De afdeling Handelsmuseum had te kampen met een bijzonder probleem. Tijdens de voorbereidingen in 1939 was niet stilgestaan bij de aanzienlijke hoeveelheid specimens op sterk water. De vloeistof waarin deze natte collectie werd bewaard was uiterst brandbaar. Besloten werd alle alcoholoplossingen en andere brandbare stoffen te laten wegvloeien.18 De annalen vermelden niet of en hoeveel materiaal daardoor verloren is gegaan. Mogelijk is het besluit zelfs nooit uitgevoerd. Op de dag van het besluit, 15 mei, tekende Nederland de capitulatie en was de grootste dreiging voorbij.
Wel lag er op de zolder van het museum een afgezwaaide granaatkop, die dwars door het dak naar binnen was gekomen.22 De lichthal bleef onbeschadigd, net als de objecten die daar op dat moment stonden opgesteld. De eerste ledenvergadering van de Koninklijke Vereniging Koloniaal Instituut in bezettingstijd vond plaats op 20 mei 1940. De gewijzigde politieke toestand was bij deze vergadering uiteraard het hoofdonderwerp van gesprek. Voorzitter van de vergadering was mr. dr. A. baron Röell, tevens commissaris van de koningin van de provincie Noord-Holland. Deze probeerde de zorgen die tijdens de bijeenkomst geuit werden weg te nemen. Hij was van mening dat de Duitsers niets liever wilden dan meewerken aan het in stand houden van de normale gang van zaken. Tijdens conferenties met Duitse ambtenaren had Röell een ‘zeer goede indruk gekregen van de houding van de bezettingsoverheid’.23 De aanname dat de Duitsers het graag rustig aan wilden doen en het dagelijkse leven niet drastisch wilden ontwrichten bleek vooralsnog een juiste inschatting van de baron. Anderen waren echter sceptischer. Zij merkten op dat er nu nog niets te zeggen viel over hoe de toestand zich zou ontwikkelen. In deze context was ook de identiteit en missie van het instituut een punt van aandacht. Per slot van rekening wist men niet in hoeverre de Duitsers wellicht invloed wilden gaan uitoefenen op het werk van het Koloniaal Instituut. Voor ir. W.L. Utermark, algemeen conservator van de afdeling Handelsmuseum, bestonden er geen twijfels. Hij merkte al eerder, tijdens een vergadering van de Raad van Beheer op dat het Koloniaal Instituut ‘een zuiver wetenschappelijke taak heeft, welke internationaal bekend is en gewaardeerd wordt. Bij de besprekingen van de in de allernaaste toekomst op te dragen werkzaamheden kan men alleen hiervan uitgaan’.24 Of het Koloniaal Instituut ‘wetenschappelijk zuiver’ door de bezetting kwam, zal later blijken.
Nederland was door de Duitsers bezet. Voor velen kwam dit als een schok, ook voor menig instituutsmedewerker. Er heerste onzekerheid over hoe men zich nu tegenover de bezetter moest gedragen, en hoe het met het Koloniaal Instituut verder moest. De Nederlandse overheid in zijn oorspronkelijke vorm bestond immers niet meer. De Koninklijke familie en de Nederlandse regering met haar ministers weken nog tijdens de oorlogsdagen uit naar Londen. Volgens gedragsregels die de Nederlandse regering reeds in 1937 onder het overheidspersoneel verspreidde, moesten ambtenaren tijdens een oorlog- of bezettingssituatie in hun functies blijven, zolang dit in het belang was van de bevolking.19 Voor de Duitsers kwamen deze aanwijzingen goed van pas. Om chaos onder de bevolking te vermijden lieten de Duitsers de Nederlandse ambtenarij aanvankelijk haar gang gaan. Ook het personeel van het Koloniaal Instituut bleef op zijn post en ging zo spoedig mogelijk weer aan de slag. Gedurende de oorlogsdagen bombardeerden de Duitsers Schiphol en ook op het centrum van Amsterdam vielen bommen. Op de hoek van de Blauwburgwal met de Herengracht werd een woonhuis vol getroffen, waarbij tientallen doden en gewonden vielen.20 Maar anders dan in Rotterdam werd Amsterdam door de Duitse luchtmacht niet systematisch platgebombardeerd en de stad liep relatief gezien weinig materiële schade op. Een van de eerste taken waar het instituutspersoneel na de oorlogsdagen mee belast werd, was het opnemen van de schade aan het gebouw. Die bleek erg mee te vallen. Slechts enkele splinters en scherven waren op de daken van het instituut terechtgekomen.21
Daags erop, op 21 mei 1940, opende het museum zijn deuren weer voor publiek. De meest kostbare kunstschatten bleven nog een tijdje opgeborgen, maar in juni werden ook die weer tevoorschijn gehaald en geëxposeerd. In diezelfde maand vond in het museum een opmerkelijke rondleiding plaats. Hermann Göring, de 16