La eutrofización, proceso que consiste en la presencia excesiva de materia orgánica en el agua, provoca un crecimiento rápido de algas y otras plantas verdes que recubren la superficie del agua e impiden el paso de luz solar a las capas inferiores, disminuyendo la transparencia del agua y el oxígeno disuelto. También el lodo o basura afecta la calidad del agua causando alteraciones en la vida acuática. Ganadería y agricultura En cuanto a la ganadería, se cría ganado bovino y porcino y el sistema de explotación es de tipo extensivo con rotación de potreros. La ganadería extensiva y la agricultura tradicional, con la actividad de roza, tumba y quema han deteriorado áreas naturales de gran valor ecológico dando lugar también a un pobre valor ganadero.
Algunas personas comercializan árboles de caoba, cedro, guayacán, chacah, pucté y jabén y extraen el manglar para su consumo doméstico y construcciones. El avance de la tala clandestina sobre el manglar es particularmente grave debido a la importancia que tiene para el ecosistema. Las zonas costeras de la entidad también se ven amenazadas por fenómenos naturales y actividades humanas que las contaminan y destruyen. Las actividades que han tenido mayor impacto ambiental destruyendo el suelo de estas zonas son las petroleras.
La pobreza de los suelos ha obligado al uso de fertilizantes y plaguicidas, los cuales pueden generar problemas de eutrofización.
Cuando se draga, es decir, cuando se abren conductos para la navegación en los puertos petroleros y cuando se perfora el suelo oceánico para extraer el petróleo, el agua se vuelve turbia y la luz del sol no puede penetrar a las capas inferiores.
Explotación forestal Aunque se protege a la flora y se evita la explotación de árboles para madera, leña y carbón, estas actividades continúan realizándose de forma ilegal afectando enormemente a los ecosistemas.
Los desechos provocan un crecimiento rápido de algas y otras plantas verdes que recubren la superficie del agua e impiden el paso de luz solar y a menudo provocan cambios en sales que contiene el mar con efectos mortales para la vida de los organismos.
Construcción de brechas cortafuegos.
Catástrofe ecológica.
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