Las evaluaciones acerca del estado de las aguas de los ríos de la Cuenca del Plata se han efectuado con escaso grado de coordinación entre los países y responden, más que nada, a dar respuesta a necesidades específicas, como puede ser el impacto de una presa hidroeléctrica o la actividad de la hidrovía. A través de diferentes estudios se ha establecido que las aguas superficiales de la Cuenca del Plata reciben los aportes de contaminantes tanto de origen inorgánico (como por ejemplo metales pesados procedentes de las actividades mineras, industriales e hidrocarburíferas) como también de naturaleza orgánica. Estos últimos aumentan significativamente con descargas urbanas, agrícolas e industriales, identificándose la presencia de compuestos orgánicos persistentes (COP) y pesticidas altamente peligrosos (PAP).
