La Caja de Herramientas está compuesta por nueve guías, seis de las cuales se orientan a desarrollar cada una de las Líneas de Trabajo. La finalidad de estas guías es ofrecer a sus destinatarios un conjunto de estrategias diversas y flexibles para el desarrollo de la propuesta pedagógica del Programa Escuelas de Tiempo Completo. Asimismo, propiciar cambios en la práctica docente para que la estancia de los niños en las escuelas sea una experiencia formativa; optimizar el buen uso del tiempo, y promover actividades creativas y novedosas; y atender las necesidades, gustos, aficiones e intereses de los niños.