Greub G. 2016. Laboratory automation in clinical bacteriology: what system to choose? Clin Microbiol Infect 22:217–2 35. 3 Croxatto A, Greub G. 2017. Project management: importance for diagnostic laboratories. Clin Microbiol Infect 23:434-440. 4 Opota O, Greub G. 2017. Mentor-mentee relationship in clinical microbiology. Clin Microbiol Infect 23:448 – 453.

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Adrian Egli 1 und Swiss Biobanking Platform 2

Biobanking in der klinischen Mikrobiologie – warum und wie? Biobanken tragen aktiv zu den Fortschritten der biomedizinischen Forschung und Entwicklung bei. Die Verknüpfung von biologischen Proben mit klinischen Daten zu Krankheiten beschleunigt signifikant die Entwicklungen der personalisierten Medizin [1].

Obwohl der Begriff «Biobank» teilweise kontrovers diskutiert wird, sind drei Eigenschaften einer Biobank essentiell: (i) die Sammlung von biologischen Proben in einer standardisierten Form, (ii) die Verknüpfung weiterer verfügbarer Daten mit der Probe und (iii) die Verwendung der gesammelten Proben [2]. Die Sammlung von Proben kann unterschiedlichste humane und nicht humane Materialien umfassen, zum Beispiel isolierte DNA von malignen Tumoren, Serumproben vor und nach einer Impfung oder bakterielle Isolate mit bestimmten Resistenzmustern. Im humanmedizinischen Bereich wer-

Gesetzgebung zu Biobanken

Die Gesetzgebung zum Besitzstand und zu denVerwendungszwecken von biologischen Proben ist weltweit im Detail unterschiedlich geregelt. Die Deklaration von Helsinki ist jedoch eine weltweit anerkannte und wichtige Grundlage für die Forschung am Menschen [3]. Die Schweiz beteiligt sich ebenfalls am Nagoya-Protokoll und an der Deklaration von Taipei der World Medical Association – wichtige Grundlage für Biobanken und den Zugang und die Teilung biologischer Diversität (www.bafu.admin.ch und www. wma.net). Die Sammlung und Verwaltung von biologischen humanen Proben zu Forschungszwecken wird in der Schweiz spezifisch durch das Humanforschungsgesetz (HFG) geregelt. Die Website der Schweizerischen Ethikkommissionen für die Forschung am Menschen gibt weitere detaillierte Auskunft zu dem Thema (www.swissethics. den populationsbasierte von krank- ch). Bei übertragbaren Krankheiten heitsspezifischen Biobanken unter- kann in manchen Situationen auch schieden. In populationsbasierten das Epidemiengesetz (EpG) zur AnBiobanken werden in der Regel grös­ wendung kommen (www.bag.admin. sere Populationsstudien mit Proben ch). Ob das HFG oder das EpG bei der gesunden Bevölkerung durchge- einer konkreten Forschungsfrage beführt. Hierbei können zum Beispiel troffen ist, klärt in der Regel die EthikNormwerte für neuartige Laborpara- kommission bei der Beurteilung eines meter bestimmt werden. Bei krank- Forschungsantrages ab. heitsspezifischen Biobanken werden neben den Proben eines Patienten Qualität von Biobanken in der Regel auch spezifische Infor- Eine hohe Qualität der Proben in einer mationen zur Diagnose, zur Thera- Biobank ist eine der wichtigsten Vorpie und zum klinischen Verlauf der aussetzungen für ihre zukünftige VerKrankheit gesammelt und verknüpft. wendung und die Reproduzierbarkeit Dadurch können zum Beispiel neue der Forschungsergebnisse [4]. ManBiomarker für eine Krankheit entwi- gelnde Reproduzierbarkeit von Forckelt oder Krankheitsprozesse unter- schungsdaten ist ein elementar wichtiges und teures Problem für die Forsucht werden. schung [5]. Eine kürzlich publizierte Studie zeigte, dass die mangelhafte 1 Klinische Mikrobiologie, Universitätsspital Basel 2 Applied Microbiology Research, Universität Basel Reproduzierbarkeit von Forschungs-

Eine hohe Qualität der Proben in einer Biobank ist eine der wichtigsten Voraussetzungen für ihre zukünftige Verwendung.

ergebnissen alleine in den USA Kosten von 28 Milliarden Dollar pro Jahr verursacht [6]. Die Qualitätssicherung von Biobanken, insbesondere der präanalytischen Prozesse, steht hierbei im Vordergrund [7– 9]. Die präanalytische Qualität von Proben kann mit wenigen Variablen einfach beschrieben werden [10, 11], zum Beispiel mit der Differenz des Zeitpunktes der Probenabnahme und jenes der Probeneinlagerung in die Biobank oder Informationen zur Kühlkette bei einem längeren Probentransport. Diese Variablen sollten standardisiert erfasst und dokumentiert werden. In Standard Operating Procedures (SOPs) können die Abläufe innerhalb einer Biobank reguliert und für jeweilige Applikationen angepasst werden. Zur weiteren Qualitätsverbesserung können bestimmte Biomarker zur Beurteilung der Probequalität gemessen werden, z.B. metabolische Marker im Serum [12, 13]. Auf europäischer Ebene entwickelt die Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure – European Research Infrastructure Consortium (BBMRI-ERIC; www.bbmri-eric.eu) entsprechende Richtlinien zu Biobanken und deren Qualität. Die Swiss Biobanking Platform (SBP; www.swissbiobanking.ch) ist eine nationale Koordinationsplattform für humane und nichthumane Biobanken in der Schweiz. Das Ziel der SBP ist, Biobanken im Hinblick auf die zunehmenden Anforderungen der biomedizinischen Forschung bezüglich Qualität und Vernetzung von Biobanken für Forschungszwecke zu unterstützen. Die SBP versucht die Prozesse zur Qualität in der Schweiz zu verbessern. Folgende Aspekte stehen hierbei aktuell im Fokus: (i) generelle Informationen und Einverständnis von Studienteilnehmern; (ii) präanalytische


