Juan N. Álvarez e Ignacio Comonfort Una vez que la revolución dio frutos, Santa Anna renunció al poder y Juan Álvarez se convirtió en el nuevo presidente de México, su gobierno iniciaría e 4 de octubre de 1855 y terminaría el 11 de diciembre del mismo año. Durante su mandato, gobernó bajo la Ley Juárez, que establecía la desaparición de los tribunales especiales de cualquier índole, solamente permitiendo los eclesiásticos y los militares. Álvarez tuvo que renunciar por sus problemas de salud, sin embargo, participó en la creación de la Constitución de 1857. La carrera de Juan Álvarez no terminó ahí, pues apoyó a Benito Juárez en la Guerra de Reforma; en 1862 luchó en la Segunda Intervención Francesa y fue testigo de la caída del Segundo Imperio Mexicano, es decir el de Maximiliano de Habsburgo, en 1867. Cuando Álvarez decidió dejar la presidencia, la asumió otro combatiente de la Revolución de Ayutla: Ignacio Comonfort. José Ignacio Gregorio Comonfort de los Ríos nació el 12 de marzo de 1812 en Puebla. Se dedicó a estudiar Derecho en la que actualmente es la Universidad de Puebla, sin embargo, dejó sus estudios dada su acomodada situación económica. En 1832, se enlistó en el ejército de Santa Anna, mismo que combatiría a Anastasio Bustamante. Luchó en la Intervención Norteamericana en 1846, después fue electo diputado y posteriormente senador. A pesar de haber apoyado a Santa Anna en un principio, se adhirió al Plan de Ayutla, cuyo objetivo era desconocerlo como presidente.
Como se mencionó antes, una vez que Juan Álvarez renunció a la presidencia en 1855, Comonfort la asumió del 11 de diciembre de 1855 al 17 de diciembre de 1857. En ese mismo año ya se había proclamado la Constitución de 1857, misma que se encontraba, casi en su totalidad, contra los privilegios de la Iglesia. Durante su gobierno, Comonfort buscó formar un gabinete con liberales y conservadores, lo cual resultó imposible dadas las diferencias ideológicas. En un hecho sin precedente, el 17 de diciembre de 1857, junto con Félix María Zuloaga, proclamó el Plan de Tacubaya que desconocía la Constitución del 57, la cual había sido jurada por el propio Comonfort, lo que suponía un autogolpe de Estado. A pesar de ser apoyados por las tropas, los inconformes con el Plan de Tacubaya también se pronunciaron y los malos comentarios, así como los levantamientos, no se hicieron esperar, por lo que Comonfort fue perdiendo cada vez más fuerza; los liberales estaban en su contra y los conservadores lo dejaban. Finalmente Félix Zuloaga abandonó el Plan de Tacubaya, por lo que todo giró en contra de Comonfort, llevando a este a renunciar al poder y huir a Estados Unidos. No obstante lo anterior, Comonfort regresó a México y fue nombrado en 1863, comandante del Ejército del Centro para luchar durante la Intervención Francesa. En ese mismo año fue herido de muerte y falleció el 13 de noviembre mientras era trasladado a Celaya, Guanajuato.