ribel Guardia. Su hijo Julian, nació de esa unión. La pareja estuvo junta desde 1985 y se separó en 1996, un año después del nacimiento de Julián. A su vida llego la actriz Erica Alonso. De su noviazgo de 12 años, nacieron Juliana y Joana Marcelia. Terminaron en el 2010. Finalmente Alina Espino se convierte en su más grande amor. Se casaron y tuvieron a Marcelia y Sarelia. Alina acompañó en estos últimos años al cantante. Juntos padecieron los terribles golpes que recibió debido al cáncer que durante doce años padeció. A pesar de sus proyectos y éxitos obtenidos, Joan Sebastian se ha enfrentado a las tragedias que han desequilibrado su vida, y lastimado a su familia. Los momentos más oscuros de su vida, los vivió al enterrar
dos de sus ocho hijos. Trigo de Jesús coordinaba la seguridad de su padre, en una de las presentaciones en Mission Texas. En las afueras del recinto, la gente se alebrestó e inesperadamente el joven de 27 años recibió un disparo. Murió asesinado en el 2006. Cuatro años después, en una trifulca en las afueras de un centro nocturno en Cuernavaca, Morelos, el artista perdió a su otro hijo Juan Sebastian Figueroa. Juan, de 32, recibió balazos mortales en el cuello y el abdomen. Fue una época dura, ya que diferentes medios lo vinculaban con el narcotráfico y el asesinato de sus hijos era un ajuste de cuentas. Tiempo después, en una conferencia de prensa, Joan Sebastian hablaría de lo sucedido con dolor y furia, aclarando que nunca ha tenido contacto con el crimen organizado.
El cáncer fue un factor que tenía a la familia en constantes sustos. Durante 16 años Joan Sebastian ha tenido recaídas y dolorosas terapias. A pesar de la fuerza en su carácter y el positivismo que siempre tuvo presente a lo largo de su vida, la enfermedad que se encontraba en sus huesos, lo atacaba alejándolo al final de los escenarios y deteriorando su salud poco, poco hasta que el 13 de julio del 2015 murió después de haber tenido una serie de de agonías y sufrimiento. Murió en su pueblo natal, Juantitla, justo en el día en que era el número de su suerte el 13. Diferentes medios lamentaron la noticia y personas de distintas partes reflexionaban el desenlace con tristeza. Entonces a través de su muerte ahora quedan sus 50 álbumes que de puño y letra nos recordará quién era Joan Sebastian.