BIOLOGÍA MOLECULAR Y CARACTERIZACIÓN DE LAS POBLACIONES HUMANAS
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4.2.1.2. Sondas TaqMan Se puede mejorar la especificidad utilizando sondas fluorescentes (oligonucleótidos de alrededor de 25 pb) que se unen por complementariedad a secuencias blanco del ADN. Las sondas TaqMan permiten la cuantificación específica del ADN complementario (ADNc) de interés incluso en la presencia de amplificación inespecífica y dímeros de cebadores. Estructuralmente las sondas TaqMan están conformadas por un fluoróforo en su extremo 5´ y un quencher o inactivador de señal en el extremo 3´ de la sonda. Funcionalmente las sondas se acoplan al ADN por complementariedad de bases en la fase de anillamiento y en la fase de elongación la ADN polimerasa degrada a la sonda y cuando el fluoróforo se distancia del quencher emite señal a una respectiva longitud de onda la cual es captada por un fotoreceptor (Figura VIII.7). Aplicativamente, las sondas TaqMan pueden ser utilizadas para la determinación de polimorfismos o mutaciones en el ADN. Cuando se realiza un análisis genotípico se debe utilizar dos sondas, la una con la presencia del nucleótido del primer alelo y la otra con la presencia del nucleótido del segundo alelo, y así determinar si el individuo es homocigoto normal, heterocigoto u homocigoto mutante. Además, las sondas TaqMan también pueden ser utilizadas para el análisis de expresión génica a partir del estudio del ARNm.
FIGURA VIII.7. SONDAS TAQMAN. Sondas específicas que permiten determinar la presencia de una determinada secuencia de ADN del genoma, cuya activación ocurre en el paso de elongación de la PCR (IIB, 2014).