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Biobanking en microbiologie clinique – pourquoi et comment? Konditionen für die Probenvorbereitung und Lagerung; (iii) Labor-Information-Management-Systeme (LIMS) assoziiert mit den Proben, der Datenlagerung und Vertraulichkeit; (iv) Annotation von Proben und Daten; (v) Rückverfolgbarkeit, Zugang und Verteilung von Proben und Daten für Forschungszwecke; (vi) Unterstützung von Forschern; und (vii) Nachhaltigkeit einer Biobank. Im Herbst 2016 wurde mit der Arbeitsgruppe «Mikrobiologie» ein wichtiger Schritt für die schweizerischen Biobanken mit Fokus auf Mikroorganismen gelegt. Die Gruppe setzte sich aus Vertretern der mikrobiologischen Dia­ gnostiklaboratorien zusammen (Universitätsspitäler, kantonale Laboratorien, Privatlaboratorien und VetSuisse). Die Arbeitsgruppe erarbeitet aktuell entsprechende Empfehlungen zur Sammlung und Lagerung von Proben für die Forschung und Entwicklung. Ebenfalls bietet die Plattform die Möglichkeit einer Vernetzung mit Probenaustausch zur Entwicklung von neuen diagnostischen Tests und bei epidemiologischen Fragestellungen.

Standards für mikrobiologische Biobanken in der Schweiz Mikrobiologen pflegen eine lange Tradition zur Sammlung von Mikroorganismen als Teil von Projekten für mikrobiologische genetische und phänotypische Untersuchungen. Die rasanten Fortschritte in der biomedizinischen translationalen Forschung benötigen die Integration von Biobanken mit hoch entwickelter technologischer Infrastruktur in Genomik, Proteomik, Bioinformatik sowie dem Patienteninformationssystem und den krankheitsbezogenen Datenbanken, so dass Daten von Mikroorganismen mit den humanen klinischen Informationen verknüpft werden können. Ein erster Schritt hierfür ist die Erarbeitung von gemeinsamen Standards in der Nomenklatur von eingefrorenen Mikroorganismen. Als erstes Ziel verfolgt die Arbeitsgruppe «Mikrobiologie» der SBP die Definierung und Identifikation von Qualitätsstandards zur Verwaltung von Bakterien, Viren und Pilzen in Stammsammlungen. Die Konservierung von bakteriellen Isolaten kann mit unter-

La collecte d’échantillons biologiques et la mise en relation de ces derniers avec des informations cliniques permet aux biobanques de les exploiter en faveur de la recherche et du développement de la biomédecine. De nouveaux procédés diagnostiques et des traitements spécifiques contre les maladies peuvent ainsi être développés. Dans le domaine de la microbiologie clinique prévalent les mêmes principes et exigences relatives aux biobanques que dans d’autres domaines de la médecine. Les aspects clés sont la qualité et la documentation, ainsi que la mise en relation d’informations et d’échantillons. Une qualité et une standardisation réduites en pré-analytique entraînent un défaut de reproductibilité. La Swiss Biobanking Platform (SBP) soutient les processus d’amélioration de la qualité et favorise aussi la mise en réseau des biobanques. Le groupe de travail «Microbiologie» de la SBP, récemment créé, élabore actuellement des nouvelles recommandations relatives aux processus de travail, à l’échange d’échantillons, et aux informations à obtenir en vue d’une collection de souches.

schiedlichen Methoden erfolgen [14]. Die Lagerung im Stichagar bei 4°C oder die Cryo-Präservierung mit z.B. Magermilch [15] oder DMSO und die Lyophylisierung [16] sind Optionen. Für Streptomyces sp. zeigte die Cryo-

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Präservierung mit DMSO die besten Resultate [17]. Eine Studie der europäischen Stammsammlung zeigte bei fünf verglichenen Bakterien leicht unterschiedliche Präferenzen bezüglich der Lagerung je nach Spezies [18]. In den meisten Laboratorien hat sich die relativ einfache Lagerung bei minus 80°C z.T. mit Magermilch durchgesetzt. Die European Culture Collection Organisation stellt eine Reihe von Protokollen für die Konservierung von Mikroorganismen zur Verfügung (www.eccosite.org). Bei der Lagerung von Patientenproben für spätere mikrobiologische Untersuchungen, z.B. Stuhl oder Sputum oder extrahierte DNA für Mikrobiom-Studien, sollten spezifische Methoden und Anpassungen verwendet werden [19 –21]. Bei offiziellen Stammsammlungen, z.B. der Deutschen Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (www.dsmz. de), der American Type Culture Collection (www.atcc.org) oder in der Culture Collection of Switzerland (www. ccos.ch), können Isolate gelagert werden. Für die tägliche Routine im Labor erfolgt die Einlagerung jedoch meistens in lokalen Stammsammlungen, auf welche direkt und einfach zugegriffen werden kann. Bei der lokalen Verwaltung einer Biobank fehlt jedoch oftmals eine professionelle BiobankSoftware, da Laborinformationssysteme selten auf entsprechende Funktionalitäten ausgerichtet sind. Somit wird das Potential von Stammsammlungen nicht genügend ausgeschöpft. Professionelle Softwarelösungen erlauben, eine (mikrobiologische) Biobank entsprechend zu verwalten und mit klinischen Informationen zu verknüpfen [22, 23]. Eine mikrobiologische Biobank sollte die verfügbaren Metadaten integrieren und mit der Probe verknüpfen. Diese Informationen können in fünf Themenkreisen zusammengefasst werden: (i) Identifikation des Isolats mit Probenbezeichnung und möglichst genauer Speziesbeschreibung; (ii) weitere mikrobiologische Angaben zum Isolat, z.B. Antibiotikaresistenzen, Virulenzfaktoren, Biosicherheitseinstufung, etwaig vorhandene genomische Daten; (iii) Informationen zur Geschichte des Isolats, z.B. Isolationsdatum und geographischer Ort

