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La biología molecular en el apoyo al diagnóstico infectológico
Técnicas disponibles
La aplicación de técnicas derivadas de la Biología Molecular en el laboratorio clínico ha revolucionado la forma de realizar el diagnóstico de enfermedades infectocontagiosas, oncológicas y genéticas, entre otras. Su técnica pivotal la Reacción de Polimerasa en Cadena (o PCR, por sus siglas en inglés) permite obtener in vitro millones de copias de un fragmento de ADN o ARN a partir de una sola molécula.
Aplicada al diagnóstico de enfermedades, permite mejorar enormemente la sensibilidad en la detección, acortar los tiempos de respuesta e identificar patógenos difíciles o imposibles de cultivar en la mayor parte de los laboratorios (por ejemplo, los virus). Por lo mismo, esta técnica fue fundamental durante la pandemia del COVID 19, constituyendo la principal herramienta de diagnóstico en el mundo para la detección del virus en pacientes. Es en este contexto que el Laboratorio ELSA ha focalizado el desarrollo del área de biología molecular en el apoyo al diagnóstico de enfermedades infectocontagiosas. En la actualidad, cuenta con un completo menú de pruebas, minuciosamente seleccionado de modo de dar respuesta a las principales necesidades diagnósticas de médicos clínicos en la atención ambulatoria y hospitalaria. Estas técnicas están disponibles en todos los centros médicos IntegraMédica y en la Clínica Bupa Santiago.
PRUEBAS DISPONIBLES
INFECCIONES RESPIRATORIAS
Actualmente nuestro laboratorio tiene capacidad para procesar hasta 3.000 exámenes de PCR SARS-CoV-2 de forma diaria. Esto se logró durante la pandemia, debido a la necesidad de dar respuesta a la alta demanda que existió por este examen. El laboratorio trabaja con diferentes marcas para la realización del ensayo, lo que permitió evitar quiebres de stock de reactivos e insumos, problema frecuente a lo largo de los años de esta crisis sanitaria. Dentro de los equipos utilizados para la ejecución de la técnica de PCR SARS-CoV-2 , el laboratorio cuenta desde el año 2021 con el equipo Alinity m, de marca Abbott, plataforma de última generación, que permite obtener el resultado de manera totalmente automatizada, y con una sensibilidad mayor a la de otras plataformas. Junto con el desarrollo en la detección de SARSCoV-2 se han implementado múltiples PCR individuales o en paneles para apoyar el diagnóstico de infecciones respiratorias dando alternativas de solicitud de acuerdo a la sospecha diagnóstica y/o virus circulante que esté predominando.
• PCR SARS-CoV-2
• PCR Influenza
• PCR VRS
• Panel Respiratorio FilmArray™
• Panel Neumonia FilmArray™ • Panel respiratorio 4 virus (Influenza A, influenza B, VRS y
Sars Cov 2) • Panel respiratorio 7 virus (Influenza A, influenza
B, VRS, SARS-CoV-2,
Metapneumovirus, Adenovirus,
Parainfluenza y Rinovirus). • Panel respiratorio bacteriano (Chlamydophila pneumoniae,
Mycoplasma pneumoniae,
Legionella pneumophila,
Bordetella pertussis,
Bordetella parapertussis,
Streptococcus pneumoniae y
Haemophilus influenzae).
Detección de Chlamydia trachomatis y Neisseria gonorrhoeae
Este examen es realizado en un sistema completamente automatizado, con alta sensibilidad y especificidad (Cobas 4800 de Roche). Se realiza en nuestro laboratorio desde el año 2016.
Panel ETS
Este panel recientemente disponible en nuestro laboratorio incluye Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma urealyticum y Ureaplasma parvum C. trachomatis es la infección de trasmisión sexual bacteriana más frecuente en el mundo con mayor
Número de exámenes procesados por PCR para detección de C. trachomatis y N. gonorrhoeae distribuidos por sexo y edad.
Laboratorio Elsa 2016-2022 prevalencia entre jóvenes entre 15 y 24 años, en mujeres aproximadamente el 80% de los casos puede ser asintomática y al no ser tratadas puede producir secuelas reproductivas importantes como infertilidad y embarazos ectópicos. Existe un amplio consenso a nivel internacional y nacional de recomendar el tamizaje por técnica de PCR de mujeres en grupos etarios de mayor riesgo (<25 años) y también es recomendado en embarazo y frente a presencia de otras ETS Es la principal causa de uretritis no gonocócica con 15 a 40% de los casos seguida de M. genitalium con un 15 al 25%, cuyo diagnóstico solo se puede realizar por técnicas de biología molecular. En nuestro laboratorio se han procesado entre 2016 y noviembre del 2022 más de 95.000 exámenes de PCR para detección de Chlamydia trachomatis y Neisseria gonorrhoeae con una positividad total para C. trachomatis en mujeres del 5.7% y en hombres de 11.8% y una positividad total para N. gonorrhoeae de 0.45% en mujeres y 5.3% en hombres. En los siguientes gráficos podemos observar la distribución por grupo de edad y sexo de los exámenes procesados para detección de Chlamydia trachomatis y Neisseria gonorrhoeae y el porcentaje de positividad obtenido por grupo de edad que al igual que lo descrito en la literatura el mayor porcentaje detectado es en los menores de 25 años. La mayor positividad en hombre con respecto a mujeres se explica porque habitualmente es solicitado frente a cuadro sintomático.
