PriMera Parte Kakashi acompaña al resto del Equipo 7 como líder y sensei. En la primera parte tiene un interés especial hacia Sasuke Uchiha, ya que, según él, eran parecidos. Entrenándolo en ocasiones a él solamente, con el objetivo de mantenerlo lejos de Orochimaru, uno de los enemigos de Konoha, quien durante los Exámenes Chūnin le colocó un sello maldito a Sasuke. Sus esfuerzos se vuelven inútiles cuando Sasuke escapa de la aldea en búsqueda de Orochimaru al final de la primera parte.
segunda Parte Dos años y medio después, en la segunda parte, Kakashi reforma el Equipo 7 con Naruto, Sakura, Sai y Yamato; quienes deciden ir en busca de Sasuke otra vez. Sakura lucha con uno de los miembros más poderosos de Akatsuki llamado Sasori, en donde logra salir victoriosa y como resultado de su victoria, Sasori le revela que tiene un espía vigilando a Orochimaru, y que se iba a reunir con éste en el Puente del Cielo . Sakura le da esta información al Equipo 7, pudiendo saber por medio de ella la ubicación de Sasuke. El equipo utiliza esta pista para encontrar a Sasuke, pero una vez más que son incapaces de impedir que escape. Mientras que están decepcionados por no haber logrado su objetivo, el Equipo 7 intenta de nuevo encontrarlo, aunque después de que casi lo capturan, pierden su rastro y se ven obligados regresar a casa. En la lucha de Jiraiya contra Pain, en la cual Jiraiya muere, dejando un código en la espalda del viejo sapo Fukasaku, que mostraba como se podía derrotar a Pain. Kakashi, Shikamaru y Naruto logran descubrir el código casi por completo. Fukasaku ofrece llevarse a Naruto a Myobokuzan para entrenarlo y enseñarle las técnicas del ermitaño, para que pueda vengar al sannin. Más tarde, Pain y Konan invaden la aldea oculta de Konoha, donde Kakashi tiene una batalla con Pain, pero es derrotado y asesinado. Sin embargo, después que Pain se enfrentó a Naruto, decide utilizar todo lo que le queda de su poder para revivir a todos los muertos en la batalla, incluyendo a Kakashi.