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Abbildung 1: (A) Flussdiagramm einer mikrobiologischen Biobank. (B) Probleme in der Reproduzierbarkeit von Forschungsergebnissen aufgrund von Problemen mit Biobanken [nach Freedman LP et al. Plos Biol 2015].

der Isolation, humane oder tierische lität der Biobank eine sehr wichtige Quelle, und weitere epidemiologische Rolle spielt. Für mikrobiologische BioPipette: Biobanken in der Klinischen Mikrobiologie, Egli und SBP, 2017 und klinische Angaben; (iv) weitere banken werden aktuell in der ArbeitsAngaben zu speziellen Kulturmetho- gruppe «Mikrobiologie» der Swiss Bioden, z.B. aerob oder anaerob, notwen- banking Platform entsprechende Empdige Nährmedien und Empfehlungen fehlungen definiert. Die Verknüpfung zur längerfristigen Lagerung des Iso- von mikrobiologischen Biobanken in lates; (v) Informationen zum Verwal- der Schweiz ist eine riesige Chance ter der Stammsammlung z.B. Kon- zur Verbesserung der Forschung und taktdaten, Angaben zu Studien. Die Entwicklung von neuartigen diagnostiArbeitsgruppe erarbeitet eine empfoh- schen Methoden und Therapien. lene Liste an Variablen, welche zu jeKorrespondenz: der dieser obig erwähnten Variablen Adrian.Egli@usb.ch erfasst werden sollte. Zusammenfassend kann gesagt werReferenzen den, dass durch die zunehmenden AnOnline unter: www.sulm.ch/d/pipette → Aktuelle forderungen in der biomedizinischen Ausgabe (Nr. 5-2017) Forschung und Entwicklung die Qua-


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Gilbert Greub 1 , Karl Perron 2

Communication avec le grand public: la parole aux microbiologistes La microbiologie est une discipline dont les enjeux et les retombées comptent parmi les plus importants du XXIe siècle. Si l’étude des microbes a joué un rôle crucial dans le passé pour ses découvertes en biologie et en médecine, elle est immanquablement une science porteuse de grands espoirs pour l’avenir, et cela dans bien des domaines.

Cette discipline des sciences du vivant implique et fascine l’être humain depuis toujours. Déjà Aristote (350 avant J.-C.) émettait l’idée de contagions, en expliquant que la proximité et l’inhalation «d’haleine mauvaise et lourde» de malades pouvaient transmettre la maladie. Cependant, la microbiologie n’est pas uniquement synonyme de maladie, bien au contraire. Les aspects utiles et bénéfiques pour l’être humain sont également connus et utilisés depuis longtemps. Sous le terme microbe sont regroupés les organismes invisibles à l’œil nu, c’est-à-dire les virus, les bactéries, les archées, les champignons microscopiques et les protistes. La microbiologie représente donc un énorme champ d’investigation, souvent victime de mauvaises interprétations et de nombreuses controverses. Il est désormais essentiel d’engager la discussion pour offrir un regard actualisé sur cette discipline. Cet article a pour but de rappeler l’importance de développer la communication en microbiologie, de montrer des possibilités et des exemples qui sont à disposition des professionnels pour y parvenir.

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toujours ancrées dans l’opinion publique. En effet, il est alarmant qu’aujourd’hui encore, certaines personnes n’osent pas sortir sans leur lotion désinfectante pour les mains, doutent de la nécessité de la vaccination, ne comprennent pas le problème mondial lié à la résistance aux antibiotiques ou ne soient pas conscientes du potentiel énorme que peut apporter la connaissance des microbes en matière de développement durable. Ce n’est pas seulement le grand public, mais également bon nombre de spécialistes de la santé qui doivent être informés correctement des enjeux essentiels de cette discipline. La microbiologie étant une science qui évolue très vite, des liens étroits avec les écoles sont également indispensables afin de permettre aux enseignants d’offrir des cours qui répondent aux besoins et aux connaissances actuels.

Communiquer, comment?

S’il est plaisant pour un microbiologiste d’expliquer son travail, il est également de son devoir de participer à la valorisation de sa discipline. Afin d’assurer une transmission d’informations les plus correctes et les plus à jour posCommuniquer, pourquoi? sible, les chercheurs actifs devraient Communiquer, c’est avant tout in- s’impliquer eux-mêmes dans la comformer et expliquer l’importance des munication. En effet, personne n’est connaissances en microbiologie afin plus à même d’expliquer le résultat de démystifier cette discipline et de d’une étude que celui qui a mené le montrer les enjeux capitaux que sou- projet. Trop de résultats, soit mal inlève la recherche dans ce domaine. terprétés, soit sortis de leur contexte C’est également et surtout contrer les ont suscitée des idées fausses. Ainsi aberrations qui sont malheureusement par exemple, les antibiotiques sont si mal considérés (associés à des aller1 Prof. Gilbert Greub, CHUV, président de la SSM gies, des troubles digestifs et cause de 2 Dr Karl Perron, UNIGE, responsable de la section «communication grand public» de la SSM fatigue) que 8% du personnel infir-

