Kde pravděpodobně Kunstkomora byla, víme: největší část sbírkových předmětů se nacházela v Novém královském paláci Pražského hradu nad konírnami, v objektu zvaném Chodbové stavení nebo také Dlouhá chodba. Mnohem méně jistoty ale je o obsahu: neurčité zmínky a dohady jsou téměř vše, co po Rudolfově Kunstkomoře zůstalo. To málo, co neklidné časy přežilo, je dnes rozptýlené po velké části Evropy. Ale kde tedy byly císařské alchymistické laboratoře?
Mezi sbírkami mimořádně cenných uměleckých děl, přístrojů a přírodnin Kunstkomory to nejspíš nebylo, přestože někteří badatelé to tvrdí. Stačí si uvědomit, že alchymistické laboratorium, to je čilý ruch, pece, ohniště, chemikálie a začouzené zdi – a to s obrazy a citlivými mechanickými přístroji nejde moc dohromady.
Vypadá to sice divně, ale je tomu tak: víme, kdo všechno pro Rudolfa II. pracoval, máme důkazy, že se císař alchymistické práce osobně zúčastnil, a možná dokonce sám experimenty prováděl, dochovaly se zprávy o postupech, které se na Hradě zkoušely, jsou k dispozici i záznamy o tom, co se pro laboratoře nakupovalo a kolik to stálo – ale můžeme se jenom dohadovat, kde přesně se magické snahy o vylepšování sprosté hmoty do podoby univerzálního léku a slunečního kovu odehrávaly.
Jedním z důvodů jistě je příslušnost alchymie k hermetickým uměním (v oněch časech se mezi umění počítaly i vědy), což už názvem vyjadřuje, že není žádoucí, aby do nich strkal nos každý. Jsou tu ale nejspíš i důvody mnohem prozaičtější, třeba ten, že Rudolf II. byl od přírody introvert, který se veřejnosti spíš stranil. Za jeho časů tak Pražský hrad kromě hradeb obepínala i zeď mlčení, ještě zesílená kvůli nevoli jeho habsburských příbuzných týkající se císařových astronomických výdajů za vědecké a okultní aktivity.
Ty patřily k hlavním argumentům častých požadavků na jeho abdikaci z postu císaře Svaté říše římské a Rudolf rozhodně neměl důvod jim k tomu dodávat další podklady.
I proto k němu sice měli otevřené dveře učenci, ale pro ostatní dvořany (mezi nimiž prokazatelně byli informátoři jeho bratra Matyáše, jak ostatně i naznačoval film Císařův pekař, ale i dalších panovníků, včetně anglické královny, jak ještě uvidíme) to bylo mnohem obtížnější.
Dalším důvodem izolovanosti Hradu od města (nejen informační) mohl být tehdejší stav Prahy, již mnohé zprávy z té doby líčí jako špinavou, zapáchající, plnou nemocí a kriminality. Nebude náhodou, že Rudolf, který sem přišel ze zjemnělého Španělska, nechal na Hradě zřídit první českou toaletu s odvodem splašků. Ve zbytu města se nechutný obsah „nočních nádob“ prostě lil z okna rovnou na ulici.
Nemnohé útržkovité zprávy, které máme z těch časů, jsou ohledně umístění císařských laboratorií velmi neurčité a vypadají asi takhle: „… byla zbudována krytá chodbička k novému laboratoriu…“ Nebyl to jediný takový objekt, který na Hradě během vlády Rudolfa II. vznikl. Plachý panovník měl averzi ke styku s veřejností, dokonce i jeho příjezd do Prahy
roku 1583 na počátku vlády se – navzdory vžitým zvykům –obešel bez vítání a jásajících davů. Proto si také nechal vybudovat kryté lávky mezi nejdůležitějšími objekty Hradu, aby se tu mohl pohybovat, ale nemusel se setkávat s těmi, které potkat nechtěl. Takže ohledně míst, kde se na Pražském Hradě provozovala alchymie, zbyly jen dohady a pověsti podobné těm, které už známe v souvislosti se Zlatou uličkou.
Mnohem lépe víme, kde laboratoře nebyly, přestože se o tomto jejich umístění často mluví (ještě uvidíme, že zdaleka nejde jen o Zlatou uličku), než kde se doopravdy nacházely. Je ostatně velmi pravděpodobné, že mnohé alchymistické experimenty se odehrávaly mimo prostory hradu, v soukromých sídlech alchymistů pracujících pro císaře. Například
Edward Kelly bydlel a laboroval v již zmíněném Faustově domě, další měli sídla v pitoreskním prostředí Nového Světa nebo na Malé Straně a možná i jinde.
Ale zpět k Pražskému hradu, protože ze zmínek o Rudolfově přítomnosti u laborací, nebo dokonce o jeho vlastní alchymistické aktivitě, vyplývá, že nějaké laboratoře tu být musely. Existuje romantická představa, že šlo o rozlehlé tajné podzemní prostory – ne nepodobné těm z filmu Císařův pekař –, kde esotericky kutily stovky Rudolfových mágů.
V jednom ze svých děl je podrobně popsal americký badatel Henry Carrington Bolton. Koncem 19. století napsal: „Císařská laboratoř na Hradčanech zabírala dvě propojené místnosti v přízemí staré jednopatrové budovy, dříve používané jako přístřešek pro hradní kočáry. Místnosti byly nahrubo vydlážděné, nerovná podlaha zůstala jako za starých časů. Na jedné straně větší místnosti bylo postaveno několik komínů, v nichž se cihlové pece zbavovaly kouře a sazí.“ Jak na to Bolton přišel, se neví a jiné důkazy pro existenci těchto prostor se nenašly. Možná právě tady se inspirovali tvůrci kulis Fričova filmu.
Je ale skoro jisté, že nic na způsob „Ústředních císařských alchymistických laboratoří“ neexistovalo, a tak o to větší