“Lad os forkaste dette dekret,” sagde fyrsterne. “Hvor det drejer sig om samvittigheden, har flertallet ingen magt.” Det er statens pligt at beskytte samvittighedsfriheden, og det er grænsen for dens myndighed i religionsspørgsmål. Den verdslige regering, der prøver på at regulere eller påtvinge overholdelse at religiøse ceremonier, prisgiver det princip, som de protestantiske kristne har kæmpet så tappert for. For det første de borgerlige myndigheders indblanding, og for det andet kirkens vilkårlige autoritet. Protestantismen sætter Guds ord over myndighederne — og dette ords myndighed over kirkens. Protestanterne hævdede også deres ret til frit at fremsætte deres overbevisning om sandheden. De ville ikke kun tro og adlyde, men også lære andre, hvad Guds ord siger, og de benægtede, at præst eller dommer havde nogen ret til at blande sig heri. Protesten i Speyer var et højtideligt vidnesbyrd mod religiøs intolerance og hævdede alle menneskers ret til at dyrke Gud ud fra deres egen samvittighed.