Luchó contra la escuadra española. Su nombre está escrito en la lista de Vencedores del 2 de mayo

En los años siguientes, trabajó en nuevos proyectos ferroviarios: Pisco–Ica, Chimbote–Huaraz, Pacasmayo–Guadalupe, Pacasmayo–Cajamarca En 1870 se involucró en la realización del proyecto del ferrocarril transandino, cuya construcción fue financiada por el estadounidense Henry Meiggs, con la participación del gobierno peruano. Fue una empresa que requirió una cantidad inmensa de trabajo. El ferrocarril transandino estaba obteniendo mucha repercusión en el mundo, no sólo porque ascendía a alturas hasta entonces inalcanzables (casi 5000 metros sobre el nivel del mar), sino también porque representaba un milagro de la tecnología de la época Para trazarlo, se forjaron cornisas en roca sólida, se formaron terraplenes con arena importada de la costa, se lanzaron puentes sobre abismos sin fondo y se forjaron túneles.

Se construyeron un total de 63 túneles, incluido el más largo, llamado La Galera, perforado a 4768 metros sobre el nivel del mar El puente ferroviario más famoso, el de Verrugas, situado a 84 kilómetros de Lima, tiene 218 metros de longitud y 80 de altura. Durante la construcción y la posterior explotación del ferrocarril transandino colaboraron ingenieros y empresas americanas, inglesas y francesas, entre ellas la compañía de Gustavo Eiffel.

En 1874, sobre la empresa se cernía el espectro de la crisis económica. El nuevo presidente de Perú, Manuel Pardo, a pesar de su afecto personal por Malinowski y su comprensión de la necesidad del ferrocarril, finalmente tuvo que detener su financiación. Para salvar la inversión, se procuró no interrumpir las obras y reducir todos los gastos excesivos Tanto Henry Meiggs como Ernest Malinowski dejaron de percibir sus salarios.