Sejarah Pondok Pesantren Al-Khoirot Lembaga pendidikan ini didirikan oleh KH. Syuhud Zayyadi. Lembaga ini dahulunya adalah hanya sebuah surau kecil tempat pendiri Pondok Pesantren Al-Khoirot, KH. Syuhud Zayyadi mengajarkan ilmunya dan menggembleng keluarga dan tetangga dekat. Untuk santri putri, kepemimpinan dipegang oleh istri beliau Ny. Hj. Masluhah Muzakki. Desa Karangsuko dipilih setelah melalui proses konsultasi spiritual dengan seorang ulama Madura bernama KH. Baqir. KH. Syuhud Zayyadi mengasuh pondok ini kira-kira selama 30 tahun (1963-1993 M), kepengasuhan pondok pesantren selanjutnya dipegang oleh menantunya, KH. Zainal Ali Suyuthi sampai sekarang. Sementara Ny. Hj. Masluhah Muzakki memegang tampuk kepemimpinan pondok putri selama 33 tahun yaitu sejak pertama kali didirikan pada 1964 sampai beliau meninggal pada 1997. Kepemimpinan pondok putri kemudian diteruskan oleh Ny. Hj. Luthfiyah Syuhud yang tak lain adalah putri dari pendiri pesantren. Kepemimpinan Ny. Hj. Luthfiyah dibantu oleh saudaranya yaitu Ny.Hj. Juwairiyah Arifin dan Ny. Husnia Khoirotus Sa'adah. Kepemimpinan KH. Zainal Ali Suyuthi dibantu oleh saudara-saudaranya yaitu H. Ahmad Fatih, H. Ja'far Sodiq, H. Muhammad Hamidurroham dan H. Muhammad Humaidi. Sistem Pendidikan Sejak awal berdirinya, Pondok Pesantren Al-Khoirot memberlakukan sistem tradisional. Yaitu, pengajian sorogan, wetonan, bandongan serta madrasah diniyah. Sejak 2009, lembaga ini memperkenalkan sistem pendidikan modern yaitu pendidikan formal madrasah tsanawiyah (MTs) dan madrasah aliyah (MA). Visi, Misi dan Tujuan Visi, Misi dan Tujuan Ponpes Al-Khoirot: A. Visi Pesantren "Membentuk santri yang berkwaitas dalam bidang Imtaq dan Iptek dan berakhlakul karimah" Indikator Visi : a. Unggul dalam kemampuan intelektual b. Unggul dalam keterampilan/skill c. Unggul dalam beraktifitas keagamaan dan berakhlakul karimah d. Unggul dalam prestasi akademik e. Unggul dalam persaingan melanjutkan ke jenjang pendidikan tinggi baik Nasional maupun Internasionnal B. Misi Pesantren