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Information der Öffentlichkeit: Den Mikrobiologen das Wort erteilen Die Mikrobiologie als Wissenschaft des Unsichtbaren weckt sowohl Hoffnungen als auch Ängste. Die öffentliche Meinung wird durch einen Informationsmix mit teilweise vollkommen neuen Informationen beeinflusst. Es vergeht nicht ein Tag, an dem nicht von Epidemien, Anti­biotikaresistenzen oder der mikrobiellen Darmflora die Rede ist. Daher ist es heute unerlässlich, zu einem klaren und echten Verständnis dieser Informationsflut beizutragen. Wie kann dies gelingen? Um zu gewährleisten, dass die Zusammenhänge korrekt dargestellt werden, ist die Mitwirkung der Mikrobiologen unerlässlich. Es existieren zahlreiche Kommunikationsmittel, welche die Forscher dabei unterstützen können, ihre Leidenschaft in den Dienst der Gemeinschaft zu stellen.

mier interrogé ne prendrait pas d’antibiotiques même en cas d’infections bactériennes sévères [1]. Et il est plus difficile de tenter à restaurer la vérité au sein d’une communauté que de faire d’emblée l’effort de transmettre un message juste. Alors comment se fait-il que les personnes à la base du savoir – les chercheurs – ne soient pas les principaux intervenants? Dans la réalité, les microbiologistes se retrouvent confrontés à plusieurs obstacles. Certains chercheurs restent timides face à la difficulté de vulgariser des thèmes spécifiques à la microbiologie. Toutefois, l’expérience nous montre que la passion est le meilleur outil pour transmettre et échanger des informations. Le but n’est pas d’imposer un dogme, mais véritablement d’ouvrir la discussion, dans la réalité de la recherche. Nul besoin d’un excès de pédagogie pour partager des connaissances. Il va de soi que les chercheurs doivent se consacrer en priorité à leurs recherches. Il est donc souvent guère facile de trouver le temps pour des activités de communications. Une implication d’un plus grand nombre de chercheurs, représentant le vaste panel des disciplines de microbiologie, permettrait un partage de cette mission, et de mener de front recherche et services à la communauté. De nombreuses institutions possèdent déjà des structures qui permettent de soutenir de tels projets, tant au niveau financier que logistique.

Exemples En Suisse, plusieurs structures existent, qui permettent non seulement au grand public d’accéder aux dernières trou-


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vailles des spécialistes, mais également de faciliter la mission de communication des chercheurs. Ci-dessous sont regroupés quelques exemples d’actions menées dans notre pays: Sites web: −− A travers les sites web des institutions, voire de certains groupes de recherches, il est possible d’obtenir des informations destinées au grand public sur l’actualité de la microbiologie (www.chuv.ch/microbiologie/ en/imu_home/imu-medias.htm). Médias: −− Le site RTS découverte (Radio Télévision Suisse) donne la parole aux spécialistes pour répondre aux curiosités du grand public. www.rts.ch/ decouverte/sante-et-medecine/corpshumain/microbes Ecoles et grand public: −− L’université de Genève a mis en place une interface dénommée BiOutils (www.bioutils.ch). Intégrée à un groupe de recherche, cette structure transmet tout le matériel, protocoles et compétences nécessaires aux enseignants pour effectuer en classe des expériences de microbiologie modernes [2]. Afin de combler une forte demande, une annexe de cette structure a également vu le jour au Tessin. −− TheScienceBreaker est une plate-

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forme permettant de «démocratiser» les publications scientifiques en proposant aux chercheurs de déposer de courts résumés de travaux innovants. www.thesciencebreaker.com −− Des séries de conférences sont organisées chaque année à Genève dans le cadre des Journées de Microbiologie. Destinées au grand public, elles permettent aux meilleurs spécialistes de faire le point sur les connaissances actuelles en microbiologie w w w. u n i g e . c h / m e d e c i n e / f r / faculteetcite/portesouvertes/ microbiologie Financements de projets: −− Le Fonds national suisse de la recherche scientifique (FNRS) engage des financements pour des projets de communication menés par les chercheurs eux-mêmes (AGORA, la rencontre entre la science et la société). Depuis sa création il y a quelques années, bon nombre de projets sur la microbiologie ont été soutenus www. snf.ch/fr/encouragement/communication-scientifique/agora/Pages/ default.aspx Sociétés: −− La Société Suisse de Microbiologie (SSM) a mis en place une section dédiée à la communication. Outre des sessions qui ont lieu pendant les congrès annuels, différentes ac-

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tivités pour le grand public seront mises en place pour informer le grand public et les enseignants de tous niveaux scolaires confondus. http://www.swissmicrobiology.ch/

Conclusion L’avenir de l’humanité passera forcément par la compréhension du monde microbien. Notre planète et surtout les êtres vivants qui la peuplent dépendent en grande partie de ce monde de l’invisible. Nous avons évolué et continuerons d’évoluer avec les microorganismes. Il est donc grand temps de changer la vision désuète de la microbiologie. Chers chercheurs, n’hésitez donc pas à vous impliquer ou à nous contacter si vous désirez mettre en place différentes activités. Correspondance: Karl.Perron@unige.ch

Références 1 Genné D, Greub G, de Torrenté A. Antibiotiques et croyances populaires. Rev Med Suisse Romande. 1998 Mar;118(3):221– 5. 2 Caine M, Zuchuat S, Weber A, Ducret V, Linder P, Perron K. BiOutils: an interface to connect university laboratories with microbiology classes in schools. FEMS Microbiol Lett. Sept. 2015.


