Existen, entre los indígenas, diferentes formas consuetudinarias de organización, como por ejemplo: la Alcaldía del Común, las cofradías con sus mayordomías, las hermandades, consejos y la familia, que son los rasgos organizativos comunitarios y algunas formas de autoridad tradicional. En lo organizacional y político, desde mediados de 1970, los indígenas en el país se han venido agrupando en organizaciones, que ofrecen un abanico de posibilidades, ya sea en lo cultural, en lo político y en lo tradicional con las cuales persiguen revalorizar y dar a conocer su cultura y a la vez defender sus derechos como indígenas. Entre las organizaciones existentes se encuentran: CCNIS (Consejo Coordinador Nacional Indígena Salvadoreño), MAIS (Movimiento Ancestral Indígena Salvadoreño), RAIS (Rescate Ancestral Indígena Salvadoreño) WINAKA-KAKAWIRA (Comunidad Indígena de Cacaopera), MIN (Movimiento Indígena Nonualco), APIMAYCO (Asociación de Pueblos Indígenas Mayas de Cuscatlán), ACCIES (Asociación Coordinadora de Comunidades Indígenas de El Salvador) ANITISA (Asociación Nacional Indígena Tierras Sagradas), ANIS (Asociación Nacional Indígena Salvadoreño), (Consejo de AJQUIJAB (Consejo de Principales), CONAIS (Consejo Nacional de Indios Salvadoreños) ADESCOIN (Asociación de Desarrollo Comunal Indígena), ACOLGUA Asociación de Comunidades Lencas de Guatajiagua, Comunidad Lenca de San Simón, Comunidad Lenca de Chilanga, Comunidad Lenca de Guatajiagua, ADTAIS (Asociación Democrática de Trabajadores Agropecuarios Indígenas Salvadoreños), ARCO (Artistas en la Revivificación de la Cultura Original, ARCAS (Asociación para la Recuperación de la Cultura Autóctona de El Salvador), Alcaldía del Común de Izalco, ASNAIS (Asociación Nacional de Indígenas de El Salvador). (Ver anexo)
En lo nacional el CCNIS es miembro de: Alianza Ambiental Indígena y Campesina de El Salvador ALIACES Centro para la Defensa del Consumidor CDC y de la Iniciativa Social Centroamericana ISC. El CCNIS, en lo internacional, es la instancia organizativa indígena que tiene la representación, entre otros, ante: El Consejo Indígena Centroamericano, CICA y en el Fondo Indígena. El Consejo Indígena de Centroamérica, -del cual el CCNIS es parte, es miembro de la Secretaría de Integración Centroamericana, SICA, en carácter consultivo. El Consejo Indígena de Centroamérica es miembro del Sistema de Integración Centroamericana, miembro de la Coordinadora Centroamericana del Campo CCC y del Foro Permanente sobre Derechos en las Naciones Unidas. El CCNIS como miembro del CICA tiene relación con todas estas instancias. Desde mayo de 2002 el CCNIS es miembro del Foro Internacional sobre Biodiversidad. El resto de las organizaciones indígenas, a escala nacional, actúa en forma individual. No obstante, cuando se hace necesario, se presentan algunos niveles de coordinación. Es importante resaltar que estas formas de organización son relativamente recientes y, por consiguiente, observan diferentes niveles de consolidación organizativa. Otro hecho importante es que en todos los pueblos indígenas, o agrupaciones indígenas, comprendidas en este perfil, se encontraron formas tradicionales de organización. Sobre todo el
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