Kaarle herttua ja kysymys valtakunnan uskonnosta Kustaa Vaasan pojista Kaarlen kerrotaan muistuuaneen eniten isäänsä. Hän oli itsek!!s ja hillitön. muna toisaalta aikaansaapa ja velvollisuudentuntoinen. Hänen herttuakuntansa oli Ruotsin hyvinhoidetuinta aluena. ja hän kehini alueen elinkeinoja. kauppaa ja laivaliikennetUI. Hänen toimestaan suomalaisia muuni Verrnlannin metsiin uudisraivaajiksi." ~kkipikainen,
Monipuolisen renessanssinJhtinaiden kasvatuksen saanetsun vdjiinsä ~erralluna Kaarle oli oppimaton. Peilisteelliset opinnot Mnellä oli \'ain teolol!iassa·•. mikä varmasti vaikuni hänen suhtautumiseensa uskontok)S)'mykseen. K;arle riitautui veljensä Juhanan kanssa nimenomaan uskonnollisista syistil, kun Juhana julkaisi katolisista kirkonmenoista takaisin liturgiaan piirteitä tuovan Punaisen ki rjan." Kustaa Vaasa käytti uskonpuhdistusta oman valtansa karruuamiseksi. mutta Kaarle oli aidosti kiinnostunutl uterilaisen uskon asemasta Ruotsissa. 1500-luvulla taistelu luterilaiststa Ja katolisista alueista oli kova. Epäilemänä Puolan kuninkaan neuvonantajat ja Ruotsin katotilaisuuteen taipu\at ryhmåt olisivat mielell3än nähneet Pohjolan kl!äntyv!!n takaisin katolilaisuuteen. Kaarle-hemua tunsi uskonsotien vaaran valtakunnalle, sillä Ranskassa ja Alankomaissa käytiin jo verist~ sotaa katolisten ja protestanllien välillä. Ruotsi n kaikki sälldyt olivat yksimielisiä ja tukivat herttuaa uskontokysymyksessä. Erityisesti näin teki aatelisto. joka oli rikastu· nut uskonpuhdistuksen aikana kirkon kustannuksella.10 Kaarle hemua kutsui valtakunnan ,äJ!d) t koolle l."psala.1n h,·lmikuun :!:' p!!h :il.>i vuonna 1593. Kokouksen tarkoituksena oli vah\istaa valtakunnan uskonto ,iJiä tavoin. ettei Sigismund voisi muuttaa sit~. Kokouksessa hylättiin Juhanan Punainen kirja. ja Ruotsin kirkon ohjt:eksi oteniin Raamanu ja Augsburgin tunnustus. Eriuskoisilta kielleniin uskonnon harjoirus ja vain luterilaiset pääsivät Ruotsissa' irkoihin. Toisaalta kokouks.:lla oli poliittinenkin puolensa. Niin Kaarle kuin valtaneuvoksetkin ymm!lrsivät, enä Ruotsi joutuisi mahdollisesti Puolan alusmaaksi. hallinavaksi ja johdettavaksi vieraasta maasta käsin.~' Sigismund saapui Ruotsiin syyskuun lopussa 1593. Helmikuussa 1594 victenii n Juhana-kuninkaan hautajaisia ja Sigismundirl kruunajaisia. Sigismund ei halunnut h)'Vltks}'ll Upsalan päl!töstå muna kun kaikki 3äl!dyt kannattivat sitä, ei hänelle jJ!In)'t muuta mahdollisuuna. Pian k!lvi kuitenkin ilmi. ettei hlln aikonutkaan noudattaa sitä. Kuninkaan seunJeeseen kuuluvat katoliset papit saarnasivai Tukholmassa om3n oppinsa mukaan ja paavillisia menoja suosiniin kaikin puoli n. Lisäksi syntyi kiistaa siit!l. miten hallitusvalta kuninkaan poissaollessa jaenaisiin. Valtaneuvosto suositti ho:istä koom1a valtuuskuntaa ja Kaarle hal usi itselleen valtionhoitajan aseman. Lopulta kuni ngas nimesi Kaarlen valtaneuvoston johtoon. mun:~ ei antanut tälle riinävi!l valtaoikeuksia hallinnon tehokkaaseen hoitoon.
Klaus Fleming ja suomalainen aatelista Kolmantena osapuolena raistel u~sa Ruotsin ylimmästä vallasta oli aatelisto. Jo kuningas Juhananaikana aatelisto oli ymm1irtänyt. mirä etuja sille koituisi Sigismundin :!0