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Esther Meyle 1

6. gesundheitspolitische Tagung der SULM

Digitalisierung: Chance und Herausforderung für das Labor Die diesjährige gesundheitspolitische Tagung der SULM fand unter der Moderation von Stephan Hill im September im Kursaal in Bern statt. Unter dem Motto «Digitalisierung: Chance und Herausforderung für das Labor» wurde im Anschluss an die Präsentationen der kompetenten Referenten eine engagierte Diskussion geführt, die aufzeigte, dass es noch einiges aufzuholen gibt …

Wolfgang Korte (Präsident der SULM und CEO Zentrum für Labormedizin KSSG) stellte die Mitglieder der SULM vor – eine heterogene Gruppe, alle auf die eine oder andere Art auf das Labor 4.0 zugehend. Das Gesundheitswesen habe bei der Digitalisierung noch einen weiten Weg vor sich. Auch wenn es scheine, die Labormedizin sei ein Front Runner der Digitalisierung, so gebe es bis zur vernetzten Routine‑ anwendung noch einiges aufzuholen. Dabei könne die SULM als Dachverband Hand bieten. Die Mitglieder umfassen in der Summe nahezu alle Stakeholder, die im Prozess der Digitalisierung im klinischen Labor sowohl betroffen sind, als auch Input geben können. Christian Lovis (Professor and Chairman, Division of Medical Information Sciences, HUG) referierte über das EPDG, das Gesetz zur Einführung des elektronischen Patientendossiers. Eine gut 10-jährige Arbeit, von der viel erwartet wird – doch föderale Strukturen und eine hohe Komplexität wirken nicht als Beschleuniger. Als Vergleich dazu das Schweizerische Impfdossier, initiiert als Stiftung, interoperabel mit dem EPD, das bereits jetzt mehr elektronische Impfdaten ausweise, als es Organspende-Ausweise gebe. Die Rolle des Datenschutzes wurde von Christian Peter (HEP und Partner gmbh) vorgestellt. Den vielen Vor1 Esther Meyle, Redaktion pipette

teilen, die die Digitalisierung mit sich bringe, stehe das Risiko von Datenschutz und Datenmissbrauch gegenüber. Dabei biete der Datenschutz auch in der digitalisierten Welt den Patienten die Chance, selbstbestimmt über ihre Daten zu befinden (Art. 312 StGB). Wer an der Patientenbetreuung beteiligt sei, müsse wissen, wessen Daten bearbeitet werden, und sich darüber Gedanken machen, was der Betroffene will. Oft könne von einer mutmasslichen Einwilligung ausgegangen werden, aber eben nicht immer. Wichtig sei der korrekte Umgang mit der Information im Sinne des Patienten, Entscheidungswege sollten nachvollziehber sein. Zum Thema Allgemeiner Laborbefund – CDA-CH-LREP erklärte Tony Schaller (IHE Suisse) den Sinn des weiteren Austauschformates; die bisherigen deckten nur Spezialfälle ab (Qualitätssicherung, Transplantation, meldepflichtige Erregernachweise). Der Laborbefund LREP entstand aus der Zusammenarbeit zwischen FAMH, HL7, IHE Suisse und der SULM mit dem Ziel, die Verfügbarkeit von Laborleistungskatalog, Laborauftrag und Laborbefund zu ermöglichen. Die Abgrenzung im Austauschformat besteht, die eigentlichen Laborbefunde (Kommunikation) werden nicht übertragen, doch die Weiterverarbeitbarkeit im elektronischen Datenaustausch sei gegeben. Die «Revision der Verordnung des EDI über das elektronische Pa-

tientendossier: Einführung der elektronischen Austauschformate» laufe noch bis zum 25. Oktober, Stellungnahmen sind erwünscht … Yvonne Gilli (Fachärztin für Allgemeine Innere Medizin FMH, Mitglied Zentralvorstand FMH) zeigte den Spannungsbogen zwischen hochspezialisiertem und -technisiertem Berufsalltag in der Zentrumsklinik einerseits und dem Landarzt kurz vor der Pensionierung andererseits auf. Heterogene Entwicklung und unterschiedliche Bedürfnisse sind Herausforderungen mit Entwicklungspotenzial, in dessen Kern die Qualität stehe. Voraussetzung für eine erfolgreiche Digitalisierung sei ein Verständnis für die Komplexität medizinischer Abläufe.

Digitalisierung ist anspruchsvoll In der Diskussion kamen nicht nur die komplexen technischen Gegebenheiten und Notwendigkeiten zur Sprache, ebenso fehlende Ressourcen und die enorme Geschwindigkeit der Veränderung. Doch das Spiel ändert sich, wer nicht mitspielt, verliert. Es ist entscheidend, welcher Mehrwert mit dem klinischen Labor in diesem Rahmen geboten wird. Das Image der Schweiz in Bezug auf Qualität, Sicherheit und Verlässlichkeit ist auch für die Labormedizin eine enorme Chance. Korrespondenz: Esther.Meyle@wortbild.ch

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Congrès annuel de la Société Suisse de Microbiologie (SSM) 2017 à Bâle Le congrès annuel de la Société Suisse de Microbiologie a eu lieu du 30 août au 1er septembre 2017, au centre des congrès de Bâle. Ce fut un meeting particulièrement attrayant, qui a eu lieu en partenariat avec la Société Suisse d’infectiologie, la Société Suisse d’Hygiène Hospitalière, la Société Suisse de Médecine Tropicale et Parasitologie ainsi que la Société Suisse de Médecine des Voyages.

