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Existem vários formatos para se salvar o projeto realizado no programa. O padrão é o ChemSketch 2.0 Document, com a extensão .sk2. Neste formato, é possível realizar edições posteriores no arquivo através do ChemSketch. Outras extensões de formatos disponíveis para salvamento são: .mol; .skc; .rxn; .chm; .cdx; .cml; .pdf; .wmf; .emf; .bmp; .pcx; .tif; .gif; .png e .jpg. Alguns destes formatos, como o .bmp, o .png; e o .jpg, salvam as estruturas como imagens, não permitindo elas serem abertas pelo ChemSketch para edição. As estruturas desenhadas podem ser copiadas diretamente da área de trabalho do ChemSketch para um editor de texto (como o Microsoft Office, por exemplo). Para isso, deve-se selecionar a estrutura desejada e copiá-la através da opção Edit>Copy na barra de menu, ou através do comando Ctrl+C (Figura 57).
A estrutura deve estar selecionada
Figura 57. Copiando uma estrutura.
Posteriormente, a estrutura pode ser colada no editor de texto através da opção “Colar” ou usando o comando Ctrl+V (Figura 58).