O Plano Operativo Anual do ISAGS conta com atividades, produtos e metas planejadas, bem como o orçamento detalhado dos eixos estratégicos: Gestão da Informação; Determinantes sociais da Saúde, Sistemas Universais de Saúde, e Economia Política da Saúde. Além disso, constam no POA os principais atividades e produtos a serem desenvolvidos pelo Instituto no ano de 2013.