Uno degli aspetti positivi di innovazione degli Atti d’Intesa sta nella volontà di racchiudere finalmente in un quadro organico e di concreta realizzazione la miriade di interventi programmati fino a quel momento. I risultati, però, sono limitati in quanto ad interventi di natura prettamente tecnica e a breve termine si alternano interventi e atti programmatori a lungo termine. Molti problemi di natura strettamente tecnica vengono affrontati in maniera poco convincente. [Comune di Taranto–Provincia di Taranto] Solo dopo la sottoscrizione del 3° Atto d'intesa, Comune e Provincia ritirano la costituzione di parte civile nel processo che aveva visto la condanna in primo grado dei vertici dello stabilimento per le polveri del parco minerali che ricadevano sul quartiere Tamburi. [Stato–Comune di Taranto– Regione Puglia] L'intervento di “barrieramento” a ridosso dei parchi minerari è sostituito da un nuovo progetto per il risanamento del quartiere Tamburi. Si tratta, però, di un Programma che mai avrebbe potuto essere approvato dal Ministero per palese incompatibilità dei contenuti con i regolamenti della delibera CIPE 2004. 2005 [Regione Puglia] Nelle elezioni di aprile viene eletto Presidente della Regione Puglia Nichi Vendola. 2006 [Comune di Taranto] Il 17 ottobre viene dichiarato ufficialmente lo stato di dissesto finanziario del Comune di Taranto. [Stato–Regione Puglia–Comune di Taranto] La struttura commisariale del Comune di Taranto e la Regione Puglia rimodulano il Programma di
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risanamento di Tamburi per renderlo coerente con il regolamento CIPE. 2007 [Comune di Taranto] Il 14 giugno Ippazio Stefano viene proclamato Sindaco di Taranto. [Regione Puglia] Viene riorganizzata L'Arpa (Agenzia Regionale Per l'Ambiente) che inizia una campagna di rilevamento dei dati dell'inquinamento prodotto dall'Ilva. Emergono dati preoccupanti soprattutto per quanto riguarda le emissioni di diossine e di idrocarburi policiclici aromatici. [Associazioni] A maggio, PeaceLink, Uil Taranto e il Comitato contro il rigassificatore, presentano un dossier allarmante sull'inquinamento. [Ilva] A giugno l'Ilva querela i relatori del dossier sull'inquinamento per "procurato allarme ambientale". [Associazioni] Comincia nuovamente a diffondersi un diffuso senso di preoccupazione tra la popolazione. 2008 [Regione Puglia] L'Arpa continua la campagna di rilevamento delle emissioni inquinanti e i dati resi pubblici sono sempre più allarmanti. Attraverso una rimodulazione dell'originario progetto di riqualificazione del quartiere Tamburi, vengono stanziati e resi utilizzabili per la costruzione del mercato rionale, la realizzazione di urbanizzazioni e spazi verdi e la bonifica dei suoli inquinati, 10 milioni di euro in attuazione della delibera CIPE n. 3 del 22 marzo 2006 con l'impegno a stanziare ulteriori 68 milioni di euro includendoli nel nuovo ciclo di programmazione dei fondi FAS (Fondo Aree Sottoutilizzate). Ad agosto viene siglato l'atto integrativo d'intesa che rende utilizzabili i 10 milioni di euro.
[Associazioni] Anche le associazioni si attivano creando una propria rete di informazione e divulgazione dei dati. Si crea un vero e proprio allarme inquinamento e riemerge un diffuso atteggiamento "antindustriale". Inizia un dibattito circa l'opportunità di indire un referendum cittadino sull'opportunità di chiudere lo stabilimento Ilva, seppur con varie sfumature (chiusura totale o del solo ciclo di lavorazione a caldo). [Regione Puglia] Il 30 luglio il Presidente Vendola in una lettera aperta al Presidente del Consiglio Berlusconi sottolinea tutta la gravità del "caso Taranto" e lo invita a collaborare per la soluzione del problema. [Stato] Ad agosto la risposta arriva attraverso il Ministro dell'Ambiente Prestigiacomo che a fronte di generiche dichiarazioni di interessamento sul caso Taranto (annuncia anche un Consiglio dei Ministri a Taranto per settembre che non avrà mai luogo) di fatto si schiera a fianco del Gruppo Riva sostenendo di non ritenere opportuna la revisione delle limitazioni legislative alle emissioni inquinanti (quelle italiane sono scandalosamente alte) sottolineando invece positivamente gli sforzi tecnici e di investimento dell'Ilva per la riduzione delle emissioni. Viene addiritturta messa in discussione l'attendibilità dei dati prodotti dall'Arpa. Sullo sfondo sembra esserci l'iter per l'adeguamento alle "migliori tecniche disponibili" (BAT-Best Available Tchniques) da parte dell'Ilva e il conseguente rilascio dell'Autorizzazione Integrata Ambientale (AIA) prevista dalle direttive europee. Contestualmente, in sede europea, il governo pone la questione dell'insostenibilità per l'Italia delle limitazioni alle emissioni di CO2.