Comme il est de coutume, le premier jour du congrès débuta par des symposia spécifiques. Ainsi il y avait quatre symposia parallèles: microbiologie clinique, microbiologie de l’environnement, biologie des procaryotes et virologie. Ces symposia parallèles ont permis la présentation de nombreux abstracts sous forme orale par des étudiants(-es) en thèse et des postdoctorants(-es). La microbiologie clinique a également donné une large part à des exercices de raisonnement clinique en partenariat avec la Société Suisse d’Infectiologie. Ainsi, différents cas pratiques ont été sélectionnés, puis présentés par les membres des cinq centres universitaires suisses. Le deuxième jour, le congrès annuel de la Société Suisse de Microbiologie a réellement débuté, par une conférence plénière sur les aspects économiques liés à la résistance aux antimi-

Session parallèle de virologie, soutenue par la SCNAT.

thétique, le microbiota, la persistance bactérienne, les tests diagnostiques innovants, l’évolution des microbes, les interactions microbes–microbes, les migrations et leurs impacts écologiques, ainsi que les mycobactéries. Ce congrès fut également marqué par le nombre important de présentations originales, en posters ou orales, provenant de nos différents membres et les membres des autres sociétés co-organisatrices. Enfin, la ville de Bâle nous a accueillis sous un soleil radieux, ce qui a permis

Les récipiendaires des prix SSM 2017 ; de gauche à droite: Alix Coste (membre du « award committee »), Mederic Diard (SSM Encouragement award), Florian Tagini (Poster award, P91), Diogo Leite (Poster award, P149), Pilar Junier (membre du « award committee »). Jos Kramer (Poster award, P163) n’est pas sur la photographie ; les prix posters sont sponsorisés par BioMérieux.

à certains de découvrir la ville à l’aube lors de séance commune et conviviale de jogging et à d’autres de profiter le soir des terrasses, après des journées

crobiens. Cette conférence a montré l’importance de poursuivre l’effort présent dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens et l’utilité d’une recherche active dans ce domaine. Par la suite, différents thèmes ont été développés incluant par exemple les in- Session plénière au centre de congrès de fections zoonotiques, la biologie syn- Bâle.

studieuses. Le programme social a également inclus notre traditionnelle soirée de gala, qui fut un très grand succès. Ainsi, chacun est revenu vendredi

Les présidents des cinq sociétés organisatrices; de gauche à droite Christoph Hatz, Matthias Schlegel, Hans-Jakob Furrer, Gilbert Greub et Juerg Utzinger.

soir à son domicile plein d’idées et plein d’énergie pour poursuivre les efforts de recherche et pour nourrir son activité quotidienne dans le domaine de la microbiologie au sens large. Dirk Bumann et Gilbert Greub


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Rückblick und Ausblick Von den wirtschaftlichen Auswirkungen der Antibiotikaresistenz über Zoonoseinfektionen, synthetische Biologie, Mikrobiota, bakterielle Persistenz und neue innovative Diagnosetests zur Entwicklung von Mi­kroben, hin zu Mikroben-Mikroben-Wechselwirkungen, den Migrationen und ihren ökologischen Auswirkungen wurden gesellschaftlich relevante und hochaktuelle Themen diskutiert. Die Gemeinschaft mit den Schweizerischen Gesellschaften für Infektiologie SSI, Spitalhygiene SGSH, Tropenmedizin und Parasitologie SSTMP sowie Tropen- und Reisemedizin SSTTM war inspirierend, ebenso wie die am ersten Tag durchgeführten individuellen Fachsymposien der SGM. Der diesjährige Jahreskongress war wiederum ein grosser Erfolg. Man darf sich bereits heute auf einen spannenden Kongress vom 28. bis 30. August 2018 in Lausanne freuen, der mit dem Galadinner im Olympischen Museum nur einen der vielen Höhepunkte haben wird.

Congrès annuel de la SSM à Lausanne, du 28 au 30 août 2018 Par ces quelques lignes, nous vous informons que le programme de la future assemblée annuelle de la Société Suisse de Microbiologie, prévue du 28 au 30 août 2018 à Lausanne, s’avère particulièrement attractif.

En effet, durant la journée du 28 août, il y aura, comme à l’accoutumée, cinq séances parallèles organisées respectivement par les sections de microbiologie clinique (Jacques Schrenzel et Gilbert Greub), de microbiologie de l’environnement (Pilar Junier et Jan Van der Meer), de mycologie (Alix Coste et Sophie Martin), de virologie (Stefan Kunz et Volker Thiel) et enfin de biologie des procaryotes (Mélanie Blokesch et Patrick Viollier). Ainsi, chaque microbiologiste, spécialiste de son domaine, trouvera chaussure à son pied. De plus, durant cette journée, les bio-informaticiens, plus particulièrement intéressés à la métagénomique, pourront commencer la journée avec la section de microbiologie clinique pour la poursuivre ensuite avec la section de microbiologie de l’environnement. Les deux autres journées seront sur des thèmes à l’interface entre les différentes sections, mais à nouveau avec des thèmes différents dans cinq salles parallèles. Ces thèmes incluront par exemple la communication grand public (section coordonnée par Karl Perron), l’évolution microbienne, les toxines bactériennes, l’immunité innée, les nouveaux microbes, l’interaction entre pathogènes, la pathogenèse microbienne et la résistance aux antibiotiques. Notons qu’il y aura également une session co-organisée avec la société LS2 (Thierry Soldati) sur l’autophagie, ainsi qu’une session dédiée au principe 3R. Deux sessions donneront aussi l’occasion aux récipiendaires de subside, dans le cadre du PNR72, de présenter leurs travaux (organisés en partenariat avec Christian Dehio). De plus, le dîner de gala aura lieu au Musée Olympique, que vous pourrez visiter juste avant le repas avec l’en-

semble de vos collègues microbiologistes, puisque le musée nous offre un accès privatisé en début de soirée. Sur la base de ce programme préliminaire, attrayant, l’ensemble du comité scientifique se réjouit par avance de vous compter parmi les participants de cette réunion annuelle. Gilbert Greub, président de la société suisse de microbiologie

Di e e t w a s a n d e re We i t e r b i l d u n g .

