El Sistema Soporte para la Toma de Decisiones (SSTD) tiene como propósito establecer las bases para acceder, articular, procesar e integrar información relacionada con la Cuenca, y hacerla disponible a las instituciones que lo requieran, en apoyo a la toma de decisiones para la gestión integrada de los recursos hídricos. El sistema es una herramienta operativa de utilidad en ocurrencia de eventos hidrológicos extremos y de alto riesgo como inundaciones, sequías, contaminación de aguas y alertas de desastres naturales o causados por el hombre. El SSTD fue proyectado por especialistas de los cinco países de la Cuenca, quienes acordaron los objetivos, el contenido y el diseño del mismo. Los desarrollos de software del sistema estuvieron a cargo del Centro Internacional de Hidroinformática (CIH) de UNESCO, de la Fundación Polo Tecnológico Itaipú (PTI).