El ferrocarril transandino ascendía a alturas inalcanzables 5000 metros sobre el nivel del mar

También estableció la norma del llamado etalón de oro, es decir, la cantidad de oro que contiene una moneda. Junto con el ingeniero francés Emile Chevalier, redactó los estatutos del Cuerpo de Ingenieros y Arquitectos del Estado Además, impartió clases en escuelas de Lima y Arequipa, y pronto comenzó a trabajar en proyectos ferroviarios en la costa peruana.

En 1866, convocado a Lima por el entonces Ministro de Guerra José Gálvez (en privado su amigo), se encargó de fortificar el puerto del Callao, ya que entonces existía una amenaza real de conflicto abierto con España

Ernest Malinowski, junto con dos ingenieros, el peruano Felipe Arancibia y el colombiano Cornelio Borda, elaboró los planos de las fortificaciones, utilizando la línea ferroviaria Callao–Lima existente y cañones de largo alcance importados apresuradamente de Estados Unidos. Una vez todo estaba preparado, fiel al lema «por nuestra libertad y la vuestra», participó personalmente en las batallas en la fortaleza de Santa Rosa. La participación en la fortificación del puerto del Callao y en la batalla cambió por completo los planes de vida del ingeniero polaco Reconocido como héroe nacional de Perú y condecorado por su valentía, no necesitó firmar otro contrato para permanecer en el país y continuar sus actividades