Berner-Tagung 18. November 2017


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E DAU M RC KA ETTIPOLNA C E

Neu: GenePOC™ revogene™ Fully Integrated Real-Time PCR POCT System Von der Patientenprobe bis zum Ergebnis innerhalb von 60 Minuten in 3 einfachen Schritten (Handson Time < 1 Minute), für 1– 8 Patienten­proben gleichzeitig. Der bereits mehrfach ausgezeichnete revogene™ von GenePOC™ ist ein äusserst innovatives und kompaktes MDx-POCT-System, welches durch einfachste Bedienung, höchste Flexibilität und einen revolutionären PIE (Cartridge) besticht.

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Elecsys® HIV Duo: für eine effiziente und sichere HIV-Diagnostik

Externe Kontrollen für PCR Tests

Der Erreger des erworbenen Immundefizienz-Syndroms (Acquired Immunodeficiency Syndrome, AIDS), das Humane Immundefizienzvirus (HIV) stellt seit mehr als 30 Jahren eine enorme Herausforderung für das globale Gesundheitssystem dar [1,2]. Die Diagnose einer HIV-Infektion kann, basierend auf dem Nachweis von HIV-1 p24 Antigen (HIV Ag) im Blut, frühestens 2–3 Wochen nach dem risikobehafteten Ereignis gestellt werden [3, 4]. Antikörper gegen HIV-1 und HIV-2 (Anti-HIV) sind im Allgemeinen etwa 4 Wochen nach der Infektion im Serum detektierbar [3, 5]. Mit dem Elecsys® HIV Duo Assay, können sowohl HIV Ag, als auch Anti-HIV parallel in zwei getrennten Reaktionen detektiert werden. Auf der Basis dieser Bestimmungen wird das Elecsys® HIVDuo-Gesamtergebnis automatisch vom System errechnet. Die einzelnen Teilergebnisse für HIV Ag und Anti-HIV können zur Unterstützung bei der Auswahl des geeigneten Bestätigungsalgorithmus für reaktive Proben eingesetzt werden. Damit steht dem Labor ein neuer Test der 5. Generation zur Verfügung, der eine präzise und frühzeitige Diagnostik der akuten oder chronischen Phase der Infektion zulässt. Die hohe Spezifität verhindert mühevolle Nachtestungen und aufwendige Bestätigungstestungen, und die ausgezeichnete Sensitivität bietet Sicherheit für Patient und Labor.

AmpliRun®-Amplifikationskontrollen −− 120 verschiedene DNA/RNA-Amplifikationskontrollen für Viren, Bakterien, Pilze und Parasiten. −− enthalten das komplette Genom des Pathogens und sind für konventio­ nelle und real-time-PCR Tests-geeignet.

Der revogene™ bietet die Möglichkeit gleichzeitig bis zu acht Patientenproben durchzuführen. Zudem ist ein Multiplexing von bis zu 12 Targets möglich. Der einzigartige PIE ist äusserst kompakt, produziert somit wenig Abfall und beinhaltet modernste Microfluidics. Das System hat einen grossen Touchscreen zur intuitiven Bedienung, einen integrierten Barcodeleser und USBAnschlüsse. Der revogene™ kann zur elektronischen Übertragung der Resultate mit einem LIS/HIS verbunden werden. Als erste Tests sind C. difficile und GBS Literaturangaben und Information: Direct Swab erhältlich. In Kürze werden weitere Tests und Panels folgen.

AmpliRun® & AmpliRun® Total

AmpliRun® Total −− 20 verschiedene Extraktions- und Amplifikationskontrollen. −− Inaktivierte Mikroorganismen in einer Matrix, die menschliches Probenmaterial simuliert. AmpliRun®-Kontrollen von Vircell sind in der Schweiz exklusiv über RUWAG erhältlich.

Contrôles externes pour PCR AmpliRun® & AmpliRun® Total AmpliRun® contrôles d’amplification −− 120 différents contrôles DNA/RNA pour l’amplification de virus, bactéries, champignons et parasites. −− Contient le génome complet du pathogène et peut être utilisé pour des PCR classiques et real time PCR. AmpliRun® Total −− 20 différents contrôles pour l’extraction et l’amplification. −− Les microorganismes inactivés sont conditionnés dans une matrice qui imite les échantillons humains. Les contrôles AmpliRun® de Vircell sont exclusivement distribués par RUWAG. Weitere Informationen:

Weitere Informationen:

BÜHLMANN Laboratories AG Baselstrasse 55 CH-4124 Schönenbuch Tel. 061 487 12 12 Fax 061 487 12 34 info@buhlmannlabs.ch www.buhlmannlabs.ch

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Roche Diagnostics (Schweiz) AG Industriestrasse 7 CH- 6343 Rotkreuz Tel. 041 799 61 00 E-Mail: info.rdch@roche.com www.roche-diagnostics.ch/Blutbanken

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Für den Inhalt der Texte übernimmt die Redaktion keine Verantwortung | La rédaction n’assume aucune responsabilité pour le contenu des textes.


