De 1989 a 1994, o CINDACTA II absorveu a área sobrejacente aos estados de São Paulo e Mato Grosso do Sul. Em 1998, com a desativação do Serviço Regional de Proteção ao Voo de Porto Alegre (SRPV-PA), incorporou as atividades até então desempenhadas por aquela unidade, atendendo ao prescrito na Portaria nº 512/ GM3 de 30 de julho de 1997. Para o devido cumprimento de sua missão, assim como o CINDACTA I, o Centro presta serviços de Gerenciamento de Tráfego Aéreo, Defesa Aérea, Informações Aeronáuticas, Meteorologia Aeronáutica, Telecomunicações Aeronáuticas e Busca e Salvamento. Em sua estrutura o CINDACTA II dispõe de um Centro de Controle de Área (ACC-CW); sete Centros de Controle de Aproximação (APP); oito Torres de Controle de Aeródromo (TWR); além de Estações de Telecomunicações Aeronáuticas, distribuídos pela sede e pelos Destacamentos sob sua jurisdição. Com um efetivo de mais de duas mil pessoas e apoiado por uma extensa rede de radares e estações de telecomunicação, alojadas em áreas estratégicas, o órgão mantém instalações em uma série cidades brasileiras. Dispõe de 15 Destacamentos de Controle do Espaço Aéreo (DTCEA) instalados nos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Mato Grosso do Sul e Paraná. São eles: • DTCEA-BI – Bacacheri (PR) • DTCEA-CO – Canoas (RS) • DTCEA-FI – Foz do Iguaçu (PR) • DTCEA-CT – Curitiba (PR) • DTCEA-FL – Florianópolis (SC) • DTCEA-PA – Porto Alegre (RS) • DTCEA-SM – Santa Maria (RS) • DTCEA-UG – Uruguaiana (RS) • DTCEA-JGI – Jaraguari (MS) • DTCEA-MDI – Urubici (SC)
• DTCEA-CGU – Canguçu (RS) • DTCEA-STI – Santiago (RS) • DTCEA-CDT – Catanduvas (PR) • DTCEA-CG – Campo Grande (MS) • DTCEA-CR – Corumbá (MS) Em 2007 o CINDACTA I cedeu parte do espaço aéreo sob sua jurisdição, mais precisamente no estado do Rio de Janeiro e no sul de Minas Gerais, ao CINDACTA II. No ano de 2008 deu-se início a primeira fase do programa de Redimensionamento das Regiões de Informação de Voo (FIR) – o REDIM, quando foram implementadas as transferências dos Setores 13 e 14 da FIR Brasília para a FIR Curitiba. Com as alterações, este Centro recebeu as Bases Aéreas do Galeão, Afonsos e Santa Cruz (Força Aérea Brasileira), além da Base Aérea Naval de São Pedro da Aldeia (Marinha do Brasil) e do Comando de Aviação do Exército (Exército Brasileiro). Mais adiante, em 2010, o SAGITARIO entrou em operação em sua primeira versão (1.2) e, neste ano de 2014, conclui sua transição para a versão 2.1 com grande sucesso.
Diferente do Primeiro Centro (e dos demais Centros, como veremos a seguir), o CINDACTA II possui, além de um Centro de Operações Integradas subterrâneo e um Centro de Controle de Busca e Salvamento (RCC-CW), uma Prefeitura de Aeronáutica, Banda de Música, um Batalhão de Infantaria (BINFA) que administra um canil, Hotel de Trânsito, Capela e uma Organização de Saúde Aeronáutica (com consultórios médicos e odontológicos, centro cirúrgico, leitos de internação, centros de ultrassonografia e radiologia, além de laboratório de análises clínicas e farmácia hospitalar), agregando ao Centro características próprias de um Comando Aéreo Regional (COMAR). Excelência é mesmo palavra de ordem no CINDACTA II. Como bem diz a sabedoria popular, em time que está ganhando não se mexe – principalmente quando a soberania nacional está em jogo. Desta forma, dando continuidade aos trabalhos, os olhos da Aeronáutica se voltaram para a região nordeste do Brasil. Nascia, no final da década de 80, o Terceiro Centro Integrado de Defesa Aérea e Controle de Tráfego Aéreo.
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