En 1870 se involucró en la realización del proyecto del ferrocarril transandino

Además, dictaminó sobre los proyectos del Hospital Dos de Mayo y del hospital psiquiátrico de Lima.

Ernest Malinowski siempre subrayó que era polaco. En muchos de sus proyectos hay una anotación junto a su nombre: «Pologne/Polonia» Ayudó a sus compatriotas, Konstanty Jelski y Józef Siemiradzki, a realizar misiones e investigaciones científicas. Además, contribuyó a la llegada de algunos de ellos a Sudamérica. El grupo, que luego pasó a la historia peruana como los «famosos ingenieros polacos», estaba formado por: Edward Habich, Władysław Folkierski, Aleksander Miecznikowski, Aleksander Babiński, Ksawery Wakulski, Tadeusz Stryjeński.

Hacia el final de su vida, Malinowski padecía una enfermedad cardiaca, la cual probablemente fue debida en gran medida su trabajo en los altos Andes Murió a la madrugada del día 2 de marzo de 1899 a causa de un infarto.

Fue enterrado al día siguiente en el cementerio presbítero Maestro, y es esta fecha la que aparece en el obelisco que el presidente José Pardo y Barreda fundó un año después. Malinowski fue acompañado a su lugar de descanso eterno por una multitud de amigos, representantes de la élite política y científica de Perú y estudiantes