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Ein guter Jahrgang Jahresbericht der Schweizerischen Gesellschaft für Klinische Chemie SGKC/SSCC Was läuft in den Bereichen Revisionen der KBMAL, der Analysenliste und der Etablierung des CAS Labormedizin? Welche Entwicklungen kommen auf uns zu? Anlässlich der Jahresversammlung im Rahmen der Medi-Labo-Tech in Lausanne präsentierte der Präsident der SGKC den Jahresbericht. Hier die wichtigsten Aspekte davon.

KBMAL light Im Januar 2017 wurde die neue Version der KBMAL 3.0 von der SULM in Kraft gesetzt, nachdem diese über zwei Jahre erarbeitet und durch eine Vernehmlassung der SULM-Mitglieder verabschiedet wurde. Der Vorstand der Schweizerischen Gesellschaft für Klinische Chemie begrüsst die neue Version der KBMAL 3.0, die Kriterien zum Betreiben von medizinischen Laboratorien in einer pragmatischen Form darlegt, die Anforderungen an Infrastruktur und Personal auflistet und ein minimales Qualitätsmanagement fordert, das sich an Akkreditierungsnormen orientiert. Die KBMAL 3.0 kann

auf unserer oder der SULM-Homepage heruntergeladen werden.

Update Analysenliste In diesem Jahre hat auch das Bundesamt für Gesundheit die Aktivitäten zur Transformation der Analysenliste wieder aufgenommen und die Planung des Projekts für die nächsten 3 Jahre skizziert. In dieser Phase des Projekts transAL will das Bundesamt für Gesundheit drei Themen angehen. Erstens wird die Nomenklatur der Analysenliste überarbeitet. Zweitens wird eine neue Struktur für die genetischen Analysen geschaffen und drittens wird die Analysenliste von

mehrfach tarifierten und obsoleten Positionen bereinigt werden. Diese Projekte des Bundesamts für Gesundheit werden durch eine Begleitgruppe von Stakeholdern der Labormedizin unterstützt, zu denen auch die SGKC zählt. Eine erste gemeinsame Sitzung zum Projekt transAL wird im Dezember 2017 stattfinden. Zudem wird das Bundesamt für Gesundheit im 3. Quartal 2018 die finanziellen Auswirkungen der Einführung der schnellen Analysen im Rahmen des Masterplans «Hausarztmedizin und medizinische Grundversorgung» untersuchen. Weitere Informationen haben wir dazu zurzeit keine. →

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Akademisierung der Labormedizin Ein wichtiger Schritt in der Nachwuchsförderung und damit der Sicherung unseres Standes wurde dieses Jahr mit der Genehmigung des Studiengangs «Certificate of Advanced Studies (CAS) in Labormedizin» durch die Universität Zürich erreicht. Der «CAS Labormedizin» wird ab Herbst 2018 von der Medizinischen Fakultät der Universität Zürich angeboten und dauert 24 Monate. Der Studiengang ist eine berufsbegleitende universitäre Weiterbildung mit dem Ziel, den Teilnehmenden fachübergreifende Kompetenzen zur Führung eines medizinischen Labors zu vermitteln. Diese umfassen die wissenschaftliche Basis und Organisation der Labormedizin, die Qualitätssicherung sowie das Management. Ergänzend zu den fachübergreifenden Kursen werden Kurse angeboten, in denen das «State-of-the-Art» des labormedizinischen Vorgehens bei Krankheiten oder in klinischen Situationen vermittelt werden. Dieser «CAS Labormedi-

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Ich hoffe, dass die Organisation der beiden «CAS Labormedizin» die verschiedenen Fachrichtungen der Labormedizin animieren wird, verstärkt zusammenzuarbeiten. Dies mit dem Ziel, die neue Weiterbildung geeint in eine Richtung zu steuern, die mit den Anforderungen in Europa kompatibel ist. Die EU erarbeitet derzeit Direktiven, die zu einer vereinheitlichten Weiterbildung Zusammenarbeit aller Fachrichtungen in Labormedizin und zu einer automaDie Akademisierung und die gegensei- tischen Titelanerkennung innerhalb der tige Abstimmung dieser beiden «CAS Mitgliedsländer führen soll. Lasst uns für Labormedizin» sind ein erster dafür gerüstet sein! Schritt zur Anerkennung der FAMH- Es freut mich, dass wir den ersten Schritt Weiterbildung als Medizinalberuf. Ein in diese Richtung vollbracht haben und solcher Schritt ist meiner Meinung den «CAS Labormedizin» an der Univernach nötig, um die Labormedizin in der sität Zürich etablieren konnten. Doch es Schweiz politisch und wissenschaftlich ist noch ein langer Weg, um unsere Probesser zu positionieren und um unsere fession in einen Medizinalberuf zu wanWeiterbildung international kompatibel deln, der EU-kompatibel ist. zu gestalten. Das impliziert auch eine Prof. Martin Hersberger, Präsident SGKC/SSCC verstärkte Zusammenarbeit der verRapport des groupes de travail de la commission schiedenen Fachrichtungen in der Lascientifique de la SSCC 2016/2017 > Online: bormedizin. Diese haben sich in den www.sulm.ch/d/pipette → (Ausgabe, Nr. 5-2017) letzten Jahren eher auseinanderbewegt. zin» wird alle Fachrichtungen der Labormedizin einbinden und wird die Tronc-Commun-Kurse der FAMH-Weiterbildung ersetzen. Zudem wird an der Universität Genf der französischsprachige «CAS en Médecine de Laboratoire» etabliert werden, dessen Curriculum mit dem «CAS Labormedizin» der Universität Zürich abgestimmt wird.

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Pipette – Swiss Laboratory Medicine, Nr. 5-2017 Microbiology  

pipette – das offizielle Organ der SULM, Schweizerische Union für Labormedizin