Porcentaje de positividad de deteccion de C. trachomatis en exámenes procesados por PCR distribuidos por sexo y edad
Laboratorio Elsa 2016-2022
Porcentaje de positividad de detección de N. gonorrhoeae en exámenes procesados por PCR distribuidos por sexo y edad
Laboratorio Elsa 2016-2022
VIRUS HERPES I Y VIRUS HERPES II
Esta técnica está disponible para lesiones localizadas, muestras mucocutáneas e infecciones sistémicas en muestras de sangre, líquido cefalorraquídeo y lavado bronco alveolar.
El VPH es el principal agente etiológico infeccioso asociado con la patogénesis del cáncer de cuello uterino. La presencia de VPH, ha sido implicada en el 99% de los cánceres cervicales alrededor del mundo, de ahí la importancia de su detección temprana. Esta prueba permite la detección de ADN del VPH con una elevada sensibilidad y especificidad ya que identifica 14 genotipos de alto riesgo, agrupados según prevalencia en “genotipo 16”, “genotipo 18” y “otros HPV de alto riesgo” (grupo AR), en los cuales se incluye 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 y 68.
N° de exámenes procesados en mujeres para detección de HPV por técnica de PCR
Laboratorio Elsa 2016 -2022 (nov)
Exámenes recibidos por año. En el gráfico se puede apreciar que desde el 2016, año en que nuestro laboratorio comenzó a procesar la técnica, la solicitud de este examen ha aumentado significativamente. Lo que en parte se ha logrado debido al trabajo colaborativo con los distintos segmentos. Sobre este punto, en IntegraMédica Alto las Condes, se está realizando un piloto de detección precoz de cáncer Cervicouterino, el cual tiene como eje central el uso de este método diagnóstico por sobre el PAP.
Distribución de genotipos de HPV detectados por grupo de edad en mujeres
Laboratorio Elsa 2016-2022 (nov)
En este gráfico se muestra la distribución por genotipo de VPH, según el grupo etario analizado. Observamos que el grupo más prevalente es el que engloba a 12 genotipos de alto riesgo, seguido por el Genotipo 16. Del total de pacientes analizados (13.929) la positividad alcanzada es de un 37,6%. Dentro de los pacientes con resultado positivo para la detección de VPH, un 16,5% presenta portación de más de un genotipo viral a la vez. Para su ejecución, el laboratorio cuenta con el equipo Cobas 4800 de Roche, que permite procesar una alta cantidad de exámenes de forma diaria, totalmente automatizada. Además, esta técnica está certificada por la FDA, siendo ampliamente usada por diferentes laboratorios públicos y privados a lo largo del país y del mundo.
El Ministerio de Salud decretó el pasado 25 de junio la Alerta Sanitaria por Viruela Simica en el marco del reforzamiento de la vigilancia y control de la enfermedad. La medida entrega facultades extraordinarias a la autoridad sanitaria para prevenir la diseminación de la Viruela del Mono. Dentro de estas medidas, está facultar a los laboratorio privados y públicos de herramientas de diagnóstico de esta enfermedad, por lo cual nuestro laboratorio trabajó precozmente en un plan de implementación y validación de la técnica. El 23 de septiembre se obtuvo la autorización del ISP para procesar e informar los casos sospechosos de esta enfermedad y a partir del 21 de octubre se recibieron las primeras muestras a analizar. En el actual contexto epidemiológico, el ISP solicita que se le envíen las muestras que resulten positivas con alta carga, con el fin de realizar vigilancia molecular.
TÉCNICAS DE APOYO AL TRATAMIENTO DE PACIENTES INMUNOSUPRIMIDOS
OTRAS TÉCNICAS DISPONIBLES DENTRO DE LA SECCIÓN
Dentro de las técnicas que el área de biología molecular tiene disponibles, se encuentran las destinadas al seguimiento y diagnóstico de pacientes con enfermedades que los llevan a un estado de inmunosupresión. Carga viral VIH: este examen se utiliza de rutina en el control de tratamiento de los pacientes con infección por el virus del VIH, se implementó el laboratorio en 2016. Detección y medición de carga viral de citomegalovirus: validada para muestras de sangre, orina, lavado bronco alveolar y líquido cefalorraquídeo. Detección y medición de carga viral de Epstein Barr: validada para muestras de sangre y líquido cefalorraquídeo. Detección de Pneumoystis jirovecci: validada para muestras de lavado bronco alveolar y esputos.
Panel diarrea viral: Panel orientado a la detección de virus causantes de infecciones gastrointestinales, en sólo una reacción. Incluye la detección de Rotavirus, Sapovirus, Adenovirus (serotipos F40 y F41), Astrovirus y Norovirus (GI y GII). Detección de Clostridium difficile toxigénico: Esta bacteria es una de las frecuentes en la asociación con infecciones nosocomiales y colitis asociadas a antibioterapia de amplio espectro.
